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ERRATA Colle n°3 07/10/19 - GENOME


Rizaulait

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il y a une heure, LaPine a dit :

La 9C me pose problème, en effet les liaisons phosphodiesters sont oriéntées en 3' OH du ribose 5' OH du ribose suivant. Donc on dit des liaisons phosphodiester 3' 5', mais sur la diapo 112 on voit clairement qu'elle sont synthétisées en 5' 3'. Pouvez vous m'éclairer ?

L'ADN est synthétisé dans le sens 5'-3' mais si tu prends un brin d'ADN en cours de synthèse tu vas avoir une liaison entre le 3'OH du dernier nucléotide de la chaîne et le 5'OH du nucléotide libre qu'on fixe. La liaison phosphodiester est donc bien orientée dans le sens 3'-5'. Et c'est bien ce qu'on voit dans la diapo 112: synthèse du brin en 5'-3' et de la liaison en 3'-5'.

 

J'espère que je suis claire @LaPine et @Jadilie 😊

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il y a 4 minutes, Scorpio a dit :

l'hypoxanthine est une base trouvée normalement dans l'ARN et non pas dans l'ADN, non ?

 

Salut !

 

Il est vrai que l'on peut retrouver normalement l'hypoxanthine dans l'ARN.

 

Néanmoins, il est possible (mais rare) d'en retrouver dans l'ADN lorsqu'il y a accidentellement une désamination oxydative de l'adénine notamment. C'est une des causes de mutation génétique. (Voir diapo 26).

 

En espérant t'avoir aidé !

Hésite pas si il y a quelque chose qui te gène encore ! 😉 

 

Bon courage

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il y a 11 minutes, Lilette a dit :

La liaison phosphodiester est donc bien orientée dans le sens 3'-5'

Je suis d'accord avec ça, mais dans l'item 9C on parle du "sens de formation" qui correspond pour moi au SENS de synthèse en 5' 3' et l'ORIENTATION de la liaison se fait en 3' 5'

Je ne sais pas si je suis clair sur ce que n'arrive pas a saisir?

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  • Ancien Responsable Matière
il y a 1 minute, LaPine a dit :

Je suis d'accord avec ça, mais dans l'item 9C on parle du "sens de formation" qui correspond pour moi au SENS de synthèse en 5' 3' et l'ORIENTATION de la liaison se fait en 3' 5'

Je ne sais pas si je suis clair sur ce que n'arrive pas a saisir?

Si j’ai bien compris l’explication du coup, comme tu as une extrémité 3’ libre déjà présente, sur laquelle tu ajoutes un 5’, la liaison avec est formée dans le sens 3’-5’

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  • Ancien Responsable Matière

Pour le QCM 13C,

Je suis d'accord avec la correction. Cependant, il se pourrait également que les UV aient crée chez les sujets 3 moins de dimères de thymine que chez les sujets 1 et 2, ce qui expliquerait une moindre incorporation de dTTP. Pour cela, je l'ai mise juste... Il me semble que cela peut porter à confusion.. non?

 

Merci @Puromycine, je pensais juste que le QCM portant sur les bases présentes normalement dans le DNA. 🙂 

Edited by Scorpio
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il y a une heure, Moumou a dit :

Petit point ERRATA :

La 3B comptée FAUSSE dans la correction devient VRAIE. En effet, on voulait faire un piège sur 5-Bromo-URIDINE et 5-Bromo-URACILE (écrit ainsi dans le cours) sauf que manque de bol la 5-Bromo-URIDINE est le ribonucléoside contenant la  5--Bromo-URACILE . Du coup la 5-Bromo-Uridine augmente bien le risque de mésappariements. Désolée. 😐

Salut et merci pour la colle ! 

Le sujet du qcm étant « les bases et leur appariement » je pense que l’item est quand même faux du fait que la 5-Bromo-Uridine est un nucléoside et non une base 

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il y a une heure, Moumou a dit :

Petit point ERRATA :

La 3B comptée FAUSSE dans la correction devient VRAIE. En effet, on voulait faire un piège sur 5-Bromo-URIDINE et 5-Bromo-URACILE (écrit ainsi dans le cours) sauf que manque de bol la 5-Bromo-URIDINE est le ribonucléoside contenant la  5--Bromo-URACILE . Du coup la 5-Bromo-Uridine augmente bien le risque de mésappariements. Désolée. 😐

Coucou ! Sauf que l'énoncé du QCM était bien "A propos des bases et de leurs appariements"...

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Salut et merci pour la colle ! 😍

 

Il y a quelques explications dans la correction que j'ai pas bien comprises. 

Pour le 3C qui est FAUX la correction dit que c'est la fréquence de tautomères mineures du BrU est plus grande que celle de la thymine. Du coup je me demandais si l'item était faux parce que on nous parlait pas de fréquence dedans ou pour une autre raison ? (3C "BrU possède plus de forme tautomère mineures que majeures")

 

Ensuite pour la 5E je me suis dit la meme chose que  @Jadilie 🤔

 

Merciii 😁

il y a une heure, Jadilie a dit :

Si deux espèce sont proches sur le plan phylogénétique elle le sont aussi sur le plan morphologique, mais le fait que deux espèces soient proches sur le plan morphologique ne signifie pas qu’elles le sont sur le plan phylogénétique il me semble. 

 

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il y a une heure, Jadilie a dit :

La 5E est vrai non ? Si deux espèce sont proches sur le plan phylogénétique elle le sont aussi sur le plan morphologique, mais le fait que deux espèces soient proches sur le plan morphologique ne signifie pas qu’elles le sont sur le plan phylogénétique il me semble. 

Salut ! 🙂 

 

Le problème de cet item, c'est le "alors".

 

C'est un implication qui n'est pas nécessairement vrai !

Un contre-exemple qui me viens à l'esprit, c'est le dimorphisme sexuel qui peut être énorme ! D'un point de vu morphologique, parfois, le mâle et la femelle n'ont rien en commun.

Pourtant on peut pas faire plus proche génétiquement que deux individus de le même espèce...

 

Je ne sais pas si mon contre exemple est valide, mais je suis sur qu'il y en a d'autres bien meilleurs...

 

Bref, si tu arrives à trouver un contre exemple à ce genre de phrase, s'il n'y a aucune nuance (généralement, en règle générale, probablement, ...), alors elles sont fausses.

 

En espérant t'avoir aidé !

Hésite pas si tu as des question ! 😉 

Bon courage pour l'année !

 

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  • Ancien Responsable Matière
il y a 10 minutes, Puromycine a dit :

Salut ! 🙂 

 

Le problème de cet item, c'est le "alors".

 

C'est un implication qui n'est pas nécessairement vrai !

Un contre-exemple qui me viens à l'esprit, c'est le dimorphisme sexuel qui peut être énorme ! D'un point de vu morphologique, parfois, le mâle et la femelle n'ont rien en commun.

Pourtant on peut pas faire plus proche génétiquement que deux individus de le même espèce...

 

Je ne sais pas si mon contre exemple est valide, mais je suis sur qu'il y en a d'autres bien meilleurs...

 

Bref, si tu arrives à trouver un contre exemple à ce genre de phrase, s'il n'y a aucune nuance (généralement, en règle générale, probablement, ...), alors elles sont fausses.

 

En espérant t'avoir aidé !

Hésite pas si tu as des question ! 😉 

Bon courage pour l'année !

 

Je ne crois pas qu’il y ait de contre exemple : le mâle et la femelle n’ont pas « rien en commun », ils ont le même nombre de membres, la même mobilité, et tout un tas d’autres choses en commun. Et quel que soient les groupes phylogénétiques, ils partagent toujours des caractéristiques morphologiques communes, bien qu’elles ne soient pas forcément exclusives à ce groupe

Edited by Jadilie
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13A comment être sûr que c'est bien avec le Alpha, en effet, ils sont quiescents => pas de réplication or ne veux pas dire pas d'activité, donc ça peut très bien s'incorporer dans de l'ATP cytoplasmique ? 

Edited by SJr
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  • Ancien Responsable Matière

@Marin Le 3C est faux parce que le BrU possède une plus grande fréquence de formes mineures QUE LA THYMINE et non que de forme majeures, celles-ci ayant une fréquence de 99%

à l’instant, SJr a dit :

13A comment être sûr que c'est bien avec le Alpha, en effet, ils sont quiescents => pas de réplication (ne veux pas dire pas d'activité, donc ça peut très bien s'incorporer dans de l'ATP cytoplasmique ? 

On regarde l’incorporation uniquement dans l’ADN, regarder ce qu’il se passe dans le cytoplasme ne ferait que brouiller les résultats, en plus de compliquer la mesure

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"culture de fibroblaste quiescents non prolifératifs" ne veut pas dire qu'on prend uniquement le noyau 

s'ils sont quiescents et que y'a pas d'UV comment expliquer l'incorporation de Thimidine phosphate ? (sans parler du positionnement alpha béta gamma,), comment juste le concevoir ? 😮 

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il y a 49 minutes, Scorpio a dit :

Cependant, il se pourrait également que les UV aient crée chez les sujets 3 moins de dimères de thymine que chez les sujets 1 et 2, ce qui expliquerait une moindre incorporation de dTTP. Pour cela, je l'ai mise juste... Il me semble que cela peut porter à confusion.. non?

 

Re !

 

Alors c'est pas la peine d'aller chercher aussi loin ! ^^

Si Salvayre te pose une question dans ce style, ce qu'il attendra comme raisonnement c'est que le sujet 3 possède un déficit de réparation.

 

Ton explication est possible, mais très improbable. Généralement les fibroblastes reçoivent la même dose d'UV sont placé dans les même conditions de bases et on un nombre de thymine à peut près équivalent.... Tu as raison, on aurait du le préciser...

 

En espérant t'avoir aidé !Hésite pas si tu as d'autres questions ^^

il y a 13 minutes, SJr a dit :

"culture de fibroblaste quiescents non prolifératifs" ne veut pas dire qu'on prend uniquement le noyau 

s'ils sont quiescents et que y'a pas d'UV comment expliquer l'incorporation de Thimidine phosphate ? (sans parler du positionnement alpha béta gamma,), comment juste le concevoir ? 😮 

Salut ! 🙂 

 

Fibroblaste quiescent non prolifératif veut dire que l'on prends des fibroblaste au stade cellulaire G0. La cellule ne peut pas entrer en théorie dans un nouveau cycle cellulaire, cependant, elle peut encore se réparer par elle même car elle vit toujours.

La cellule doit donc être capable d'intégrer des dTTP afin de pouvoir se réparer.

 

S'il n'y a pas d'UV, la cellule soit quand même réparer des liaison de l'ADN qui se font naturellement et qu'elle doit réparer. Les UV ne sont pas la seule sources d'erreur et d'incorporation de dNTP ! On aurait vu une incorporation latente de dATP, dCTP, ... si on avait cherché à les mesurer... ^^

 

En espérant t'avoir aidé, hésite pas si tu as encore des questions 😉 

 

Bon courage pour la suite ^^

Edited by Puromycine
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il y a 52 minutes, Puromycine a dit :

 

Re !

 

Alors c'est pas la peine d'aller chercher aussi loin ! ^^

Si Salvayre te pose une question dans ce style, ce qu'il attendra comme raisonnement c'est que le sujet 3 possède un déficit de réparation.

 

Ton explication est possible, mais très improbable. Généralement les fibroblastes reçoivent la même dose d'UV sont placé dans les même conditions de bases et on un nombre de thymine à peut près équivalent.... Tu as raison, on aurait du le préciser...

 

En espérant t'avoir aidé !Hésite pas si tu as d'autres questions ^^

Salut ! 🙂 

 

Fibroblaste quiescent non prolifératif veut dire que l'on prends des fibroblaste au stade cellulaire G0. La cellule ne peut pas entrer en théorie dans un nouveau cycle cellulaire, cependant, elle peut encore se réparer par elle même car elle vit toujours.

La cellule doit donc être capable d'intégrer des dTTP afin de pouvoir se réparer.

 

S'il n'y a pas d'UV, la cellule soit quand même réparer des liaison de l'ADN qui se font naturellement et qu'elle doit réparer. Les UV ne sont pas la seule sources d'erreur et d'incorporation de dNTP ! On aurait vu une incorporation latente de dATP, dCTP, ... si on avait cherché à les mesurer... ^^

 

En espérant t'avoir aidé, hésite pas si tu as encore des questions 😉 

 

Bon courage pour la suite ^^

oui c'est très claire maintenant, je vois mieux, stade G0, facteur de croissance possiblement déclenchant vers cdk4D/cdK6D si point R franchi ! ,-tmtc- !!

 

merci bcp oui c'est bcp bcp plus claire pour moi, je savais pas qu'en G0 ça pouvait se réparer, bon en même temps pourquoi pas, et j'imaginais que les OCTAMERES d'histones BASIQUES aux methylation/acétylation N TERMINALES protégeaient assez bien nôtre génome pour qu'il n'y aie pas de lésions, m'enfin ... m'enfin... tout est possible 

 

 

 

et merci aussi bcp +++ pour cette colle 🆒 les maths aussi le génome tout 

 

 


 

Edited by SJr
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  • Ancien Responsable Matière
Il y a 1 heure, Itinéris a dit :

Coucou ! Sauf que l'énoncé du QCM était bien "A propos des bases et de leurs appariements"...

 

Il y a 1 heure, Invité Bnt a dit :

Salut et merci pour la colle ! 

Le sujet du qcm étant « les bases et leur appariement » je pense que l’item est quand même faux du fait que la 5-Bromo-Uridine est un nucléoside et non une base 

 

C'est vrai aussi, on va se concerter pour décider de ce qu'on fait par rapport à ce QCM car ça rend les choses ambiguës pour certaines personnes ...

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Guest Romain

Bonjour, merci beaucoup pour la colle, cependant j'avais une question à propos de la questions 12 D, "la réparation d'une anomalie nécessite l'excision d'un segment d'ADN plus important", cependant le cas d'une glycosylase ne fait pas contre exemple ? Cet item est il compté juste parce qu'on parle d'ADN en gros et pas que d'une base ou errata ? 

Merci pour votre réponse ! 

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  • Ancien Responsable Matière

 

Il y a 2 heures, Jadilie a dit :

Je ne crois pas qu’il y ait de contre exemple : le mâle et la femelle n’ont pas « rien en commun », ils ont le même nombre de membres, la même mobilité, et tout un tas d’autres choses en commun. Et quel que soient les groupes phylogénétiques, ils partagent toujours des caractéristiques morphologiques communes, bien qu’elles ne soient pas forcément exclusives à ce groupe

Le problème c'est que le alors sous entend que si deux espèces sont proches sur le plan phylogénétique alors elles sont automatiquement proches sur le plan morphologique ce qui est totalement faux.

 

Par exemple le dernier ancêtre commun à tous les mammifères est apparu il y a environ 100 millions d'années (ce qui est pas énorme à l'échelle de l'évolution) pourtant l'ours et le dauphin sont très différents sur le plan morphologique (notamment parce qu'ils vivent pas dans le même milieu). Réciproquement, le dauphin ressemble plus à un poisson sur le plan morphologique alors que sur le plan phylogénétique il en est très éloigné.

 

Après, j'ai un exemple qui se rapproche vraiment de ce que dit @Puromycine et c'est celui de l'Osedax. Si tu veux, c'est un ver particulier puisque la femelle abrite dans son corps entre 50 et 100 mâles qui restent à l'état larvaire. C'est un dimorphisme sexuel extrême qui te montre bien que dans une même espèce on peut être très éloignés sur le plan morphologique alors qu'on super proche sur le plans phylogénétique.

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  • Ancien Responsable Matière

Pour la 9A, le dnaC n’est pas une protéine régulatrice non ? 

 

Edit : et petit up pour le 9C, on est habitué au fait que le TAT fasse des pièges. Rigoureusement il devrait être faux 🤷🏻‍♀️

Edited by Liliputienne
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  • Ancien Responsable Matière
il y a 41 minutes, Liliputienne a dit :

Pour la 9A, le dnaC n’est pas une protéine régulatrice non ? 

J'aurais dit que non, mais l'item est mot pour mot la phrase du cours..

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  • Ancien Responsable Matière
Il y a 2 heures, Moumou a dit :

 

 

C'est vrai aussi, on va se concerter pour décider de ce qu'on fait par rapport à ce QCM car ça rend les choses ambiguës pour certaines personnes ...

 

De plus, je me demandais si l'abréviation BrU ne voulait pas dire exclusivement 5-Bromo-Uracile ? Un peu comme dG qui est desoxy-guanosine et non desoxy-guanine ?

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Bonjour, merciii pour cette colle!

j'ai quelques soucis avec 2 items:

-3C "le BrU possède plus de formes tautomères mineures que tautomères majeures" pour moi cette phrase est juste puis que chaque fonctions cétones peuvent donner des fonctions hydroxyles. Il existe donc 1 forme Majeure et 3 formes mineures (OH/=O;OH/OH;=O/OH).

-14C "le compétiteur utilisé à la piste 4 empêche la liaison de l'ADN à la protéine POO" pour moi cet item est faux. Le compétiteur ne va pas empêcher la liaison de POO sur l'ADN il va juste saturer l'ADN marqué et donc la protéine POO va plus lier l'ADN non marqué. Donc la protéine POO se lie dans tous les cas sur l'ADN seulement elle se lie majoritairement sur l'ADN non marqué. Il aurait fallu préciser que le compétiteur "empêcher" la liaison de POO sur l'ADN marqué.

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