[ERRATA COLLE 2] Recherche

[Von]

Il y a 3 heures, Lulu_le_Fou a dit :

- Pour l'item C QCM 6 : 

Enfaite en coupant avec HindIII, on va avoir des morceaux différents selon le sens d'insertion de la séquence d'intérêt puisque selon le sens les distances en paires de bases ne sont pas les mêmes entre les divers sites de coupure : 

 

1er sens (le bon = le début de la séquence de l'ADNc à coté du promoteur) quand :

 On va avoir un fragment de 200 pb et le deuxième (4050 - 200) 3850 

 

2eme sens (cette fois avec le début de la séquence de l'ADNc tout à  la fin)

Un fragment de 600 pb et 3450 pb 

Salut @Lulu_le_Fou !

Merci pour ces QCM et pour tes réponses.

Je n’arrive pas à comprendre même en relisant plusieurs fois tes explications pour le 6C.

 

Je ne comprend pas comment couper le receveur pERCh-E par Hindlll permet d’obtenir des fragments de tailles différentes selon le sens de la séquence. 

Il y a 1 HindIII sur le receveur donc on obtient un fragment de taille 4050 non ?

 

ok je crois avoir compris, est ce que c’est parce que l’insert contient aussi un HindIII ? 

Edited January 22, 2024 by Von

[Lulu_le_Fou]

il y a 3 minutes, Von a dit :

Salut @Lulu_le_Fou !

Merci pour ces QCM et pour tes réponses.

Je n’arrive pas à comprendre même en relisant plusieurs fois tes explications pour le 6C.

 

Je ne comprend pas comment couper le receveur pERCh-E par Hindlll permet d’obtenir des fragments de tailles différentes selon le sens de la séquence. 

Il y a 1 HindIII sur le receveur donc on obtient un fragment de taille 4050 non ?

Salut ! 

Alors attention il y aura 2 sites HindIII

 

Le premier dans la séquence d'intérêt, entre les deux sites Eco R1 à 1600 (cf plasmide donneur)

Le deuxième dans le plasmide receveur, à l'extérieur de la séquence d'intérêt à 2050

 

Tu les vois ou pas ?

[Von]

il y a 7 minutes, Lulu_le_Fou a dit :

Salut ! 

Alors attention il y aura 2 sites HindIII

 

Le premier dans la séquence d'intérêt, entre les deux sites Eco R1 à 1600 (cf plasmide donneur)

Le deuxième dans le plasmide receveur, à l'extérieur de la séquence d'intérêt à 2050

 

Tu les vois ou pas ?

Oui c’est ca d’accord merci j’avais pas vue que HindIII était aussi présent dans la séquence d’intérêt.

Merci 

Edited January 22, 2024 by Von

[loup_garou]

bien le bonjour !!

pour le qcm 8 item E, " dans un tampon de Lyse classique on retrouve des désoxyribonucléases "

il est compté juste et je ne comprend pas pourquoi 

https://ibb.co/ssCFFw9 

 

[Arthur.dgr]

Salut @loup_garou alors enfaite les DNases SONT des désoxyribonucléase c'est juste le mot condensé

Donc dans la composition du tampon de lyse tu retrouve bien des DNases

 

Je sais pas si c'est plus clair

Edited January 23, 2024 by Arthur.dgr

[Lalune-]

Bonjour, 

Je n'arrive pas à comprendre le QCM12 item E 

 

[Lulu_le_Fou]

il y a une heure, Lalune- a dit :

Bonjour, 

Je n'arrive pas à comprendre le QCM12 item E 

 

Salut ! 

 

Pour la colle ducoup : item E QCM 12 il est faux parce que 

 

Si l'insert est dans le bon sens, les deux fragments seront bien de 210 pb et 5290 pb.

Néanmoins, si la séquence s’insère dans l’autre sens, on obtient après digestion avec HindIII, un fragment de 810 pb et un autre de 4690 pb.

BON SENS (ATG côté promoteur)

pour la taille de 5290 on fait taille du plasmide recombinant (5500 car 4500 + ce qu'on a ajouté (1000) moins le fragment 1 donc 5500 - 210 = 5290

 

Mauvais sens (ATG côté terminateur) 

on fait 5500 - 810 = 4690

[paloma.lsh]

Bonjour !

j'ai une question concernant l'item E du qcm 4 compté juste " Si l'on isole l'ADNc de la prot R-ECH à l'aide des Ez EcoR1 et Hind 3, puis que l'on ouvre pERCh-E par les meme Ez pour l'inserer, on effectue un clonage orienté."

Comment peut on être sur que les 2 types d'enzymes coupent d'une manière différente ( bout franc, 5' sortant, etc ) ce qui d'après ce que je croyais avoir compris, permet d'avoir un clonage orienté ? ou alors faut-il simplement considérer qu'elles ne sont pas pareilles ?

[Lulu_le_Fou]

il y a 13 minutes, paloma.lsh a dit :

Bonjour !

j'ai une question concernant l'item E du qcm 4 compté juste " Si l'on isole l'ADNc de la prot R-ECH à l'aide des Ez EcoR1 et Hind 3, puis que l'on ouvre pERCh-E par les meme Ez pour l'inserer, on effectue un clonage orienté."

Comment peut on être sur que les 2 types d'enzymes coupent d'une manière différente ( bout franc, 5' sortant, etc ) ce qui d'après ce que je croyais avoir compris, permet d'avoir un clonage orienté ? ou alors faut-il simplement considérer qu'elles ne sont pas pareilles ?

saluttttt, dis donc je suis content que cette colle vous a fait autant réfléchir comme ça

 

enfaite (et c'est vrai que c'est pas très rigoureux) mais en PASS, la prof considère que dès qu'il y a deux enzymes différentes utilisées c'est Orienté

Mais effectivement dans les faits tu as raison, si les deux sont à bout franc ça serait non orienté

mais bon en pass on ne fait pas cette considération, voilà voilou 

[paloma.lsh]

ça marche merci !!

[lisa_l]

Bonjour, je ne suis pas bien sur d'avoir la bonne justification pour litem D du qcm 10 : " Ces cellules pulmonaires ont été infectées par un virus ", est ce que vous pourriez rapidement m'expliquer comment on peut en être sur ? Est ce que c'est parce qu'on obtient un pic d'un antigène viral ? 

 

merciii 

[-.𝑀𝑖𝑑𝑟𝑒𝑎𝑚.-]

Le 22/01/2024 à 17:49, Lulu_le_Fou a dit :

 

 

Ici on fait de la transgène additive (ovocyte fécondé de rat) donc toutes les cellules ont le transgène et ce dernier s'exprimera dans la peau 

Pour un animal transgénique, toutes les cellules ont le transgène mais l'exprime en fonction du promoteur qui est devant 

 

 

Bonjour !! Je suis désolée mais je ne comprends quand même pas moi non plus le 4C. C'est le mot "expression" dans l'item qui me gène, parce qu'il me semblait que pour la 1ère génération de bébés rats, on ne sait pas à ce moment là si le gêne s'exprime, on sait juste que les bébés rats sont transgéniques.... Merci d'avance !

[-.𝑀𝑖𝑑𝑟𝑒𝑎𝑚.-]

Et du coup désolée j'ai une autre question, pour la 6C je n'arrive pas à trouver le fragment de 200 pb dont tu parles si on coupe avec HindIII ?

[mélia]

On 1/22/2024 at 7:19 PM, Lulu_le_Fou said:

Dans le rein la protéine ERCH est exprimé naturellement, donc pas besoin de mettre un promoteur spécifique rein mais pour la faire exprimer dans le foie il faut au moins un promoteur spécifique foie

Ce qui me dérange dans l’item c’est qu’on dit que la protéine est placée derrière un promoteur, si elle est placé derrière la protéine ne pourra pas être exprimé non ? 

 

Tant qu’on y est est ce que quelqu’un pourrait m’expliquer pour qcm 5 item D, comment on voit que c’est un clonage non orienté et pour le qcm 6 item C comment on peut vérifier le bon sens d’insertion en utilisant Hindlll.

 

Merci d’avance !!

[Vector]

Il y a 6 heures, lisa_l a dit :

Bonjour, je ne suis pas bien sur d'avoir la bonne justification pour litem D du qcm 10 : " Ces cellules pulmonaires ont été infectées par un virus ", est ce que vous pourriez rapidement m'expliquer comment on peut en être sur ? Est ce que c'est parce qu'on obtient un pic d'un antigène viral ? 

 

merciii 

Hey @lisa_l ! 

 

C'est exactement ça. Dans ce QCM on réalise une chromatographie échangeuse d'ions à partir de cellules pulmonaires humaines. Donc dans le lysat de cellules on s'attend à retrouver uniquement les composants des cellules humaines. Problème on observe un pic correspondant à un antigène d'origine viral. C'est donc que dans les cellules pulmonaires humaines il y avait des protéines virales, c'est donc que ces cellules étaient infectés par un virus.

 

J'espère que ça répond à ta question ! 

La tutobise

Edited January 24, 2024 by Vector

[Vector]

Il y a 3 heures, -.𝑀𝑖𝑑𝑟𝑒𝑎𝑚.- a dit :

Bonjour !! Je suis désolée mais je ne comprends quand même pas moi non plus le 4C. C'est le mot "expression" dans l'item qui me gène, parce qu'il me semblait que pour la 1ère génération de bébés rats, on ne sait pas à ce moment là si le gêne s'exprime, on sait juste que les bébés rats sont transgéniques.... Merci d'avance !

Hey @-.𝑀𝑖𝑑𝑟𝑒𝑎𝑚.- !

 

Comme l'a dit notre RM on est dans le cas d'une transgénèse additive, donc toutes les cellules de notre bébé rat possèdent le transgène : ici l'ADNc codant la protéine R-ECH. Or quand on fait la construction génique, l'ADNc se retrouve sous la dépendance d'un promoteur eucaryote tissu spécifique de la peau. Donc toutes les cellules du bébé rat possèdent cette séquence d'ADN mais elle ne sera transcrite et traduite que dans la peau à cause du promoteur tissu spécifique. On peut donc dire que cette séquence s'exprime dans la peau de nos bébés rats puisque la protéine y est présente.

 

J'espère que c'est plus clair, sinon n'hésites pas !

La tutobise

[-.𝑀𝑖𝑑𝑟𝑒𝑎𝑚.-]

@Vector merci beaucoup, j'ai compris :) 

[Aaronigashima]

Bonjour, l'item 1B -> tous les organismes sont genetiquement modifiables => or les procaryote n'ont pas de genome donc comment ils peuvent etre genetiquement modifiables ? Merci bcp pour votre reponse

[Vector]

Il y a 3 heures, -.𝑀𝑖𝑑𝑟𝑒𝑎𝑚.- a dit :

Et du coup désolée j'ai une autre question, pour la 6C je n'arrive pas à trouver le fragment de 200 pb dont tu parles si on coupe avec HindIII ?

 

Et voila un petit schéma pour comprendre d'ou vient le fragment de 200 pb (quand tu as fait la construction, oublie pas que tu emportes un site Hind III avec l'ADNc de la protéine R-ECH) : 

 

 

[Vector]

Il y a 3 heures, mélia a dit :

Ce qui me dérange dans l’item c’est qu’on dit que la protéine est placée derrière un promoteur, si elle est placé derrière la protéine ne pourra pas être exprimé non ? 

 

Tant qu’on y est est ce que quelqu’un pourrait m’expliquer pour qcm 5 item D, comment on voit que c’est un clonage non orienté et pour le qcm 6 item C comment on peut vérifier le bon sens d’insertion en utilisant Hindlll.

 

Merci d’avance !!

Hey @mélia ! 

 

En ce qui concerne ta première question, quand on dit que l'ADNc de la protéine R-ECH est placé derrière la promoteur, on veut dire qu'il est placé à la suite. Donc la transcription pourra avoir lieu puisqu'il y a un promoteur devant l'ADNc de la protéine R-ECH.

 

Pour l'item 5D : si tu utilises une seule enzyme de restriction, les deux extrémités de la séquence d'intérêt seront identiques. Donc quand la ligase vient refermer le plasmide, la séquence pourra s'insérer dans un sens ou dans l'autre puisque ya pas de différence entre les deux extrémités. On dit donc que le clonage est non-orienté.

Ce qu'il faut retenir c'est que si tu utilises une seule enzyme de restriction le clonage est non-orienté, par contre si tu en utilises 2 différentes le clonages est dit orienté (comme les deux extrémités de la séquences sont différentes, elle ne pourra s'insérer que dans un sens). En vrai c'est plus compliqué mais le professeur Couderc vous demande de retenir que ça.

 

Pour l'item 6C : La ça se complexifie un peu, je t'invite à regarder le schéma que j'ai envoyé au message précédant. Tu vois que sur le schéma j'ai inséré la séquence d'ADNc dans le bon sens. Donc quand on coupe le plasmide avec hindIII on obtient un fragment de 200 pb. Par contre si on insère le fragment dans le mauvais sens, le site hindIII (actuellement en position 2300) se retrouve avant la séquence en position 1900, on obtiendra donc un fragment de 600pb après digestion par hindIII.

 

J'espère avoir répondu à tes questions !

La tutobise

[Passtafariste]

il y a 26 minutes, Aaronigashima a dit :

Bonjour, l'item 1B -> tous les organismes sont genetiquement modifiables => or les procaryote n'ont pas de genome donc comment ils peuvent etre genetiquement modifiables ? Merci bcp pour votre reponse

 

Hello, tout les organismes vivants ont un génome dans le sens large de la définition (qui n'inclue pas forcément les chromosomes dcp). Donc ils sont tous techniquement modifiable.

[Vector]

Hey @Aaronigashima !

 

Je suis d'accord avec @Passtafariste, les bactéries n'ont pas de noyau mais elles ont bien un génome ! Il est constitué du chromosome bactérien (ADN circulaire double-brin) et des plasmides (ADN circulaire double-brin, indépendants du chromosome bactérien).

 

La tutobise

[-.𝑀𝑖𝑑𝑟𝑒𝑎𝑚.-]

il y a 20 minutes, Vector a dit :

 

Et voila un petit schéma pour comprendre d'ou vient le fragment de 200 pb (quand tu as fait la construction, oublie pas que tu emportes un site Hind III avec l'ADNc de la protéine R-ECH) : 

 

 

Merciiii pour le schéma c'est super clair !! Merci beaucoup !

[garou]

Coucou pour l'item D du qcm 10 jme demandais comment on pouvait savoir que les cellules pulmonaires étaient infectées par un virus

[Sanchez]

il y a 16 minutes, garou a dit :

Coucou pour l'item D du qcm 10 jme demandais comment on pouvait savoir que les cellules pulmonaires étaient infectées par un virus

sur la chromato du lysat de cellules pulmonaires, le pic 2 représente une protéine qui est un antigène viral