Membre du Bureau Marmotte Posted January 22 Membre du Bureau Share Posted January 22 Coucou les gourmands,  On se retrouve aujourd'hui pour le post ERRATA, il concerne la colle du 22 janvier.  Voilà donc le sujet pour discuter des erreurs et des remarques sur le sujet de la colle n°2 en Recherche qui nous seront remontées par la suite ! Alors n'hésitez pas et posez toutes vos questions !  Bon courage pour cette nouvelle semaine de cours et on se retrouve jeudi pour la permanence en distanciel sur discord. Moi quand je me prépare à déguster la magnifique galette Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
mathoulematou Posted January 22 Share Posted January 22 Bonjour, je me demandais pour le qcm 11.c comment sait on que câest le volume mort et pas le volume dâelution de albumine ? Je pensais que le volume mort= volume a lâextĂ©rieur des billes et le volume elution= volume nĂ©cessaire pour que les protĂ©ines traversent. Donc pour moi le volume a t1 Ă©tait le volume dâelution de lâalbumine, jâai du mal Ă comprendre merci ! Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Sanchez Posted January 22 Share Posted January 22 bonjour, ce n'est pas un errata mais je ne comprend pas Ă l'item C qcm 6, comment le fait de couper le plasmide recombinant permettait de vĂ©rifier le bon sens d'insertion du fragment sur le receveur ? Ă lâinstant, mathoulematou a dit : Bonjour, je me demandais pour le qcm 11.c comment sait on que câest le volume mort et pas le volume dâelution de albumine ? Je pensais que le volume mort= volume a lâextĂ©rieur des billes et le volume elution= volume nĂ©cessaire pour que les protĂ©ines traversent. Donc pour moi le volume a t1 Ă©tait le volume dâelution de lâalbumine, jâai du mal Ă comprendre merci ! volume mort c'est le volume d'Ă©lution nĂ©cessaire pour que les plus grosses protĂ©ines, donc les 1eres, sortent Lulu_le_Fou 1 Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Responsable MatiĂšre Lulu_le_Fou Posted January 22 Responsable MatiĂšre Share Posted January 22 Coucou !  - Oui @mathoulematou je suis d'accord avec l'explication de @Sanchez pour le volume mort ;)  - Pour l'item C QCM 6 : Enfaite en coupant avec HindIII, on va avoir des morceaux diffĂ©rents selon le sens d'insertion de la sĂ©quence d'intĂ©rĂȘt puisque selon le sens les distances en paires de bases ne sont pas les mĂȘmes entre les divers sites de coupure :  1er sens (le bon = le dĂ©but de la sĂ©quence de l'ADNc Ă cotĂ© du promoteur) quand :  On va avoir un fragment de 200 pb et le deuxiĂšme (4050 - 200) 3850  2eme sens (cette fois avec le dĂ©but de la sĂ©quence de l'ADNc tout Ă Â la fin) Un fragment de 600 pb et 3450 pb  voilĂ c'est plus clair ou pas ducoup ?  Bon courage ! Sanchez 1 Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
1Biscotte Posted January 22 Share Posted January 22 (edited) salut, pour la 12 B, je ne vois pas comment on peut savoir que ecoR1 est au milieu. (Sans la taille du gĂšne) Edited January 22 by 1Biscotte Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Responsable MatiĂšre Lulu_le_Fou Posted January 22 Responsable MatiĂšre Share Posted January 22 il y a 7 minutes, 1Biscotte a dit : salut, pour la 12 B, je ne vois pas comment on peut savoir que ecoR1 est au milieu. (Sans la taille du gĂšne) Salut !  Alors enfaite quand on regarde le plasmide, on voit sur la sĂ©quence que l'on veut insĂ©rer (ADNc codant le BĂ©ta Globine) qu'il y a un site EcoR1 Ă 4100. Or les sites BamH1 sont Ă Ă©quidistants de ce site (3600 et 4600), il y a donc 500 pb de chaque cĂŽtĂ© du site EcoR1, le site EcoR1 est en plein milieu de la sĂ©quence d'intĂ©rĂȘt !  C'est plus clair ? Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
1Biscotte Posted January 22 Share Posted January 22 (edited) punaise je suis trop bĂȘte enft merci Edited January 22 by 1Biscotte Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Responsable MatiÚre Lulu_le_Fou Posted January 22 Responsable MatiÚre Share Posted January 22 il y a 2 minutes, 1Biscotte a dit : ouais mais c'est pas mathématique, c'est que à peu prÚs... (s'il le faut EcoR1 il est à 501 bases de bamh1 :( ) ah oui mais non c'est mathématique, sinon on aurait écrit les sites de BamH1 à 3599 ou 4601 des trucs comme ça, donc oui oui tkt le chiffre qui est écrit sur le site de coupure est pile poil ! Je sais pas si j'ai répondu à ta question mais en tout cas on peut considérer ça comme mathématique , entre EcoR1 et BamH1 il y a 500 paires bases tout pile  Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
1Biscotte Posted January 22 Share Posted January 22 il y a 2 minutes, Lulu_le_Fou a dit : ah oui mais non c'est mathématique, sinon on aurait écrit les sites de BamH1 à 3599 ou 4601 des trucs comme ça, donc oui oui tkt le chiffre qui est écrit sur le site de coupure est pile poil ! Je sais pas si j'ai répondu à ta question mais en tout cas on peut considérer ça comme mathématique , entre EcoR1 et BamH1 il y a 500 paires bases tout pile  merci chef Lulu_le_Fou 1 Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
mathoulematou Posted January 22 Share Posted January 22 21 minutes ago, Lulu_le_Fou said: Coucou !  - Oui @mathoulematou je suis d'accord avec l'explication de @Sanchez pour le volume mort ;)   41 minutes ago, Sanchez said: volume mort c'est le volume d'élution nécessaire pour que les plus grosses protéines, donc les 1eres, sortent Dans mon cours, j'ai noté volume mort= volume nécessaire pour exclure les prot supérieure a la limite d'exclusion. Mais dans ce cas, il nous faut la limite d'exclusion pour savoir si la prot passe ou non dans les pores, dans ce cas son volume d'élution= volume mort, non ? Naëlatence 1 Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Responsable MatiÚre Lulu_le_Fou Posted January 22 Responsable MatiÚre Share Posted January 22 il y a 2 minutes, mathoulematou a dit :  Dans mon cours, j'ai noté volume mort= volume nécessaire pour exclure les prot supérieure a la limite d'exclusion. Mais dans ce cas, il nous faut la limite d'exclusion pour savoir si la prot passe ou non dans les pores, dans ce cas son volume d'élution= volume mort, non ? oui voilà c'est ça ici c'est égal pour la protéine la plus grosse, je te joins le schéma (pas besoin de la limite d'exclusion car on sait que la protéine la plus grosse est exclue en premier et nous donne le volume mort) voici le schéma de la prof : https://zupimages.net/viewer.php?id=24/04/98x5.png  Voilà à je sais pas si c'est clair, mais le volume mort correspond toujours à la premiÚre protéine (celle qui est exclue) Avec absence d'une premiÚre protéine qui est exclue et donc absense de volume mort, l'interprétation des résultats du chromatographie d'exclusion devient compliqué ! Nesss 1 Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
NaĂ«latence Posted January 22 Share Posted January 22 Salut, Ă propos de lâitem C du qcm 7, comment sommes nous sensĂ©s savoir que la prot R-ECH est prĂ©sente naturellement dans les reins de rats, car aprĂšs avoir relu les Ă©nonces des qcms 4,5,6 et 7 câest marquĂ© nul part⊠du coup on peut aussi bien supposer que câest prĂ©sent naturellement, que le fait que câest une erreur de manipulation Ă©tant donnĂ© que lâitem dit « il y a sans doute » dans le sens de la supposition ? Merci dâavance pour vos explications ! Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Flyingspaghettimonster Posted January 22 Share Posted January 22 Salut ! J'ai des questions pour la 4B et la 4E:  4B "Un promoteur eucaryote constitutif permet au gĂšne de qui le suit d'ĂȘtre exprimĂ© dans toute les cellules eucaryotes gĂ©nĂ©tiquement modifiables" Je suis d'accord avec l'idĂ©e de l'item mais est-ce qu'on devrait pas plutĂŽt dire "modifiĂ©" ? parce que la cellule a beau ĂȘtre modifiable, si on ne la modifie pas elle n'exprimera pas le gĂšne. Ou alors c'est parce que on sous-entend dans l'Ă©noncĂ© qu'on parle d'un rat transgĂ©nique auquel cas toutes ses cellules modifiables sont modifiĂ©es et donc ça marche ?  4E "Si l'on isole l'ADNc de la protĂ©ine R-ECH Ă l'aide des enzymes EcoR1 et HindIII, puis que l'on ouvre pERCh-E avec les mĂȘmes enzymes pour l'insĂ©rer, on effectue un clonage orientĂ©" Comment on peut faire un clonage orientĂ© sachant qu'il y a plusieurs sites de restrictions autour du gĂšne et donc qu'on ne peut pas ĂȘtre sĂ»r de l'endroit oĂč vont couper les enzymes ? Ou alors cela voudrait dire que les enzymes sont efficaces Ă 100% et qu'elles coupent partout, mais dans ce cas la je ne comprends pas pourquoi on parle de "taille minimum de plasmide recombinant" Ă la question 5B, parce que ça sous-entend qu'il existe plusieurs tailles de plasmide recombinant possibles   Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
PASSocio Posted January 22 Share Posted January 22 Slt je n'ai pas compris pourquoi l'item C du QCM 4 est vrai car il peut trĂ©s bien avoir intĂ©grĂ© le transgĂšne sans pour autant lâexprimer. Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Responsable MatiĂšre Lulu_le_Fou Posted January 22 Responsable MatiĂšre Share Posted January 22 il y a 51 minutes, NaĂ«latence a dit : Salut, Ă propos de lâitem C du qcm 7, comment sommes nous sensĂ©s savoir que la prot R-ECH est prĂ©sente naturellement dans les reins de rats, car aprĂšs avoir relu les Ă©nonces des qcms 4,5,6 et 7 câest marquĂ© nul part⊠du coup on peut aussi bien supposer que câest prĂ©sent naturellement, que le fait que câest une erreur de manipulation Ă©tant donnĂ© que lâitem dit « il y a sans doute » dans le sens de la supposition ? Merci dâavance pour vos explications ! enfaite s'il y avait une erreur dans la manipulation ou dans le Western Blot, on aurait eu un problĂšme avec la ligne actine ou les autres lignes Or ici la ligne actine est correcte, cela nous montre qu'il n'y a pas eu de problĂšme Ă la rĂ©alisation du WB, donc que la protĂ©ine R-ECH n'est pas lĂ pas hasard dans le rein du rat et qu'elle bien naturellement prĂ©sente, en plus la ligne tfp 1 est aussi cohĂ©rente, effectivement ce n'Ă©tait pas Ă©crit dans l'Ă©noncĂ©, mais on pouvait supposer que c'Ă©tait prĂ©sent naturellement,  il y a 49 minutes, Flyingspaghettimonster a dit : 4B "Un promoteur eucaryote constitutif permet au gĂšne de qui le suit d'ĂȘtre exprimĂ© dans toute les cellules eucaryotes gĂ©nĂ©tiquement modifiables" Je suis d'accord avec l'idĂ©e de l'item mais est-ce qu'on devrait pas plutĂŽt dire "modifiĂ©" ? parce que la cellule a beau ĂȘtre modifiable, si on ne la modifie pas elle n'exprimera pas le gĂšne. Ou alors c'est parce que on sous-entend dans l'Ă©noncĂ© qu'on parle d'un rat transgĂ©nique auquel cas toutes ses cellules modifiables sont modifiĂ©es et donc ça marche ? je sais pas si j'ai bien compris ta question mais ici toutes les cellules eucaryotes modifiables ont "ce potentiel" d'exprimer un gĂšne situĂ© aprĂšs un promoteur eucaryote constitutif, c'est plutĂŽt un item comme une gĂ©nĂ©ralitĂ© ou dĂ©fintion, si j'ai pas rĂ©pondu Ă ta question n'hĂ©site pas me l'expliquer ;)  il y a 49 minutes, Flyingspaghettimonster a dit : 4E "Si l'on isole l'ADNc de la protĂ©ine R-ECH Ă l'aide des enzymes EcoR1 et HindIII, puis que l'on ouvre pERCh-E avec les mĂȘmes enzymes pour l'insĂ©rer, on effectue un clonage orientĂ©" Comment on peut faire un clonage orientĂ© sachant qu'il y a plusieurs sites de restrictions autour du gĂšne et donc qu'on ne peut pas ĂȘtre sĂ»r de l'endroit oĂč vont couper les enzymes ? Ou alors cela voudrait dire que les enzymes sont efficaces Ă 100% et qu'elles coupent partout, mais dans ce cas la je ne comprends pas pourquoi on parle de "taille minimum de plasmide recombinant" Ă la question 5B, parce que ça sous-entend qu'il existe plusieurs tailles de plasmide recombinant possibles les enzymes coupent tous les sites de restriction, c'est ce qu'on admet, le clonage est orientĂ© dans l'item E car on dit qu'on isole l'ADNc de la protĂ©ine R-ECH avec EcoR1 et HindIII, sous entendu que ce qu'on isole a Ă©tĂ© coupĂ© par EcoR1 ET HindIII (car on a eu besoin des deux pour isoler), donc 2 enzymes diffĂ©rentes == clonage orientĂ©Â Pour le "minimun" c'est vrai que ce mot n'a rien Ă faire lĂ et on a oubliĂ© de faire la modif, nĂ©anmoins ça ne donne pas l'item FAUX, car "au minimun" = "au moins" on a un plasmide de cette taille lĂ mais oui y'aura pas de plasmide recombinant avec une taille plus grande Ă part (et lĂ le mot minimun est correct) si on coupe avec d'autres enzymes (et je pense que c'est ça que sous entendait nos vieux).  il y a 32 minutes, PASSocio a dit : Slt je n'ai pas compris pourquoi l'item C du QCM 4 est vrai car il peut trĂ©s bien avoir intĂ©grĂ© le transgĂšne sans pour autant lâexprimer. Ici on fait de la transgĂšne additive (ovocyte fĂ©condĂ© de rat) donc toutes les cellules ont le transgĂšne et ce dernier s'exprimera dans la peau Pour un animal transgĂ©nique, toutes les cellules ont le transgĂšne mais l'exprime en fonction du promoteur qui est devant  voilĂ voilĂ j'espĂšre que c'est plus clair pour vous ! NaĂ«latence 1 Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
PASSocio Posted January 22 Share Posted January 22 Franchement merci bcp Lulu le fou ta réponse est super Lulu_le_Fou 1 Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Flyingspaghettimonster Posted January 22 Share Posted January 22 il y a 11 minutes, Lulu_le_Fou a dit : je sais pas si j'ai bien compris ta question mais ici toutes les cellules eucaryotes modifiables ont "ce potentiel" d'exprimer un gÚne situé aprÚs un promoteur eucaryote constitutif, c'est plutÎt un item comme une généralité ou défintion, si j'ai pas répondu à ta question n'hésite pas me l'expliquer ;)  les enzymes coupent tous les sites de restriction, c'est ce qu'on admet, le clonage est orienté dans l'item E car on dit qu'on isole l'ADNc de la protéine R-ECH avec EcoR1 et HindIII, sous entendu que ce qu'on isole a été coupé par EcoR1 ET HindIII (car on a eu besoin des deux pour isoler), donc 2 enzymes différentes == clonage orienté Pour le "minimun" c'est vrai que ce mot n'a rien à faire là et on a oublié de faire la modif, néanmoins ça ne donne pas l'item FAUX, car "au minimun" = "au moins" on a un plasmide de cette taille là mais oui y'aura pas de plasmide recombinant avec une taille plus grande à part (et là le mot minimun est correct) si on coupe avec d'autres enzymes.   Pour la 4B c'est justement que l'item soit une sorte de définition qui me dérange un peu. Si on la suit au sens strict ça veut dire que si on greffe des cellules avec un promoteur constitutif, toutes les cellules modifiables (donc quasi tout l'organisme) va exprimer le gÚne, alors que c'est pas le cas.  Et pour la 4E je comprends mieux merci bcp Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Responsable MatiÚre Lulu_le_Fou Posted January 22 Responsable MatiÚre Share Posted January 22 il y a 5 minutes, Flyingspaghettimonster a dit : Pour la 4B c'est justement que l'item soit une sorte de définition qui me dérange un peu. Si on la suit au sens strict ça veut dire que si on greffe des cellules avec un promoteur constitutif, toutes les cellules modifiables (donc quasi tout l'organisme) va exprimer le gÚne, alors que c'est pas le cas.  Et pour la 4E je comprends mieux merci bcp Dans litem B  On sous entend d'abord que ça "permets" d'exprimer le gÚne, Et aprÚs c'est dans toutes les cellules génétiquement modifiables, Donc oui si on transfecte des cellules eucaryoyes modifiables, le promoteur constitutif "permet" d'exprimer le gÚne, mais en théorie si on prend n'importe quelle cellule eucaryote génétiquement modifiable, on peut lui permettre d'exprimer le gÚne  Je sais pas si mon explication est claire ? Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Flyingspaghettimonster Posted January 22 Share Posted January 22 il y a 20 minutes, Lulu_le_Fou a dit : Dans litem B  On sous entend d'abord que ça "permets" d'exprimer le gÚne, Et aprÚs c'est dans toutes les cellules génétiquement modifiables, Donc oui si on transfecte des cellules eucaryoyes modifiables, le promoteur constitutif "permet" d'exprimer le gÚne, mais en théorie si on prend n'importe quelle cellule eucaryote génétiquement modifiable, on peut lui permettre d'exprimer le gÚne  Je sais pas si mon explication est claire ? Oui je comprends mieux c'est le sens du mot "toutes" que j'ai interprété différemment. Je l'avais compris dans le sens "l'ensemble des cellules" alors que c'était plutÎt "tout les types de cellules"  Merci pour tes explications Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Sanchez Posted January 22 Share Posted January 22 Il y a 1 heure, Naëlatence a dit : « il y a sans doute » sans doute = avec certitude or on en sait rien justement comme tu l'as dit Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
lenadĂ©nine Posted January 22 Share Posted January 22 Bonjour, Est-ce que dans le QCM5, item D, on le compte vrai car on utilise la mĂȘme enzyme (BamH1)? Mercii dâavance Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
NaĂ«latence Posted January 22 Share Posted January 22 il y a 9 minutes, Sanchez a dit : sans doute = avec certitude or on en sait rien justement comme tu l'as dit Eh beh du coup ça prĂȘte Ă confusion car dans le langage courant sans doute est utilisĂ© pour exprimer une supposition et non une certitude Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Sanchez Posted January 22 Share Posted January 22 il y a 4 minutes, Naëlatence a dit : exprimer une supposition et non une certitude perso je l'utilise pas commme ça mais dans le sens strict c'est qu'il y a 0 doutes donc 100% sûr, ce qui est pas le cas dans l'item Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
yrr Posted January 22 Share Posted January 22 salut,  pour le QCM 7, je n'arrive pas Ă comprendre pourquoi l'item E est vrai...pour moi ici ce nâĂ©tait pas le foie mais le rein  merci Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Responsable MatiĂšre Lulu_le_Fou Posted January 22 Responsable MatiĂšre Share Posted January 22 il y a 29 minutes, Flyingspaghettimonster a dit : Oui je comprends mieux c'est le sens du mot "toutes" que j'ai interprĂ©tĂ© diffĂ©remment. Je l'avais compris dans le sens "l'ensemble des cellules" alors que c'Ă©tait plutĂŽt "tout les types de cellules"  Merci pour tes explications oui voilĂ c'est tous les types de cellules ;)  il y a 16 minutes, NaĂ«latence a dit : Eh beh du coup ça prĂȘte Ă confusion car dans le langage courant sans doute est utilisĂ© pour exprimer une supposition et non une certitude de toute façon ici peu importe sa valeur, l'item serait FAUX, nĂ©anmoins nous essayerons de ne pas utiliser "sans doutes" par la suite car c'est vrai ça porte Ă confusion il y a 19 minutes, lenadĂ©nine a dit : Bonjour, Est-ce que dans le QCM5, item D, on le compte vrai car on utilise la mĂȘme enzyme (BamH1)? Mercii dâavanc oui voilĂ c'est ça il y a 10 minutes, yrr a dit : pour le QCM 7, je n'arrive pas Ă comprendre pourquoi l'item E est vrai...pour moi ici ce nâĂ©tait pas le foie mais le rein  merc Dans le rein la protĂ©ine ERCH est exprimĂ© naturellement, donc pas besoin de mettre un promoteur spĂ©cifique rein mais pour la faire exprimer dans le foie il faut au moins un promoteur spĂ©cifique foie,  Est ce que c'est plus clair ?  Bon courage Ă tous et bravo pour avoir rĂ©alisĂ© cette deuxiĂšme colle !! yrr and lenadĂ©nine 2 Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
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