[ERRATA COLLE N°2 Recherche]

[maarion]

bonjour qcm 16C, si c'était une colonne échangeuse d'anions, l'item serait vrai aussi?

 

il y a 1 minute, maarion a dit :

bonjour qcm 16C, si c'était une colonne échangeuse d'anions, l'item serait vrai aussi?

 

ou ça serait en fonction de leur pHi par ordre décroissant?

[Dr_Life_is_Strange]

Je suis carrément d'accord avec mes camarades enfaite, je sais pas si les tuteurs savaient qu'il nous manque encore deux heures de recherche sur les protéines donc que beaucoup de points abordés à la colle étaient tous simplement infaisables lundi ! Voilà j'espère que vous serez en tenir compte et encore merci pour le travail que vous faites !

[Rom142]

Il y a 20 heures, Gonzalette a dit :

Coucou est ce que vous pouvez m'expliquer ce qu'est une sonde 

Hello ! @Gonzalette

(désolé pour le retard des réponses, des prblm perso et testé +++ au covid...)

Une sonde c’est une séquence d’ADN sur laquelle tu vas pouvoir mettre un marqueur (ou pas, mais souvent tu peux mettre un marqueur pour la voir). Ça sert pour savoir si une séquence d’ADN bien précise est présente ou pas. Si elle est présente ta sonde complémentaire à la séquence va bien s’attacher et tu va pouvoir la détecter à l’aide de ton marquage, sinon elle ne s’attachera pas et tu sauras qu’il y n’y pas la séquence que tu cherches.

ça peut surtout servir dans le cas de maladies génétiques notamment.

[Rom142]

Il y a 21 heures, fannybenard a dit :

Déjà, on n'avait pas vu les techniques avec les sondes dans le QCM 12.

@fannybenardVous êtes nombreux à faire remonter ça, donc le QCM 12 est ANNULÉ. 

Il y a 21 heures, fannybenard a dit :

Dans le QCM 13 l'item E, on n'avait pas vu les notions avec le cobalt et le nickel

 

De nouveau un item, le 13E est ANNULÉ.

Il y a 21 heures, fannybenard a dit :

QCM 15, y'a marqué dans la correction que la proposition A est vraie et la proposition B est fausse mais j'ai trouvé les deux fausses vu qu'il y avait un nucléotide C à la place d'un T

My bad, on n’avais pas vu cette erreur. Effectivement la 7e lettre de l’item est bien un C et non un T, l’item 15A passe donc FAUX.

 

Il y a 21 heures, fannybenard a dit :

Et toujours dans le QCM 15, l'item D, pour moi il est faux car il faut des désoxynucléotides et non des nucléotides.

Je suis d’accord que cet item peut porter à confusion, comme l’a dit @Rhum1 ce terme englobe tout. De plus c’est écrit tel quel dans votre poly, dans la partie séquençage de Sanger. L’item 15D reste donc VRAI.

 

Il y a 21 heures, fannybenard a dit :

dans l'item E du QCM 16, il y a marqué que le pic de NaCl est à 0,5 M pour l'élution mais sur le graphique, je lis 0,7M comme proposé dans l'item.

Comme l’a dit @bunot, il faut lire la droite en gros pointillés qui indique la concentration en NaCl. On regarde quand la protéine est élué, c’est à dire au niveau du 2e pic, à droite, on regarde le niveau de notre droite et on lit notre valeur. On voit bien qu’elle est à peu près à 0,5M. L’item 16E reste donc VRAI.

 

Il y a 21 heures, Couzouféroce a dit :

Salut, moi c'est la 11-C: avec 2 enzymes, on peut faire plus de 2 ligations différentes, si les 2 (par exemple BamH1 et Pst1) enzymes coupent 2 séquences PROM-ADNc-TER différentes a et b 

elles peuvent ne pas s'insérer, ou une seule insertion a, une seule b, ou a et b... non  ?

@CouzouféroceAh je n’avais pas pensé à ça, c’est vrai que dans ma tête il fallait que le plasmide soit fermé comme il y avait ligation mais rien n’empêche qu’il reste ouvert dans l’hypothèse ou la ligation ne se fait pas. On peut dire qu’il y aurait 4 possibilités alors. Les possibilités où a et b sont les uniques ligations restent cependant très rares ou alors un état transitoire car un plasmide coupé tend toujours à se refermer. C’est un état instable qu’il veut éviter. 

De ce point de vue là, l’item 11C passe FAUX.

 

Il y a 21 heures, Caillourocheux a dit :

Salut, dans le QCM 15 item D je comprends pas trop comment c'est possible d'utiliser une seule amorce pour réaliser un séquençage de Sanger sachant qu'on veut synthétiser plusieurs fragments pour connaître notre séquence... Si l'item est juste je suis preneur si quelqu'un veut bien m'expliquer!

cimer!

@CaillourocheuxOui il faut bien utiliser plusieurs amorces afin d’avoi plusieurs fragments, le terme un devrait plutôt être vu au sens général plutôt qu’au sens numérique (même si la formulation avec un nombre est mal choisie je le reconnais...). Si l’item voulait vraiment tester sur le fait qu’il n’y ait besoin que d’une seule amorce, il y aurait eu plutôt écrit "une seule amorce" ou "une unique amorce", qqc dans le genre.

L’item ne bouge pas.

 

Il y a 21 heures, maarion a dit :

Bonjour, alors moi c'est pour le qcm 15C, même avec l'explication de la correction je ne comprends pas comment on le voit.

Mercii

@maarion Si on insert un gène, on veut que sa séquence soit ajoutée. Donc si on fait un séquençage et qu’on voit qu’il n’y a pas eu d’insertion, c’est que le gène n’a pas été ajouté. De plus (ça n’a pas été dit dans la correction mais je le rajoute en complément ici), il pourrait y avoir eu une insertion mais pas dans la séquence qu’on a prise, donc on ne pourrait pas affirmer qu’il n’y a pas eu d’insertion. 

L’item testait surtout le sens de la séquence, si vous aviez inversé la séquence, de 5’ en 3’ il y aurait bien eu 5’GCTTC3’. 

[Rom142]

Il y a 13 heures, lélie02 a dit :

je n'ai pas trop compris également le qcm 15, comment faire pour trouver la séquence ainsi que l'item c 

 

@lélie02 Dans le séquençage de Sanger tu as ton amorce. À partir de la tu vas coller des dXTP ce qui va faire que ton fragment va augmenter de taille. L’astuce, c’est que tu vas mettre des ddXTP qui vont faire que l’allongement de ton fragment va s’arrêter au niveau du X. (Il va s’arrêter à un A pour une adénine qui aurait dû être ajoutée, au G pour une guanine etc.) Tu fais ça dans 4 tubes différents pour chaque base ATCG, tu auras alors la taille des fragments lorsqu’il y a le X du tube correspondant. 

Les plus petits fragments iront plus loin car ils sont légers, alors que les plus gros resteront plus près. Un petit fragment n’a pas eu le temps de se développer, c’est par là qu’on commence à lire. Et au fur et à mesure on ajoute des fragments, la taille augmente, les fragments vont donc moins loin. 

C’est pour ça qu’on lit de bas en haut, du plus léger au plus lourd. J’espère que ça t’a aidé :)

 

Pour le 16A, le piège est que les protéines qui sont retenues ne sont pas celles du premier pic. Car au premier pic ce sont les protéines qui sont passées et n’ont pas été retenues qui apparaissent. 

[zazo]

Il y a 20 heures, Rhum1 a dit :

Pour la 16 B, si on a une colonne échangeuse de cations, alors on retient les prot chargés +, mais si pHi < pH alors les prot sont négatives donc elles ne se retrouveront pas dans l'éluat si ?

Quand phi< pH les protéines sont chargées négativement or ici c'est une chromatographie échangeuse de cations donc la résine est négative donc les protéines présentes dans l'éluat sont bien celles pas retenues donc celles qui ont un phi<pH 

[Rhum1]

il y a 2 minutes, zazo a dit :

Quand phi< pH les protéines sont chargées négativement or ici c'est une chromatographie échangeuse de cations donc la résine est négative donc les protéines présentes dans l'éluat sont bien celles pas retenues donc celles qui ont un phi<pH 

Les prot retenues dans l'éluat ne sont-elles pas celles qui nous intéressent justement ? Il me semblait que c'était la phase d'élution qui permettait de récupérer les prot à purifier, celles ne nous intéressant pas étant "éliminés" dans les précédents lavements :/

[zazo]

@Rhum1 AH c'est vrai que l'éluat c'est après l'élution... ducoup il y a un petit soucis je pense parce que nos protéines d'intéret sont + et donc on un phi>ph ..... @Rom142 on s'est perdus la ou c'est un errata ? 

[Rom142]

Il y a 21 heures, Rhum1 a dit :

Pour les 14 C, D et E là encore je suis à peu près sûr que nous ne l'avons pas encore abordé

Pour le 14E, si vous avez pu faire le QCM 16 avec l’échangeuse d’ions vous devriez avoir vu la chromato d’exclusion (du moins les infos se trouvent avant dans le poly qu’il y a sur moodle…)

Pour le 14C le 14D, sont ANNULÉS car il se trouve dans le cours que vous n’avez pas encore eu.

[bunot]

Il y a 3 heures, Rom142 a dit :

Ah je n’avais pas pensé à ça, c’est vrai que dans ma tête il fallait que le plasmide soit fermé comme il y avait ligation mais rien n’empêche qu’il reste ouvert dans l’hypothèse ou la ligation ne se fait pas.

Dans l'item on nous parle du moment où la ligation se fait entre la fragment de l'insert digéré et le plasmide digéré. Donc même si c'est possible, je trouve que l'item exclu l'hypothèse où la ligation ne se fait pas.

[FabienDespascito]

Le 17/01/2022 à 21:34, maarion a dit :

bonjour qcm 16C, si c'était une colonne échangeuse d'anions, l'item serait vrai aussi?

 

ou ça serait en fonction de leur pHi par ordre décroissant?

Salut, et non ça ne serait pas pareil

Une colonne échangeuse d'anions retient les anions, donc les molécules à charge négative, donc tout les molécules pour lesquelles pHi < pH sont retenue par la colonne échangeuse d'anions 

Donc les résultats seraient inversé !

[maarion]

il y a 14 minutes, FabienDespascito a dit :

Salut, et non ça ne serait pas pareil

Une colonne échangeuse d'anions retient les anions, donc les molécules à charge négative, donc tout les molécules pour lesquelles pHi < pH sont retenue par la colonne échangeuse d'anions 

Donc les résultats seraient inversé !

Okayy merciiii !!!

[une_PASSionnée]

@Rom142slt, donc c quoi la réponse à retenir ? 

[kirose]

Le 17/01/2022 à 21:19, lélie02 a dit :

Salut, 

serait-il possible de m'expliquer le qcm 16 item a et e svp 

je n'ai pas trop compris également le qcm 15, comment faire pour trouver la séquence ainsi que l'item c 

 

merci beaucoup

 

Bonjour 

moi aussi j'aimerais bien des explications pour la A et E !!

MERCI

[kirose]

il y a 17 minutes, laladu12 a dit :

 

Bonjour 

moi aussi j'aimerais bien des explications pour la A et E !!

MERCI

Pardon non la B 

merci 

[Rom142]

Il y a 12 heures, azmca18 a dit :

slt, donc c quoi la réponse à retenir ?

@azmca18 sur quel QCM ? 

[kirose]

il y a 1 minute, Rom142 a dit :

@azmca18 sur quel QCM ? 

La B du qcm 16

[Rom142]

il y a 9 minutes, laladu12 a dit :

Pardon non la B 

merci 

@laladu12dans ton énoncé on te dit que c’est une échangeuse de cation. Ça veut donc dire que la résine est chargée négativement et que ce sont des cations qui vont s’y accrocher (car ils ont une charge positive). Le pH de la colonne est à 8. Ce qui veut dire que les protéines qui auront un pHi < 8 (pH de la colonne) seront négatives. Par conséquent les protéines qui seront négatives ne pourront plus s’accrocher et vont donc tomber. Alors que tant que les protéines ont pHi > 8, elles seront positives et resteront accrochés.

Donc, si on a récupéré des protéines dans l’éluat, c’est bien qu’elles sont tombées, et  pour qu’elles tombent il faut que leur pHi soit inférieur à 8.

 

C’est plus clair ?

[kirose]

il y a 25 minutes, Rom142 a dit :

@laladu12dans ton énoncé on te dit que c’est une échangeuse de cation. Ça veut donc dire que la résine est chargée négativement et que ce sont des cations qui vont s’y accrocher (car ils ont une charge positive). Le pH de la colonne est à 8. Ce qui veut dire que les protéines qui auront un pHi < 8 (pH de la colonne) seront négatives. Par conséquent les protéines qui seront négatives ne pourront plus s’accrocher et vont donc tomber. Alors que tant que les protéines ont pHi > 8, elles seront positives et resteront accrochés.

Donc, si on a récupéré des protéines dans l’éluat, c’est bien qu’elles sont tombées, et  pour qu’elles tombent il faut que leur pHi soit inférieur à 8.

 

C’est plus clair ?

 

cette phrase marche aussi pour si on avait une colonne échangeur de anions ? 

Ce qui veut dire que les protéines qui auront un pHi < 8 (pH de la colonne) seront négatives.

[FabienDespascito]

il y a 23 minutes, laladu12 a dit :

 

cette phrase marche aussi pour si on avait une colonne échangeur de anions ? 

Ce qui veut dire que les protéines qui auront un pHi < 8 (pH de la colonne) seront négatives.

Cette phrase marche bien sur ça c’est une règle générale par contre avec une colonne échangeur d’anions ce seront les protéines négatives qui seront retenues et pas les positives comme ici 

il y a une heure, laladu12 a dit :

 

Bonjour 

moi aussi j'aimerais bien des explications pour la A et E !!

MERCI

Fait un nouveau post sur le forum et je te réponds le plus tôt dès que j’ai le temps 

[Ambrita]

Donc avec une colonne échangeuse de cations ce sont les protéines positives qui sont retenues ?

[FabienDespascito]

il y a 9 minutes, Ambrita a dit :

Donc avec une colonne échangeuse de cations ce sont les protéines positives qui sont retenues ?

Exactement c’est dans le nom 

cations  = molécules positive 

[Ambrita]

il y a 5 minutes, FabienDespascito a dit :

Exactement c’est dans le nom 

cations  = molécules positive 

Je le prenais à l'envers je pensais que comme la colonne était échangeuse de cations c'était les protéines négatives qui étaient retenues...

[FabienDespascito]

Il y a 2 heures, Ambrita a dit :

Je le prenais à l'envers je pensais que comme la colonne était échangeuse de cations c'était les protéines négatives qui étaient retenues...

Et ouais en fait c’est des protéines négatives sur la colonne qui retienne les positives 

[Ambrita]

Merci @FabienDespascito pour l'éclaircissement