Problèmes exercices génome

[rbm2322a]

Bonjour,

 

Alors j'ai quelques petits soucis sur certains items du poly d'exercices.

 

Tout d'abord, je ne comprends pas pourquoi 'item E du qcm 19 page 10 est faux car pour moi toutes les possibilités présentées peuvent être obtenues...

 

Ensuite, pour le qcm 23 page 11, je ne comprends pas pourquoi l'item D est juste. On a un ADN simple brin CCA. L'item dit: "Cette molécule simple brin peut être convertie en molécule double brin si on l'incube en présence de transcriptase inverse, de dNTP et d'une amorce appropriée"

Je ne comprends pas pourquoi on  besoin d'une transcriptase inverse.

 

J'ai aussi un problème avec l'item A du qcm 26 page 13 qui est compté faux.

 

Enfin, je ne vois pas comment il faut raisonner pour le qcm 29 page 14.

 

Si vous pouviez m'aider s'il vous plait. Merci d'avance.

 

 

[Vitalic]

Salut!

 

Pour le problème de transcriptase inverse:

http://tutoweb.org/forum/topic/10231-question-transcriptase-inverse/

 

Une petite recherche avant de poster fait gagner du temps à tout le monde, essaie d'y penser la prochaine fois

 

Bonne soirée

[Clemsoin]

Pour le 26 A, les endonucléases ne fonctionnent que sur les doubles brins

[Nuts]

Salut, 

Concernant l'item E du 19 p10 il est bien faux. Premièrement on te dit que le pourcentage de C et G est différent pour les deux ADN, or il ne peut y avoir hybridation que s'il y a correspondance des bases ce qui ici est tout simplement pas possible. Et attention même si le pourcentage était le même cela ne voudrait pas forcément dire que l'enchainement des bases serait le même (piège facile quoique fourbe mais c'est du génome...), l'item D est vrai car il s'agit à chaque fois de deux brins appartenant au même ADN.

 

pour le qcm 26, Attention une endonucléase ne coupe que du double brin ! Donc il est logique que la A soit fausse. (ce genre de truc revient souvent)

 

Je regarde le 29 et je te dis

[Vitalic]

Salut, 

Concernant l'item E du 19 p10 il est bien faux. Premièrement on te dit que le pourcentage de C et G est différent pour les deux ADN, or il ne peut y avoir hybridation que s'il y a correspondance des bases ce qui ici est tout simplement pas possible. Et attention même si le pourcentage était le même cela ne voudrait pas forcément dire que l'enchainement des bases serait le même (piège facile quoique fourbe mais c'est du génome...), l'item D est vrai car il s'agit à chaque fois de deux brins appartenant au même ADN.

 

pour le qcm 26, Attention une endonucléase ne coupe que du double brin ! Donc il est logique que la A soit fausse. (ce genre de truc revient souvent)

 

Je regarde le 29 et je te dis

 

Ce n'est pas vraiment fourbe parce que c'est bien précisé dans l'énoncé!

" les deux fragments comparés sont de même taille mais diffèrent par leurs séquences "

[Clemsoin]

Pour le 29 :

A) Bon la ça coule de source

B )

Fragment 1: 1kpb-G 3'

Fragment 2: 5'TCGA-4kpb

Les extrémités sont compatibles

Les réactions sont de ligation sont incomplète

on aura donc une bande de 1kpb, une bande de 4kpb, une bande de 1+4 kpb

C) Le produit de ligation ne pourra pas être coupé par la même endonucléase, on aura donc le même résultat

D) Par contre ici en 3' du fragment II en voit que SalI va pouvoir coupé

E) 2 fragment qui ne peuvent être séparé que par clonage? Séparation par clonage? Pas compris

[Clemsoin]

Ce n'est pas vraiment fourbe parce que c'est bien précisé dans l'énoncé!

" les deux fragments comparés sont de même taille mais diffèrent par leurs séquences "

Rien n'est fourbe en génome si tu lis bien l'énoncé lol

[Vitalic]

Pour le 29 :

A) Bon la ça coule de source

B )

Fragment 1: 1kpb-G 3'

Fragment 2: 5'TCGA-4kpb

Les extrémités sont compatibles

Les réactions sont de ligation sont incomplète

on aura donc une bande de 1kpb, une bande de 4kpb, une bande de 1+4 kpb

C) Le produit de ligation ne pourra pas être coupé par la même endonucléase, on aura donc le même résultat

D) Par contre ici en 3' du fragment II en voit que SalI va pouvoir coupé

E) 2 fragment qui ne peuvent être séparé que par clonage? Séparation par clonage? Pas compris

 

Il me semble que la E c'est le dernier chapitre qu'on voit. Avec la transgenèse, etc...

 

 

Rien n'est fourbe en génome si tu lis bien l'énoncé lol

 

Oui! Et il faut être tellement attentif vu le nombre de données qu'il y'a dans l'énoncé pour pouvoir répondre ^^"

[Nuts]

Pour le qcm 29 :

Tout d'abord il faut remarquer que les extrémités des deux endonucléases sont compatibles.

 

Les figures 1 et 2 ne font que t'illustrer les données que tu as dans le premier schéma. 

 

La figure 3 te montre ce qu'il se passe quand t'hybrides les deux fragments de 4 et 2 kpb de la fig 2. Si tu obtiens trois bandes c'est qu'une partie ne s'est pas hybridée (c'est les deux fragments de 4 et 2 kpb) et qu'une partie s'est correctement hybridée (c'est le fragment complet) --> réponse A juste.

 

Apres le raisonnement est assez similaire pour tout le qcm :

Pour l'item B :on a vu que les extremités étaient compatibles donc il peut y avoir hybridation (bande à 5 kpb) mais il le rendement n'est pas de 100% (il reste deux autres bandes)! 

 

Pour le reste : Il faut faire attention car même si les extremités libérées par les endonucléases sont compatibles lors de la premiere experience, rien ne nous dit qu'après hybridation on aura toujours un site de restriction reconnu par une des endonucléases...

 

Essaie de faire la fin, il est important de comprendre ce genre de subtilités, ça te sera utile pour le reste du cours. Si t'as un soucis hésite pas  

Bon courage en espérant que je t'ai un peu aidé.

 

[Nuts]

Ce n'est pas vraiment fourbe parce que c'est bien précisé dans l'énoncé!

" les deux fragments comparés sont de même taille mais diffèrent par leurs séquences "

oui j'avais pas vu ^^ 

[rbm2322a]

Merci beaucoup!!!  

 

J'ai compris sauf le qcm 29 avec lequel j'ai du mal à comprendre notamment l'item B,C,D..

[JulieFinkel]

Salut salut !

 

Pour le QCM 29 je vais tenter de t'expliquer, n'hésite pas à le dire si tu n'as toujours pas compris

 

• Item A :

Sur la figure 3 on observe 3 bandes : une à 2 kpb, une à 4 kpb et une à 6 kpb. Comme l'expérience était dans le but de "recoller" des fragments de 2 et 4 kpb, et qu'on obtient bien une bande à 6 mais également toujours des bandes à 2 et 4, on peut en conclure que la ligation a eu lieu pour certains fragments mais pas pour tous : l'item A est donc juste.

 

• Item B :

Il faut bien détailler l'énoncé pour comprendre ce que l'on fait exactement (c'est toujours comme ça dans les QCM de Domi !). Je vais donc tenter de te montrer un peu le raisonnement point par point :

1) "On récupère le fragment de 1 kpb de la Fig. 1..." --> A quoi correspond ce fragment ? En regardant la figure 1 on voit qu'il correspond à un fragment issu de l'ADN I après sa coupure par Sal1. En regardant le schéma des fragments, on s'aperçoit qu'il s'agit de la partie 5' de l'ADN I (dis moi si tu ne vois pas pourquoi).

2) "... et la fragment de 4 kpb de la figure 2..." --> A quoi correspond ce fragment ? En regardant la figure 2 on voit qu'il correspond à un fragment issu de l'ADN II après sa coupure par Xho 1. En regardant le schéma des fragments, on s'aperçoit qu'il s'agit de la partie 3' de l'ADN II vu que Xho 1 coupe l'ADN II au niveau du site Xho1 qui est situé à 2 kpb du début du brin, libérant donc deux fragments : un de 2 kpb (partie en 5' de la coupure) et un de 4 kpb (partie en 3' de la coupure)

3) "... qu'on les incube dans les mêmes conditions de la figure 3" : Quelles sont ces conditions ? Ce sont des "conditions permettant l'hybridation de l'ADN, en présence de ligase et d'ATP" (cf. énoncé)

--> Donc en gros ce qu'on veut savoir c'est "est-ce que ces deux fragments vont pouvoir se lier ?". Concernant les conditions, elles sont réunies pour qu'il y ait une liaison des brins.

Maintenant regardons nos fragments :

- On a le fragment de 1kpb qui correspond à la partie 5' du brin d'ADN I. Ce fragment est donc double brin, et est issu d'une coupure par Sal 1. Dans l'énoncé, on te dit que Sal 1 reconnaît la séquence GTCGAC et coupe après le premier G de cette séquence. Donc notre ADN I contenait bien cette séquence, et lorsque Sal 1 a coupé au niveau de cette séquence ça a permis la libération de notre fragment de 1kpb. Donc ce fragment de 1kpb se termine par cette coupure. On a donc, en représentant l'ADN double brin :

 

                                         Au niveau du site Sal 1 de l'ADN I, avant la coupure par Sal 1 :

 

                                                                              ^5' GTCGAC ^3'

                                                                              ^3' CAGCTG ^5'

 

                                        Au niveau du Site Sal 1 de l'ADN I, après la coupure par Sal 1 :

 

                                                                       ^5' G ^{3'                         5'} TCGAC ^3'

                                                                        ^3'CAGCT ^{5'                           3'} G ^5' 

 

La partie que j'ai représentée en gras correspond à l'extrémité 3' (donc la "fin") de notre fragment de 1 kpb.

 

- Concernant le fragment de 4 kpb : il correspond à la partie 3' du brin d'ADN II. Ce fragment est donc double brin, et est issu d'une coupure par Xho 1. Dans l'énoncé, on te dit que Xho 1 reconnaît la séquence CTCGAG et coupe après le premier C de cette séquence. Donc notre ADN II contenait bien cette séquence, et lorsque Xho 1 a coupé au niveau de cette séquence ça a permis la libération de notre fragment de 4 kpb. Donc ce fragment de 4 kpb commence par cette coupure. On a donc, en représentant l'ADN double brin :

 

                                      Au niveau du site Xho 1 de l'ADN II, avant coupure par Xho 1 :

                                                                        ^5' CTCGAG ^3'

                                                                        ^3' GAGCTC ^5'

 

                                     Au niveau du site Xho 1 de l'ADN II, après coupure par Xho 1 :

 

                                                             ^5' C ^{3'                  5'}TCGAG ^3'

                                                             ^3' GAGCT ^{5'                  3'}C ^5'

 

La partie que j'ai représentée en gras correspond à l'extrémité 5' (donc le "début") de notre fragment de 4 kpb

 

Donc pour que la liaison entre les deux puissent se faire, il faut que les deux parties que j'ai mises en gras, c'est à dire les extrémités de nos deux fragments qu'on veut lier ensemble, soient compatibles. Cela signifie qu'il faut que les deux brins soient complémentaires sur la zone "à apparier / hybrider" . En clair tu mets face à face tes deux extrémités et tu regardes si après liaison ça fait bien des bases qui peuvent s'apparier entre les deux brins :

 

                                             Voici les extrémités de tes deux fragments avant la liaison :

                                                           ^5' G ^{3'                         5'} TCGAG ^3'

                                                            ^3' CAGCT ^{5'                           3'}C 5' 

                                              Sur la représentation ci-dessus, les extrémités ici représentées de tes deux fragments (à gauche le fragment de 1kpb, à droite celui de 4 kpb) vont pouvoir s'apparier si la partie en rouge est complémentaire de celle en bleue ! Or ici c'est le cas : A est complémentaire de T, G de C, C de G, T de A. Du coup, après liaison tu auras :

 

                                                                        ^5' GTCGAG ^3'

                                                                        ^3' CAGCTC ^5'

 

Donc quand tu es dans une situation comme celle-ci où : les extrémités sont compatibles, et où tu as les bonnes conditions pour la ligation (ligase et ATP), alors tu vas pouvoir lier tes deux brins. Or, comme on a vu dans la figure 3, le rendement de la ligation ne se fait pas à 100%. Donc sur ton électrophorèse tu vas avoir :
- Une bande à 5 kpb représentant les fragments ayant été liés (1 kpb + 4 kpb = 5 kpb)

- Une bande à 1 kpb représentant les fragments de 1 kpb non liés à ceux de 4 kpb

- Une bande à 4 kpb représentant les fragments de 4 kpb non liés à ceux de 1 kpb

L'item B est donc vrai.

• Item C :

Tu fais exactement l'expérience décrite dans l'item B, puis tu digères tout ça par Xho I. Donc récapitulons étape par étape :
1) Tu prends le fragment de 1kpb de la figure 1

2) Tu prends le fragment de 4kpb de la figure 2

3) Tu incubes tout ça dans les mêmes conditions que celles de la figure 3

--> A l'issu de tout ça tu obtient le résultat de l'électrophorèse que tu vois dans l'item B (vu qu'on a dit que l'item B était juste)

4) Tu rajoutes Xho 1

 

Donc là, il y a trois question à se poser :
a) Est-ce qu'il y a un site de restriction de Xho 1 sur notre fragment de 1 kpb de la figure 1 ? En regardant le schéma des fragments, on voit que non.

b ) Est-ce qu'il y a un site de restriction de Xho 1 sur notre fragment de 4 kpb de la figure 2 ? En regardant le schéma des fragments, on voit que non.

c) Est-ce que le site où s'est fait la liaison des deux fragments de 1 et 4 kpb est un site de restriction de Xho 1 ? Comme je te l'ai montré ci-dessus, après la liaison de nos deux fragments de 1 et 4 kpb on obtient ceci :

 

                                                                        5' GTCGAG 3'

                                                                        3' CAGCTC 5'

                                                                                            

 

Or, d'après l'énoncé, Xho 1 reconnaît le site 5' CTCGAG 3' alors qu'ici on a le site 5' GTCGAG 3'. Donc la liaison des deux fragments entre eux a induit une disparition du site de restriction de Xho 1 .
Donc quand on se demande "Est-ce que le site où s'est fait la liaison des deux fragments de 1 et 4 kpb est un site de restriction de Xho 1?" on peut dire que non.

Donc comme on a répondu non à ces trois questions, on constate qu'il n'y a pas de site de restriction de Xho 1 dans les fragments présents dans notre mélange (celui de 1 kpb, celui de 4 kpb et celui de 5 kpb résultant de la liaison de ceux de 1 et 4 kpb). Donc rajouter Xho 1 là-dedans n'induit aucune coupure dans nos fragments, et donc on reste avec le même resultat d'électrophorèse que dans l'item B . Et donc l'item C est juste.

 

• Item D :

C'est un peu le même délire que pour l'item C :Tu fais exactement l'expérience décrite dans l'item B, puis tu digères tout ça par Sal I. Donc récapitulons étape par étape :

1) Tu prends le fragment de 1kpb de la figure 1

2) Tu prends le fragment de 4kpb de la figure 2

3) Tu incubes tout ça dans les mêmes conditions que celles de la figure 3

--> A l'issu de tout ça tu obtient le résultat de l'électrophorèse que tu vois dans l'item B (vu qu'on a dit que l'item B était juste)

4) Tu rajoutes Sal 1

 

Donc là, il y a trois question à se poser :
a) Est-ce qu'il y a un site de restriction de Sal 1 sur notre fragment de 1 kpb de la figure 1 ? En regardant le schéma des fragments, on voit que non.

b ) Est-ce qu'il y a un site de restriction de Sal 1 sur notre fragment de 4 kpb de la figure 2 ? En regardant le schéma des fragments, on voit que oui. On voit grâce au schéma des fragments que si on coupe notre fragment de 4 kpb par Sal 1 alors on va obtenir un fragment de 1 kpb (de 5 à 6 kpb sur le schéma) et un fragment de 3 kbp (de 2 à 5 sur le schéma).

c) Est-ce que le site où s'est fait la liaison des deux fragments de 1 et 4 kpb est un site de restriction de Sal 1 ? Comme je te l'ai montré ci-dessus, après la liaison de nos deux fragments de 1 et 4 kpb on obtient ceci :

 

                                                                         5' GTCGAG 3'

                                                                         3' CAGCTC 5'

                                                                                             

 

Or, d'après l'énoncé, Sal 1 reconnaît le site 5' GTCGAC 3' alors qu'ici on a le site 5' GTCGAG 3'. Donc la liaison des deux fragments entre eux a induit une disparition du site de restriction de Sal 1 .
Donc quand on se demande "Est-ce que le site où s'est fait la liaison des deux fragments de 1 et 4 kpb est un site de restriction de Xho 1?" on peut dire que non.

Du coup, regardons comment sont formés et coupés nos fragments :

- Fragment de 1 kpb de l'ADN 1 : 1 kpb --> 1 kpb après qu'on ait mis Sal 1 (car pas de site de restriction de Sal 1)

- Fragment de 4 kpb de l'ADN 2 : 4 kpb --> 3 kpb + 1 kpb après qu'on ait mis Sal 1 (car un site de restriction de Sal 1)

- Fragment de 5 kpb (liaison de 1 kpb avec 4 kpb) : 5 kpb --> 4 kpb + 1 kpb après qu'on ait mis Sal 1. Pourquoi ? Car il y a toujours le site de restriction de Sal 1 sur le fragment de 4 kpb, lui-même lié à celui de 1 kpb de l'ADN 1 ! En gros, voici la construction de ton fragment de 5 kpb : 1 2 3 4/5

J'ai représenté en rouge le fragment de 1 kpb de l'ADN 1, et en bleu le fragment de 4 kpb de l'ADN 2. Les chiffres "1 2 3 4 5" représentent le nombre de kpb. Le " / " représente le site de restriction de Sal 1. Les fragments de 1 et 4 kpb sont donc liés dans notre fragment de 5 kpb, mais comme le fragment de Kpb de l'ADN 2 a un site de restriction à 1 kpb de la fin alors cela correspond à une coupure à 4 kpb du début du fragment de 5 kpb.

 

Revenons à ce que je disais sur les coupures, on obtient donc 3 tailles différentes de fragments :

- 1 kpb : correspond au fragment de 1 kpb de l'ADN 1 qui n'était pas lié à celui de 4 kpb, mais correspond également aux fragments de 1 kpb issus de la coupure de celui de 5 kpb par Sal 1, et correspond également aux fragments de 1 kpb issus de la coupure du fragment de 4 kpb par Sal 1.

- 3 kpb : correspond aux fragments de 3 kpb issus de la coupure du fragment de 4 kpb par Sal 1.

- 4 kpb : correspond aux fragments de 4 kpb issus de la coupure du fragment de 5 kpb par Sal 1.

 

Donc l'item D est juste.

 

• Item E :

"La bande positionnée à 4 kpb dans le schéma en D contient en réalité deux fragments d'ADN différents..." : jusque là c'est vrai, comme je l'ai expliqué ci-dessus (correspond à la partie "1 2 3 4" avant le slash).

"... qui ne pourront être séparés que par clonage" : rien à voir, le clonage ne sert pas à séparer des fragments ! 

Ce genre d'item (item E) ne tombe généralement pas en concours, parce que y a pas vraiment de raison de penser que c'est vrai donc ce serait trop des points gratuits pour Domi .

 

Voilà, j'espère avoir réussi à t'aider, n'hésite pas à le dire si il demeure des choses que tu n'as pas comprises !

[Vitalic]

Salut salut !

 

Pour le QCM 29 je vais tenter de t'expliquer, n'hésite pas à le dire si tu n'as toujours pas compris

 

• Item A :

Sur la figure 3 on observe 3 bandes : une à 2 kpb, une à 4 kpb et une à 6 kpb. Comme l'expérience était dans le but de "recoller" des fragments de 2 et 4 kpb, et qu'on obtient bien une bande à 6 mais également toujours des bandes à 2 et 4, on peut en conclure que la ligation a eu lieu pour certains fragments mais pas pour tous : l'item A est donc juste.

 

• Item B :

Il faut bien détailler l'énoncé pour comprendre ce que l'on fait exactement (c'est toujours comme ça dans les QCM de Domi !). Je vais donc tenter de te montrer un peu le raisonnement point par point :

1) "On récupère le fragment de 1 kpb de la Fig. 1..." --> A quoi correspond ce fragment ? En regardant la figure 1 on voit qu'il correspond à un fragment issu de l'ADN I après sa coupure par Sal1. En regardant le schéma des fragments, on s'aperçoit qu'il s'agit de la partie 5' de l'ADN I (dis moi si tu ne vois pas pourquoi).

2) "... et la fragment de 4 kpb de la figure 2..." --> A quoi correspond ce fragment ? En regardant la figure 2 on voit qu'il correspond à un fragment issu de l'ADN II après sa coupure par Xho 1. En regardant le schéma des fragments, on s'aperçoit qu'il s'agit de la partie 3' de l'ADN II vu que Xho 1 coupe l'ADN II au niveau du site Xho1 qui est situé à 2 kpb du début du brin, libérant donc deux fragments : un de 2 kpb (partie en 5' de la coupure) et un de 4 kpb (partie en 3' de la coupure)

3) "... qu'on les incube dans les mêmes conditions de la figure 3" : Quelles sont ces conditions ? Ce sont des "conditions permettant l'hybridation de l'ADN, en présence de ligase et d'ATP" (cf. énoncé)

--> Donc en gros ce qu'on veut savoir c'est "est-ce que ces deux fragments vont pouvoir se lier ?". Concernant les conditions, elles sont réunies pour qu'il y ait une liaison des brins.

Maintenant regardons nos fragments :

- On a le fragment de 1kpb qui correspond à la partie 5' du brin d'ADN I. Ce fragment est donc double brin, et est issu d'une coupure par Sal 1. Dans l'énoncé, on te dit que Sal 1 reconnaît la séquence GTCGAC et coupe après le premier G de cette séquence. Donc notre ADN I contenait bien cette séquence, et lorsque Sal 1 a coupé au niveau de cette séquence ça a permis la libération de notre fragment de 1kpb. Donc ce fragment de 1kpb se termine par cette coupure. On a donc, en représentant l'ADN double brin :

 

                                         Au niveau du site Sal 1 de l'ADN I, avant la coupure par Sal 1 :

 

                                                                              ^5' GTCGAC ^3'

                                                                              ^3' CAGCTG ^5'

 

                                        Au niveau du Site Sal 1 de l'ADN I, après la coupure par Sal 1 :

 

                                                                       ^5' G ^{3'                         5'} TCGAC ^3'

                                                                        ^3'CAGCT ^{5'                           3'} G ^5' 

 

La partie que j'ai représentée en gras correspond à l'extrémité 3' (donc la "fin") de notre fragment de 1 kpb.

 

- Concernant le fragment de 4 kpb : il correspond à la partie 3' du brin d'ADN II. Ce fragment est donc double brin, et est issu d'une coupure par Xho 1. Dans l'énoncé, on te dit que Xho 1 reconnaît la séquence CTCGAG et coupe après le premier C de cette séquence. Donc notre ADN II contenait bien cette séquence, et lorsque Xho 1 a coupé au niveau de cette séquence ça a permis la libération de notre fragment de 4 kpb. Donc ce fragment de 4 kpb commence par cette coupure. On a donc, en représentant l'ADN double brin :

 

                                      Au niveau du site Xho 1 de l'ADN II, avant coupure par Xho 1 :

 

                                                                        ^5' CTCGAG ^3'

                                                                        ^3' GAGCTC ^5'

 

                                     Au niveau du site Xho 1 de l'ADN II, après coupure par Xho 1 :

 

                                                             ^5' C ^{3'                  5'}TCGAG ^3'

                                                             ^3' GAGCT ^{5'                  3'}C ^5'

 

La partie que j'ai représentée en gras correspond à l'extrémité 5' (donc le "début") de notre fragment de 4 kpb

 

Donc pour que la liaison entre les deux puissent se faire, il faut que les deux parties que j'ai mises en gras, c'est à dire les extrémités de nos deux fragments qu'on veut lier ensemble, soient compatibles. Cela signifie qu'il faut que les deux brins soient complémentaires sur la zone "à apparier / hybrider" . En clair tu mets face à face tes deux extrémités et tu regardes si après liaison ça fait bien des bases qui peuvent s'apparier entre les deux brins :

 

                                             Voici les extrémités de tes deux fragments avant la liaison :

 

                                                           ^5' G ^{3'                         5'} TCGAG ^3'

                                                            ^3' CAGCT ^{5'                           3'}C 5' 

 

                                              Sur la représentation ci-dessus, les extrémités ici représentées de tes deux fragments (à gauche le fragment de 1kpb, à droite celui de 4 kpb) vont pouvoir s'apparier si la partie en rouge est complémentaire de celle en bleue ! Or ici c'est le cas : A est complémentaire de T, G de C, C de G, T de A. Du coup, après liaison tu auras :

 

                                                                        ^5' GTCGAG ^3'

                                                                        ^3' CAGCTC ^5'

 

Donc quand tu es dans une situation comme celle-ci où : les extrémités sont compatibles, et où tu as les bonnes conditions pour la ligation (ligase et ATP), alors tu vas pouvoir lier tes deux brins. Or, comme on a vu dans la figure 3, le rendement de la ligation ne se fait pas à 100%. Donc sur ton électrophorèse tu vas avoir :

- Une bande à 5 kpb représentant les fragments ayant été liés (1 kpb + 4 kpb = 5 kpb)

- Une bande à 1 kpb représentant les fragments de 1 kpb non liés à ceux de 4 kpb

- Une bande à 4 kpb représentant les fragments de 4 kpb non liés à ceux de 1 kpb

L'item B est donc vrai.

• Item C :

Tu fais exactement l'expérience décrite dans l'item B, puis tu digères tout ça par Xho I. Donc récapitulons étape par étape :

1) Tu prends le fragment de 1kpb de la figure 1

2) Tu prends le fragment de 4kpb de la figure 2

3) Tu incubes tout ça dans les mêmes conditions que celles de la figure 3

--> A l'issu de tout ça tu obtient le résultat de l'électrophorèse que tu vois dans l'item B (vu qu'on a dit que l'item B était juste)

4) Tu rajoutes Xho 1

 

Donc là, il y a trois question à se poser :

a) Est-ce qu'il y a un site de restriction de Xho 1 sur notre fragment de 1 kpb de la figure 1 ? En regardant le schéma des fragments, on voit que non.

b ) Est-ce qu'il y a un site de restriction de Xho 1 sur notre fragment de 4 kpb de la figure 2 ? En regardant le schéma des fragments, on voit que non.

c) Est-ce que le site où s'est fait la liaison des deux fragments de 1 et 4 kpb est un site de restriction de Xho 1 ? Comme je te l'ai montré ci-dessus, après la liaison de nos deux fragments de 1 et 4 kpb on obtient ceci :

 

                                                                        5' GTCGAG 3'

                                                                        3' CAGCTC 5'

                                                                                            

 

Or, d'après l'énoncé, Xho 1 reconnaît le site 5' CTCGAG 3' alors qu'ici on a le site 5' GTCGAG 3'. Donc la liaison des deux fragments entre eux a induit une disparition du site de restriction de Xho 1 .

Donc quand on se demande "Est-ce que le site où s'est fait la liaison des deux fragments de 1 et 4 kpb est un site de restriction de Xho 1?" on peut dire que non.

 

Donc comme on a répondu non à ces trois questions, on constate qu'il n'y a pas de site de restriction de Xho 1 dans les fragments présents dans notre mélange (celui de 1 kpb, celui de 4 kpb et celui de 5 kpb résultant de la liaison de ceux de 1 et 4 kpb). Donc rajouter Xho 1 là-dedans n'induit aucune coupure dans nos fragments, et donc on reste avec le même resultat d'électrophorèse que dans l'item B . Et donc l'item C est juste.

 

• Item D :

C'est un peu le même délire que pour l'item C :Tu fais exactement l'expérience décrite dans l'item B, puis tu digères tout ça par Sal I. Donc récapitulons étape par étape :

1) Tu prends le fragment de 1kpb de la figure 1

2) Tu prends le fragment de 4kpb de la figure 2

3) Tu incubes tout ça dans les mêmes conditions que celles de la figure 3

--> A l'issu de tout ça tu obtient le résultat de l'électrophorèse que tu vois dans l'item B (vu qu'on a dit que l'item B était juste)

4) Tu rajoutes Sal 1

 

Donc là, il y a trois question à se poser :

a) Est-ce qu'il y a un site de restriction de Sal 1 sur notre fragment de 1 kpb de la figure 1 ? En regardant le schéma des fragments, on voit que non.

B) Est-ce qu'il y a un site de restriction de Sal 1 sur notre fragment de 4 kpb de la figure 2 ? En regardant le schéma des fragments, on voit que oui. On voit grâce au schéma des fragments que si on coupe notre fragment de 4 kpb par Sal 1 alors on va obtenir un fragment de 1 kpb (de 5 à 6 kpb sur le schéma) et un fragment de 3 kbp (de 2 à 5 sur le schéma).

c) Est-ce que le site où s'est fait la liaison des deux fragments de 1 et 4 kpb est un site de restriction de Sal 1 ? Comme je te l'ai montré ci-dessus, après la liaison de nos deux fragments de 1 et 4 kpb on obtient ceci :

 

                                                                         5' GTCGAG 3'

                                                                         3' CAGCTC 5'

                                                                                             

 

Or, d'après l'énoncé, Sal 1 reconnaît le site 5' GTCGAC 3' alors qu'ici on a le site 5' GTCGAG 3'. Donc la liaison des deux fragments entre eux a induit une disparition du site de restriction de Sal 1 .

Donc quand on se demande "Est-ce que le site où s'est fait la liaison des deux fragments de 1 et 4 kpb est un site de restriction de Xho 1?" on peut dire que non.

 

Du coup, regardons comment sont formés et coupés nos fragments :

- Fragment de 1 kpb de l'ADN 1 : 1 kpb --> 1 kpb après qu'on ait mis Sal 1 (car pas de site de restriction de Sal 1)

- Fragment de 4 kpb de l'ADN 2 : 4 kpb --> 3 kpb + 1 kpb après qu'on ait mis Sal 1 (car un site de restriction de Sal 1)

- Fragment de 5 kpb (liaison de 1 kpb avec 4 kpb) : 5 kpb --> 4 kpb + 1 kpb après qu'on ait mis Sal 1. Pourquoi ? Car il y a toujours le site de restriction de Sal 1 sur le fragment de 4 kpb, lui-même lié à celui de 1 kpb de l'ADN 1 ! En gros, voici la construction de ton fragment de 5 kpb : 1 2 3 4/5

J'ai représenté en rouge le fragment de 1 kpb de l'ADN 1, et en bleu le fragment de 4 kpb de l'ADN 2. Les chiffres "1 2 3 4 5" représentent le nombre de kpb. Le " / " représente le site de restriction de Sal 1. Les fragments de 1 et 4 kpb sont donc liés dans notre fragment de 5 kpb, mais comme le fragment de Kpb de l'ADN 2 a un site de restriction à 1 kpb de la fin alors cela correspond à une coupure à 4 kpb du début du fragment de 5 kpb.

 

Revenons à ce que je disais sur les coupures, on obtient donc 3 tailles différentes de fragments :

- 1 kpb : correspond au fragment de 1 kpb de l'ADN 1 qui n'était pas lié à celui de 4 kpb, mais correspond également aux fragments de 1 kpb issus de la coupure de celui de 5 kpb par Sal 1, et correspond également aux fragments de 1 kpb issus de la coupure du fragment de 4 kpb par Sal 1.

- 3 kpb : correspond aux fragments de 3 kpb issus de la coupure du fragment de 4 kpb par Sal 1.

- 4 kpb : correspond aux fragments de 4 kpb issus de la coupure du fragment de 5 kpb par Sal 1.

 

Donc l'item D est juste.

 

• Item E :

"La bande positionnée à 4 kpb dans le schéma en D contient en réalité deux fragments d'ADN différents..." : jusque là c'est vrai, comme je l'ai expliqué ci-dessus (correspond à la partie "1 2 3 4" avant le slash).

"... qui ne pourront être séparés que par clonage" : rien à voir, le clonage ne sert pas à séparer des fragments ! 

Ce genre d'item (item E) ne tombe généralement pas en concours, parce que y a pas vraiment de raison de penser que c'est vrai donc ce serait trop des points gratuits pour Domi .

 

Voilà, j'espère avoir réussi à t'aider, n'hésite pas à le dire si il demeure des choses que tu n'as pas comprises !

 

Wow cette réponse! C'est pas moi l'auteur du topic, mais merci beaucoup!!!!

[JulieFinkel]

Haha avec plaisir

[rbm2322a]

Tu es super!!! merci beaucoup pour ces explications super bien détailées!!!