[ERRATA COLLE 4] Recherche

[Marmotte]

Coucou les chercheurs, 

 

On se retrouve aujourd'hui pour le post ERRATA, il concerne la colle du 5 février. 

 

Voilà donc le sujet pour discuter des erreurs et des remarques sur le sujet de la colle n°4 en Recherche qui nous seront remontées par la suite ! Alors n'hésitez pas et posez toutes vos questions ! 

 

Petite blague de notre chère @Lulu_la_tortue: 

Révélation

Pourquoi un électricien se rend chez son docteur ? Car il a une ampoule au pied ! 

 

Pour les infos à ne pas rater :

- Distribution des polys: lundi après la colle, mercredi et jeudi entre 12h et 14h

- Ne pas oublier de s'inscrire pour l'EB du 19 février, STAT Wars, les PASS contre attaquent

- Ne pas oublier non plus de s'inscrire pour les formas de chimie orga du 12/13/14/15 février toutes les infos sont dispos dans les annonces !

 

Bon courage pour cette nouvelle semaine de cours et on se retrouve jeudi pour la permanence en amphi 1. 

 

Des bisous

[elias_rjs]

Bonjour, j'ai une question qui concerne le qcm 10 item B.

Si j'ai bien compris, tout les lysats ( donc avant qu'ils soient traités par le anti-flag ) exprimaient Mre11, puisque c'est apres avoir été traités, puis élués, que l'on a réalisé un second WB avec flag ou RAD50...

 

Donc les cellules qui exprimaient chron, et celles qui exprimaient XRS2, possedaient l'epitope Mre11 ( derniere ligne des WB) donc elles possedent bien un epitope en commun.

 

 

[Le_Marin_d_Iroise]

Bonjour petite question sur le qcm 3 item A je pensais que c'était 1 ddNTP et pas "des " ddNTP qui étaient nécessaires. je ne sais pas si j'ai bien compris ou si c'est une errata

 

Edited February 5, 2024 by Le_Marin_d_Iroise

[Sanchez]

il y a 24 minutes, Le_Marin_d_Iroise a dit :

Bonjour petite question sur le qcm 3 item A je pensais que c'était 1 ddNTP et pas "des " ddNTP qui étaient nécessaires. je ne sais pas si j'ai bien compris ou si c'est une errata

 

c'est une ddNTP par tube et comme t'as 4 tubes c'est plusieurs ddNTP au final

[MALOcclusionsphinctérienne]

Analyse du QCM 10 : ce qui est réalisé est une co-immuniprécipitation grâce a l'anticorps anti-Flag qui vient reconnaître l'épitope Flag. D'après l'énoncé, on s'attend à ce que l'IP montre une tâche pour les cellules exprimant Flag-Nibrine et Flag-XRS2 mais pas pour les cellules transfectées par un vecteur vide chron. Le WB Flag permet de vérifier cela, seules les cellules Flag-Nibrine et Flag-XRS2 montrent une tâche avec la pêche. Comme on a réalisé une co-IP, on va pouvoir étudier l'interaction entre les protéines pêchées et d'autres protéines pour lesquelles on réalise le WB. À savoir, on trouve Mre11 et RAD50 dans la co-IP Flag-Nibrine, ce qui montre que la nibrine forme un complexe avec Mre11 et RAD50. Le WB : Mre11 des lysats est un contrôle, il vise à montrer qu'on peut analyser les résultats au-dessus.

 

Pour ce qui est de ta question, l'épitope commun n'est pas "reconnu" avec le Flag-XRS2 comme il n'y a pas de tâche ni au WB : Mre11 ni au WB : RAD50. (On sous entend reconnu après IP).

[Le_Marin_d_Iroise]

il y a 1 minute, Sanchez a dit :

c'est une ddNTP par tube et comme t'as 4 tubes c'est plusieurs ddNTP au final

A ouais ok, merci beaucoup.

[POMME]

il y a 17 minutes, Sanchez a dit :

c'est une ddNTP par tube et comme t'as 4 tubes c'est plusieurs ddNTP au final

Salut, il n’y en a pas plusieurs ? Pour moi il y en avait plusieurs par tube mais pas en quantité énorme genre 10% parce que si on en mets qu’un alors on peut pas avoir plusieurs fragment A et donc on va avoir que un fragment par nucléotides de la séquence donc ça sert pas a grand chose.
 

Ça ou alors j’ai pas compris la conversation.

[Sanchez]

à l’instant, POMME a dit :

Salut, il n’y en a pas plusieurs ? Pour moi il y en avait plusieurs par tube mais pas en quantité énorme genre 10% parce que si on en mets qu’un alors on peut pas avoir plusieurs fragment A et donc on va avoir que un fragment par nucléotides de la séquence donc ça sert pas a grand chose.
 

Ça ou alors j’ai pas compris la conversation.

oula oui je voulais dire "un seul type" (ddATP etc) dsl pour la confusion, imagine qu'on mette 4 pauvres molécules dans des tubes mdr la gueule de l'expérience

[POMME]

à l’instant, Sanchez a dit :

oula oui je voulais dire "un seul type" (ddATP etc) dsl pour la confusion, imagine qu'on mette 4 pauvres molécules dans des tubes mdr la gueule de l'expérience

C’est bien ce que je pensais mais bon on sait jamais, mieux vos prévenir maintenant au cas ou.

[lisa_l]

Bonjour, je n'ai pas très bien compris l'item A du QCM 2, je ne pense pas qu'il faille se fier au gel d'électrophorèse car pour moi on ne peut pas savoir la taille exacte seulement par cette lecture.. je pense donc qu'il faut utiliser les plasmides du QCM 1 ( en créant le recombiné ) mais je n'arrive pas à trouver 2200 et 4200..quelqu'un pourrait m'expliquer ? 

 

Merci d'avance

[Bistourire]

Hello, 

pour le QCM 8B il est indiqué qu’un AC reconnaissant l’actine permet de s’assurer que des memes quantités de protéines ont été ajoutées en Western Blot. Il me semblait cependant que le Western Blot était une analyse qualitative et non quantitative et donc permettait plutôt de savoir si l’échantillon était bien présent pour l’analyse… est ce que le Western Blot a réellement des aptitudes quantitatives ?

 

Edited February 5, 2024 by Youpi

[Vector]

Il y a 1 heure, Le_Marin_d_Iroise a dit :

Bonjour petite question sur le qcm 3 item A je pensais que c'était 1 ddNTP et pas "des " ddNTP qui étaient nécessaires. je ne sais pas si j'ai bien compris ou si c'est une errata

 

 

Hey @Le_Marin_d_Iroise !

 

Ici le pluriel signifie qu'il te faut plusieurs ddNTP (et pas un seul sinon on irait pas loin). Mais pour un séquençage selon Sanger, on a bien besoin des 4 types de ddNTP différents dans 4 tubes différents. Donc pour un séquncage selon Sanger il faut des ddATP, des ddTTP, des ddCTP et des ddGTP (je te renvoie à la correction du QCM).

 

J'espère que c'est plus clair 

La tutobise

 

(ahaaaa je viens de voir que vous aviez déjà répondu, bien joué !!)

Edited February 5, 2024 by Vector

[Vector]

il y a 40 minutes, lisa_l a dit :

Bonjour, je n'ai pas très bien compris l'item A du QCM 2, je ne pense pas qu'il faille se fier au gel d'électrophorèse car pour moi on ne peut pas savoir la taille exacte seulement par cette lecture.. je pense donc qu'il faut utiliser les plasmides du QCM 1 ( en créant le recombiné ) mais je n'arrive pas à trouver 2200 et 4200..quelqu'un pourrait m'expliquer ? 

 

Merci d'avance

 

Hey @lisa_l !

 

Je te met en pj le plasmide qu'on obtient après digestion de pABD et PDEF par EcoR1 (disponible dans la correction de la colle).

On voit que ce plasmide possède 2 sites de restriction Xho1, donc après digestion on aura 2 fragments :

- un fragment de la position 950 à la position 3150 -> soit un fragment de 3150-950 = 2200pb

- un fragment qui contient tout le reste du plasmide (de la position 3150 à la position 950 en passant par l'origine)-> soit un fragment de 6400-2200 = 4200pb

 

J'espère que c'est plus clair !

La tutobise

[Lulu_le_Fou]

Il y a 1 heure, Youpi a dit :

Hello, 

pour le QCM 8B il est indiqué qu’un AC reconnaissant l’actine permet de s’assurer que des memes quantités de protéines ont été ajoutées en Western Blot. Il me semblait cependant que le Western Blot était une analyse qualitative et non quantitative et donc permettait plutôt de savoir si l’échantillon était bien présent pour l’analyse… est ce que le Western Blot a réellement des aptitudes quantitatives ?

 

Salut ! 

 

Alors oui le WB reste principalement qualitatif, néanmoins avec la "largeur de la tâche noire", on peut quand même y voir des propriétés quantitatives ;) 

Donc oui quelques aptitudes quantitatives selon la largeur et l'intensité de la tâche notamment mais reste globalement qualitatif ! 

 

J'espère que c'est plus clair, bon courage