[ERRATA COLLE 2] Recherche

[Marmotte]

Coucou les gourmands, 

 

On se retrouve aujourd'hui pour le post ERRATA, il concerne la colle du 22 janvier. 

 

Voilà donc le sujet pour discuter des erreurs et des remarques sur le sujet de la colle n°2 en Recherche qui nous seront remontées par la suite ! Alors n'hésitez pas et posez toutes vos questions ! 

 

Bon courage pour cette nouvelle semaine de cours et on se retrouve jeudi pour la permanence en distanciel sur discord. 

Moi quand je me prépare à déguster la magnifique galette 

[mathoulematou]

Bonjour, je me demandais pour le qcm 11.c comment sait on que c’est le volume mort et pas le volume d’elution de albumine ? Je pensais que le volume mort= volume a l’extérieur des billes et le volume elution= volume nécessaire pour que les protéines traversent. Donc pour moi le volume a t1 était le volume d’elution de l’albumine, j’ai du mal à comprendre 

merci ! 

[Sanchez]

bonjour, ce n'est pas un errata mais je ne comprend pas à l'item C qcm 6, comment le fait de couper le plasmide recombinant permettait de vérifier le bon sens d'insertion du fragment sur le receveur ?

à l’instant, mathoulematou a dit :

Bonjour, je me demandais pour le qcm 11.c comment sait on que c’est le volume mort et pas le volume d’elution de albumine ? Je pensais que le volume mort= volume a l’extérieur des billes et le volume elution= volume nécessaire pour que les protéines traversent. Donc pour moi le volume a t1 était le volume d’elution de l’albumine, j’ai du mal à comprendre 

merci ! 

volume mort c'est le volume d'élution nécessaire pour que les plus grosses protéines, donc les 1eres, sortent

[Lulu_le_Fou]

Coucou !

 

- Oui @mathoulematou je suis d'accord avec l'explication de @Sanchez pour le volume mort ;) 

 

- Pour l'item C QCM 6 : 

Enfaite en coupant avec HindIII, on va avoir des morceaux différents selon le sens d'insertion de la séquence d'intérêt puisque selon le sens les distances en paires de bases ne sont pas les mêmes entre les divers sites de coupure : 

 

1er sens (le bon = le début de la séquence de l'ADNc à coté du promoteur) quand :

 On va avoir un fragment de 200 pb et le deuxième (4050 - 200) 3850 

 

2eme sens (cette fois avec le début de la séquence de l'ADNc tout à  la fin)

Un fragment de 600 pb et 3450 pb 

 

voilà c'est plus clair ou pas ducoup ? 

 

Bon courage ! 

[1Biscotte]

salut,
pour la 12 B, je ne vois pas comment on peut savoir que ecoR1 est au milieu.

(Sans la taille du gène)

Edited January 22, 2024 by 1Biscotte

[Lulu_le_Fou]

il y a 7 minutes, 1Biscotte a dit :

salut,
pour la 12 B, je ne vois pas comment on peut savoir que ecoR1 est au milieu.

(Sans la taille du gène)

Salut ! 

 

Alors enfaite quand on regarde le plasmide, on voit sur la séquence que l'on veut insérer (ADNc codant le Béta Globine) qu'il y a un site EcoR1 à 4100. Or les sites BamH1 sont à équidistants de ce site (3600 et 4600), il y a donc 500 pb de chaque côté du site EcoR1, le site EcoR1 est en plein milieu de la séquence d'intérêt ! 

 

C'est plus clair ? 

[1Biscotte]

punaise je suis trop bête enft merci

Edited January 22, 2024 by 1Biscotte

[Lulu_le_Fou]

il y a 2 minutes, 1Biscotte a dit :

ouais mais c'est pas mathématique, c'est que à peu près... (s'il le faut EcoR1 il est à 501 bases de bamh1 :( )

ah oui mais non c'est mathématique, sinon on aurait écrit les sites de BamH1 à 3599 ou 4601 des trucs comme ça, donc oui oui tkt le chiffre qui est écrit sur le site de coupure est pile poil !

Je sais pas si j'ai répondu à ta question mais en tout cas on peut considérer ça comme mathématique , entre EcoR1 et BamH1 il y a 500 paires bases tout pile 

 

[1Biscotte]

il y a 2 minutes, Lulu_le_Fou a dit :

ah oui mais non c'est mathématique, sinon on aurait écrit les sites de BamH1 à 3599 ou 4601 des trucs comme ça, donc oui oui tkt le chiffre qui est écrit sur le site de coupure est pile poil !

Je sais pas si j'ai répondu à ta question mais en tout cas on peut considérer ça comme mathématique , entre EcoR1 et BamH1 il y a 500 paires bases tout pile 

 

merci chef

[mathoulematou]

21 minutes ago, Lulu_le_Fou said:

Coucou !

 

- Oui @mathoulematou je suis d'accord avec l'explication de @Sanchez pour le volume mort ;) 

 

 

41 minutes ago, Sanchez said:

volume mort c'est le volume d'élution nécessaire pour que les plus grosses protéines, donc les 1eres, sortent

Dans mon cours, j'ai noté volume mort= volume nécessaire pour exclure les prot supérieure a la limite d'exclusion.

Mais dans ce cas, il nous faut la limite d'exclusion pour savoir si la prot passe ou non dans les pores, dans ce cas son volume d'élution= volume mort, non ? 

[Lulu_le_Fou]

il y a 2 minutes, mathoulematou a dit :

 

Dans mon cours, j'ai noté volume mort= volume nécessaire pour exclure les prot supérieure a la limite d'exclusion.

Mais dans ce cas, il nous faut la limite d'exclusion pour savoir si la prot passe ou non dans les pores, dans ce cas son volume d'élution= volume mort, non ? 

oui voilà c'est ça ici c'est égal pour la protéine la plus grosse, je te joins le schéma (pas besoin de la limite d'exclusion car on sait que la protéine la plus grosse est exclue en premier et nous donne le volume mort)

voici le schéma de la prof : 

https://zupimages.net/viewer.php?id=24/04/98x5.png

 

Voilàà je sais pas si c'est clair, mais le volume mort correspond toujours à la première protéine (celle qui est exclue)

Avec absence d'une première protéine qui est exclue et donc absense de volume mort, l'interprétation des résultats du chromatographie d'exclusion devient compliqué ! 

[Naëlatence]

Salut,

à propos de l’item C du qcm 7, comment sommes nous sensés savoir que la prot R-ECH est présente naturellement dans les reins de rats, car après avoir relu les énonces des qcms 4,5,6 et 7 c’est marqué nul part… du coup on peut aussi bien supposer que c’est présent naturellement, que le fait que c’est une erreur de manipulation étant donné que l’item dit « il y a sans doute » dans le sens de la supposition ?

Merci d’avance pour vos explications !

[Flyingspaghettimonster]

Salut !

J'ai des questions pour la 4B et la 4E:

 

4B "Un promoteur eucaryote constitutif permet au gène de qui le suit d'être exprimé dans toute les cellules eucaryotes génétiquement modifiables" Je suis d'accord avec l'idée de l'item mais est-ce qu'on devrait pas plutôt dire "modifié" ? parce que la cellule a beau être modifiable, si on ne la modifie pas elle n'exprimera pas le gène. Ou alors c'est parce que on sous-entend dans l'énoncé qu'on parle d'un rat transgénique auquel cas toutes ses cellules modifiables sont modifiées et donc ça marche ?

 

4E "Si l'on isole l'ADNc de la protéine R-ECH à l'aide des enzymes EcoR1 et HindIII, puis que l'on ouvre pERCh-E avec les mêmes enzymes pour l'insérer, on effectue un clonage orienté" Comment on peut faire un clonage orienté sachant qu'il y a plusieurs sites de restrictions autour du gène et donc qu'on ne peut pas être sûr de l'endroit où vont couper les enzymes ? Ou alors cela voudrait dire que les enzymes sont efficaces à 100% et qu'elles coupent partout, mais dans ce cas la je ne comprends pas pourquoi on parle de "taille minimum de plasmide recombinant" à la question 5B, parce que ça sous-entend qu'il existe plusieurs tailles de plasmide recombinant possibles

 

 

[PASSocio]

Slt je n'ai pas compris pourquoi l'item C du QCM 4 est vrai car il peut trés bien avoir intégré le transgène sans pour autant l’exprimer.

[Lulu_le_Fou]

il y a 51 minutes, Naëlatence a dit :

Salut,

à propos de l’item C du qcm 7, comment sommes nous sensés savoir que la prot R-ECH est présente naturellement dans les reins de rats, car après avoir relu les énonces des qcms 4,5,6 et 7 c’est marqué nul part… du coup on peut aussi bien supposer que c’est présent naturellement, que le fait que c’est une erreur de manipulation étant donné que l’item dit « il y a sans doute » dans le sens de la supposition ?

Merci d’avance pour vos explications !

enfaite s'il y avait une erreur dans la manipulation ou dans le Western Blot, on aurait eu un problème avec la ligne actine ou les autres lignes

Or ici la ligne actine est correcte, cela nous montre qu'il n'y a pas eu de problème à la réalisation du WB, donc que la protéine R-ECH n'est pas là pas hasard dans le rein du rat et qu'elle bien naturellement présente, 

en plus la ligne tfp 1 est aussi cohérente,

effectivement ce n'était pas écrit dans l'énoncé, mais on pouvait supposer que c'était présent naturellement,

 

il y a 49 minutes, Flyingspaghettimonster a dit :

4B "Un promoteur eucaryote constitutif permet au gène de qui le suit d'être exprimé dans toute les cellules eucaryotes génétiquement modifiables" Je suis d'accord avec l'idée de l'item mais est-ce qu'on devrait pas plutôt dire "modifié" ? parce que la cellule a beau être modifiable, si on ne la modifie pas elle n'exprimera pas le gène. Ou alors c'est parce que on sous-entend dans l'énoncé qu'on parle d'un rat transgénique auquel cas toutes ses cellules modifiables sont modifiées et donc ça marche ?

je sais pas si j'ai bien compris ta question mais ici toutes les cellules eucaryotes modifiables ont "ce potentiel" d'exprimer un gène situé après un promoteur eucaryote constitutif, c'est plutôt un item comme une généralité ou défintion,

si j'ai pas répondu à ta question n'hésite pas me l'expliquer ;) 

 

il y a 49 minutes, Flyingspaghettimonster a dit :

4E "Si l'on isole l'ADNc de la protéine R-ECH à l'aide des enzymes EcoR1 et HindIII, puis que l'on ouvre pERCh-E avec les mêmes enzymes pour l'insérer, on effectue un clonage orienté" Comment on peut faire un clonage orienté sachant qu'il y a plusieurs sites de restrictions autour du gène et donc qu'on ne peut pas être sûr de l'endroit où vont couper les enzymes ? Ou alors cela voudrait dire que les enzymes sont efficaces à 100% et qu'elles coupent partout, mais dans ce cas la je ne comprends pas pourquoi on parle de "taille minimum de plasmide recombinant" à la question 5B, parce que ça sous-entend qu'il existe plusieurs tailles de plasmide recombinant possibles

les enzymes coupent tous les sites de restriction, c'est ce qu'on admet, le clonage est orienté dans l'item E car on dit qu'on isole l'ADNc de la protéine R-ECH avec EcoR1 et HindIII, sous entendu que ce qu'on isole a été coupé par EcoR1 ET HindIII (car on a eu besoin des deux pour isoler), donc 2 enzymes différentes == clonage orienté 

Pour le "minimun" c'est vrai que ce mot n'a rien à faire là et on a oublié de faire la modif, néanmoins ça ne donne pas l'item FAUX, car "au minimun" = "au moins" on a un plasmide de cette taille là mais oui y'aura pas de plasmide recombinant avec une taille plus grande à part (et là le mot minimun est correct) si on coupe avec d'autres enzymes (et je pense que c'est ça que sous entendait nos vieux). 

 

il y a 32 minutes, PASSocio a dit :

Slt je n'ai pas compris pourquoi l'item C du QCM 4 est vrai car il peut trés bien avoir intégré le transgène sans pour autant l’exprimer.

Ici on fait de la transgène additive (ovocyte fécondé de rat) donc toutes les cellules ont le transgène et ce dernier s'exprimera dans la peau 

Pour un animal transgénique, toutes les cellules ont le transgène mais l'exprime en fonction du promoteur qui est devant 

 

voilà voilà j'espère que c'est plus clair pour vous ! 

[PASSocio]

Franchement merci bcp Lulu le fou ta réponse est super 

[Flyingspaghettimonster]

il y a 11 minutes, Lulu_le_Fou a dit :

je sais pas si j'ai bien compris ta question mais ici toutes les cellules eucaryotes modifiables ont "ce potentiel" d'exprimer un gène situé après un promoteur eucaryote constitutif, c'est plutôt un item comme une généralité ou défintion,

si j'ai pas répondu à ta question n'hésite pas me l'expliquer ;)

 

les enzymes coupent tous les sites de restriction, c'est ce qu'on admet, le clonage est orienté dans l'item E car on dit qu'on isole l'ADNc de la protéine R-ECH avec EcoR1 et HindIII, sous entendu que ce qu'on isole a été coupé par EcoR1 ET HindIII (car on a eu besoin des deux pour isoler), donc 2 enzymes différentes == clonage orienté 

Pour le "minimun" c'est vrai que ce mot n'a rien à faire là et on a oublié de faire la modif, néanmoins ça ne donne pas l'item FAUX, car "au minimun" = "au moins" on a un plasmide de cette taille là mais oui y'aura pas de plasmide recombinant avec une taille plus grande à part (et là le mot minimun est correct) si on coupe avec d'autres enzymes. 

 

 

Pour la 4B c'est justement que l'item soit une sorte de définition qui me dérange un peu. Si on la suit au sens strict ça veut dire que si on greffe des cellules avec un promoteur constitutif, toutes les cellules modifiables (donc quasi tout l'organisme) va exprimer le gène, alors que c'est pas le cas.

 

Et pour la 4E je comprends mieux merci bcp

[Lulu_le_Fou]

il y a 5 minutes, Flyingspaghettimonster a dit :

Pour la 4B c'est justement que l'item soit une sorte de définition qui me dérange un peu. Si on la suit au sens strict ça veut dire que si on greffe des cellules avec un promoteur constitutif, toutes les cellules modifiables (donc quasi tout l'organisme) va exprimer le gène, alors que c'est pas le cas.

 

Et pour la 4E je comprends mieux merci bcp

Dans litem B

 

On sous entend d'abord que ça "permets" d'exprimer le gène,

Et après c'est dans toutes les cellules génétiquement modifiables,

Donc oui si on transfecte des cellules eucaryoyes modifiables, le promoteur constitutif "permet" d'exprimer le gène, mais en théorie si on prend n'importe quelle cellule eucaryote génétiquement modifiable, on peut lui permettre d'exprimer le gène 

 

Je sais pas si mon explication est claire ?

[Flyingspaghettimonster]

il y a 20 minutes, Lulu_le_Fou a dit :

Dans litem B

 

On sous entend d'abord que ça "permets" d'exprimer le gène,

Et après c'est dans toutes les cellules génétiquement modifiables,

Donc oui si on transfecte des cellules eucaryoyes modifiables, le promoteur constitutif "permet" d'exprimer le gène, mais en théorie si on prend n'importe quelle cellule eucaryote génétiquement modifiable, on peut lui permettre d'exprimer le gène 

 

Je sais pas si mon explication est claire ?

Oui je comprends mieux c'est le sens du mot "toutes" que j'ai interprété différemment. Je l'avais compris dans le sens "l'ensemble des cellules" alors que c'était plutôt "tout les types de cellules"

 

Merci pour tes explications

[Sanchez]

Il y a 1 heure, Naëlatence a dit :

« il y a sans doute »

sans doute = avec certitude or on en sait rien justement comme tu l'as dit

[lenadénine]

Bonjour, 

Est-ce que dans le QCM5, item D, on le compte vrai car on utilise la même enzyme (BamH1)?

Mercii d’avance

[Naëlatence]

il y a 9 minutes, Sanchez a dit :

sans doute = avec certitude or on en sait rien justement comme tu l'as dit

Eh beh du coup ça prête à confusion car dans le langage courant sans doute est utilisé pour exprimer une supposition et non une certitude

[Sanchez]

il y a 4 minutes, Naëlatence a dit :

exprimer une supposition et non une certitude

perso je l'utilise pas commme ça mais dans le sens strict c'est qu'il y a 0 doutes donc 100% sûr, ce qui est pas le cas dans l'item

[yrr]

salut,

 

pour le QCM 7, je n'arrive pas à comprendre pourquoi l'item E est vrai...pour moi ici ce n’était pas le foie mais le rein

 

merci

[Lulu_le_Fou]

il y a 29 minutes, Flyingspaghettimonster a dit :

Oui je comprends mieux c'est le sens du mot "toutes" que j'ai interprété différemment. Je l'avais compris dans le sens "l'ensemble des cellules" alors que c'était plutôt "tout les types de cellules"

 

Merci pour tes explications

oui voilà c'est tous les types de cellules ;) 

 

il y a 16 minutes, Naëlatence a dit :

Eh beh du coup ça prête à confusion car dans le langage courant sans doute est utilisé pour exprimer une supposition et non une certitude

de toute façon ici peu importe sa valeur, l'item serait FAUX, néanmoins nous essayerons de ne pas utiliser "sans doutes" par la suite car c'est vrai ça porte à confusion

il y a 19 minutes, lenadénine a dit :

Bonjour, 

Est-ce que dans le QCM5, item D, on le compte vrai car on utilise la même enzyme (BamH1)?

Mercii d’avanc

oui voilà c'est ça 

il y a 10 minutes, yrr a dit :

pour le QCM 7, je n'arrive pas à comprendre pourquoi l'item E est vrai...pour moi ici ce n’était pas le foie mais le rein

 

merc

Dans le rein la protéine ERCH est exprimé naturellement, donc pas besoin de mettre un promoteur spécifique rein mais pour la faire exprimer dans le foie il faut au moins un promoteur spécifique foie,

 

Est ce que c'est plus clair ?

 

Bon courage à tous et bravo pour avoir réalisé cette deuxième colle !!