[ERRATA COLLE 8] Biochimie

[Marmotte]

Coucou les soldats,  

 

Voici le post des erratas de la colle du 20 novembre !

Voilà donc le sujet pour discuter des erreurs et des remarques sur le sujet de la colle n°8 en Biochimie qui nous seront remontés par la suite ! Alors n'hésitez pas et posez toutes vos questions !

 

On continue sur une cette nouvelle tradition avec un échantillon du magnifique QCM40 de notre @Lulu_la_tortue nationale, qui c'est une fois encore démenée pour nous et vous faire rire !

Révélation

Que dit un chimiste quand il réussit une réaction ? "Je suis dans mon élément" 

 

Bonne journée à tous et à jeudi pour la perm en amphi 1 comme d'habitude ! 

 

PS: N'oubliez pas que les formations de pharmacocinétique et de Chimie cette semaine  Pour plus d'infos vous avez les bannières juste en haut du forum !

[Gaétang]

Bonjour et déjà merci pour la colle.  Pour le qcm 19 item C : il n'y a que 2 ATP qui proviennent du cycle de Krebs pas 4 donc je vois pas comment ça peut être vrai ?

Pour l'item D Je comprends pas non plus ? la Glycolyse à strictement parler permet de générer 2 ATP, le cylcle de Krebs, qu'un seul. Même en considérant tout la chaine en prenant en compte la respiration cellulaire pour les deux, la glycolyse produit plus d'ATP dans tous les cas

[bast31]

3 minutes ago, Gaétang said:

Bonjour et déjà merci pour la colle.  Pour le qcm 19 item C : il n'y a que 2 ATP qui proviennent du cycle de Krebs pas 4 donc je vois pas comment ça peut être vrai ?

Pour l'item D Je comprends pas non plus ? la Glycolyse à strictement parler permet de générer 2 ATP, le cylcle de Krebs, qu'un seul. Même en considérant tout la chaine en prenant en compte la respiration cellulaire pour les deux, la glycolyse produit plus d'ATP dans tous les cas

Je comprends pas non plus (t'es rapide).

[lukha]

Salut @Gaétang @bast31 :)

 

Pour le QCM 19 item C, il y a un errata. Il faut lire : "32 ATP dont 2 proviennent directement du cycle de Krebs."

Pour le QCM 19 item D, je te mets la correction de la colle : le cycle de Krebs permet l'obtention uniquement de 2 ATP. Par contre , il permet la synthèse de molécules réduites, qui en s'oxydant via les phosphorylations oxydantes généreront de l'ATP : 6 NADH = 6 x 2,5 = 15 ATP et 2 FADH2 = 2 x 1,5 = 3 ATP. On a donc au total 20 ATP. La glycolyse permet de produire 2 ATP et 2 molécules de NADH, H+ (= 5 ATP) et la pyruvate déshydrogénase qui produit aussi 2 NADH, H+ (= 5 ATP).

La somme totale des ATP donne bien 32. 

[Gaétang]

il y a 8 minutes, lukha a dit :

Salut @Gaétang @bast31 :)

 

Pour le QCM 19 item C, il y a un errata. Il faut lire : "32 ATP dont 2 proviennent directement du cycle de Krebs."

Pour le QCM 19 item D, je te mets la correction de la colle : le cycle de Krebs permet l'obtention uniquement de 2 ATP. Par contre , il permet la synthèse de molécules réduites, qui en s'oxydant via les phosphorylations oxydantes généreront de l'ATP : 6 NADH = 6 x 2,5 = 15 ATP et 2 FADH2 = 2 x 1,5 = 3 ATP. On a donc au total 20 ATP. La glycolyse permet de produire 2 ATP et 2 molécules de NADH, H+ (= 5 ATP) et la pyruvate déshydrogénase qui produit aussi 2 NADH, H+ (= 5 ATP).

La somme totale des ATP donne bien 32. 

si on réfléchi comme ça la glycolyse permet la formation de 2 pyruvate aussi, substrat du cycle de Krebs donc si on compte tout la glycolyse produit plus d'ATP que le cycle de Krebs

[lukha]

il y a 34 minutes, Gaétang a dit :

si on réfléchi comme ça la glycolyse permet la formation de 2 pyruvate aussi, substrat du cycle de Krebs donc si on compte tout la glycolyse produit plus d'ATP que le cycle de Krebs

En fait il aurait fallu lire : glycolyse anaérobie

L'item et un peu mal posé d'où l'ambiguïté je suis d'accord avec toi, je pense que l'item va être modifié ou annulé. 

Edited November 20, 2023 by lukha

[C'estPASSimple]

Bonjour, je ne comprends pas comment lire la chromatographie du QCM 14, je ne sais pas par où commencé, est-ce qu'on lit de gauche à droite, de haut en bas ? Comment on sait quelle tache appartient à quelle molécule ? 

[Claralh]

il y a 9 minutes, lukha a dit :

L'item et un peu mal posé

Après en cours la prof a bien précisé que lorsqu’on parlait de glycolyse c’était anaérobie..

[Gaétang]

il y a 5 minutes, Claralh a dit :

Après en cours la prof a bien précisé que lorsqu’on parlait de glycolyse c’était anaérobie..

non

[Bastitine]

20 minutes ago, Claralh said:

Après en cours la prof a bien précisé que lorsqu’on parlait de glycolyse c’était anaérobie..

Bonsoir non

[Claralh]

Alors vraiment je peux me tromper mais j’avais bien noté qu’elle avait précisé que lorsqu’on parlait spécifiquement de glycolyse c’était pour le mécanisme anaérobie (la « vraie glycolyse », jusqu’au stade lactate ou pyruvate) et que lorsqu’on voulait parler de la partie aérobie on précisait « glycolyse aérobie »… Après c’est pas grave à mon avis au concours ça sera précisé et y’aura pas d’ambiguïté…

[JadLeRepenti]

il y a 10 minutes, Claralh a dit :

Alors vraiment je peux me tromper mais j’avais bien noté qu’elle avait précisé que lorsqu’on parlait spécifiquement de glycolyse c’était pour le mécanisme anaérobie (la « vraie glycolyse », jusqu’au stade lactate ou pyruvate) et que lorsqu’on voulait parler de la partie aérobie on précisait « glycolyse aérobie »… Après c’est pas grave à mon avis au concours ça sera précisé et y’aura pas d’ambiguïté…

Oui moi aussi tqt pas elle a même précisé que quand on parlait de glycolyse aérobie CT un abus de langage pour parler de la respiration EN ENTIER

Il y a 2 heures, Marmotte a dit :

Coucou les soldats,  

 

Voici le post des erratas de la colle du 20 novembre !

Voilà donc le sujet pour discuter des erreurs et des remarques sur le sujet de la colle n°8 en Biochimie qui nous seront remontés par la suite ! Alors n'hésitez pas et posez toutes vos questions !

 

On continue sur une cette nouvelle tradition avec un échantillon du magnifique QCM40 de notre @Lulu_la_tortue nationale, qui c'est une fois encore démenée pour nous et vous faire rire !

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Que dit un chimiste quand il réussit une réaction ? "Je suis dans mon élément" 

 

Bonne journée à tous et à jeudi pour la perm en amphi 1 comme d'habitude ! 

 

PS: N'oubliez pas que les formations de pharmacocinétique et de Chimie cette semaine  Pour plus d'infos vous avez les bannières juste en haut du forum !

La 20 A est fausse non d'ailleurs ? C un acyl coA dans la matrice d'ailleurs la 20 E il a dit que y avait une ambiguïté dans la littérature que même lui savait pas et qu'il nous interrogerai pas dessus dcp voilà JSP si c judicieux de pas l'annuler 

Edited November 20, 2023 by shrekito

[Bastitine]

8 minutes ago, Claralh said:

Alors vraiment je peux me tromper mais j’avais bien noté qu’elle avait précisé que lorsqu’on parlait spécifiquement de glycolyse c’était pour le mécanisme anaérobie (la « vraie glycolyse », jusqu’au stade lactate ou pyruvate) et que lorsqu’on voulait parler de la partie aérobie on précisait « glycolyse aérobie »… Après c’est pas grave à mon avis au concours ça sera précisé et y’aura pas d’ambiguïté…

En vrai je suis d'accord mais ça ne change rien au fait que la glycolyse produit plus d'ATP que le cycle de Krebs en lui même (il manque un "après passage par la chaîne respiratoire" pour être plus clair).Je suis aussi d'accord (d'après ce qu'on nous dit) qu'il n'y aura pas d'ambiguïté au concours.

[Nonooo]

Il y a 1 heure, shrekito a dit :

La 20 A est fausse non d'ailleurs ? C un acyl coA dans la matrice

Attention à ne pas te mélanger les idées. Pour rappel la bêta-oxydation commence bien avec de l'acyl-CoA mais une fois dans la matrice mitochondriale (grâce au passage effectué par les carnitine) l'acyl-Coa est converti en acétyl-CoA. Donc l'item est bien vrai.

 

J'espère que c'est plus clair.

[elias_rjs]

Pour le qcm 19 C du coup c'est faux on est d'accord

Il y a 3 heures, lukha a dit :

Salut @Gaétang @bast31 :)

 

Pour le QCM 19 item C, il y a un errata. Il faut lire : "32 ATP dont 2 proviennent directement du cycle de Krebs."

Pour le QCM 19 item D, je te mets la correction de la colle : le cycle de Krebs permet l'obtention uniquement de 2 ATP. Par contre , il permet la synthèse de molécules réduites, qui en s'oxydant via les phosphorylations oxydantes généreront de l'ATP : 6 NADH = 6 x 2,5 = 15 ATP et 2 FADH2 = 2 x 1,5 = 3 ATP. On a donc au total 20 ATP. La glycolyse permet de produire 2 ATP et 2 molécules de NADH, H+ (= 5 ATP) et la pyruvate déshydrogénase qui produit aussi 2 NADH, H+ (= 5 ATP).

La somme totale des ATP donne bien 32. 

 

[lukha]

Il y a 2 heures, lisaaa.19 a dit :

Bonjour, je ne comprends pas comment lire la chromatographie du QCM 14, je ne sais pas par où commencé, est-ce qu'on lit de gauche à droite, de haut en bas ? Comment on sait quelle tache appartient à quelle molécule ? 

Salut @lisaaa.19 :)

 

Alors en premier faut que tu regardes à quoi correspond A, B, C et D. C'est facile, ils sont donnés dans l'énoncé ;) Si besoin, tu peux te les noter sur le sujet sous chaque lettre pour faciliter la compréhension. 

 

Y nous est donné dans l'énoncé (fastoche)

 

Concernant le second tiret de l'énoncé, on sait qu'on obtient le même produit après l'action de B ou de D.

•  Donc au niveau de X, les deux traits noirs qui sont sur le même niveau en B et en D sont de l'acide arachidonique (car formation de prostaglandines à partir de la COX).
• ATTENTION, il ne faut pas les mélanger : 

L'acide arachidonique dans la colonne B correspond à l'action de la PLA2 sur le composé Y (qui est un diacylglycérophospholipide) alors que l'acide arachidonique dans la colonne D provient de l'action d'une céramidase. Pour rappel la céramidase permet de cliver (dans une céramide) la sphingosine et l'acide gras (l'AG ici est l'acide arachidonique). Donc X est une céramide, et le trait en dessous de l'acide arachidonique dans la colonne D est une sphingosine. 

•  Toujours dans la colonne B, la PLA2 clive le diacylglycérophospholipide en acide arachidonique (comme on a vu plus haut) + un lysophospholipide que l'on retrouve au même niveau que le composé Z. Donc le composé Z est aussi un lysophospholipide --> d'où la tâche plus grosse.
• L'action de la PLC sur le composé Y (qui pour rappel est un diacylglycérophospholipide) libère la partie polaire (PO4). On se retrouve donc avec un diglycéride qui va migrer le plus loin car c'est le plus hydrophobe. Il correspond donc au trait noir au-dessus de la céramide dans la colonne C.

En espérant que ce soit plus clair pour toi :)

[roomy]

il y a 23 minutes, elias_rjs a dit :

Pour le qcm 19 C du coup c'est faux on est d'accord

 

Oui @elias_rjs c'est bien FAUX, c'est une errata. Cela aurait été vrai comme a dit @lukha si l'item était "Une molécule de glucose dégradée dans les conditions aérobies génère 32 ATP dont 2 proviennent directement du cycle de Krebs"

 

Edited November 20, 2023 by roomy

[JadLeRepenti]

il y a 46 minutes, Nonooo a dit :

Attention à ne pas te mélanger les idées. Pour rappel la bêta-oxydation commence bien avec de l'acyl-CoA mais une fois dans la matrice mitochondriale (grâce au passage effectué par les carnitine) l'acyl-Coa est converti en acétyl-CoA. Donc l'item est bien vrai.

 

J'espère que c'est plus clair.

Bah je me mélange pas les idées dcp on peut pas dire qu'elle commence avc un acide gras dans la matrice vue que c un acylcoA

[roomy]

il y a une heure, shrekito a dit :

Bah je me mélange pas les idées dcp on peut pas dire qu'elle commence avc un acide gras dans la matrice vue que c un acylcoA

Oui je suis d'accord avec toi, c'est vrai que l'item est un peu mal posé.

 

Ce qui est sous-entendu ici c'est qu'en premier lieu, on a une étape d'activation qui permet de transformer les AG (à longues chaînes, car les autres peuvent traverser) en acyl-CoA grâce à l'enzyme acyl-CoA synthétase. Cet acyl-CoA sera transféré dans la matrice mitochondriale et il y aura toutes les étapes de la bêta oxydation. 

Mais en soit les premiers "substrats" sont bien les AG, qui une fois activés en acyl-CoA, vont dans la matrice mitochondriale (grâce à la carnitine notamment) où se déroule la bêta-oxydation. 

 

Je suis malgré tout d'accord avec toi sur le fait que l'item aurait pu être posé différemment. 

Edited November 20, 2023 by roomy

[ElCassoulet]

@roomy @shrekito

N'ayons pas peut des mots, la correction est erronée car l'item aurait dû être noté faux sachant qu'on précise qu'on utilise la matrice comme référentiel; ça aurait pu être compté juste à une échelle cellulaire, plus vague.

 

Pour l'item E par contre, il n'y a rien de contradictoire avec votre cours, la CPT I est bien dans la matrice mitochondriale externe; là où Mr. Levade fait parvenir une incertitude, c'est par rapport au versant cellulaire desservi par l'activité de la CPT I, si l'action se fait plutôt coté cytosol ou plutôt coté espace intermembranaire; l'item E ne doit donc pas être annulé.

 

Et attention par contre roomy, les acides gras à très longue chaine ne sont pas catabolisés dans la mitochondrie mais dans le peroxysome...

Edited November 20, 2023 by ElCassoulet

[roomy]

il y a 3 minutes, ElCassoulet a dit :

@roomy @shrekito

N'ayons pas peut des mots, la correction est erronée car l'item aurait dû être noté faux sachant qu'on précise qu'on utilise la matrice comme référentiel; ça aurait pu être compté juste à une échelle cellulaire, plus vague.

 

Pour l'item E par contre, il n'y a rien de contradictoire avec votre cours, la CPT I est bien dans la matrice mitochondriale externe; là où Mr. Levade fait parvenir une incertitude, c'est par rapport au versant cellulaire desservi par l'activité de la CPT I, si l'action se fait plutôt coté cytosol ou plutôt coté espace intermembranaire; l'item E ne doit donc pas être annulé.

 

Et attention par contre roomy, les acides gras à très longue chaine ne sont pas catabolisés dans la mitochondrie mais dans le peroxysome...

Oui petite erreur de ma part sur le « très » je viens de le modifier et de m’en rendre compte après coup, merci 

[C'estPASSimple]

Il y a 1 heure, lukha a dit :

Salut @lisaaa.19 :)

 

Alors en premier faut que tu regardes à quoi correspond A, B, C et D. C'est facile, ils sont donnés dans l'énoncé ;) Si besoin, tu peux te les noter sur le sujet sous chaque lettre pour faciliter la compréhension. 

 

Y nous est donné dans l'énoncé (fastoche)

 

Concernant le second tiret de l'énoncé, on sait qu'on obtient le même produit après l'action de B ou de D.

•  Donc au niveau de X, les deux traits noirs qui sont sur le même niveau en B et en D sont de l'acide arachidonique (car formation de prostaglandines à partir de la COX).
• ATTENTION, il ne faut pas les mélanger : 

L'acide arachidonique dans la colonne B correspond à l'action de la PLA2 sur le composé Y (qui est un diacylglycérophospholipide) alors que l'acide arachidonique dans la colonne D provient de l'action d'une céramidase. Pour rappel la céramidase permet de cliver (dans une céramide) la sphingosine et l'acide gras (l'AG ici est l'acide arachidonique). Donc X est une céramide, et le trait en dessous de l'acide arachidonique dans la colonne D est une sphingosine. 

•  Toujours dans la colonne B, la PLA2 clive le diacylglycérophospholipide en acide arachidonique (comme on a vu plus haut) + un lysophospholipide que l'on retrouve au même niveau que le composé Z. Donc le composé Z est aussi un lysophospholipide --> d'où la tâche plus grosse.
• L'action de la PLC sur le composé Y (qui pour rappel est un diacylglycérophospholipide) libère la partie polaire (PO4). On se retrouve donc avec un diglycéride qui va migrer le plus loin car c'est le plus hydrophobe. Il correspond donc au trait noir au-dessus de la céramide dans la colonne C.

En espérant que ce soit plus clair pour toi :)

Mais qu'est-ce qu'on lit de gauche à droite ? Est ce qu'il y a un lien de gauche à droite pour chaque molécule (genre Z n'a que des traits pour A B C D au meme niveau donc c'est un lyso ?) ou est ce que ca n'a rien avoir et il faut juste lire de bas en haut ?

[pothos]

bonsoir,

à propos de l'item A de QCM 15, je ne comprends pas pourquoi on lis 1/S = -100.10³ pour la courbe A. 

Même si il n'y a pas de graduation dans les négatifs j'avais mesuré que la distance entre le point et l'ordonnée était la même qu'avec +200 ce qui rendrait l'item vrai. La lecture de -100 correspondrait plus à la courbe B non ? 

merci beaucoup pour cette colle :)

bonne journée 

[Gaétang]

il y a une heure, ElCassoulet a dit :

@roomy @shrekito

N'ayons pas peut des mots, la correction est erronée car l'item aurait dû être noté faux sachant qu'on précise qu'on utilise la matrice comme référentiel; ça aurait pu être compté juste à une échelle cellulaire, plus vague.

 

Pour l'item E par contre, il n'y a rien de contradictoire avec votre cours, la CPT I est bien dans la matrice mitochondriale externe; là où Mr. Levade fait parvenir une incertitude, c'est par rapport au versant cellulaire desservi par l'activité de la CPT I, si l'action se fait plutôt coté cytosol ou plutôt coté espace intermembranaire; l'item E ne doit donc pas être annulé.

 

Et attention par contre roomy, les acides gras à très longue chaine ne sont pas catabolisés dans la mitochondrie mais dans le peroxysome...

Après le prof dans le cours parle de beta oxydatio des ACIDES GRAS pour l'hélice de Lynen (dans la mitochondries) donc bon ...

[lukha]

Il y a 1 heure, lisaaa.19 a dit :

Mais qu'est-ce qu'on lit de gauche à droite ? Est ce qu'il y a un lien de gauche à droite pour chaque molécule (genre Z n'a que des traits pour A B C D au meme niveau donc c'est un lyso ?) ou est ce que ca n'a rien avoir et il faut juste lire de bas en haut ?

Il faut que tu prennes chaque molécule de départ (X, Y, Z) et que tu regardes si y a des changements dans les colonnes A, B, C ou D. Par exemple le composé X reste intact dans les colonnes A, B et C (trait noir de même niveau) alors que dans la colonne D, il est absent. Donc pour lire la chromatographie, tu peux faire de plusieurs manières, soit tu lis par ligne (ici X, Y, Z), soit tu lis par colonne (ici A, B, C, D) tout en faisant attention à l'énoncé qui peut t'aider à déduire les molécules.