[ERRATA COLLE N°4] Recherche

[Stan]

Bonjour mes troubadours d'amour, 

 

Voici le post pour discuter des errata sur le sujet de recherche du 30/01.

 

N'oubliez pas le le stand des résultats en présentiel devant les amphis jusqu'à 14h et sinon via discord !

Vous êtes réellement des warriors, on vous le dit souvent et on le pense à chaque fois.

Plein de tutobisous 

[SeigneurDesAnnales]

Bonjour,

Il me semble avoir remarqué plusieurs ERRATA. Pour le premier QCM je dirais que la B est fausse car on vue de la masse de BIP il faudrait que son abscisse soit d'environ 3,5 or si on regarde l'axe des abscisses le point 2 ne correspond pas.

Pour le QCM 6, je ne comprend pas en quoi la correction va à l'encontre de la proposition, ils ne récupéreront pas uniquement les plasmides recombinants mais ils pourront les isoler du reste des bactéries qui non pas de plasmide.

Pour le 7)D) je n'ai pas compris la correction..

Pour le 8)D) pour moi c'est complétement faux l'ADN étant chargé négativement il ne peut pas se rapprocher des bornes négatives MAIS uniquement s'en éloigner plus ou MOINS en fonction de sa masse.

Merci beaucoup !

Edited January 30, 2023 by SeigneurDesAnnales

[Mick]

@SeigneurDesAnnales je suis totalement d'accord avec tes errastas sauf éventuellement le 8 D parce que pour moi ça change pas grand chose

[Cassolnousmanque2]

Coucou @SeigneurDesAnnales, 

 

Pour le QCM 1, le but était de voir si vous saviez classer les protéines sur un graphique post élution d’une chromatographie d’exclusion. Après je ne sais pas comment les log ont été calculés. En refaisant les calculs, effectivement je ne retrouve pas les valeurs choisies mais les RM en sauront sûrement plus et t’expliqueront mieux que moi

 

Pour le QCM 6, je suppose que tu fais référence à l’item C. Quand on parle d’isolation ça veut dire « obtenir UNIQUEMENT les bactéries ayant intégré le plasmide recombinant parmi toutes les autres ». Or ici on ne va pas uniquement récupérer celles là, ce qui rend l’item faux 

 

Pour le QCM 7D, quand tu vas insérer ton fragment digéré par Xho1 et Pst1, tu vas réaliser un clonage non orienté. Par conséquent, l’insert ne pourra se mettre que dans un seul sens. L’extrémité 1/2 Xho1 fera face à l’autre extrémité 1/2 Xho1, et parallèlement, l’extrémité 1/2 Pst1 fera face à l’autre extrémité 1/2 Pst1. Ainsi, par rapport à la figure que tu as (pGENE), tu vas devoir retourner ton fragment pour voir comment il s’insère. Tu vois que dans le fragment inséré tu as un terminateur. De part le sens d’insertion du fragment, tu auras un terminateur interposé entre le gène de résistance à la kanamycine sous le contrôle du promoteur eucaryote constitutif et le gène c2S30-01.Est-ce que tu comprends mieux ? 

 

Pour le QCM 8D, je comprends ce que tu veux dire, effectivement les fragments ne s’approcheront pas de l’extrémité négative mais s’en éloigneront forcément. Je ne sais pas ce que les RM choisiront de faire par rapport à cet item. 

[SeigneurDesAnnales]

@Cassolnousmanque2Merci beaucoup 

[Mick]

@Cassolnousmanque2 pour le 7 D si tu coupe l'autre partie alors ça sera dans le bon sens 

et pour la 6 C dans ce cas c'est ambigue car ils précisent qu'ils pourront l'isoler et non pas qu'elle est déjà isolée

[Cassolnousmanque2]

@Mick, tu ne peux pas couper l’autre partie parce qu’il y a la séquence ORI ! Et tu ne peux pas enlever cette séquence ORI, sinon ton plasmide perd ses capacités de réplication ! La seule possibilité d’insertion c’est celle que je t’ai expliquée plus haut 

 

Et pour le 6C, je ne trouve pas ça ambigu parce que la phrase se comprend par « Si….. alors …. » 

L’ampicilline ne va pas te permettre de les isoler. Il faudrait d’autres facteurs c’est pour ça que l’item est faux 

La cause qui est donnée dans l’item ne va pas permettre la conséquence qu’on veut (ici isoler les bactéries recombinantes) 

[barbiedocteur]

Coucou @SeigneurDesAnnales

41 minutes ago, Cassolnousmanque2 said:

En refaisant les calculs, effectivement je ne retrouve pas les valeurs choisies mais les RM en sauront sûrement plus et t’expliqueront mieux que moi

Pour le QCM 1 en effet on a fait un premier graphique puis on a dû faire certaines modifications suite aux remarques de la prof, et après j'ai pas du tout fait gaffe du coup après à ce que les valeurs collent je t'avoue du coup en effet si tu estime les log de BIP et TIC ça colle pas tout à fait avec ce que dit le graphique. Après faut que tu garde en tête qu'on ne te demandera jamais d'estimer un log de tête, ici il faut uniquement raisonner avec la masse moléculaire des protéines et le fait qu'on te dit que le graphique d'élution représenté est celui obtenu pour la solution de 4 protéines. Désolée si ça t'as porté à confusion !

 

Pour le QCM 8 C c'est en effet pas forcément bien formulé il aurai fallu plutôt mettre "les fragments les plus gros sont plus proches du pôle négatif" je vais voir avec @AAAAH ce qu'on fait pour l'item

[Lulu_le_Fou]

 Coucou,

Après cette colle un peu pertubée, 

J'ai quelques remarques :

QCM 4 item B compté faux : Ambiguité non ? car on va séparer 3 protéines qui ne seront pas retenues à 1 qui va rester sur la colonne, donc je vois pas pourquoi l'item est faux d'ailleurs la correction ne le contredit pas puisqu'on sépare bien 3 protéine de 1 et donc on isole 3 protéines de 1, j'ai trouvé que la formulation pouvait porter à confusion

QCM 5 item D : Je vais chipoter sur les mots, mais si le promoteur est en aval donc derrière le gène, le promoteur peut être dans le bon sens
(genre le sens de sa flèche, en gros on peut avoir : gène <-  (la flèche est le promoteur )
puisqu'un plasmide c'est circulaire ?? J'aurais besoin de plus d'explications s'il vous plait

QCM 8 item E compté faux : je comprends pas pourquoi on dit que BAMH1 et Mol aboutit à un clonage non orienté puisque c'est deux enzymes différentes, et aussi pourquoi on pourrait l'insert qui se mettrait dans l'autre sens puisque c'est orienté ?? j'ai besoin de plus d'explications

Révélation

Les pièges d'unités genre kDa et Da QCM 1 puis QCM 6 avec pb et kpb, ça fait rager   Des petits vicieux dans vos rangs, mais on s'en rappellera ! 

 

[barbiedocteur]

6 minutes ago, Lulu_le_fou said:

on sépare bien 3 protéine de 1 et donc on isole 3 protéines de 1, j'ai trouvé que la formulation pouvait porter à confusion

pour le QCM4 je vois ce que tu veux dire, mais pour le coup on en a parlé avec la prof ça et quand elle parle d'isoler des protéines, elle parle toujours des protéines qui restent fixées sur la colonne. 

 

8 minutes ago, Lulu_le_fou said:

si le promoteur est en aval donc derrière le gène, le promoteur peut être dans le bon sens

ouais je vois ce que tu veux dire ben là c'est plus sur le vocabulaire : si on te parle de en aval et en amont c'est qu'on considère que le promoteur est dans un certain sens : en amont ==> en aval

parce que sinon si on commence à considérer que on peut dire ca : en amont <== en aval ben ça sert plus à rien d'utiliser deux mots différents parce qu'ils n'ont plus aucun sens (y a pas de pente sur un plasmide si tu vois ce que je veux dire)

Si on a utilisé ce mot pour loi ça impliquait qu'on connaissait le sens du promoteur, parce que sinon les mots n'ont pas de sens mais je sais pas si mes explications étaient super claires...

11 minutes ago, Lulu_le_fou said:

je comprends pas pourquoi on dit que BAMH1 et Mol aboutit à un clonage non orienté puisque c'est deux enzymes différentes,

Ici on a un clonage non orienté parce que ces deux enzymes sont complémentaires. On vous liste au début de l'énoncé les EDR qui ne sont pas complémentaires c'était pour vous être la puce à l'oreille, et surtout en général, si on te donne les séquences codantes d'EDR ou une électrophorèse comme ici, il faut que tu te pose la question de la complémentarité des enzymes. Donc ici avec un clonage non orienté, en fonction du sens dans lequel se met l'insert, on aura pas le meme vecteur recombinant, donc pas les memes fragments après digestion. Hésite pas à me dire si c'est pas clair

Spoiler

15 minutes ago, Lulu_le_fou said:

Les pièges d'unités genre kDa et Da QCM 1 puis QCM 6 avec pb et kpb, ça fait rager   Des petits vicieux dans vos rangs, mais on s'en rappellera ! 

haha on vous balance qui sont les responsables de ça si vous y mettez le prix

 

[Cassolnousmanque2]

il y a 14 minutes, Lulu_le_fou a dit :

QCM 5 item D : Je vais chipoter sur les mots, mais si le promoteur est en aval donc derrière le gène, le promoteur peut être dans le bon sens
(genre le sens de sa flèche, en gros on peut avoir : gène <-  (la flèche est le promoteur )
puisqu'un plasmide c'est circulaire ?? J'aurais besoin de plus d'explications s'il vous plait

En aval ça fait toujours référence au sens du promoteur 

Si le promoteur est dans ce sens (celui de la flèche) : 

-> gène                     = le gène est en aval du promoteur = le promoteur est en amont du gène 

gène ->                     = le gène est en amont du promoteur = le promoteur est en aval du gène 

<- gène                     = le gène est en amont du promoteur = le promoteur est en aval du gène 

gène <-                     = le gène est en aval du promoteur = le promoteur est en amont du gène 

[Lulu_le_Fou]

il y a 3 minutes, barbiedocteur a dit :

ci on a un clonage non orienté parce que ces deux enzymes sont complémentaires. On vous liste au début de l'énoncé les EDR qui ne sont pas complémentaires c'était pour vous être la puce à l'oreille, et surtout en général, si on te donne les séquences codantes d'EDR ou une électrophorèse comme ici, il faut que tu te pose la question de la complémentarité des enzymes

Merci pour tout le reste, tes explications son parfaites avec @Cassolnousmanque2

Par contre, je viens de relire l'énoncé deux fois et je vois pas où c'est écrit à moins que c'est la dernière phrase qui dit que les enzymes ....... ne sont pas compatibles, mais c'est pas très explicite quand même 

[Cassolnousmanque2]

il y a 5 minutes, Lulu_le_fou a dit :

Par contre, je viens de relire l'énoncé deux fois et je vois pas où c'est écrit à moins que c'est la dernière phrase qui dit que les enzymes ....... ne sont pas compatibles, mais c'est pas très explicite quand même 

Oui c’est pas explicite 

[Wiwii]

Je voudrais vous poser une question concernant le QCM 9 : 

comment savoir d'après le graphe si l'ajout d'un gluant est progressif ou non ? 

et concernant l'item E je ne comprend pas pourquoi le Western Blot ne permettrait pas de révéler la présence de l'Histamine ??

 

Merci :) 

[barbiedocteur]

Coucou @Wiwii

Pour le QCM9 ici c'est juste une question de lecture de graphique : la ligne en pointillé est le diagramme d'élution, elle représente donc la quantité de solution d'élution qu'on met. On voit ici qu'on en a pas au début puis un pic et enfin un plateau : on a donc mis toute la solution d'un coup, ce n'est pas progressif !

Et si un WB permettrait bien de révéler la présence de l'histamine, mais ici on te demande si c'est possible de déterminer la localisation subcellulaire de la protéine par WB. C'est faux, pour déterminer la localisation subcellulaire, on doit utiliser une technique non dénaturante, par immunomarquage par exemple

[dzinthesky]

coucouu @barbiedocteur @Cassolnousmanque2

je pense avoir mal compris comment fonctionne un site de restriction, pour la 7E j'ai mis faux pcq pour moi quand on coupe par HindIII on obtient 3 fragments et pas 2? 

est ce que vous pourriez m'éclaircir ce point svp? merci d'avance :)

[Cassolnousmanque2]

Coucou @dzinthesky, alors avant de résoudre n’importe quel qcm comme celui-ci, entraîne toi à dessiner le plasmide recombinant que tu obtiens. Ce n’est pas une perte de temps et ça te permettra de ne pas te tromper 

Voici le plasmide recombinant que l’on obtient à l’issue de la digestion des deux plasmides par Mbo1 et BamH1 comme indiqué dans l’énoncé :

https://zupimages.net/viewer.php?id=23/07/1rd8.jpeg

 

tu vois qu’il y a 2 sites HindIII donc tu ne pourras avoir que 2 fragments (en bleu et en vert)

 

est ce que c’est plus clair ?

[dzinthesky]

@Cassolnousmanque2 ah mais oui en effet ça saute aux yeux mdrr je vais faire des schémas à partir de mtn mercii