[ERRATA COLLE N°2] Recherche

[Evanninho]

il y a 12 minutes, AAAAH a dit :

par contre la thérapie génique existe et est pratiquée chez l'homme

Oui mais là dans l’exo on parle d’OGM donc c’est de la transgenese et pas de la thérapie génique si ? 

[AAAAH]

Effectivement, il n'y a pas besoin de promoteur pour transformer ou transfecter ! Le promoteur ne permet que la transcription du gène, or la transfection et par extension la transformation est définie comme : "un procédé qui permet d'introduire des acides nucléiques dans les cellules [eucaryotes]". On pourrait juste balancer le gène au milieu de la cellule sans rien autour et ce serait quand même une transfection.

 

Par contre si tu veux que la séquence d'intérêt s'exprime, tu vas avoir besoin d'un promoteur, sinon pas de transcription ! 

il y a 1 minute, Evanninho a dit :

Oui mais là dans l’exo on parle d’OGM donc c’est de la transgenese et pas de la thérapie génique si ? 

On parle de "modification génique" dans le QCM, ceci peut s'appliquer à la transgénèse comme à la thérapie génique.

C'est vrai que dans la thérapie génique on pense souvent que ça ne s'applique qu'au fait de modifier en laboratoire des cellules du patient avant de les réinjecter, mais ça s'applique aussi à la modification in vivo où l'on modifie directement l'organisme du patient.

[agent_P]

saluut @AAAAH la question a peut être été déja posée mais je comprends pas pourquoi la 12A est mise vrai "la réplication d'un plasmide est indépendante du génome de la cellule hote" -> s'il s'agit d'une cellule eucaryote qui a été transfecté, le plasmide ne peut pas se répliquer en principe non ? 

[Wiwii]

Bonjour, stp est-ce que quelqu'un pourrait m'expliquer pourquoi la Qst 20: item A est juste ?? merciiii 

[Cassolnousmanque2]

Coucou @agent_P, 

Par défaut, la réplication des plasmides est bien indépendante de celle de la cellule hôte. Si on réalise une transformation bactérienne, alors le chromosome bactérien se répliquera de son côté et le plasmide aussi (si on s'abstient de parler de toutes les régulations possibles qui pourraient déroger à cette règle là, régulations que vous n'avez pas vues et que vous ne verrez pas donc tu peux oublier)

Si on réalise une transfection eucaryote, souvent on a l'intervention d'un transposon qui permet l'intégration de la séquence plasmique dans le chromosome eucaryote ou alors on modifie l'origine de réplication pour qu'elle soit compatible avec l'environnement eucaryote 

Après, en l'absence de ces informations dans l'énoncé, il me paraissait compliqué de trancher sur cette question 

 

Coucou @Wiwii, 

Sur le plasmide pMIMI tu as 2 sites de restriction pour HindIII. Sur le plasmide pLOULOU, tu as 1 site de restriction pour HindIII contenu dans l'insert 

Quand tu auras pFINAL, tu auras donc 3 sites de restriction pour HindIII, ce qui te donnera après digestion 3 fragments 

[Clémandibule]

Il y a 15 heures, AAAAH a dit :

vous avez fait le cours sur CRISPR-CAS9

la prof en a parlé et c'était sur les diapos

[Lulu_le_Fou]

il y a 5 minutes, ClémembranePlasmique a dit :

ous avez fait le cours sur CRISPR-CAS9

Je rajoute mon grain de sel  :

Alors la prof est passé très vite dessus en cours mais après en CDM en mineures on l'a vu pour ceux qui sont en mineures scientifiques

Voilà donc réponse : OUI et NON ! 

[Cassolnousmanque2]

Je réagis sur ça

il y a 10 minutes, Lulu_le_fou a dit :

Je rajoute mon grain de sel  :

Alors la prof est passé très vite dessus en cours mais après en CDM en mineures on l'a vu pour ceux qui sont en mineures scientifiques

Voilà donc réponse : OUI et NON ! 

Pour les plus perplexes d'entre vous, allez voir ce post j'ai expliqué comment ça fonctionne (sans rentrer dans trop de détails pour ne pas vous embrouiller)

https://forum.tutoweb.org/topic/86963-crispr-cas-9/#comment-463713

[Névraxe]

Bonjour,

 

Juste une petite question pour les items B et C du QCM 20 comptés faux :

Concrètement, l’énoncé précise qu’on transfecte des cellules tumorales de rat, donc je ne comprends pas car selon moi, toutes les cellules transfectées par pFinal vont exprimer la résistance à l’ampicilline et également la protéine p puisqu’il ne s’agit que de cellules tumorales qui sont transfectées, en adéquation avec le promoteur eucaryote tumeur spécifique.

 

Merci ! 

[Cassolnousmanque2]

Coucou @Névraxe

Pour la B je suis d'accord avec toi

L'énoncé est ambigu parce qu'on ne nous dit pas précisément dans quel type de cellules on va l'injecter 

On nous dit juste qu'on veut modifier génétiquement des cellules tumorales mais on ne sait pas si on injecte le vecteur dans toutes les cellules ou seulement dans les cellules tumorales

Dans tous les cas, seules les cellules tumorales exprimeront le gène de résistance à l'ampicilline 

 

Néanmoins, pour la C, pour moi l'item reste faux car on voit bien que les séquences AmpR et celle de la protéine p n'ont pas subi de fusion traductionnelle. Par conséquent, rien ne nous prouve qu'il n'y a pas de codon STOP entre les deux. Donc on ne peut pas dire que toutes les cellules exprimeront la protéine p 

[cpassfacile]

salut, pour l'item D qcm 17 je ne comprend pas comment on trouve 5850pb ?

 

[AAAAH]

il y a une heure, cpassfacile a dit :

salut, pour l'item D qcm 17 je ne comprend pas comment on trouve 5850pb ?

Coucou ! Déjà on commence par calculer la taille du plasmide après insertion par BamH1 et Pst1.

Ici pGFP fait 5200 pdb, à ça tu peux retirer 50 pdb qui se situent entre BamH1 et Pst1 et qui seront donc éliminées lors de l'insertion. Ensuite justement on calcule la taille de l'insert. Sur pPASS, entre BamH1 en 800 et Pst1 en 1500 tu as 1500-800=700 pdb. Le calcul est donc 5200-50+700=5850 pdb.

Ensuite on regarde combien il y a de sites de restriction Xho1 pour voir le nombre de fragments qui seront générés. Ici il y a un site Xho1 sur l'insert et 1 sur pGFP, donc ça donne 2 fragments : un de 230 pdb et un de 5620 pdb, il y a donc un errata ici : l'item reste faux, mais la correction devient "Le plasmide fait 5850 pdb et libère un fragment de 230 pdb et un autre de 5620 pdb lors de la digestion par Xho1"

La correction de l'item laisse sous entendre que l'on génère effectivement un seul fragment mais qu'il fait 5850 plutôt que 5900 pdb, c'est faux. Le plasmide fait effectivement 5850 pdb, mais la digestion par Xho1 génère 2 fragments et non un seul.

[cpassfacile]

@AAAAH ok merci pour ton explication c'est super clair ! 

[Saradiologie_]

Coucou, j'arrive un peu après, mais pour moi l'item B du qcm 19 est faux car si on regarde bien sur le schéma, on voit deux sites où la Noct1 pourrait couper, ce qui ne permettrait pas aux chercheurs d'utiliser les enzymes de restriction Pst 1 et Noct1, pour obtenir pFinal.

Merci bien ! 

[barbiedocteur]

Salut @Sasa_! en effet il y a 2 sites de restriction pour Noct1 mais c'est sur le plasmide pLoulou, soit le plasmide donneur. Sur le plasmide receveur (soit pMimi) il n'y en a qu'un seul, donc ces 2 enzymes peuvent bien être utilisées 

hésite pas à me dire si c'est pas clair :)

[AAAAH]

il y a 7 minutes, cpassfacile a dit :

@AAAAH ok merci pour ton explication c'est super clair !

Avec plaisir !

[AAAAH]

Bon voilà les erratas de cette colle qui ont été envoyés :

 

Item B QCM 17 : L'item reste FAUX, la correction devient "Toutes les cellules n'exprimeront pas la GFP car elle est sous contrôle d'un promoteur tissu spécifique eucaryote"

 

Item B QCM 14 : L'item reste FAUX, la correction devient "On peut utiliser le promoteur et le terminateur présents sur le plasmide receveur"

 

Item D QCM 17 : L'item reste FAUX, la correction devient "Le plasmide fait 5850 pdb et libère un fragment de 230 pdb et un autre de 5620 pdb lors de la digestion par Xho1"

 

Item D QCM 15 : L'item est maintenu, en effet CRISPR-CAS9 a été vu en cours et la prof a confirmé le QCM, donc il est à apprendre

 

Tous les autres items sont maintenus malgré les éventuels difficultés de compréhension dans la formulation.

 

On vous retrouve pour la prochaine colle ! Et cette fois on regardera 6 fois plutôt que 5 

Si vous avez des questions en recherche n'hésitez pas à les poser dans la section recherche, et on espère que vous aurez des résultats qui vous plaisent !

 

Bonne après-midi et bon appétit !

[Thenumber4]

bonjour @Cassolnousmanque2 je ne comprend pas comment on fait pour choisir avec quelle enzymes de restrictions on coupe (entre Pst1 et Ncot 1 ou entre les 2 HindIII)? Qu'est ce qu'on utilise pour le savoir ?

[Cassolnousmanque2]

Coucou @Thenumber4, tu fais référence à quel qcm ? 

Si c'est les qcm 19/20, tu regardes à quel endroit tu veux intégrer ton fragment 

En aval du promoteur eucaryote tumeurs spécifique, tu disposes seulement de sites pour Pst1 et Ncot1. Tu vas donc pouvoir utiliser ces enzymes de restriction là

Par contre, si tu voulais utiliser les deux HindIII, ton fragment serait inséré en aval du terminateur. Donc ton gène codant pour la protéine p ne serait jamais transcrit ni traduit 

Par rapport à ce qu'on te demande dans l'énoncé, on peut donc seulement utiliser Pst1 et Ncot1. 

Tu comprends mieux ? 

[Thenumber4]

@Cassolnousmanque2 oui parfait merci bcp 

[Theflow]

Le 16/01/2023 à 18:49, Mick a dit :

On a pas encore commencer les TD

d'ailleurs on a même pas les EDT des TD 

Salut, si les emplois du temps sont bien là mais pas au bon endroit mdr. 
il faut aller dans information pédagogique et administrative sur moodle puis dans le dossier S2 et la t’as un dossier emploi du temps TD 

ils ont commencés cette semaine 

c’est vrai que c’est plus simple que sur le site de la fac …