Fragments de Peptides

[Ramon]

Bonjour, je n'arrive pas à voir comment on voit après quel AA les peptides se fragmentent. par exemple sur ce QCM de moodle:

 

L'hydrolyse totale acide d'un polypeptide montre la composition suivante: 1 Val +1 Gly +1 Lys +1 Asp +1 Leu +1 Arg +1 Glu. L'hydrolyse par la trypsine du polypeptide libère 3 fragments. La méthode du séquençage d'Edman libère PTH-Val puis PTH-Gly dans le polypeptide entier. La séquence du polypeptide est :

 

A-Val-Gly-Lys-Asp-Leu-Gln-Trp-Arg

B-Val-Gly-Lys-Asp-Leu-Arg-Gln-Trp

C-Val-Glu-Lys-Asp-Leu-Arg-Gln-Trp

D-Val-Gly-Lys-Asp-Leu-Arg-Glu-Trp

E-Val-Gly-Leu-Arg-Glu-Lys-Asp-Trp

 

Ici les réponses vraies sont B,D, et E

Merci d'avance à celui/celle qui prendra le temps de me répondre

[camilledemir]

Salut

Déjà rien qu'avec le sequencage d'edman tu voit que la C est fausse car le deuxième AA est Glutamine au lieu de Glycine. La C était doublement fausse car pour l'hydrolyse acide tu aurais eu 2 Glu car tu aurais eu le Gln qui se serait transformé en Glu plus un autre qui était déjà dans le polypeptide Glu. L'hydrolyse acide n'exclue aucune autre proposition ici.

Alors lorsque tu hydrolyse avec la trypsine tu coupe ton polypeptide après Lys et Arg.  Du coup le A est faux car Arg est le dernier AA donc il n'y a coupure qu'après Lys donc que deux fragments. 

Voilà j'espère avoir été claire bon courage 

[Kikino]

En fait tu dois bien connaitre toutes les techniques présentées par Sixou pour faire ce genre d'exercices, savoir que l'hydrolyse supprime ou modifie des acides aminés par exemple.

 

Pour cet exo, Edman libère le coté N-terminal d'un protéine, donc on te dit que le coté N-ter était composé d'une valine puis d'une glycine. Déjà tu élimines la réponses C.

En suite on prend en compte l'information sur la trypsine qui nous fait éliminer la A, car en coupant derrière une lys ou arg tu n'obtient que deux fragments

[Ramon]

Merci beaucoup à vous deux