Le_caillou_vert Posted November 30, 2022 Share Posted November 30, 2022 Bonjour, alors je sais qu'il y a déjà des posts concernant le pHi des peptides mais j'arrive pas à appliquer les explications, et en particulier à ce QCM et ça commence à m'énerver un peu donc je veux bien une explication si c'est possible Voila le peptide : Met-Lys-Ile-Phe-Ser-Val-Tyr-Ile-Leu-Glu-Gly et voila les données qu'on nous donne : alpha-aminé : 9,3 alpha-carboxylique : 2,1 epsilon-aminé : 10,5 gamma-carboxylique : 4 Voilà, merci beaucoup :) Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Solution Insolence Posted November 30, 2022 Solution Share Posted November 30, 2022 (edited) Coucou @Le_caillou_vert! Peptide étudié : Met-Lys-Ile-Phe-Ser-Val-Tyr-Ile-Leu-Glu-Gly Les AA qui nous intéressent : - Met : parce qu'il est en N terminal. - Gly parce qu'il est en C terminal - Lys et Glu parce qu'ils ont des résidus chargés Les pK utilisés (je les ai classés par ordre décroissant pour faciliter les calcul après) : - Lys : pKr = 10.5 - Met : pKb = 9.3 - Glu : pKr = 4 - Gly : pKa = 2.1 Les charges suivant les pH : - Met : [0 ; 1+] - Gly : [1- ; 0] - Lys : [0 ; 1+] - Glu : [1- ; 0] La charge du peptide varie donc entre 2- et 2+ suivant le pH Si on fait varier le pH : pH < 2.1 : - Met : 1+ - Gly : 0 - Lys : 1+ - Glu : 0 TOTAL = 2+ 2.1 < pH < 4 : - Met : 1+ - Gly : 1- - Lys : 1+ - Glu : 0 TOTAL = 1+ 4 < pH < 9.3 : - Met : 1+ - Gly : 1- - Lys : 1+ - Glu : 1- TOTAL = 0 Ici, le peptide est neutre. Son pHi est donc la moyenne de ces 2 pH : pHi = (4+9.3)/2 = 6.65 C'est plus clair ? Edited November 30, 2022 by Insolence Fabulo 1 Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Le_caillou_vert Posted December 2, 2022 Author Share Posted December 2, 2022 Coucou ! alors déjà je suis désolée de pas avoir répondu plus tôt mais j'avais prévu autre chose dans mon planning et j'ai pas eu le temps de bien m'y replonger avant.. Du coup on est d'accord, pour résoudre ce genre d'exercice, il faut connaitre les structures de tous les acides aminés ? Ou est-ce qu'il y a seulement quelques acides aminés qui sont hyper importants à connaitre et les autres c'est moins graves si on les connait pas parfaitement ? Mais sinon si j'ai bien compris la méthode on identifie les AA chargés ainsi que les AA en N-ter et C-ter (la est-ce que c'est forcément les pk alpha-aminé ou alpha-carboxylique qu'il faut utiliser ou pas du tout) ? Ensuite on identifie les pk à utiliser en fonction des structures des aa ?? Et ensuite j'ai bien compris qu'il fallait classer les AA dans l'ordre des charges en fonction des pH mais j'ai pas trop compris comment t'as fait en fait Et à la fin, une fois que t'as trouvé les pk qui entoure la neutralité tu fais la moyenne des deux pour trouver le pHi du peptide si j'ai bien compris Voilà merci beaucoup pour ton aide <3 Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Insolence Posted December 2, 2022 Share Posted December 2, 2022 (edited) Re @Le_caillou_vert Il y a 3 heures, Le_caillou_vert a dit : Du coup on est d'accord, pour résoudre ce genre d'exercice, il faut connaitre les structures de tous les acides aminés ? Ou est-ce qu'il y a seulement quelques acides aminés qui sont hyper importants à connaitre et les autres c'est moins graves si on les connait pas parfaitement ? Il faut que connaissent surtout la structure des AA chargés. Le plus important à retenir c'est : Acide gluatamique : groupement γ carboxylique Acide aspartique : groupement β carboxylique Lysine : groupement ε-aminé Histidine : noyau imidazole Arginine : noyau guanidium Ca te permet de choisir les pKr utiles dans l'énoncé. Les autres AA n'ont pas de résidus interressants niveau charge donc pas besoin de savoir leur structures pour ce genre d'exercices. Il y a 3 heures, Le_caillou_vert a dit : Mais sinon si j'ai bien compris la méthode on identifie les AA chargés ainsi que les AA en N-ter et C-ter (la est-ce que c'est forcément les pk alpha-aminé ou alpha-carboxylique qu'il faut utiliser ou pas du tout) ? C'est ça : - Si ton AA est N ou C terminal et chargé : tu prends en compte le pKa (C) ou le pKb (N) et le pKr - Si ton AA est N ou C terminal et non chargé : tu prends en compte le pKa (C) ou le pKb (N) - Si ton AA est chargé en milieu de peptide : tu prends en compte le pKr Il y a 3 heures, Le_caillou_vert a dit : Et ensuite j'ai bien compris qu'il fallait classer les AA dans l'ordre des charges en fonction des pH mais j'ai pas trop compris comment t'as fait en fait C'est que de la comparaison Pour un AA acide (chargé négativement au minimum et neutre au maximum ex : un Glu en milieu de peptide ou en Cter): - pK > pH : neutre - pK = pH : neutre - pK < pH : négatif Pour un AA "amphotère" (chargé négativement au minimum et positivement au maximum ex : un Lys en Cter ou un Glu en Nter): - pK > pH : positif - pK = pH : neutre - pK < pH : négatif Pour un AA basique ( neutre au minimum et chargé positivement au maximum ex : un Lys en milieu de peptide ou en Nter) : - pK > pH : positif - pK = pH : neutre - pK < pH : neutre Il faut que tu comprennes bien ce schéma : Il y a 3 heures, Le_caillou_vert a dit : Et à la fin, une fois que t'as trouvé les pH qui entoure la neutralité tu fais la moyenne des deux pour trouver le pHi du peptide si j'ai bien compris C'est exactement ça ! Edited December 2, 2022 by Insonoëlence Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Le_caillou_vert Posted December 2, 2022 Author Share Posted December 2, 2022 Woaw trop bien merci beaucoup ! C'est déjà beaucoup plus clair dans ma tête, mais bon je pense que je vais faire des exercices pour m'entraîner et si j'ai encore des soucis je renverrai un message comme ça je suis sure que j'ai bien compris et que c'est pas juste une impression En tous cas c'est très gentil d'avoir pris le temps de m'expliquer en détails merci :) Insolence 1 Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
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