manombilical Posted November 8, 2022 Share Posted November 8, 2022 (edited) Bonjour, j’ai fait ce QCM d’annales qu’il y avait à la fin du TD de biochimie je ne comprends pas pourquoi les réponses sont A/C et pas juste E?? Pour moi il y a une erreur dans l’énoncé et c’est pas « dont un possède côté N term un aa avec fonction thiol » mais côté C term non? Vu que Cys est à gauche et non pas à droite ? Ou alors j’ai mal compris https://zupimages.net/viewer.php?id=22/45/39ot.jpg merci d’avance :) Edited November 8, 2022 by clvma Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Responsable Matière Solution ElCassoulet Posted November 8, 2022 Responsable Matière Solution Share Posted November 8, 2022 Salut @clvma, je vais reprendre le QCM bout par bout pour que tu comprennes, je pense que tu as raté quelques informations et/ou que tu as du mal à visualiser ta protéine. On va donc pour commencer, reconstituer ce qu'on peut reconstituer de la protéine avec les informations de l'énoncé : Première info : on te dit qu'il s'agit d'un hexamère, on pourrait schématiquement la représenter comme ça donc : https://zupimages.net/viewer.php?id=22/45/xxp9.png Deuxième infos : l'action d'une carboxypeptidase (donc qui coupe l'acide aminé en C-terminal) libère de la leucine -> ça nous permet de donner une orientation au schéma et de commencer à nommer les AA : https://zupimages.net/viewer.php?id=22/45/yvdr.png Troisième info : une aminopeptidase (qui coupe en N-terminal) donne un AA sans carbone asymétrique, c'est la glycine ! On a donc le nom de l'AA en N-ter, on complète le schéma : https://zupimages.net/viewer.php?id=22/45/syls.png Ensuite : l'action de la trypsine donne deux tripeptides (2 molécules de trois AA chacune) ça veut donc dire qu'on a coupé en 2 l'hexapeptide. La trypsine coupe après ( si on considère le sens d'une protéine de n-ter vers c-ter) les AA basiques, on peut donc compléter le schéma : https://zupimages.net/viewer.php?id=22/45/63u9.png On apprend aussi que l'un des deux peptides obtenus possède coté n-ter un AA thiolé, c'est la cystéine : pour t'aider voici comment on orienterais les protéine après action de la trypsine: https://zupimages.net/viewer.php?id=22/45/1qwf.png Tu vois qu'on a qu'une seule possibilité pour placer ta cystéine, puisqu'il n'y a qu'un coté n-ter de dispo : https://zupimages.net/viewer.php?id=22/45/aohy.png Voilà, ensuite on compare avec les possibilités qui nous sont proposées et on trouve bien que seule A et C sont justes. Si tu as du mal à comprendre pourquoi tel ou tel item sont justes ou faux, je pourrais compléter ma réponse. Au plaisir ! sucrecannelle 1 Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
lucide Posted November 8, 2022 Share Posted November 8, 2022 Hello, si on reprend tout: - avec la première info on sait que le dernier AA est une isoleucine donc on a : _ _ _ _ _ ile - avec la seconde info on sait que le premier aa est une glycine donc on a : gly _ _ _ _ ile - avec la dernière info, on a 2 tripeptide après utilisation de la trypsine, étant donné qu'on connait déjà le dernier AA de l'hexapeptide, l'arginine est forcément en 3eme position car la trypsine coupe après : gly _ arg / _ _ ile Et enfin en Nter d'un des tripeptide on a aa avec groupement thiol, la seule place qu'il reste en Nter d'un tripeptide est la 4eme donc l'hexapeptide a cette forme : gly _ arg cys _ ile Les réponses qui correspondent sont bien À et C C'est plus clair ? Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
manombilical Posted November 8, 2022 Author Share Posted November 8, 2022 il y a 9 minutes, ElCassoulet a dit : On apprend aussi que l'un des deux peptides obtenus possède coté n-ter un AA thiolé, c'est la cystéine : pour t'aider voici comment on orienterais les protéine après action de la trypsine: https://zupimages.net/viewer.php?id=22/45/1qwf.png Enfait c’est cette partie que j’avais pas, je pensais qu’on considérait toujours N term et C term par rapport à la molécule de départ mais enfait non! C’était par rapport à ça que j’étais bloquée ! Milles merci :)) !!!! il y a 11 minutes, lucide a dit : Hello, si on reprend tout: - avec la première info on sait que le dernier AA est une isoleucine donc on a : _ _ _ _ _ ile - avec la seconde info on sait que le premier aa est une glycine donc on a : gly _ _ _ _ ile - avec la dernière info, on a 2 tripeptide après utilisation de la trypsine, étant donné qu'on connait déjà le dernier AA de l'hexapeptide, l'arginine est forcément en 3eme position car la trypsine coupe après : gly _ arg / _ _ ile Et enfin en Nter d'un des tripeptide on a aa avec groupement thiol, la seule place qu'il reste en Nter d'un tripeptide est la 4eme donc l'hexapeptide a cette forme : gly _ arg cys _ ile Les réponses qui correspondent sont bien À et C C'est plus clair ? Oui merci! ElCassoulet 1 Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Tuteur camhile Posted December 12, 2022 Tuteur Share Posted December 12, 2022 (edited) @ElCassoulet coucou, par rapport à ce qcm j'ai compris le raisonnement, juste je comprend pas comment on détermine que ile est en dernier vu que justement la carboxypeptidase coupe en C term et que du coup ça couperai après l'isoleucine non? ou alors il faut regarder la protéine dans l'autre sens ? cette histoire de carboxypeptidase qui coupe en C term ça me parait pas logique en fait (jsp si c'est très clair je suis désolée) en fait j'avais noté que la carboxypeptidase coupait les aa carboxyliques, mais on peut aussi considérer qu'elle coupe le dernier AA en C-term? Edited December 12, 2022 by camhile Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Responsable Matière ElCassoulet Posted December 12, 2022 Responsable Matière Share Posted December 12, 2022 @camhile Les carboxypeptidases séparent l'acide aminé situé à l'extrémité C-ter du reste de la chaine, l'acide aminé libéré par son action est donc l'acide aminé en C-ter, qui se trouve être l'Isoleucine conformément aux informations de l'énoncé. En d'autres termes, la carboxypeptidase clive la seule liaison peptidique que fait l'acide aminé en C-ter (comme c'est le dernier AA de la chaine il ne fait qu'une liaison peptidique), tu ne peux pas couper plus loin en C-ter puisque justement, cet acide aminé constitue l'extrémité C-ter de ta protéine. J'espère que c'est plus clair pour toi, sinon, je ne pourrais probablement pas t'aider plus que ça; nez en moins, bonne chance ! Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Tuteur camhile Posted December 12, 2022 Tuteur Share Posted December 12, 2022 @ElCassoulet oui c'est clair merci bcp, mais du coup ce que j'ai écrit dans mon cours (qui disait que la carboxypeptidase coupe les AA carboxyliques en c term) est faux ou ça dépend de l'énoncé ? Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Responsable Matière ElCassoulet Posted December 12, 2022 Responsable Matière Share Posted December 12, 2022 @camhile Dans les exercices de réflexions autour de ces notions, il ne devrait pas y avoir d'ambiguïté sur le rôle des différentes enzymes présentées en cours, ainsi l'action de la carboxypeptidase est unique et ne devrait pas changer selon l'énoncé. Ce que tu as écrit dans ton cours n'est pas faux, mais pas juste non plus : n'importe quel acide aminé en c-ter sera clivé, pas besoin que ça soit un aa carboxylique en particulier; le reste est juste, ça coupe bien les aa en c-ter, je pense que tu as une petite confusion, pour toi l'enzyme coupe systématiquement "après", dans le contexte d'une protéine, dire avant ou après ne veut en fait pas dire grand chose, on se situe notamment avec les extrémités de la protéine. La carboxypeptidase coupe la liaison peptidique de l'acide aminé qui constitue l'extrémité C-ter, mais cette coupure ce fait sur la liaison peptidique coté N-ter de cet acide aminé ! camhile 1 Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
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