prq faut-il 2 amorces pr la PCR?

[JenesaisPASS]

saluuut, je me trouve face à un schéma dans un qcm qui me pose problème, quelqu'un pourrait-il m'éclairer svp? :)) merci d'avance pr votre aide en tt cas!!

 

https://zupimages.net/viewer.php?id=22/43/iasw.png

 

enft l'item D est juste et en ayant cherché prq sur le forum, j'ai compris qu'on doit toujours avoir 2 amorces dans 2 sens différents, une pour chaque brin, or dans ce genre de qcm on ne voit qu'un des 2 brins (bon ici on l'imagine le brin d'ADNc), et ils mettent toujours les 2 flèches=amorces sur un même brin!

 

dcp svp dites moi prq

 

 

[Eve__]

Salut!

2 amorces sont nécessaires ici simplement pour avoir un seul bout de brins amplifié. C'est à dire que tu veux amplifier une seule petite partie. En mettant 2 amorces, tu vas à la première amplification avoir 2 copies qui commence à partir de l'amorce (par exemple 1 au début de l'exon que tu veux copier et un qui démarre à la fin de cet exon). A l'amplification suivante les amorces vont se mélanger (parce que y en a pleins) et donc le brin qui démarrait au début de l'exon va être recopier cette fois à partir de la fin (donc t'auras plus la partie du brin avant l'exon, ni la partie après l'exon). Donc au final tu auras que ton petit bout d'exon. La on te le schématise sur un seul brin, mais comme la réplication se fait forcément de

5'-> 3' tu peux pas mettre 2 amorces en sens inverse sur un seul brin. Tu vas en avoir une sur l'un et l'autre sur l'autre brin. Il faut avoir en tête que t'as un extrait d'ADN à la base, mais pleins d'amorces, donc ça va se répliquer beaucoup et assez vite et tu auras majoritairement tes petits bouts de l'exon. 

Est ce que c'est plus clairs? 

5'----------------exon--------------3'

3'----------------exon--------------5'

ça c'est ta molécule d'adn de base

5' --------------exon--------------3'

                                3'<-amorce5'

3'--------------exon---------------5'

   5'amorce->3'

 

Ca te donnera des brins :

5'exon------------3'

3'--------------exon5'

et si t'y remet tes amorces en les échangeant au deuxième cycle tu auras des exemplaires comme cela : 

5'exon3'

3'exon5'

 

J'espère que c'est plus clair!

[JenesaisPASS]

il y a une heure, Eve__ a dit :

Salut!

2 amorces sont nécessaires ici simplement pour avoir un seul bout de brins amplifié. C'est à dire que tu veux amplifier une seule petite partie. En mettant 2 amorces, tu vas à la première amplification avoir 2 copies qui commence à partir de l'amorce (par exemple 1 au début de l'exon que tu veux copier et un qui démarre à la fin de cet exon). A l'amplification suivante les amorces vont se mélanger (parce que y en a pleins) et donc le brin qui démarrait au début de l'exon va être recopier cette fois à partir de la fin (donc t'auras plus la partie du brin avant l'exon, ni la partie après l'exon). Donc au final tu auras que ton petit bout d'exon. La on te le schématise sur un seul brin, mais comme la réplication se fait forcément de

5'-> 3' tu peux pas mettre 2 amorces en sens inverse sur un seul brin. Tu vas en avoir une sur l'un et l'autre sur l'autre brin. Il faut avoir en tête que t'as un extrait d'ADN à la base, mais pleins d'amorces, donc ça va se répliquer beaucoup et assez vite et tu auras majoritairement tes petits bouts de l'exon. 

Est ce que c'est plus clairs? 

5'----------------exon--------------3'

3'----------------exon--------------5'

ça c'est ta molécule d'adn de base

5' --------------exon--------------3'

                                3'<-amorce5'

3'--------------exon---------------5'

   5'amorce->3'

 

Ca te donnera des brins :

5'exon------------3'

3'--------------exon5'

et si t'y remet tes amorces en les échangeant au deuxième cycle tu auras des exemplaires comme cela : 

5'exon3'

3'exon5'

 

J'espère que c'est plus clair!

ooooooh, tout prend son sens enfin, merci encore une fois Eve!!! bonne journée à toi

[Cassolnousmanque2]

Coucou @lilmkf !

 

Dans ce qcm on parle de RT-PCR : 

-> petit récap : on a de l'ARNm et on veut obtenir de l'ADN (= c'est l'inverse de la transcription en quelque sorte) => on fait appel à une reverse transcriptase 

 

Dans le qcm, tu as 3 amorces : a, b et c 

 

Déjà pour comprendre ce qu'il se passe je reprends les bases : 

 

Si on suit le sens des flèches : 

L'amorce a va vers la droite

L'amorce b va vers la gauche 

L'amorce c va vers la droite

 

Si on imagine que les brins sont orientés comme ci-dessous : 

5' ATG --------------------------------------TAG ---------------------------TAA 3'

3' TAC --------------------------------------ATC----------------------------ATT 5'

 

(TAG et TAA sont des codons stop)

 

On va voir où les amorces se positionnent par rapport à ces deux brins d'ADN : les amorces sont synthétisées de 5' en 3' donc elles se fixent à l'extrémité 3' du brin d'ADN

 

Concrètement ça donne quoi ? 

Pour l'amorce a : 

 

 

5' ATG --------------------------------------TAG ---------------------------TAA 3'

 

5' -----------> 3'

3' TAC --------------------------------------ATC----------------------------ATT 5'

 

Pour l'amorce b : 

5' ATG --------------------------------------TAG ---------------------------TAA 3'

                                                                                                 3'  <------------------- 5'

 

3' TAC --------------------------------------ATC----------------------------ATT 5'

 

Pour l'amorce c : 

5' ATG --------------------------------------TAG ---------------------------TAA 3'

                                                                                        

                                                                                5' -----------> 3'

3' TAC --------------------------------------ATC----------------------------ATT 5'

 

Est-ce que déjà jusqu'ici c'est clair ? (vraiment n'hésite pas à le dire si tu n'as pas compris)

 

Maintenant on répond à l'item D : 

 

Si on utilise les amorces a et c, tu vois bien que le sens des amorces est le même donc en gros il va se passer quoi ? 

- l'amorce a va transcrire le brin complémentaire du brin du bas (qui correspond au brin du haut) en totalité

- l'amorce c va transcrire une partie du brin complémentaire du brin du bas (qui correspond au brin du haut à partir de l'exon 2)

 

=> On aura aucune transcription du brin du haut (qui correspondrait par complémentarité au brin du bas)

 

 

 

[JenesaisPASS]

il y a une heure, Cassolnousmanque2 a dit :

Coucou @lilmkf !

 

Dans ce qcm on parle de RT-PCR : 

-> petit récap : on a de l'ARNm et on veut obtenir de l'ADN (= c'est l'inverse de la transcription en quelque sorte) => on fait appel à une reverse transcriptase 

 

Dans le qcm, tu as 3 amorces : a, b et c 

 

Déjà pour comprendre ce qu'il se passe je reprends les bases : 

 

Si on suit le sens des flèches : 

L'amorce a va vers la droite

L'amorce b va vers la gauche 

L'amorce c va vers la droite

 

Si on imagine que les brins sont orientés comme ci-dessous : 

5' ATG --------------------------------------TAG ---------------------------TAA 3'

3' TAC --------------------------------------ATC----------------------------ATT 5'

 

(TAG et TAA sont des codons stop)

 

On va voir où les amorces se positionnent par rapport à ces deux brins d'ADN : les amorces sont synthétisées de 5' en 3' donc elles se fixent à l'extrémité 3' du brin d'ADN

 

Concrètement ça donne quoi ? 

Pour l'amorce a : 

 

 

5' ATG --------------------------------------TAG ---------------------------TAA 3'

 

5' -----------> 3'

3' TAC --------------------------------------ATC----------------------------ATT 5'

 

Pour l'amorce b : 

5' ATG --------------------------------------TAG ---------------------------TAA 3'

                                                                                                 3'  <------------------- 5'

 

3' TAC --------------------------------------ATC----------------------------ATT 5'

 

Pour l'amorce c : 

5' ATG --------------------------------------TAG ---------------------------TAA 3'

                                                                                          5' -----------> 3'

 

3' TAC --------------------------------------ATC----------------------------ATT 5'

 

Est-ce que déjà jusqu'ici c'est clair ? (vraiment n'hésite pas à le dire si tu n'as pas compris)

 

Maintenant on répond à l'item D : 

 

Si on utilise les amorces a et c, tu vois bien que le sens des amorces est le même donc en gros il va se passer quoi ? 

- l'amorce a va transcrire le brin complémentaire du brin du bas (qui correspond au brin du haut) en totalité

- l'amorce c va transcrire une partie du brin complémentaire du brin du bas (qui correspond au brin du haut à partir de l'exon 2)

 

=> On aura aucune transcription du brin du haut (qui correspondrait par complémentarité au brin du bas)

 

 

 

salut :)) merci pour tous ces détails jai tres bien compris juste 2 trucs:

commente je fais pr savoir que l'amorce C nest pas au milieu comme sur le qcm mais a lextremite comme sur ton explication?

[audreylegal]

Salut @lilmkf, je vais essayer de prendre le relais pour répondre à ta dernière question.

Sur l'explication de notre chère RM @Cassolnousmanque2, tu peux voir que l'amorce ne démarre pas complétement au bout de la séquence étudiée, elle démarre bien au milieu comme sur le schéma du QCM que tu as donné, tu es d'accord ? Elle ne l'a pas mit en plein milieu comme ça a pu être représenté sur ton schéma, mais ça revient au même finalement.

A la limite, l'essentiel à remarquer ici c'est surtout le sens de l'amorce, et pas tant sa place (pour l'item D en tout cas) : puisque les 2 sont dans le même sens, fatalement il y aura un pb dans la transcription...

Tu es d'accord avec moi ? Tu comprends un peu mieux ou j'ai répondu à côté ?

[JenesaisPASS]

il y a 11 minutes, audreylegal a dit :

Salut @lilmkf, je vais essayer de prendre le relais pour répondre à ta dernière question.

Sur l'explication de notre chère RM @Cassolnousmanque2, tu peux voir que l'amorce ne démarre pas complétement au bout de la séquence étudiée, elle démarre bien au milieu comme sur le schéma du QCM que tu as donné, tu es d'accord ? Elle ne l'a pas mit en plein milieu comme ça a pu être représenté sur ton schéma, mais ça revient au même finalement.

A la limite, l'essentiel à remarquer ici c'est surtout le sens de l'amorce, et pas tant sa place (pour l'item D en tout cas) : puisque les 2 sont dans le même sens, fatalement il y aura un pb dans la transcription...

Tu es d'accord avec moi ? Tu comprends un peu mieux ou j'ai répondu à côté ?

merci audrey ouais je vois maintenant c'est plus clair, non c pas à côté tkt, je commence a comprendre

[Cassolnousmanque2]

 @lilmkft'es sure que c'est ok ? Sinon je peux reprendre certains points ! vraiment le but c'est que tu sois capable de gérer ce type de qcm !!

[JenesaisPASS]

j'ai compris merciii :) mais juste assure moi stp, que lamorce C  va transcrire le brin du bas car lamore c 5'-3' et le brun du bas c'est 3'-5' face a elle et dcp c complementaire

 

 

en tt cas merci pr le schema et tt je vais le garder de cote et le reproduire a chaque fois sur mon brouillon ou du moins dans ma tete pr savoir quelle amorce transcrit quoi!! 

à l’instant, lilmkf a dit :

j'ai compris merciii :) mais juste assure moi stp, que lamorce C  va transcrire le brin du bas car lamore c 5'-3' et le brun du bas c'est 3'-5' face a elle et dcp c complementaire

 

 

en tt cas merci pr le schema et tt je vais le garder de cote et le reproduire a chaque fois sur mon brouillon ou du moins dans ma tete pr savoir quelle amorce transcrit quoi!! 

oulaaa pardon " car l'amorce c est orientée 5'-3' et que le brIn du bas est orienté 3'-5' "

[Cassolnousmanque2]

yes c'est bien ça ! 

 

Bon courage !!

[JenesaisPASS]

il y a 3 minutes, Cassolnousmanque2 a dit :

yes c'est bien ça ! 

 

Bon courage !!

vous régalez Mme la RM bonne nuit :))