ERRATA de la colle de GENOME du 22/10

[Linda]

Voici le topic pour vos remarques sur la colle de GENOME.

Celles-ci pourront faire l'objet d'éventuels errata.
Merci de lire les messages postés précédemment afin de ne pas poser une question à laquelle les RMs et tuteurs auraient déjà répondu.

Merci d'écrire l'énoncé du QCM sur lequel vous faites une remarque, afin que les RMs et tuteurs puissent vous répondre plus rapidement.

[melie]

Bonjour,tout d'abord merci pour la colle

 

concernant le qcm 1 item D et E.

   -acides aminés PACES -> 4x4x2x2x6 = 384 et non 256?

   -EPAC -> 2x4x4x2 = 64,donc moins d'oligodesoxynucleotides non?

 

concernant le qcm 20 item D

  -la desamination oxydative d'une cytosine chez le patient maraicher est detecté et declenche un systeme de reparation compté faux. Je trouve cet item ambiguë car dans les annales de monsieur langin compte cela vrai et ne prend pas en compte le fait que la mutation puisse etre possiblement detectée ou non.

 

concernant le qcm 21 item E

 -la PCR permet d'amplifier des fragments d'adn double brin compté vrai? l'adn n'est pas denaturé avant amplification et donc sous forme simple brin??

 

merci d'avance!

[Alexandresol]

Je suis d'accord pour la 20D effectivement quand un uracile apparaît le système de reparation BER est activé non ?

 

Par contre pour la 21E je ne pense pas qu'il y ait erreur car meme s'il est dénaturé on utilise les deux brins

[Jacouille]

QCM 20D Je suis d'accord d'après les annale

QCM 21E D'accord également lors de la PCR l'adn est simple brin, meme si on peut les renaturer après cela me parait faux de dire que la PCR amplifie de l'ADN double brin

QCM 21D La fixation de SBRG doit se faire pendant la PCR et non a la fin sans quoi il est impossible de doser la quantité d'ADN amplifié (enfin je crois ^^ )

QCM 22E Transition c'est juste pour les bases non, on peut aussi dire ca pour des nucléotides ? ambigue a mon avis

QCM 27D Perso (et toute ma rangée de meme) j'ai pris "dans les 200nm" comme entre 200 et 290 nm.... Ambigue aussi enfin a vous de voir

[Txatxa]

Bonjour

 

Item 6 D Faux à mes yeux

P : 4

A : 4

C : 2

E : 2

S : 6 (UCX ; AGU ; AGC)

 

4x4x2x2x6 = 384

 

voilà

[Massialine]

Salut, merci pr la colle

 

Juste  une petite remarque pr la 26 vs mettez la B et la C juste mais vous mettez une correction pr chacun des items.

[CamilleBll2]

Pour le 26, il fallait noter les réponses inexactes, c'est pour ça qu'il y a une correction, c'est parce qu'elles sont fausses en fait ! :/

[Txatxa]

pour la 21E elle est juste à mes yeux car a partir du moment ou on amplifie dans les deux sens, l'adn double brin est multiplié. De plus il y a en début de chaque cycle une dénaturation des doubles brins d'adn... ils sont donc multipliés

[Massialine]

ah oui j avais pas vu ce "détail" CamilleBII2 merci!

[eleonoredlt]

Bonsoir, tout d'abord merci pour cette colle  

 

16E  je comprends votre correction mais l'item dis "par rapport aux propositions precedentes" donc pourquoi est ce que vous comparez avec les 15deoxynucleotides ? dans tout les cas le nombre de deoxynucleotides est inferieur aux nombre de deoxynucleotide necessaire dans les autres proposition non ? 

 

21E la pcr permet l'amplification d'un double brin d'adn je trouve cela un peu ambigue dans le sens ou il y a une denaturation de l'adn double brin avant 

 

20D par rapport a un "errata" signalé, moi je suis d'accord avec vous il n'y a pas forcement de declenchement de systeme de reparation la diapo est tres claire 

 

17B une mutation silencience ne change pas l'aa code mais cela a un effet possible sur la stabilite du transcrit or le transcrit est l'ARNm pas l'ADN (c'est pas pour chippoter je veux juste une explication si possible) 

 

merci d'avance !

[Alexandresol]

Pour la 20D il n'y a pas marqué que cela va le reparer "a coup sur"

[sofia]

Bonjour, tout d'abord merci pour cette colle !

 

Pour le qcm 20D, je ne comprends pas pourquoi la mutation chez le maraîchers ne serait pas réparée puisque la base U est une base anormale dans l'ADN et que l'énoncé précise que "On considère que tout ce qui est détecté comme anormal est réparé". On peut peut-être imaginer qu'elle ne serait pas détectée mais je pensais que le qcm portait surtout sur le fait que la base obtenue soit anormale ou pas, et donc reconnue par les systèmes de réparation.

 

L'item 21E paraît un peu ambigüe puisque l'ADN doit forcément être simple brin pour que la sonde se fixe mais peut-être que M. Langin l'aurait comptée vraie.

[JulieFinkel]

Salut à tous !   

Avant de répondre aux questions sur les différents items j'aimerais revenir sur quelques points.
 

Tout d'abord concernant la difficulté de la colle, on a eu certains retours comme quoi la colle n'était pas facile etc. Le but de la colle n'est pas que vous ayez tout juste et qu'ensuite vous vous rétamiez au concours. Quand on est purpanais, le génome est une matière sur laquelle il faut vraiment être vigilant au concours. On a donc préféré vous faire une colle avec des exos plus "type concours" qu'avec des exos de par coeur, histoire de vous préparer au mieux. Notre but n'est pas de vous plomber, au contraire !!! L'intérêt d'aller aux colles ce n'est pas juste de faire des QCM et de regarder son classement, c'est surtout de voir ses erreurs et d'essayer de les comprendre pour ne pas les refaire ! Après, si vous lisez ce post et que donc vous êtes sur le topic c'est que vous essayez de comprendre les items que vous n'avez pas compris donc c'est cool, vous êtes au top !   

Deuxième point, on vous présente nos excuses quant au fait que vous n'ayez pas eu le code génétique dans le sujet. Ce n'est pas un oubli mais plutôt un petit souci informatique ! (et puis on était quand même chauds pour vous l'écrire au tableau, même si finalement le vidéoprojecteur c'était quand même plus simple !)

Bon maintenant passons aux items auxquels vous faites référence, dans l'ordre :
 

• Item 16D : devient FAUX

En effet, la réponse est 384, autant pour nous ! (nous avons pourtant fait le calcul plusieurs fois, donc nous n'avons aucune excuse...)

 

• Item 16E : reste faux

Comme il l'est dit dans la correction, on veut 15 désoxynucléotides. Donc si on cible les acides aminés EPAC on n'aura que 12 désoxynucléotides (3 x 4 = 12). Ainsi, l'item est faux à partir de ce moment-là ! N'oubliez jamais que les item sont toujours en rapport avec l'énoncé de départ ! (et oui parfois il y a des pièges là-dessus, même si là ce n'était pas vraiment un piège...).

 

• Item 17B : reste faux

Quand on parle d'effet sur l'ADN on parle de son devenir ! D'ailleurs Eleonore si on suit ton raisonnement et qu'on regarde si l'ADN est changé alors la réponse est oui tout de même, par exemple une mutation silencieuse peut être GAA qui devient GAG. Donc l'ADN est changé, et son devenir peut l'être car la mutation peut avoir un effet sur la stabilité du transcrit, bien que GAA et GAG codent pour le même acide aminé.
 

• Item 20D : est ANNULE

Nous annulons cet item car en effet il est imprécis. Nous aurions du dire "La désamination oxydative d'une cytosine chez le patient maraîchers peut être détectée et déclencher ainsi un système de réparation" (dans ce cas l'item serait vrai) ou alors "La désamination oxydative d'une cytosine chez le patient maraîchers est systématiquement détectée et déclenche donc un système de réparation" (dans ce cas l'item serait faux). Là, chacun de vous a pu interpréter un des deux cas, c'est pourquoi il vaut mieux annuler l'item.
En tous cas sachez que :

- La désamination oxydative d'une cytosine donne un uracile (base inhabituelle dans l'ADN), ce qui déclenche le système BER la plupart du temps, mais pas systématiquement ! Dans les cas où la mutation n'est pas détectée, le U reste présent et s'apparie avec un A, et ainsi après plusieurs cycles de réplication le couple A-T remplace le couple C-G ! On aura donc transmission de la mutation dans les rares cas où celle-ci n'est pas corrigée.

- La désamination oxydative d'une méthylcytosine donne une thymine (car les cytosines sont méthylées en position 5, ce sont des 5méthylcytosines). Comme c'est une base habituelle dans l'ADN alors il n'y a aucune raison qu'un système de réparation soit sollicité. Il n'y a donc pas de réparation et la thymine s'apparie avec une adénine. Après plusieurs cycles de réplication alors le couple A-T a remplacé le couple mC-G. C'est pour cette raison que les mutations les plus fréquentes parmi les SNP sont les mutations de mC vers T, car elles ne sont jamais reconnues !
Sofia attention ! En ce qui concerne la phrase "On considère que tout ce qui est détecté comme anormal est réparé" de l'énoncé, on précise bien que ce qui est réparé est ce qui est détecté comme anormal ! Donc si l'item avait été "La désamination oxydative d'une méthylcytosine chez le patient maraîchers déclenche un système de réparation.", l'item aurait été faux même si l'énoncé du QCM précise que "Tout ce qui est détecté comme anormal est réparé" car bien qu'anormale par rapport à la séquence de départ, cette mutation ne serait pas détectée car elle n'est pas anormale pour l'ADN (le T étant une base retrouvée normalement dans l'ADN) ! Donc attention à être bien précis dans les données que vous regardez pour répondre .

 

• Item 21D : reste vrai

L'item précise bien que la fixation de SYBR green se fait à la fin de chaque cycle et non à la fin de la PCR. En fait, à la fin de chaque cycle, quand il y a eu polymérisation alors le SYBR green vient s'associer au petit sillon et émet la fluorescence. Le SYBR green n'étant capable de s'associer qu'à l'ADN double brin, il n'y a pas de fluorescence quand il y a dénaturation. Donc l'émission fluorescente se fait à la fin de chaque cycle.

  

• Item 21E : reste vrai

Lors de la PCR, on amplifie bien de l'ADN double brin, même si pour ce faire les deux brins doivent être dénaturés. C'est comme si je vous disais que j'avais une machine qui pouvait multiplier tout ce que vous me donniez. Donc vous, en bons addicts de la machine à café de Rangueil (bouh Rangueil), vous me donnez un paquet de Kinder bueno (donc on est d'accord, dans un paquet y a deux Kinder bueno). Pour le mettre dans la machine je dois sortir les deux kinder bueno de leur emballage commun (donc les séparer), donc ils ne sont plus ensemble. Et la machine va permettre de multiplier ces deux Kinder qui initialement étaient dans le même emballage. Mais au bout du compte j'aurai quand même multiplié le paquet de Kinder bueno que vous m'avez donné ! Je sais pas si cette métaphore vous avance beaucoup mais en gros la PCR permet d'amplifier des fragments d'ADN double brins, c'est juste qu'on a besoin de dénaturer le fragment pour faire la PCR ! . (Oui ce serait trop cool que ça existe pour les Kinder...)

 

• Item 22E : reste vrai

Il s'agit bien d'une transition entre deux nucléotides. On parle de transition entre deux nucléotides quand on passe d'une base pyrimidique à une base pyrimidique, ou d'une base purique à une base purique. Le fait que la base change fait que le nucléotide change aussi, donc il ne faut pas se formaliser si on parle de "transition entre deux nucléotides" ou de "transition entre deux bases". De plus, ce type de mutations se nomme SNP : single nucleotide polymorphism (ouuuuuh yeah !), autrement dit "Polymorphisme d'un seul nucléotide".

 

• Item 27D : est ANNULE

On annule ce QCM car visiblement vous êtes nombreux à l'avoir pris au "sens large", mais on ne peut pas non plus le mettre vrai et pénaliser ainsi ceux qui ont été précis dans leur réponse ! Donc voilà, item annulé mais sachez quand même la valeur exacte (on sait jamais) .

 

 

--> Il y a donc pour l'instant 3 errata : item 16D FAUX, 20D ANNULE et 27D ANNULE.

On sait que c'est très embêtant d'avoir des errata (j'étais la première à taper des scandales lorsque j'étais en p1) mais malheureusement même en relisant et refaisant plusieurs fois la colle il y en a toujours qui passent à la trappe, ce qui est lié au fait que chacun ne perçoit pas les items "dans le même sens" que son voisin ! (même au concours, et oui...)

Voilà, nous espérons quand même que la colle vous a plu car on l'a faite avec beaucoup d'amour  ! 

N'hésitez pas à publier sur ce topic si vous n'êtes pas d'accord ou que vous ne comprenez pas certaines des explications ci-dessus, ou si vous trouvez d'autres erratas !

Alex COMBES et Julie FINKEL, les RM

[mjulien31]

Bonjour, tout d'abord merci pour la colle

Je ne suis pas vraiment d'accord avec le QCM 22 item E ,le brin est ici un brin d'ADN, il s'agit bien d'une transition mais entre deux desoxy-nucleotides et non pas deux nucléotides.

[JulieFinkel]

Salut Julien . 

En fait quand tu parles de SNP (donc polymorphisme d'un seul nucléotide) tu dis "nucléotide" dans le sens du terme général, même si ça se passe dans l'ADN. Domi précise même (à l'oral et sur la diapo) que le SNP le plus fréquent est le passage de C en T (pour l'explication, voir ci-dessus) donc on est bien dans l'ADN vu qu'on a un T mais bon on parle quand même de "nucléotide", parce que comme je l'ai dit on l'utilise dans le sens général "constituant d'acide nucléique"...

Je sais c'est perturbant et énervant pour les gens qui aiment la précision mais bon malheureusement c'est comme ça...

[Ouistiti]

Bonjour !

 

tout d'abord un grand merci pour cette colle

 

j'ai une question par rapport au qcm 26, je n'ai pas compris ce que sont les extrémités sortantes (libération d'extrémités 3' ou 5' sortantes par les enzymes de restriction) :/

 

Quelqu'un pourrait-il m'expliquer ?

 

merci beaucoup et bon week-end !

[mjulien31]

D'accord merci

[Jacouille]

Ok c plus claire pour le sybr green merci

[JulieFinkel]

Salut PIFO !
Alors pour les enzymes de restrictions tu as deux cas possibles :
- Soit les enzymes de restriction induisent des extrémités franches ou non cohésives après son action de coupure

- Soit les enzymes de restriction induisent des extrémités cohésives après son action de coupure.

 

Par exemple dans le QCM 26 :

• L'enzyme Gaga III

L'enzyme Gaga III provoque des extrémités franches (ou non cohésives) car elle reconnaît la séquence TGG/CCA. Donc si on schématise l'action de Gaga III on va avoir :

Avant coupure :

^5'TGGCCA^3'

^3'ACCGGT^5'

Après coupure :

^5'TGG^{3'     5'}CCA^3'

 ^3'ACC^{5'     3'}GGT^5'   

 

Donc ce sont des extrémités franches car, pour parler vulgairement, "y a rien qui dépasse" .

 

• L'enzyme DomiLII

L'enzyme DomiLII provoque des extrémités cohésives car elle reconnaît la séquence G/GATCC. Donc si on schématise l'action de DomiLII on va avoir :

Avant coupure :

^5'GGATCC^3'

^3'CCTAGG^5'

Après coupure :

^5'G^{3'               5'}GATCC^3'

^3'CCTAG^{5'               3'}G^5'

 

Donc là ce ne sont pas des extrémités franches mais cohésives, pour parler vulgairement on peut dire que "y a un morceau qui dépasse". Et le morceau qui dépasse c'est le morceau en 5' ! Donc ce sont des extrémités 5' sortantes .

 

• L'enzyme BigLoveI (trop d'amour dans cette colle !) :

L'enzyme BigLoveI provoque des extrémités cohésives car elle reconnaît la séquence CTGCA/G. Donc si on schématise l'action de BigLoveI on va avoir :

Avant coupure :

^5'CTGCAG^3'

^3'GACGTC^5'

Après coupure :

^5'CTGCA^{3'               5'}G^3'

^3'G^{5'                  3'}ACGTC^5'

 

Donc là ce ne sont pas non plus des extrémités franches mais cohésives, pour parler vulgairement on peut dire que "y a un morceau qui dépasse". Et le morceau qui dépasse c'est le morceau en 3' ! Donc ce sont des extrémités 3' sortantes .

Voilà, j'espère que ça t'aide !

[Ouistiti]

Oh c'est super gentil d'avoir pris le temps de faire quelque chose d'aussi clair !

Je crois que cette fois j'ai compris !

 

Merci beaucoup !!!

[JulieFinkel]

Avec plaisir, on est là pour ça .

N'hésite pas à demander sur le forum ou à la perm (pour nous voir en vrai ) si t'as d'autres questions !

[Ouistiti]

Super ! Je passerai lundi à la perm alors ce sera plus simple !