TD génome QCM 10

[MarinaPASSEtTuTécartes]

Bonjour je me trompe sur plusieurs items de ce qcm:

 

https://www.zupimages.net/viewer.php?id=21/47/fy5p.png

 

J'ai noté comme correction; vrai ABCE

Après je ne suis pas sûre, elle a speedé la fin. Par exemple, pourquoi la B est vrai? Une PCR permet le passage de l'ADN en ARN, donc on enlève les introns même chez une personne saine. On devrait trouver 500 et non 600, non?

Enfin je veux bien qu'un super RM m'explique chaque item si possible... Merci! 

[dana]

Salut  !

 

Alors tout d'abord il faut bien faire la distinction entre RT-PCR et PCR :

- RT-PCR : elle utilise un brin d'ARN comme matrice pour la synthèse d'ADN 

- PCR :  Permet l'amplification de fragment d'ADN (sans passer par de l'ARN)

 

Pour la A : c'est vrai car si on prend de l'ARN d'un individus sain, l'amplification par RT-PCR donne bien un fragment de 500pb (les flèches montrant le positionnement des amorces incluant l'exon 1 et l'exon 2 donc 300+200pb car dans l'ARNm il n'y a pas d'intron)

 

Pour la B : on est cette fois-ci sur une PCR, donc on prélève l'ADN qui contient les introns donc 300+200+100 = 600pb. La B est donc vraie elle aussi.

 

Pour la C : Vrai car la mutation est dans l'intron, donc si on fait le séquençage du produit de PCR (donc fragment d'ADN toujours) on peut détecter la mutation (en comparant avec la séquence d'un individus sains). 

 

Pour la D : Faux car on est en RT-PCR donc on a pas d'introns donc pas possible de détecter.

 

Et pour la E : Vrai, Les amorces ne comprenne pas l'endroit de la mutation donc par PCR la mutation n'affectera pas la taille du produit.

 

Voilà j'espère que c'est plus clair pour toi  ! 

 

[MarinaPASSEtTuTécartes]

Oui c'est déjà plus clair merci! Juste, j'ai du mal encore pour la B/E. La PCR permet d'amplifier un fragment d'ADN, jusque là c'est ok. Donc on inclut aussi les introns, hors l'intro 1 contient une mutation qui entraîne l'excision de l'exon 2. Alors si on réalise cette PCR, avec la mutation, pourquoi l'exon 2 ne saute pas?

 

[SBY]

Hello @MarinaPASSEtTuTécartes _{trop stylé le pseudo} 

 

Je confirme les réponses des items A, B et E de @dana ! 

 

Pour les items C et D on précise que la mutation de l'intron entraîne l'excision de l'exon 2. 

 

Donc pour l'item C : Suite à la PCR, on pourra faire un séquençage du brin amplifié afin de déterminer la séquence du brin, nt par nt, et la comparer à celle de l'individu sain afin de détecter la mutation. 

 

D. On n'aura pas de produit de RT-PCR car l'exon 2 sera également excisé. Donc la deuxième amorce ne pourra pas s'hybrider et l'amplification ne se fera pas. Ainsi, le séquençage ne sera pas possible. 

 

il y a 11 minutes, MarinaPASSEtTuTécartes a dit :

Oui c'est déjà plus clair merci! Juste, j'ai du mal encore pour la B/E. La PCR permet d'amplifier un fragment d'ADN, jusque là c'est ok. Donc on inclut aussi les introns, hors l'intro 1 contient une mutation qui entraîne l'excision de l'exon 2. Alors si on réalise cette PCR, avec la mutation, pourquoi l'exon 2 ne saute pas?

En fait, quand on dit qu'on fait une PCR sur l'ADN génomique ça veut dire que l'on prend notre fragment d'ADN avec régions codantes et non codantes (introns et exons). C'est notre ADN de départ qui va servir à la transcription et à la traduction. 

L'épissage se fait sur l'ARNm donc après la transcription. C'est pour ça que quand on fait une RT-PCR, où l'on part d'un ARNm que l'on va rétrotranscrire en ADNc, on n'a que les exons ! 

 

Par rapport aux items, pour l'item B, on considère que l'on fait la PCR sur l'individu sain donc ici pas de soucis puisqu'on n'a pas de mutation. 

 

Pour l'item E, c'est ce que je disais au-dessus, comme l'épissage n'intervient que sur l'ARNm et non sur l'ADN, quand on fera la PCR, la mutation n'aura aucune répercussion et on aura à la fois exons+introns. C'est pour cela que dans l'item C, on parle de séquencage afin de détecter la mutation. 

 

Je te mets ce sujet où j'avais expliqué la différence entre PCR et RT-PCR, je pense que c'est ça qui t'embrouille. 

 

Hésite pas si c'est toujours pas clair pour toi ! 
Bonne journée 

[MarinaPASSEtTuTécartes]

Merci pour ta réponse super complète @SBY! Donc, si je comprends bien, à la fin de la PCR le brin d'ADN fait la même taille mais contient la mutation.

Juste cette phrase me bloque: " comme l'épissage n'intervient que sur l'ARNm et non sur l'ADN, quand on fera la PCR, la mutation n'aura aucune répercussion et on aura à la fois exons+introns".

En gros l'épissage "déclenche" l'excision de l'exon 2?

(ton post sur la diff entre PCR et RT PCR est super clair!)

[P2_Nostalgique]

@SBY COucou 

Je ne comprends pour toi l'item C est faux ? 

Selon moi la maniere de detecter une modification de l'exon 2 est de faire une pcr sur de l'and Génomique car lors de la transcription on va avoir excision de l'exon 2 mais lors d'une pcr sur adn génomique nous aurions bien l'exon 2 

 

 

[SBY]

il y a 20 minutes, MarinaPASSEtTuTécartes a dit :

Donc, si je comprends bien, à la fin de la PCR le brin d'ADN fait la même taille mais contient la mutation.

Yep c'est ca ! La mutation est présente au départ sur l'ADN.

Ici, je pense que la mutation c'était une substitution. Donc par exemple, si on a un T à la place d'un G, la substitution sera bien sur l'ADN. Et après la transcription, on retrouvera un U au lieu d'un G sur l'ARNm. Donc la mutation sera retrouvée sur l'ADN ET sur l'ARNm. 

 

il y a 20 minutes, MarinaPASSEtTuTécartes a dit :

Juste cette phrase me bloque: " comme l'épissage n'intervient que sur l'ARNm et non sur l'ADN, quand on fera la PCR, la mutation n'aura aucune répercussion et on aura à la fois exons+introns".

En gros l'épissage "déclenche" l'excision de l'exon 2?

Désolée j'ai pas été super claire. 

En fait, si on suppose que la mutation est une substitution, quand on fera la PCR sur l'ADN, on aura à la fois nos régions codantes et non codantes qui seront amplifiées. C'est juste qu'au niveau de la séquence mutée on aura un T à la place d'un G (c'est un exemple c'est juste pour que ce soit plus concret pour toi) donc pas de changement de taille de l'ADN par rapport à l'individu sain. 

Par contre, si on fait une RT-PCR, on a dit qu'on partait de l'ARNm considéré comme mature. Or, la mutation de l'intron entraine l'excision de l'exon 2. Donc ça veut dire qu'au moment de l'épissage de mon pré-ARNm, on va avoir à la fois l'excision des introns + de l'exon 2. 

 

C'est mieux pour toi @MarinaPASSEtTuTécartes ? 

 

il y a 14 minutes, Gonzalette a dit :

@SBY COucou 

Je ne comprends pour toi l'item C est faux ? 

Selon moi la maniere de detecter une modification de l'exon 2 est de faire une pcr sur de l'and Génomique car lors de la transcription on va avoir excision de l'exon 2 mais lors d'une pcr sur adn génomique nous aurions bien l'exon 2 

Hey ! 

Non non l'item C est bien vrai.  

Je vois ce que tu veux dire mais en fait, si on fait une RT-PCR, comme on n'a pas l'exon 2, une des amorces pourra pas se fixer du coup on n'aura pas de produit d'amplification. Mais on pourra pas savoir si c'est dû à une mutation ou à un problème de manipulation avec par exemple une température trop haute qui favorise pas l'hybridation des amorces. Par contre si la deuxième amorce s'hybridait au niveau de l'exon 3, là ça fonctionnerait et on détecterait une bande de poids moléculaire plus bas. 

 

Mais ici, à cause du positionnement des amorces, le seul moyen de détecter la mutation c'est de faire une PCR, puis de faire un séquençage de notre produit d'amplification et de le comparer à celui d'un individu sain. 

[MarinaPASSEtTuTécartes]

C'est bon je viens de touuut comprendre! Merci beaucoup @SBY!