qcm d'entrainement

[lilythium]

bonjour ! 

encore des questions sur les qcm d'entrainements de moodle

 

déjà lui https://zupimages.net/viewer.php?id=21/16/sm29.png

pourquoi le C est vrai et le D est faux ? (j'ai déjà vu cette question dans le forum, mais je crois qu'il n'y a pas eu de réponses)

 

ensuite lui https://zupimages.net/viewer.php?id=21/16/89t9.png

le A, le B et le C me pose problème, je ne comprend pas comment on fait

 

là https://zupimages.net/viewer.php?id=21/16/ndht.png 

je ne comprend pas pourquoi le A est vrai alors qu'aucune des 2 amorces n'est complémentaires

et je ne comprend pas non plus comment on fait pour savoir que la PCR est à forte stringence

 

https://zupimages.net/viewer.php?id=21/16/sdcj.png

je ne comprend pas comment on trouve pour le B et le C

 

https://zupimages.net/viewer.php?id=21/16/tyz1.png

le C, j'aimerais bien qu'on me dise ce qui est utilisé en vrai vu que cet item est faux

 

https://zupimages.net/viewer.php?id=21/16/4u4v.png

la c'est le D, je ne comprend pas comment on fait pour trouver la réponse ?

 

enfin, https://zupimages.net/viewer.php?id=21/16/8a8g.png

je n'ai juste rien compris  

 

j'espère qu'on pourra me répondre et désolée si ces questions ont déjà eu des réponses dans le forum, je ne les ai pas trouvé :))

Edited April 25, 2021 by lilythium

[audreyfdn]

coucou ! 

je vais essayer de faire de mon mieux pour te répondre :))

 

Il y a 22 heures, lilythium a dit :

pourquoi le C est vrai et le D est faux ? (j'ai déjà vu cette question dans le forum, mais je crois qu'il n'y a pas eu de réponses)

 

Alors pour répondre à ces deux items, il faut bien comprendre la définition de ce qu'est un gène domestique. Un gène domestique est un gène qui est exprimé de façon ubiquitaire (c'est à dire tout le temps) et dans les même quantités dans toutes les cellules du corps. Par exemple, la béta actine est un gène domestique parce que c'est une protéine indispensable à la survie de la cellule. Comme tu peux le voir, sur le gel d'électrophorèse, on a une quantité identique d'ADN de béta actine dans toutes les cellules (c'est donc un témoin). 

comme tu peux le voir dans les cellules du cœur, tu as une quantité diminuée de protéine X dans le cœur, tu peux donc émettre l'hypothèse  qu'il y a un MiARN qui s'hybride avec l'ARNm du gène de la protéine X, ce qui diminue sa quantité. L'item C est donc vrai, ceci est une hypothèse. 

Pour l'item D, tu peux voir qu'en fonction des cellules, la quantité d'ARNm varie, ce qui montre que le gène X n'est pas un gène domestique, cf plus haut. 

 

Il y a 22 heures, lilythium a dit :

le A, le B et le C me pose problème, je ne comprend pas comment on fait

 

Tout d'abord, il faut comprendre l'énoncé : on étudie un facteur A, que l'on pense être un facteur de transcription. ON va donc rajouter dans le milieu de culture une quantité variable de facteur A. Ensuite, après 30min, on fait une RT-PCR (on recueil les ARNm, puis on fait une rétrotranscription sur les ARN pour obtenir de l'ADN, puis on fait une amplification pour étudier l'ADN) sur deux gènes : le gène X, que l'on pense être susceptible au facteur A, et un gène domestique. Comme expliqué plus haut, un gène domestique est exprimé dans les même proportions dans toutes les cellules, son expression ne dépend pas de facteurs externes à la cellule. Cela veut dire que tu auras toujours la même quantité d'ARN et donc d'ADN du gène domestique. Si cela n'est pas le cas (comme pour la piste à 100nM) cela veut dire qu'il y a eu un problème dans la manipulation, donc que l'on ne peut pas conclure pour le reste du gel sur cette piste là. 

 

Item A : cet item est faux car il faut bien faire la distinction entre un facteur cis régulateur et trans régulateur : Dans la transcription, nous pouvons avoir des éléments des cis régulateurs, et des éléments trans régulateurs. Les éléments cis régulateurs sont des séquences régulatrices de gènes présentes dans le génome de la cellule. Les éléments trans régulateurs sont des protéines régulatrices de gènes. Ici, l'élément régulateur est une protéine A, donc ce n'est pas un élément cis régulateur, mais trans régulateur. 

 

Item B : Cet item est bien vrai, dans une RT-PCR, on extrait des ARNm, puis on les rétro-transcrit en ADN pour pouvoir les étudier car l'ADN est beaucoup plus stable que l'ARNm. 

 

Item C : Ceci est vrai, cf plus haut : le gène domestique est en quantité anormale dans la piste de 100nM, ce qui veut dire que l'on ne peut pas conclure quand à l'effet de la protéine A sur le gène X à une concentration de 100nM. Néanmoins, on peut voir que dans toutes les autres pistes, la protéine A augmente la transcription du gène X. 

 

Il y a 22 heures, lilythium a dit :

je ne comprend pas pourquoi le A est vrai alors qu'aucune des 2 amorces n'est complémentaires

et je ne comprend pas non plus comment on fait pour savoir que la PCR est à forte stringence

Pour ce genre de QCM, je te conseille de prendre le temps d'écrire le brin complémentaire et antiparallèle de la séquence donnée. Ensuite, tu surlignes les amorces et tu regardes si elles te permettent de faire une amplification du brin. 

Item A : En regardant tes deux amorces, effectivement je ne vois pas trop comment elles peuvent être utilisées sachant qu'elles correspondent à des séquences de du brin donné, alors que normalement une des deux amorces devrait être identique au brin complémentaire et antiparallèle. Pour cette item, je te conseille d'envoyer un message au professeur, mais pour moi il ne devrait pas être vrai. 

Ensuite, pour les items C et D, on te dis qu'une mutation est possible dans la région 3' de l'hybridation de l'amorce. Cependant, tu veux quand même séquencer ton ADN, donc il faut quand même que tes amorces s'hybrident. Ta stringence doit donc être basse et non haute. 

Sur un autre post, j'avais expliqué ce qu'était la stringence :

"La stringence correspond aux conditions d'appariement de l'ADN et de l'ARN. Dans une PCR, en fonction de la température par exemple, l'appariement des deux brins se fera de façon plus ou moins spécifique. A haute température, l'appariement est difficile, cela veut dire que pour qu'il y ai appariement, la spécificité entre les deux brins doit être élevée, on parle de haute stringence.

A basse température, l'appariement est facile, cela veut dire que deux séquences pourront s'hybrider entre elles alors qu'elles n'ont pas forcement une séquence totalement complémentaire (un nucléotide peut changer mais on aura quand même appariement), on parle de basse stringence."

 

Il y a 22 heures, lilythium a dit :

je ne comprend pas comment on trouve pour le B et le C

 

 

Tout d'abord, pour revenir à la stringence : "en condition stringentes" signifie que cette fois si, on est à haute stringence, une mutation d'un nucléotide fera que l'amorce ne peut pas s'hybrider. 

Ensuite, regardons les trois patients : 

normal : les amorces A et B se sont bien hybridées : cela veut dire que la manip s'est bien déroulée (car la séquence 500 est une séquence témoin). 

Ensuite, pour le couple CD, on a bien une amplification à 300pb, pour le couple CE, on n'a pas d'amplifications, cela veut dire que la piste normal est homozygote sain pour la mutation recherchée. (ce qui semble logique puisque "normal")

Patient 1, avec le couple CD, on a aucune amplifications, alors que pour CE, on a une amplification à 300pb. Cela signifie que le patient 1 est homozygote muté pour la mutation recherchée. (item C faux)

Patient 2, on a aucunes amplification à 300pb pour le couple CD, et une amplification pour CE à 250pb. Une séquence a bien été amplifiée, cela veut dire que l'amorce E s'est bien hybridée. Le patient a donc la mutation recherché, mais pas que, il a aussi une autre mutation (ex : délétion) qui fait que la séquence est raccourcie.  Les patients 1 et 2 possèdent donc une mutation en commun. 

 

Il y a 23 heures, lilythium a dit :

le C, j'aimerais bien qu'on me dise ce qui est utilisé en vrai vu que cet item est faux

 

Cet item est faux car la polymérase est bien ADN pol ADN dépendante, mais est thermorésistante et non thermolabile. 

 

Il y a 23 heures, lilythium a dit :

la c'est le D, je ne comprend pas comment on fait pour trouver la réponse ?

 

 

Pour répondre à cet item, il faut bien comprendre quels sont les exons qui sont présents dans les cellules du foie et du muscle. 

Je te copie ce que j'avais déjà expliqué sur un autre sujet : 

" Avec les Amorces et les pb sur l'électrophorèse, nous pouvons conclure que :

Dans le foie, il y a : 

Avec les amorces A et B, un fragment à 500pb, soit l'exon I (300) et II (200).

Avec les amorces A et C, rien.

Avec les amorces A et D, un fragment à 750pb. Ici, nous pouvons voir une amplification avec l'amorce D, donc l'exon IV sera forcément présent dans l'ARNm. Pour arriver à 750pb, il nous faut donc 200pb car l'exon I fait déjà 300pb et l'exon IV 250pb. Le seul exon possible est donc l'exon II. l'ARNm sera donc : I+II+IV.

L'item B est donc faux, si l'ARNm était  I+II+III, on aurait pas eu d'amplifications avec les amorces A et D puisque l'exon IV est épissé, et donc l'amorce D n'aurait pas pu s'hybrider. 

Dans le muscle, il y a :

Avec les amorces A et B, 0 amplifications.

Avec les amorces A et C, une amplification à 600pb, ce qui correspond à I+III.

Avec les amorces A et D, une amplification à 850pb, ce qui correspond à I+III+IV. "

Maintenant, regardons la deuxième partie de l'énoncé : le northern blot sur les ARN issus des mêmes tissus.

Tu peux voir que dans le foie pour la sonde I on a un fragment à 900pb (0,9kb), or on a vu qu'avec les amorces A et D, ton fragment faisait 750pb, donc 900-750 = 150 pb correspondant à la queue poly A. 

Pour la sonde II dans le muscle, ton fragment fait 1000pb (soit 1kb), 1000 - 850 = 150pb, correspondant à la queue poly A. 

Ton item D est donc vrai. 

Il y a 23 heures, lilythium a dit :

je n'ai juste rien compris  

 

Okay pas de soucis, je vais expliquer ce QCM. 

Pour comprendre et pour pouvoir répondre à ce QCM, il faut tout d'abord avoir compris ce qu'était la RT-PCR en temps réel. Une RT-PCR est comme expliqué plus haut, une manip pour étudier la quantité d'ARN exprimée dans les cellules d'une gène donné. Pour cela, on prélève les ARN de la cellule, puis on rétro-transcrit ces ARN en ADN et on fait une PCR. Ici, l'ADN fluoresce, ce qui veut dire que plus il y a de l'ADN plus la fluorescence sera importante. 

Parlons de l'allure des courbes : c'est une exponentielle : tu sais qu'à chaque réplication, la quantité  l'ADN est doublée. Au début, tu n'as pas assez d'ADN pour que la fluorescence soit visible. Puis à partir d'un seuil, la fluorescence est détectable, et en fonction des cycles de réplication e l'ADN, ta fluorescence va doubler. puis à la fin, tu retrouve un nouveau seuil, qui correspond au seuil de l'appareil de mesure. En effet, l'appareil est à saturation, il ne pourra plus détecter l'augmentation de la fluorescence. 

Maintenant, parlons de l'experience. 

La détection de la fluorescence est plus rapide (cycle 4) pour les cellules saines/contrôles que pour les cellules cancéreuses (cycle 16). Les cycles correspondant aux cycles de réplication de l'ADN in vitro. Cela signifie que la quantité d'ADN de départ était bien plus importantes dans les cellules saines que dans les cellules cancéreuses, et que donc la quantité de miARN dans les cellules saines est bien plus importante que dans les cellules cancéreuses. 

En effet, plus il y avait de miARN au départ, plus la quantité d'ADN obtenu (par rétrotranscription) est importante, et donc plus le seuil de détection de la fluorescence est atteint rapidement. 

Maintenant répondons aux items : 

item A : Faux, tu vois que le miARN est beaucoup moins présent dans les cellules cancéreuses que dans les cellules saines, ce qui veut dire que le gène codant pour le miARN ne peut pas avoir été dupliqué dans les cellules cancéreuses (sinon se serait l'inverse). 

Item B : Faux, cela est l'inverse, les ARN transcrits du miARN-129 sont plus exprimés dans les cellules saines que les cellules cancéreuses.

Item C : Vrai, un méthylation du promoteur revient à une grande diminution de son activité. Si le promoteur est méthylé, l'expression du gène du promoteur sera diminuée. Ceci est le cas pour les cellules cancéreuses, on a une diminution de la quantité de miARN, ce qui peut être dû à la méthylation du promoteur du miARN.

Item D : Vrai, n'oublions pas qu'un miARN inhibe l'expression d'un autre gène en s'hybridant avec son ARNm. Si on a une diminution de la quantité en miARN, cela signifie que les ARNm cible du miARN-129 pourront être + traduit, car le miARN-129 va moins s'hybrider avec les ARNm.

Item E : Vrai, le pri-miARN-129 polyadénylé correspond au transcrit du gène codant le miARN. Ensuite, ce pri-miARN-129 polyadénylé sera clivé et donnera le miARN. Cela dit, ce qui nous intéresse est la quantité de transcrit du gène codant le miARN, donc la RT-PCR peut très bien être faite sur le pri-miARN-129 polyadénylé comme sur le miARN. 

 

Voila, j'espère t'avoir aidé , est ce que tout est bon pour toi ?