canevese Posted November 2, 2013 Share Posted November 2, 2013 Je ne comprends pas comment il faut faire pour résoudre ce genre de QCM A propos des endopeptidases: Soit un peptide tel que : A—K—M—R—F—R—C—W. On le soumet à l’action de la trypsine et de la chymotrypsine successivement, enzymes sécrétées par le pancréas exocrine. Quels sont après traitement par le FDNB les DNP-aa que l’on est susceptible de trouver ? A. DNP- Ala. B. DNP-Met. C. DNP-Cys. D. DNP-Trp. E. DNP-Arg. Les bonnes réponses sont ABCE Je sais que la chymotrypsine coupe au niveau du carboxyl de Phe, Trp et Tyr et que pour la trypsine c'est au niveau de la lysine et arginine. Mais je n'arrive pas à voir où ça coupe exactement ni ce que représente les DNP. Ce sont les AA terminales? Voilà, merci d'avance Link to comment Share on other sites More sharing options...
fanny40 Posted November 2, 2013 Share Posted November 2, 2013 Salut, Alors quand on dit que la trypsine coupe en carboxyl des Lys par exemple, ça veut dire que dans un peptide du style : L-H-F-K-I-A, la trypsine va couper juste après la Lys : L-H-F-K / I-A et donnera donc 2 nouveaux peptides : L-H-F-K et I-A. Ensuite la réaction avec le DiNitroFluoroBenzène (ou DNFB) va produire des DNP-aa, c'est-à-dire qu'il va former un composé DNP-aa avec l'acide aminé en N-terminal de chaque peptide. Donc après avoir traité mon peptide de l'exemple, il y a 2 acides aminés en Nterm (comme il y a 2 peptides) et donc tu auras des composés DNP-Leu et DNP- Ile. Les endopeptidases couperont après chaque aa qui leur est spécifique et créeront donc autant de nouveaux peptides. Je te laisse donc rééssayer le QCM et dis-moi si tu y arrives Link to comment Share on other sites More sharing options...
canevese Posted November 2, 2013 Author Share Posted November 2, 2013 Ah oui d'accord merci, donc en gros ma séquence devient AK - MR - F - R - CW. Il y a 5 AA en Nterm: DNP-Ala DNP-Met DNP-F DNP-Arg et DNP-Cystéine. Et ya un autre QCM qui me posait problème sur le même principe : Quels PTH-aminoacides peut on mettre en évidence après un cycle de dégradation suivant la méthode d'Edman sur le produit d'hydrolise trypsique du peptide suivant : S – R – K – F – R – Y A. PTH-Tyr B. PTH-Ser. C. PTH-Lys. D. PTH-Phe. E. PTH-Arg . Avec l'action de la trypsine, j'ai donc SR-K-FR-Y. Pour la méthode d'Edman, il faut regarder à la fois les AA N term et C term non? Je comprend pas pourquoi la proposition E est fausse car pour moi elles sont toutes justes Link to comment Share on other sites More sharing options...
fanny40 Posted November 2, 2013 Share Posted November 2, 2013 Salut, pour la méthode d'Edman, il s'agit aussi de mettre en évidence les acides aminés Nterminaux, c'est un peu l'équivalent du DNFB. Ca te donne, un PTH-S, un K, un F, un Y. Cependant je t'avoue que dans les QCM des annales, je ne me souviens pas l'avoir déjà vu, la plupart du temps ils utilisent la méthode au DNFB... Je ne connais pas vraiment la différence entre les 2... Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest Jeffrey Posted November 4, 2013 Share Posted November 4, 2013 Pour la différence entre les 2 méthodes (il vaut mieux le savoir) : L'exemple d'un tétrapeptide AA1-AA2-AA3-AA4 Méthode de SANGER : elle utilise le DNFB, qui va se fixer à la fonction amine de l'AA N-Terminal et donne un dérivé (DNP-AA). Ensuite, on fait une hydrolyse acide pour cliver le peptide et identifier le DNP-AA par une chromatographie par exemple. En gros, à la fin, tu vas avoir un mélange avec : DNP-AA1 + AA2 + AA3 + AA4. Donc le problème, c'est que tu perds ton peptide lors de l'hydrolyse (il est complètement clivé) et tu peux plus le séquencer, ça te permet juste de connaître l'AA N-Ter. Méthode d'EDMAN : elle utilise le PITC, qui se fixe à la fonction amine de l'AA N-Terminal et donne un dérivé (PTH-AA). Ensuite, on fait une hydrolyse dans des conditions douces pour libérer le dérivé PTH-AA du peptide et l'identifier. Donc à la fin du 1er cycle, tu te retrouves avec : PTH-AA1 + AA2-AA3-AA4. Donc l'avantage ici, c'est que ton peptide va rester intact (-1 AA). Et tu peux réaliser d'autres cycles au PITC pour libérer l'AA N-Ter à chaque fois et l'identifier. Ça te permet de séquencer ton peptide. C'est pour ça qu'on parle de méthode "récurrente" d'EDMAN (et c'est pour ça qu'on te dit "après un cycle de dégradation") Bon courage. Link to comment Share on other sites More sharing options...
canevese Posted November 13, 2013 Author Share Posted November 13, 2013 Désolé de répondre que maintenant Mais merci beaucoup à vous 2 pour votre aide! Link to comment Share on other sites More sharing options...
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