TD Génome

[Laurie12]

Salut ! 

J'ai plusieurs questions concernant le TD2 de génome sur la réplication.

Déjà questions de cours : les procaryotes possèdent des introns et des exons ? Ou que des exons ? 

Q3 item C : pourquoi la réponse représente un motif de 6 pb ? Comment on sait que c'est ce motif on le repère comment ?

Q4 item E : on traduit quoi après l'épissage du gêne ? On le traduit l'exon 1 ou pas ? Et on doit 'arrêter au premier ou dernier codon stop ?  

Q7 : comment on peut savoir où commence l'exon 4 ? 

Q8 : je comprends pas bien la règle du Wooble. J'ai l'impression qu'on échange certaines lettres et pas d'autres alors qu'elles font aussi partie de la règle. Et d'ailleurs vous n'avez pas de moyen mémo pour retenir le Wooble ? Pcq j'arrive JAMAIS à me souvenir des différentes bases..

Merci !!

[Moustache]

Holà @Laurie12 pour ta question de cours, j'ai noté dans mon cours que les procaryotes n'ont pas d'intron 

Pour le td je ne l'ai pas encore fait dsl 

et pour le Wooble, en gros sur l'ARNt tu as une boucle anticodon qui permet de reconnaître le codon à traduire de l'ARNm. Donc il va y avoir un appariement entre le codon de l'ARNm et l'anticodon de l'ARNt et ça se fait de manière antiparallèle: de 5' -> 3' pour le codon de l'ARNm et de 3'-> 5' pour l'anticodon de l'ARNt. 

Je te mets ce schéma pour que tu comprennes : https://zupimages.net/viewer.php?id=21/14/hclp.jpg (ça reprend ce que je viens de te dire)

Du coup on peut enfin parler du Wooble: l'association des deux premières bases du codon (5' ->3') avec les deux premières bases de l'anticodon (3' ->5') sont "fixes" 

alors que pour la dernière base du codon (5' ->3') et la dernière de l'anticodon (3' ->5') on peut avoir plusieurs possibilités. Si la base en 5' de l'anticodon c'est U -> liaison possible avec A ou G, si c'est G -> liaison possible avec C ou U et si c'est I -> liaison possible avec A , U ou C 

Dis moi si c'est pas clair...

 

[Laurie12]

il y a 33 minutes, Moustache a dit :

Holà @Laurie12 pour ta question de cours, j'ai noté dans mon cours que les procaryotes n'ont pas d'intron 

Pour le td je ne l'ai pas encore fait dsl 

et pour le Wooble, en gros sur l'ARNt tu as une boucle anticodon qui permet de reconnaître le codon à traduire de l'ARNm. Donc il va y avoir un appariement entre le codon de l'ARNm et l'anticodon de l'ARNt et ça se fait de manière antiparallèle: de 5' -> 3' pour le codon de l'ARNm et de 3'-> 5' pour l'anticodon de l'ARNt. 

Je te mets ce schéma pour que tu comprennes : https://zupimages.net/viewer.php?id=21/14/hclp.jpg (ça reprend ce que je viens de te dire)

Du coup on peut enfin parler du Wooble: l'association des deux premières bases du codon (5' ->3') avec les deux premières bases de l'anticodon (3' ->5') sont "fixes" 

alors que pour la dernière base du codon (5' ->3') et la dernière de l'anticodon (3' ->5') on peut avoir plusieurs possibilités. Si la base en 5' de l'anticodon c'est U -> liaison possible avec A ou G, si c'est G -> liaison possible avec C ou U et si c'est I -> liaison possible avec A , U ou C 

Dis moi si c'est pas clair...

 

OK en gros mettons que j'ai ACG en 5' 3' je dois prendre GCA et trouver les correspondances avec le Wooble ? Ca donnerait par exemple UAU ou UAA ?

Enft ma séquence 5' 3' elle correspond au codon ou à l'anticodon ? Dans tous les cas je dois la mettre  l'envers et ensuite je dois la modifier avec le Wooble ? 

J'ai du mal avec ce truc  Et sinon pour le TD tkt j'attends l'intervention divine d'un RM

[Moustache]

Si tu as ACG sur l'ARNt en 3'->5' alors ça va correspondre sur ton ARNm (5' ->3') à UGC ou UGU car la position de la dernière base sur l'anticodon en 5' c'est G. 

Je ne sais pas si ça répond à ta question 

[Moustache]

https://zupimages.net/viewer.php?id=21/14/5z00.jpg je t'ai fait un schéma, je trouve que c'est plus simple à comprendre (aucun commentaire c'était ultra dur à dessiner mdr) 

dans l'accolade tu as les deux possibilités comme on a G en dernière position sur l'anticodon 

[Laurie12]

Il y a 2 heures, Moustache a dit :

https://zupimages.net/viewer.php?id=21/14/5z00.jpg je t'ai fait un schéma, je trouve que c'est plus simple à comprendre (aucun commentaire c'était ultra dur à dessiner mdr) 

dans l'accolade tu as les deux possibilités comme on a G en dernière position sur l'anticodon 

Jpp ton schéma il m'a tuée. Mais oui j'ai capté en gros je dois repérer de base si j'ai un Arnt ou Arnm. Mais si c'est le t il sera déjà en 3' 5' ou faut l'inverser ? Et du coup oui après je le traduis en Wooble. 

Pour la suite du TD est-ce que @Amélithium pourrait me secourir ? 

[Moustache]

il y a 15 minutes, Laurie12 a dit :

 Mais si c'est le t il sera déjà en 3' 5' ou faut l'inverser ? Et du coup oui après je le traduis en Wooble. 

 

Alors là je pense que ça va dépendre de l'énoncé mais normalement ce sera précisé si c'est 3' ->5' ou 5'->3' 

[Laurie12]

Il y a 2 heures, Moustache a dit :

Alors là je pense que ça va dépendre de l'énoncé mais normalement ce sera précisé si c'est 3' ->5' ou 5'->3' 

Je verrai si je retrouve ce genre de QCM. D'ailleurs j'ai pas encore fait d'annales mais je crois que niveau génome c'était pas ouf non ? T'en as refait depuis ? 

[Amélithium]

Coucou @Laurie12 ! 

Le génome c'est pas mon domaine, j'invoque tes RM Génome @victoranduran et @audreyfdn

Mais en attendant je peux essayer de te répondre quand même (vu que j'aime bien le génome !!!) 

 

Il y a 8 heures, Laurie12 a dit :

Q3 item C : pourquoi la réponse représente un motif de 6 pb ? Comment on sait que c'est ce motif on le repère comment ?

Tu dois regarder les séquences proposées et les comparer (il y a à chaque fois 1 ou plusieurs nucléotides qui changent). Le facteur de transcription se lie uniquement à la première séquence donc tu sais que l'élément de réponse est dans cette séquence. Puis si tu la compares à la seconde : 

cttcgagtatcccgggataaaaaccc (séq 1)

cttcgagtatccagggataaaaaccc (séq 2)

Tu vois que toute la séq est identique sauf au niv d'une base (en gras) car il y a changement de C en A donc tu sais que ce C est nécessaire pour avoir la liaison avec le facteur de transcription.

Puis tu fais pareil avec les autres séq : 

cttcgagtatcccgggataaaaaccc (séq 1)

cttcgagtatcccaaagggaaaaccc (séq 3) 

6 nucléotides différents ici or le facteur ne se lie pas à la séq 3 alors qu'il se lie à la 1 donc GGGATA sont donc essentiels pour la liaison.

cttcgagtatcccgggataaaaaccc (séq 1)

cttcgagcccaaagggataaaaaccc (séq 4)

Ici y'a toute cette partie qui change : donc cette partie est aussi indispensable pour la liaison 

 

Maintenant tu peux tout mettre en commun : 

cttcgagtatcccgggataaaaaccc (séq 1)

Donc tu as toute cette séquence qui correspond à l'élément de réponse. Tu as bien un motif de 6 bases avec répétition inversée puisque tu as : 

5' tatcccgggata 3'      

3' atagggccctat 5'

Le motif de 6 bases correspond à celle qui sont en gras et soulignées (5' tatccc 3') et tu vois que si tu fais le complémentaire de cette séq de 6 bases tu as 3' ataggg 5', ce qui correspond à la fin de l'élément de réponse si tu lis la séquence du coup de droite à gauche. C'est ça que veut dire "répétition inversée d'un motif de 6 bases", tu as le même motif qui est suivi de son complémentaire (inversé). 

C'est pas très clair ... je sais pas trop comment te l'expliquer ... Est-ce que tu vois ce que je veux dire ?

Un autre moyen de le voir est que si tu regardes la séquence de l'élément de réponse (les 12 bases) et son complémentaire, et que tu lis la séquence de 5' -> 3', tu te rend compte que si tu prends l'un ou l'autre des brins, ça te donne exactement la même séquence.

 

Je sais vraiment pas si tu comprends ce que je raconte ... Si c'est pas le cas n'hésites pas à le dire !

 

Il y a 8 heures, Laurie12 a dit :

Q4 item E : on traduit quoi après l'épissage du gêne ? On le traduit l'exon 1 ou pas ? Et on doit 'arrêter au premier ou dernier codon stop ? 

La TRADUCTION correspond à la formation de la protéine (à différencier de la TRANSCRIPTION qui correspond à la formation de l'ARNm). 

Du coup lors de la traduction tu as un ARNm mature (donc épissé avec toutes les modifs post-transcriptionnelles) qui est traduit en une protéine à partir du AUG de l'ARNm jusqu'au premier codon STOP rencontré. Ici je pense que l'ARNm mature comprend les exons 1, 2, 3, 4 et 5 mais la protéine va être codée de l'AUG présent dans l'exon 1 jusqu'au premier codon STOP qui est dans l'exon 4. Donc pour moi l'item est faux puisque c'est pas 5 mais 4.

Tu t'arrêterais au codon STOP de l'exon 5 si tu avais un épissage de l'ARN où l'exon 4 serait enlevé mais ici il n'est pas précisé qu'il y a un épissage alternatif avec suppression de l'exon 4 donc tu vas stopper la traduction au niv du codon 4.

 

Il y a 8 heures, Laurie12 a dit :

Q7 : comment on peut savoir où commence l'exon 4 ? 

Ou la ça se complique pour moi ...

Transcrit 1 exprimé dans le pancréas comprend les exons 1, 4 jusqu'à 12.

Transcrit 2 exprimé dans le foie comprend les exons 2, 4 jusqu'à 12.

Donc tu sais qu'à partir du moment où tu as la même séquence d'AA, c'est que tu es dans l'exon 4 : ici c'est à la fin de la première ligne, tu vois que tu as V E Q I ... dans les 2 parties donc V (c'est une valine) est le premier AA codé par l'exon 4.

 

Il y a 8 heures, Laurie12 a dit :

Q8 : je comprends pas bien la règle du Wooble. J'ai l'impression qu'on échange certaines lettres et pas d'autres alors qu'elles font aussi partie de la règle. Et d'ailleurs vous n'avez pas de moyen mémo pour retenir le Wooble ? Pcq j'arrive JAMAIS à me souvenir des différentes bases..

Oh j'avais oublié ce mot ! Mais j'adorais faire les QCM avec ça ! 

Je te fais un copié-collé de mon cours : 

Ds la correspondance codon – anticodon, pour la 1^ère et 2^ème posit° du codon, l’appariement est très contraint ds l’espace : pas de possibilité de varier à gauche ou à droite.

Par contre, sur la 3^ème posit° du codon, cad la 1^ère posit° de l’anticodon, il y a possibilité d’avoir une petite translat° d’une posit° par rapport à l’autre → Wobble, permet des appariements non classiques entre les bases :

- Un G qui est en 1^ère base de l’anticodon, reconnait un C en 3^ème base du codon (appariement classique), mais ce G est également capable de reconnaitre un U (appariement non-attendu) → permis grâce au phéno de Wobble.

- Un U reconnait normalement un A en 3^ème base du codon, mais en 1^ère base de l’anticodon il est capable de permettre d’avoir un G comme 3^ème base du codon..

Cela permet au m^ ARNt de reconnaître +ieurs anticodons ≠.

- Enfin, ds le dernier cas de figure, permet d’avoir + d’associat° encore : la 1^ère base de l’anticodon va changer, on ne va pas avoir une base classique (G, U, A, C) mais on va avoir une hypoxanthine (= inosine (I) + ribose) qui permet l’appariement ac des C, des U ou des A.

Cela permet au m^ triplet de l’anticodon de reconnaitre +ieurs codons ≠.

 

Dis-moi si tu comprends pas un truc ou que tu comprends pas mes abréviations.

Pour rappel : codon = sur l'ARNm et anticodon = sur l'ARNt.

 

Euh pour le mémo nous on avait à côté du tableau avec la correspondance les schémas avec les Wobble, c'est pas votre cas ?

 

N'hésites pas à me dire si j'ai oublié des passages ou que tu ne comprends pas certaines choses ! 

[Moustache]

Il y a 1 heure, Laurie12 a dit :

Je verrai si je retrouve ce genre de QCM. D'ailleurs j'ai pas encore fait d'annales mais je crois que niveau génome c'était pas ouf non ? T'en as refait depuis ? 

Nope j'ai pas refais d'annales il me manque le dernier td de génome à faire du coup je vais voir si je peux te répondre sur quelques questions 

Et pour le td 2  c'est bien précisé dans l'énoncé si c'est un ARNt ou non et le sens 5' ->3' par exemple du coup on peut y répondre 

Je viens de voir qu' @Amélithium à repondu à tout et c'est super bien détaillé du coup c'est nickel 

[Amélithium]

il y a 9 minutes, Moustache a dit :

Je viens de voir qu' @Amélithium à repondu à tout et c'est super bien détaillé du coup c'est nickel 

C'est super si vous comprenez mes explications un peu bancales ...

Mais si y'a des trucs qui ne sont pas clairs n'hésitez pas ! 

 

Et pour le Wobble vous avez une page donnée lors des exams avec le tableau des codons et les appariements du Wooble ? Pcq sinon je peux vous mettre l'image, c'est bcp plus clair que les explications ?

[Moustache]

@Amélithium non on a juste le tableau avec les codons pour la traduction mais pour le Wooble on a rien, je crois qu'on doit apprendre par coeur qu'avec G on peut lier un U et un C etc mais si vous l'aviez eu je trouve ça étrange que nous non 

[Amélithium]

@Moustache Oui c'est bizarre ...

Voilà ce que nous on avait : 

https://drive.google.com/file/d/1y2Ce0hBLWo6NCM7nlCRnQgnWILDAhCRC/view?usp=sharing

Je trouve ça plus intuitif que d'apprendre par coeur qui va avec qui mais du coup si vous l'avez pas à l'exam, soit vous pouvez apprendre chaque appariement, soit retenir un des 2 tableaux en faisant attention à ne pas inverser ARNt et ARNm et après sur un exercice, si on vous demande l'autre cas de figure, vous pouvez le déduire à partir du tableau ou retrouver l'autre tableau en référençant chaque lettre ...

 

C'est vraiment étrange qu'ils ne vous le donnent pas et qu'ils vous demandent de l'apprendre ... C'est le cours du Pr Langin ?

[Laurie12]

Il y a 8 heures, Amélithium a dit :

@Moustache Oui c'est bizarre ...

Voilà ce que nous on avait : 

https://drive.google.com/file/d/1y2Ce0hBLWo6NCM7nlCRnQgnWILDAhCRC/view?usp=sharing

Je trouve ça plus intuitif que d'apprendre par coeur qui va avec qui mais du coup si vous l'avez pas à l'exam, soit vous pouvez apprendre chaque appariement, soit retenir un des 2 tableaux en faisant attention à ne pas inverser ARNt et ARNm et après sur un exercice, si on vous demande l'autre cas de figure, vous pouvez le déduire à partir du tableau ou retrouver l'autre tableau en référençant chaque lettre ...

 

C'est vraiment étrange qu'ils ne vous le donnent pas et qu'ils vous demandent de l'apprendre ... C'est le cours du Pr Langin ?

Merci ! Oui je pense avoir compris tkt ! Juste pour le wooble non on doit l'apprendre mais on a pas les 4 colonnes on en a que 3. Mais bon c'est chiant quand mm j'arrive pas à retenir je vais essayer de me faire des mémos. 

Par contre pour le QCM 7 comment on sait que ces AA sont dans l'exon 4 vu qu'on a pas dans la séquence dans l'exon précédent ? 

Et merci @Moustache aussi !! Si t'as besoin d'aide pour d'autres questions du TD je pourrai peut être t'aider hésite pas ! J'attaque les QCM sup je risque de poser d'autres questions hehe 

[Amélithium]

il y a 8 minutes, Laurie12 a dit :

Merci ! Oui je pense avoir compris tkt

Super ! 

 

il y a 8 minutes, Laurie12 a dit :

Juste pour le wooble non on doit l'apprendre mais on a pas les 4 colonnes on en a que 3. Mais bon c'est chiant quand mm j'arrive pas à retenir je vais essayer de me faire des mémos. 

Mmm c'est bizarre ... Oui essaie de faire un mémo !

 

il y a 9 minutes, Laurie12 a dit :

Par contre pour le QCM 7 comment on sait que ces AA sont dans l'exon 4 vu qu'on a pas dans la séquence dans l'exon précédent ? 

Dans le QCM 6 on t'indique la position des amorces

J'ai plus l'énoncé sous les yeux mais on t'indique dans l'énoncé que les exons 4 à 12 ne font pas l'objet d'un épissage alternatif il me semble, donc ils seront présents dans tous les transcrits.

Donc tu vois que pour le pancréas avec le couple d'amorce 1 (exons 1 et 4) tu as une amplification donc les exons 1 et 4 sont présents dans le transcrit.

Pour le foie, tu as 2 transcrits obtenus (car de différentes tailles : 240 et 360 pb) avec le couple 2 (exons 2 et 4), avec une différence de 120 pb or on te dis que l'exon 3 fait 120 pb donc il y a un le transcrit le plus petit qui n'a que les exons 2 et 4 et l'autre qui a les exons 2, 3, et 4. Mais pas d'exon 1 dans les transcrits du foie vu qu'il n'y a pas d'amplification avec le couple 1.

Et avec le couple 4 tu vois que les transcrits du foie et du pancréas ont les exons 4 à 12. 

Donc tu as 3 transcrits différents : 

Dans le pancréas, composé de 1, 4 ... 12 (vu qu'avec les amorces qui débutent au niv des exons 2 et 3 on a pas d'amplification donc ils ne sont pas présents).

Dans le foie tu en as 2, le plus grand est composé des exons 2, 3, 4 ... 12 et le plus petit des exons 2, 4 ... 12. 

Donc si tu compares les transcrits du foie et du pancréas, tu vois qu'ils vont avoir la même séquence à partir de l'exon 4 (en 3') mais que la partie 5' est totalement différente donc à partir du moment où tu retrouves la même séquence, c'est que tu es dans l'exon 4.

Est-ce que c'est plus clair ?

Sur ce gros QCM avec bcp d'infos, moi je me fais un schéma avec les exons et je place les amorces en dessous avec des flèches (-> <-) en indiquant de quel couple il s'agit, ainsi que toutes les données de tailles de l'énoncé et ensuite avec les électrophorèses je mets le résultats à côté du couple correspondant (par ex pour le couple 1 j'ai mis 550 pb panc comme ça je savais la taille, les bornes de l'ampli et la localisation -> c'est plus facile de comparer les résultats du coup). Je trouve ça plus rapide que de faire des allers-retours dans le texte de l'énoncé ... Si tu comprends pas mon explication de schéma, dis-me le si tu veux que je te l'envoie.

[Laurie12]

Il y a 2 heures, Amélithium a dit :

Super ! 

 

Mmm c'est bizarre ... Oui essaie de faire un mémo !

 

Dans le QCM 6 on t'indique la position des amorces

J'ai plus l'énoncé sous les yeux mais on t'indique dans l'énoncé que les exons 4 à 12 ne font pas l'objet d'un épissage alternatif il me semble, donc ils seront présents dans tous les transcrits.

Donc tu vois que pour le pancréas avec le couple d'amorce 1 (exons 1 et 4) tu as une amplification donc les exons 1 et 4 sont présents dans le transcrit.

Pour le foie, tu as 2 transcrits obtenus (car de différentes tailles : 240 et 360 pb) avec le couple 2 (exons 2 et 4), avec une différence de 120 pb or on te dis que l'exon 3 fait 120 pb donc il y a un le transcrit le plus petit qui n'a que les exons 2 et 4 et l'autre qui a les exons 2, 3, et 4. Mais pas d'exon 1 dans les transcrits du foie vu qu'il n'y a pas d'amplification avec le couple 1.

Et avec le couple 4 tu vois que les transcrits du foie et du pancréas ont les exons 4 à 12. 

Donc tu as 3 transcrits différents : 

Dans le pancréas, composé de 1, 4 ... 12 (vu qu'avec les amorces qui débutent au niv des exons 2 et 3 on a pas d'amplification donc ils ne sont pas présents).

Dans le foie tu en as 2, le plus grand est composé des exons 2, 3, 4 ... 12 et le plus petit des exons 2, 4 ... 12. 

Donc si tu compares les transcrits du foie et du pancréas, tu vois qu'ils vont avoir la même séquence à partir de l'exon 4 (en 3') mais que la partie 5' est totalement différente donc à partir du moment où tu retrouves la même séquence, c'est que tu es dans l'exon 4.

Est-ce que c'est plus clair ?

Sur ce gros QCM avec bcp d'infos, moi je me fais un schéma avec les exons et je place les amorces en dessous avec des flèches (-> <-) en indiquant de quel couple il s'agit, ainsi que toutes les données de tailles de l'énoncé et ensuite avec les électrophorèses je mets le résultats à côté du couple correspondant (par ex pour le couple 1 j'ai mis 550 pb panc comme ça je savais la taille, les bornes de l'ampli et la localisation -> c'est plus facile de comparer les résultats du coup). Je trouve ça plus rapide que de faire des allers-retours dans le texte de l'énoncé ... Si tu comprends pas mon explication de schéma, dis-me le si tu veux que je te l'envoie.

Oui je veux bien un schéma... Désolée hein mais j'arrive pas à visualiser. Merci beaucoup en tout cas !

[Amélithium]

il y a une heure, Laurie12 a dit :

Oui je veux bien un schéma... Désolée hein mais j'arrive pas à visualiser. Merci beaucoup en tout cas !

Pas de soucis, tkt pas ! 

Voilà le dessin (je l'ai refait au propre pour que ce soit plus clair) : https://drive.google.com/file/d/1rEgk_TSQzCwOMMDtynQauDTgSHEJh3Fd/view?usp=sharing

Je te réexplique tout ci-dessous en même temps que je fait le schéma avec les données pour que tu vois comment faire :

Il faut que tu reprennes l'énoncé du QCM 6 et tu notes les infos qui te paraissent importantes et dont tu vas potentiellement avoir besoin. 

Moi j'ai commencé par re-représenté l'ADN avec les exons (carrés) et les introns (traits) et comme je l'avais lu une première fois avant d'attaquer le QCM pour voir ce qu'on allait demander j'avais vu que "Les exons 4 à 12 ne font pas l’objet d’épissage alternatif" donc je me suis pas embêter à dessiner tous ces exons j'ai juste mis des - - - pour dire qu'ils sont présents mais qu'on ne s'y intéresse pas.

Puis ensuite j'ai placé les amorces avec des flèches comme indiqué dans l'énoncé.

Puis ensuite on donne la taille de l'exon 3 donc je mets au-dessus de l'exon 3 120 pb (si on le donne et pas les autres c'est que ça va nous servir ! )

 

Puis ensuite on analyse les résultats de l'électrophorèse : 

On commence avec l'ADN génomique : avec le couple 2 ça fait 5850 pb et avec le couple 3 ça fait 4750 pb donc on le note sur le schéma (ici je l'ai mis en haut vu qu'on parle de l'ADN et pas des ARN).

 

Puis on analyse les résultats sur les ARN totaux de pancréas : 

Tu as un signal avec le couple 1 donc ça veut dire que les amorces ont pu s'hybrider et ça a été amplifié. Donc je note le résultat à côté du couple 1 : 550 pb pancréas. Vu qu'il y a eu amplification ça veut dire que l'exon 1 et l'exon 4 sont présents dans ce transcrit du pancréas, sinon on aurait eu le cas de figure suivant : 

Avec le couple 2 pas d'ampli donc ça veut dire que les amorces n'ont pas pu s'hybrider et donc qu'un ou les 2 exons ne sont pas présents. Or tu sais que l'amorce anti-sens est la même pour les couples 1 et 2 donc l'exon 4 est nécessairement présent. Ce qui veut dire que c'est l'amorce sens (en 5') qui ne s'est pas hybridée car l'exon 2 n'est pas présent dans l'ARN du pancréas.

Idem pour le couple 3, pas d'ampli donc l'exon 3 n'est pas présent.

On continue avec le couple 4 : ampli donc exons 4 et 12 présents et ça fait 2200 pb (on se souvient qu'il n'y a pas d'épissage alternatif entre ces exons donc les exons 4 à 12 sont tous présents et font donc 2200 pb dans le pancréas (et du coup c'est pareil avec le foie !).

Donc si on remet tout ensemble : tu as un transcrit dans le pancréas qui est composé des exons 1, 4 à 12.

 

Puis on fait pareil avec les ARN totaux de foie : 

Couple 1 : pas d'ampli donc il n'y a pas un ou les 2 exons 1 et 4 (pour rappel avec le couple 1, les amorces s'hybrident sur ces exons, c'est ce qui me permet de dire qu'ils sont présents si y'a une ampli ou qu'un des 2 ou les 2 sont absents si y'a pas d'ampli)

Couple 2 : ça se complique ... Mais ça va il faut juste se souvenir du petit indice donné plus haut dans l'énoncé ! On a 2 ampli de tailles différentes donc ça veut dire qu'il s'agit de 2 transcrits différents. Vu qu'on voit les 2 bandes ça veut dire que les amorces ont pu s'hybrider et que donc les exons 2 et 4 sont présents sur LES 2 TRANSCRITS. On voit qu'ils font 360 et 240 pb soit une différence de 120 pb ALARME !!! : 120 pb ?! Tiens, comme par hasard la même valeur qui est donné dans l'énoncé pour la taille de l'exon 3 ! Donc tu en déduis que tu as un transcrit avec les exons 2, 3 et 4 (celui à 360 pb) et l'autre qui n'a que les exons 2, 4 à 12 (et pas le 3 donc ! C'est celui de 240 pb).

Donc là tu reviens en arrière et vu que tu sais que l'exon 4 est présent, tu en déduis que c'est l'exon 1 qui n'est pas présent, ce qui fait que c'est pour ça que tu n'as pas eu d'ampli avec le couple 1.

Couple 3 : ampli à 140 pb donc tu as l'amplification de l'exon 3 (de 120 pb) et des 10 pb de l'amorce anti-sens hybridée avec l'exon 4.

Couple 4 : idem pancréas donc ces 2 parties 3' sont communes à tous les transcrits vu qu'il n'y a pas d'épissage alternatif.

Donc on récapitule : 2 transcrits dans le foie : un avec les exons 2, 3, 4 à 12 et l'autre avec les exons 2, 4 à 12.

 

Est-ce que c'est plus clair ? Est-ce que du coup tu arrives à résoudre le QCM 7 ?

[Moustache]

Il y a 13 heures, Amélithium a dit :

@Moustache Oui c'est bizarre ...

Voilà ce que nous on avait : 

https://drive.google.com/file/d/1y2Ce0hBLWo6NCM7nlCRnQgnWILDAhCRC/view?usp=sharing

Je trouve ça plus intuitif que d'apprendre par coeur qui va avec qui mais du coup si vous l'avez pas à l'exam, soit vous pouvez apprendre chaque appariement, soit retenir un des 2 tableaux en faisant attention à ne pas inverser ARNt et ARNm et après sur un exercice, si on vous demande l'autre cas de figure, vous pouvez le déduire à partir du tableau ou retrouver l'autre tableau en référençant chaque lettre ...

 

C'est vraiment étrange qu'ils ne vous le donnent pas et qu'ils vous demandent de l'apprendre ... C'est le cours du Pr Langin ?

Merci !! et yes c'est le cours du Pr Langin. Je pense qu'il ne nous a pas donné le tableau parce qu'on doit juste retenir que pour les ARNt: U -> A ou G 

                                                                                                                                                                                                                                G -> C ou U 

                                                                                                                                                                                                                                 I -> U, C ou A 

@Laurie12 si je trouve un moyen de le retenir je te le dirai 

                                                                                                                                                                                                                             

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

[Amélithium]

il y a 23 minutes, Moustache a dit :

Merci !! et yes c'est le cours du Pr Langin. Je pense qu'il ne nous a pas donné le tableau parce qu'on doit juste retenir que pour les ARNt: U -> A ou G 

                                                                                                                                                                                                                                G -> C ou U 

                                                                                                                                                                                                                                 I -> U, C ou A 

Ok c'est dommage mais oui c'est sur que là il faut trouver un mémo pcq c'est pas très intuitif ... J'espère que vous allez trouver !

 

Bon courage ! 

 

Bonne après-midi ! 

[Moustache]

Merci à toi aussi @Amélithium :) 

[Laurie12]

Il y a 2 heures, Amélithium a dit :

Pas de soucis, tkt pas ! 

Voilà le dessin (je l'ai refait au propre pour que ce soit plus clair) : https://drive.google.com/file/d/1rEgk_TSQzCwOMMDtynQauDTgSHEJh3Fd/view?usp=sharing

Je te réexplique tout ci-dessous en même temps que je fait le schéma avec les données pour que tu vois comment faire :

Il faut que tu reprennes l'énoncé du QCM 6 et tu notes les infos qui te paraissent importantes et dont tu vas potentiellement avoir besoin. 

Moi j'ai commencé par re-représenté l'ADN avec les exons (carrés) et les introns (traits) et comme je l'avais lu une première fois avant d'attaquer le QCM pour voir ce qu'on allait demander j'avais vu que "Les exons 4 à 12 ne font pas l’objet d’épissage alternatif" donc je me suis pas embêter à dessiner tous ces exons j'ai juste mis des - - - pour dire qu'ils sont présents mais qu'on ne s'y intéresse pas.

Puis ensuite j'ai placé les amorces avec des flèches comme indiqué dans l'énoncé.

Puis ensuite on donne la taille de l'exon 3 donc je mets au-dessus de l'exon 3 120 pb (si on le donne et pas les autres c'est que ça va nous servir ! )

 

Puis ensuite on analyse les résultats de l'électrophorèse : 

On commence avec l'ADN génomique : avec le couple 2 ça fait 5850 pb et avec le couple 3 ça fait 4750 pb donc on le note sur le schéma (ici je l'ai mis en haut vu qu'on parle de l'ADN et pas des ARN).

 

Puis on analyse les résultats sur les ARN totaux de pancréas : 

Tu as un signal avec le couple 1 donc ça veut dire que les amorces ont pu s'hybrider et ça a été amplifié. Donc je note le résultat à côté du couple 1 : 550 pb pancréas. Vu qu'il y a eu amplification ça veut dire que l'exon 1 et l'exon 4 sont présents dans ce transcrit du pancréas, sinon on aurait eu le cas de figure suivant : 

Avec le couple 2 pas d'ampli donc ça veut dire que les amorces n'ont pas pu s'hybrider et donc qu'un ou les 2 exons ne sont pas présents. Or tu sais que l'amorce anti-sens est la même pour les couples 1 et 2 donc l'exon 4 est nécessairement présent. Ce qui veut dire que c'est l'amorce sens (en 5') qui ne s'est pas hybridée car l'exon 2 n'est pas présent dans l'ARN du pancréas.

Idem pour le couple 3, pas d'ampli donc l'exon 3 n'est pas présent.

On continue avec le couple 4 : ampli donc exons 4 et 12 présents et ça fait 2200 pb (on se souvient qu'il n'y a pas d'épissage alternatif entre ces exons donc les exons 4 à 12 sont tous présents et font donc 2200 pb dans le pancréas (et du coup c'est pareil avec le foie !).

Donc si on remet tout ensemble : tu as un transcrit dans le pancréas qui est composé des exons 1, 4 à 12.

 

Puis on fait pareil avec les ARN totaux de foie : 

Couple 1 : pas d'ampli donc il n'y a pas un ou les 2 exons 1 et 4 (pour rappel avec le couple 1, les amorces s'hybrident sur ces exons, c'est ce qui me permet de dire qu'ils sont présents si y'a une ampli ou qu'un des 2 ou les 2 sont absents si y'a pas d'ampli)

Couple 2 : ça se complique ... Mais ça va il faut juste se souvenir du petit indice donné plus haut dans l'énoncé ! On a 2 ampli de tailles différentes donc ça veut dire qu'il s'agit de 2 transcrits différents. Vu qu'on voit les 2 bandes ça veut dire que les amorces ont pu s'hybrider et que donc les exons 2 et 4 sont présents sur LES 2 TRANSCRITS. On voit qu'ils font 360 et 240 pb soit une différence de 120 pb ALARME !!! : 120 pb ?! Tiens, comme par hasard la même valeur qui est donné dans l'énoncé pour la taille de l'exon 3 ! Donc tu en déduis que tu as un transcrit avec les exons 2, 3 et 4 (celui à 360 pb) et l'autre qui n'a que les exons 2, 4 à 12 (et pas le 3 donc ! C'est celui de 240 pb).

Donc là tu reviens en arrière et vu que tu sais que l'exon 4 est présent, tu en déduis que c'est l'exon 1 qui n'est pas présent, ce qui fait que c'est pour ça que tu n'as pas eu d'ampli avec le couple 1.

Couple 3 : ampli à 140 pb donc tu as l'amplification de l'exon 3 (de 120 pb) et des 10 pb de l'amorce anti-sens hybridée avec l'exon 4.

Couple 4 : idem pancréas donc ces 2 parties 3' sont communes à tous les transcrits vu qu'il n'y a pas d'épissage alternatif.

Donc on récapitule : 2 transcrits dans le foie : un avec les exons 2, 3, 4 à 12 et l'autre avec les exons 2, 4 à 12.

 

Est-ce que c'est plus clair ? Est-ce que du coup tu arrives à résoudre le QCM 7 ?

Je crois que j'ai compris ! Je vais imprimer ton message pour le revoir avec l'énoncé et ton schéma à tête reposée merci bcp bcpppp !

Il y a 1 heure, Moustache a dit :

Merci !! et yes c'est le cours du Pr Langin. Je pense qu'il ne nous a pas donné le tableau parce qu'on doit juste retenir que pour les ARNt: U -> A ou G 

                                                                                                                                                                                                                                G -> C ou U 

                                                                                                                                                                                                                                 I -> U, C ou A 

@Laurie12 si je trouve un moyen de le retenir je te le dirai 

                                                                                                                                                                                                                             

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

J'en ai trouvé je crois mdrr

pour le G : God chrIst blessed yoU donc G avec le I et le U

pour le I : IUUU C touA !! donc I avec U C et A

pour le U : yoU Are a genIus : U avec A et I 

mdrrr la pire c'est vrm le I je m'imagine entrain de crier quand je vois qqun que je connais traduction (Youuuuh !! Waaa ! C'est toi !) Me jugez pas j'étais désespérée de trouver un mémo mdrr

Espérons que ça puisse t'aider aussi jpp 

[Amélithium]

Il y a 3 heures, Laurie12 a dit :

Je crois que j'ai compris ! Je vais imprimer ton message pour le revoir avec l'énoncé et ton schéma à tête reposée merci bcp bcpppp !

Pas de soucis ! Si jamais il y a encore des points obscurs n'hésites pas !

 

Il y a 3 heures, Laurie12 a dit :

pour le U : yoU Are a genIus : U avec A et I 

Ah j'avais eu la même idée mais j'avais pas les autres !  

Mais @Moustache n'a pas les mêmes associations c'est normal ? (du coup moi j'avais U (you) Are a Genius pour U -> A, G)

 

Il y a 3 heures, Laurie12 a dit :

pour le I : IUUU C touA !! donc I avec U C et A

Moi il me fait rire celui-là ! De toute façon c'est tjrs les mémos les plus bêtes qu'on retient le mieux !

 

PS : On ne juge pas tkt pas ! C'est bien de partager ses mémos !

[Moustache]

il y a une heure, Laurie12 a dit :

Je crois que j'ai compris ! Je vais imprimer ton message pour le revoir avec l'énoncé et ton schéma à tête reposée merci bcp bcpppp !

J'en ai trouvé je crois mdrr

pour le G : God chrIst blessed yoU donc G avec le I et le U

pour le I : IUUU C touA !! donc I avec U C et A

pour le U : yoU Are a genIus : U avec A et I 

mdrrr la pire c'est vrm le I je m'imagine entrain de crier quand je vois qqun que je connais traduction (Youuuuh !! Waaa ! C'est toi !) Me jugez pas j'étais désespérée de trouver un mémo mdrr

Espérons que ça puisse t'aider aussi jpp 

Les nuls en anglais actuellement en pls 

ptdr le G est avec le C et U et pas avec le I du coup :God Christ blessed yoU  (j'avoue il est pas mal )

Pour le I je suis capable de partir en fou rire pendant 5 minutes le jour des rattrapages 

il y a 55 minutes, Amélithium a dit :

Mais @Moustache n'a pas les mêmes associations c'est normal ? (du coup moi j'avais U (you) Are Genius pour U -> A, G)

Dans le cours c'est bien U avec A et G 

[Amélithium]

Il y a 2 heures, Moustache a dit :

Les nuls en anglais actuellement en pls 

Il est FORT PROBABLE que tu sois meilleure que moi en anglais ! Alors les nuls comme moi en anglais te remercie de ne pas (trop) te moquer d'eux !!!

 

Du coup c'est : 

I -> U C A : IUUU C touA !! Le mémo est trop bien on valide @Laurie12 ! @Moustache hé bé tu rigoleras toute seule aux rattrapages, c'est pas grave ! Mais au moins t'es sure de t'en souvenir !

U -> A G : U Are a Genius (Laurie attention de pas te tromper et de mettre le I à la place du G)

G -> C U : God Christ blessed yoU 

Révélation

(je venais d'en trouver un autre pour le G mais il est franchement pas très ... je trouve pas le mot ...)

Et voilà vous avez des mémos pour retenir les Wobble ! On remercie @Laurie12 pour le partage de cette grande avancée en génome !  (Franchement tu gères pour trouver des mémos !)

 

Bon courage pour les rattrapages ! ❤ 

[Laurie12]

Il y a 2 heures, Amélithium a dit :

Il est FORT PROBABLE que tu sois meilleure que moi en anglais ! Alors les nuls comme moi en anglais te remercie de ne pas (trop) te moquer d'eux !!!

 

Du coup c'est : 

I -> U C A : IUUU C touA !! Le mémo est trop bien on valide @Laurie12 ! @Moustache hé bé tu rigoleras toute seule aux rattrapages, c'est pas grave ! Mais au moins t'es sure de t'en souvenir !

U -> A G : U Are a Genius (Laurie attention de pas te tromper et de mettre le I à la place du G)

G -> C U : God Christ blessed yoU 

  Révéler le contenu masqué

(je venais d'en trouver un autre pour le G mais il est franchement pas très ... je trouve pas le mot ...)

Et voilà vous avez des mémos pour retenir les Wobble ! On remercie @Laurie12 pour le partage de cette grande avancée en génome !  (Franchement tu gères pour trouver des mémos !)

 

Bon courage pour les rattrapages ! ❤ 

Donne nous le tiens stp qu'on rigole  

Et ok j'ai du me mélanger les pinceaux avec mon Genius Mais on a eu la même idée tu vois (on se prendrait pas un peu pour des génies inconsciemment ? )

Ah mais j'adore les moyens mnémotechnique, je devrais être évaluée sur mon imagination mdrr  

Il y a 2 heures, Moustache a dit :

Les nuls en anglais actuellement en pls 

ptdr le G est avec le C et U et pas avec le I du coup :God Christ blessed yoU  (j'avoue il est pas mal )

Pour le I je suis capable de partir en fou rire pendant 5 minutes le jour des rattrapages 

Dans le cours c'est bien U avec A et G 

Tkt on se lèvera pdt l'épreuve d'UE1 en hurlant IIIIIIIUUUUUUUUU CCCCCCCC TOUAAAAAAAAA et Langin nous donnera un 20 d'office