Acide aminé Phi, PKr tout ça tout ça

[Neutrino11]

Bonjour, je ne comprends vraiment pas ces notions de pH, pouvez vous m'aiguiller notamment sur une notion de base qu'il faut savoir?

[Nymma]

Salut salut @Neutrino11  (enfin plutot re ) !!

 

Alors, pour les protéines, tu as 4 notions qui découlent du pH :

- le pHi qui est le pH pour lequel l'acide aminé (ou la protéine) est sous forme zwitterion c'est-à-dire que l'acide aminé a une charge globale nulle 

- le pKr est le pH délimitant la forme acide et la forme basique du radical d'un acide aminé donné : en dessous du pKr, le radical est acide et au-dessus du pKr, ce radical est basique. Le pKr est propre a chaque acide aminé et il faut aussi savoir que les acides aminés hydrophobes n'ont pas de pKr

- le pKn est le pH délimitant la forme acide et basique de l'amine liée au carbone alpha (l'amine de la liaison peptidique), elle fonctionne sur le même principe que le pKr et elle a pour valeur pKn = 9,5

- le pKc qui est le pH délimitant la forme acide et basique du carbone lié au carbone alpha (le carbone de la liaison peptidique), elle fonctionne sur le même principe que le pKr et elle a pour valeur pKc = 2

 

Pour finir, on peut également calculer le pHi qui est égal : 

- à (pKc + pKn)/2 pour les acides aminés hydrophobes

- à (pKc + pKr)/2 pour les acides aminés polaires à pKr bas (donc acide comme Asp ou Glu)

- à (pKn + pKr)/2 pour les acides aminés polaires à pKr haut (donc basiques comme Lys ou Arg)

 

Est-ce que c'est bon pour toi ??

[Neutrino11]

D'accord!  mais comment je procède lorsqu'on me demande par exemple à un certain pH donné, si l'AA est ionisé?

et si je comprends bien tous les AA hydrophobes ont un pHi identique soit = 5,75??

[Nymma]

Il y a 3 heures, Neutrino11 a dit :

D'accord!  mais comment je procède lorsqu'on me demande par exemple à un certain pH donné, si l'AA est ionisé?

 

Pour savoir s'il est ionisé, il faut que tu regardes sous quelle forme est ton acide aminé au pH donné. Je te met un exemple :

Ici, pour l'Asp, les formes A+, A2+ et A- sont des formes protonées. 

 

Il y a 3 heures, Neutrino11 a dit :

et si je comprends bien tous les AA hydrophobes ont un pHi identique soit = 5,75??

Exactement !

 

Est-ce que c'est plus clair pour toi ? (d'ailleurs n'oublie pas de me mentionner pour que je puisse être notifiée de ta réponse !)

[Neutrino11]

Merci beaucoup! ta réponse est très complète!