Ancien du Bureau Clemoukator Posted October 24, 2013 Ancien du Bureau Share Posted October 24, 2013 Voici le topic pour vos remarques sur la colle de GÉNOME.Celles-ci pourront faire l'objet d'éventuels errata.Merci de lire les messages postés précédemment afin de ne pas poser une question à laquelle les RMs et tuteurs auraient déjà répondu. Link to comment Share on other sites More sharing options...
chopinguillaume Posted October 24, 2013 Share Posted October 24, 2013 Bonjour et merci pour cette colle ! Génome QCM 8 D : c'est un Didésoxynucléotide qui arrête l'élongation et non un désoxynucléotide Link to comment Share on other sites More sharing options...
BertrandC Posted October 24, 2013 Share Posted October 24, 2013 Bonjour l'équipe du TAT et merci pour cette colle Concernant le QCM de génome n°8 C Le marquage de l'oligodésoxynucléotide ne "nécessite" pas l'utilisation d'une phosphatase alcaline puisque dans la méthode de Sanger les oligodesoxynucléotide synthétisé in vitro possède une extrémité 5'-OH donc il suffit juste d'utilisé une kinase qui phosphoryle le gamma-32P sur l'extrémité 5'. Link to comment Share on other sites More sharing options...
clem08 Posted October 24, 2013 Share Posted October 24, 2013 bonjour; merci pour la colle!! pour l'item 1E, je ne comprends pas pourquoi il est vrai. Avec la sonde b, ClaI et EcoRI un southern blot pour un individu homozgote muté ne devrait-il pas avoir deux bandes à 4kpb et donc pas de bande à 8 kpb comme su le schéma? merci pour la réponse. Link to comment Share on other sites More sharing options...
enman Posted October 24, 2013 Share Posted October 24, 2013 Bonjour. Pour le qcm 8D : effectivement c'est un didesoxynucleotide qui arrête l'élongation, mais ici on parle d'un desoxynucleotide modifie, qui est modifié en didesoxynucleotide. Pour le qcm 8C : pour que la sonde est un extrémité 5'OH in vitro il a bien fallu utilisé une phosphatase alcaline, regarde bien la diapo de ton cours. Pour le qcm 1E : non car ce n'est pas coupe par Xho1, il faut bien regarde les enzymes utilisées. N'hesitez pas si vous avez d'autres questions. Bonne fin de journée. Link to comment Share on other sites More sharing options...
clem08 Posted October 24, 2013 Share Posted October 24, 2013 merci Link to comment Share on other sites More sharing options...
Marine2601 Posted October 24, 2013 Share Posted October 24, 2013 Bonsoir et merci QCM 5 E compté vrai : je trouve l'infirmation assez mal posée, je ne vois pas en quoi l'ADN est "retravaillé"... QCM 1 B compté vrai : je suis d'accord avec l'affirmation mais j'avais juste une question à ajouter : la polynucléotide kinase sert-elle à obtenir ET à marquer l'amorce ou juste à la marquer ? Et la technique d'amorçage au hasard à les 2 rôles si j'ai bien compris... Je suis désolée ce n'est pas très clair mais je ne sais pas comment dire ca autrement :/ Merci d'avance, bonne soirée à tous Link to comment Share on other sites More sharing options...
EAL Posted October 24, 2013 Share Posted October 24, 2013 Bonsoir et merci pour la colle,Je ne comprends pas pourquoi les items 1E et 2B sont vrais. Est-ce que quelqu'un pourrait m'expliquer? Merci Link to comment Share on other sites More sharing options...
ChloéN Posted October 24, 2013 Share Posted October 24, 2013 Bonsoir, Et merci encore une fois pour cette colle je n'arrive pas à comprendre pourquoi l'item D du qcm 1 est faux Le fragment de 4kpb (tout à droite du gène muté) entre Cla I et Eco R1 n'est pas reconnu? merci d'avance Link to comment Share on other sites More sharing options...
pindouille Posted October 24, 2013 Share Posted October 24, 2013 Bonjour, J'ai un problème pour le QCM 11 item E car l'apyrase enlève seulement les dNTP mais pas l'ATP qui a été utilisé préalablement par la luciférase pour émettre la lumière. Donc pour moi l'item serait FAUX Sinon merci beaucoup pour cette colle Link to comment Share on other sites More sharing options...
chupachups Posted October 24, 2013 Share Posted October 24, 2013 bonsoir, et merci pour cette colle! pour l'item 1B : la méthode d'amorçage au hasard n'est pas utilisé quand on ne connait pas la séquence? pour que les 2 sondes s'hybride à ces endroit, il faut qu'on les ai synthétisées spécifiquement non? sinon comment savoir que la sonde ne s'hybridera pas au niveau de la mutation? je comprends pas Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest Gregory Posted October 24, 2013 Share Posted October 24, 2013 Bonsoir. QCM 1D : la sonde ne s'hybride pas avec le fragment de 4kpb, donc ce fragment n'apparait pas sur le Southern et seul le fragment de 8kpb est visible. QCM 1E : un individu malade est homozygote pour l'allèle muté. Donc si tu digères chez un individu malade, avec Cla I et EcoRI tu obtiens un fragment de 8 et de 4 kpb. Mais la sonde b ne s'hybride que sur celui de 8 kpb donc sur le Southern tu ne vois pas le fragment de 4 kpb. QCM 2B : Les enzymes PvuII et ClaI sont des enzymes à bouts francs donc les fragments libérés sont forcément compatibles entre eux. Link to comment Share on other sites More sharing options...
Nitneuq65 Posted October 24, 2013 Share Posted October 24, 2013 Bonsoir, pour le qcm 7. On nous dessine la sonde 1 sur le brin muté et la sonde 2 sur le brin normal. Donc pour l'item B (avec la sonde 1): pour un homozygote normal, qui est marqué qu'avec la sonde 2, comment peut on voir en southern blot le fragment de 12Kb apparaitre ? Et pour un hétérozygote, on ne devrait voir apparaitre que le fragment de 10Kb non ? merci Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest Boris Posted October 24, 2013 Share Posted October 24, 2013 Bonsoir, En ce qui concerne le QCM 7, il faut comprendre que l'on a les 2 allèles dans le même tube puisque ces derniers ont été extraits à partir d'une cellule puis différentes étapes d'isolation de séquences. On a donc soit un mélange homozygote (muté ou normal), soit hétérozygote. On ne le sait pas ... d'où l'intérêt de l'étude ... Donc, si on ajoute les sondes 1 ou 2, elles vont se fixer sur les brins qu'ils soient mutés ou non ^^ sans affinité ^^ puisque la séquence de reconnaissance est présente sur les 2 brins. Ainsi, si on met de la sonde 1 dans le mélange contenant un hétérozygote, la sonde se fixera sur l'allèle normal et sur l'allèle muté sans distinction. J'ajouterai enfin que si on avait tout mis sur le même brin, le schéma aurait été illisible ... dans tous les cas, ces éléments sont considérés comme coulants de source par le professeur puisque faisant partie du principe de la méthode Bon courage, Bonne soirée Link to comment Share on other sites More sharing options...
enman Posted October 24, 2013 Share Posted October 24, 2013 Rebonjour, Pour le qcm 7 : boris t'a tres bien expliquee. va voir la diapo 112 en lisant son explication. Pour le qcm 1B : ds la méthode d'amorçage au hasard, justement on ne connaît pas les séquences complémentaires aux amorces qui vont créer les sondes. C'est tout l'intérêt de cette méthode. Pour le 11E : pindouille va voir la diapo 135, c'est note que l'apyrase elimine les dNTPs et l'ATP. Pour le 5E : l'ADN est retravaillé car de l'ADN est créé à la suite de l'ADN préexistant pour "combler les trous". Marine 2601, la polynucléaire kinase sert à marquer l'oligodesoxynucleotide créé qui servira de sonde. Va voir la diapo 107. Voilà. Bonne soirée. Link to comment Share on other sites More sharing options...
Soubiale Posted October 24, 2013 Share Posted October 24, 2013 Bonsoir. QCM 1D : la sonde ne s'hybride pas avec le fragment de 4kpb, donc ce fragment n'apparait pas sur le Southern et seul le fragment de 8kpb est visible. QCM 1E : un individu malade est homozygote pour l'allèle muté. Donc si tu digères chez un individu malade, avec Cla I et EcoRI tu obtiens un fragment de 8 et de 4 kpb. Mais la sonde b ne s'hybride que sur celui de 8 kpb donc sur le Southern tu ne vois pas le fragment de 4 kpb. QCM 2B : Les enzymes PvuII et ClaI sont des enzymes à bouts francs donc les fragments libérés sont forcément compatibles entre eux. Bonsoir. QCM 1D : la sonde ne s'hybride pas avec le fragment de 4kpb, donc ce fragment n'apparait pas sur le Southern et seul le fragment de 8kpb est visible. QCM 1E : un individu malade est homozygote pour l'allèle muté. Donc si tu digères chez un individu malade, avec CSma I et EcoRI tu obtiens un fragment de 8 et de 4 kpb. Mais la sonde b ne s'hybride que sur celui de 8 kpb donc sur le Southern tu ne vois pas le fragment de 4 kpb. QCM 2B : Les enzymes PvuII et ClaI sont des enzymes à bouts francs donc les fragments libérés sont forcément compatibles entre eux. Link to comment Share on other sites More sharing options...
Benoit Posted October 24, 2013 Share Posted October 24, 2013 Bonsoir et merci pour cette colle, Une question à propos du QCM 7 item E...ne faudrait-il pas, pour réaliser une Southern Blot, fixer les monobrins d'ADN au nylon avant de saturer le filtre avec de l'ADN de sperme de poisson? Le filtre ne serait donc pas incuber directement avec de l'ADN de poisson... Merci d'avance Link to comment Share on other sites More sharing options...
enman Posted October 24, 2013 Share Posted October 24, 2013 Bonjour, On prd ici en compte que l'ADN est déjà sur le nylon, c'est simplement pour expliquer la saturation des zones d'hybridation non spécifique. On emploie d'ailleurs pas le nom de filtre lors de la fixation d'ADN au nylon, on ne l'utilise qu'à partir de l'étape 5 selon la diapo 110, cad lors de la saturation par du sperme de poisson. Bonne soirée. Link to comment Share on other sites More sharing options...
MarineLfvr Posted October 25, 2013 Share Posted October 25, 2013 Bonjour, QCM 3 item C : Cette mutation introduit un changement du cadre de lecture de l'ARNm. Cet item est compté faux. Pourtant, la mutation transforme GAG en GTG, et fait donc disparaître le site GT(sur le 2ème codon)/AG de la séquence normale. Donc je pense qu'il y aura un changement de cadre de lecture sur l'ARNm puisqu'il n'y aura plus l'épissage de cet intron. Merci Link to comment Share on other sites More sharing options...
boudymans Posted October 25, 2013 Share Posted October 25, 2013 Bonjour et merci pour la colle. pour le QCM 10 item D: Sur la correction il est bien marqué que la HR peut se faire en fin de phase S et en phase G2 du cycle mais que l'item est Vrai. poutant la question precise "seulement en fin de phase S" Merci Link to comment Share on other sites More sharing options...
enman Posted October 25, 2013 Share Posted October 25, 2013 bonjour boudymans, relie bien l'énoncé, on dit qu'il faut mettre vrai ce qui est faux. bonne soirée. Link to comment Share on other sites More sharing options...
greenlive Posted October 26, 2013 Share Posted October 26, 2013 Bonjour et merci pour cette colle : 2 qcm me pose problème : 1A et B Je ne comprends pas pourquoi l'item A est faux, car on aurait pu créer des sondes en marquant uniquement leur extrémité grace à la polynucléotide kinase, et d'autre part on dit dans l'énoncé que l'on fait un SB à l'aide de longues sondes, ce qui ne peut pas correspondre à un amorcage au hasard qui ne fait au maximum que 6(désoxy)nucléotides ... Pourriez vous m'expliquer ou je me trompe dans ce raisonnement, j'ai peur de ne pas avoir compris l'utilisation de la polynt kinase.. Et pour le QCM 8C je rejoins bertrand C sur : " Le marquacage à la polynt kinase nécessite l'utilisation de la phosphatase alcaline " . mais pourtant à la diapo 108 Mr langin a expliquer que vu que les hexadnt étaient synthétisés chimiquement et avaient donc un OH en 5' il n'y avait pas besoin de d'utiliser la phosphatase. Merci de m'avoir lu Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest Estellle Posted October 27, 2013 Share Posted October 27, 2013 Greenlive: QCM 1A: La méthode d'amorçage terminale qui utilise le [gamma32P], n'est utilisée que pour marqué de cours fragments. Comme tu l'as dit on utilise de longue sonde, la méthode d'amorçage au hasard, qui utilise l'[alapha32P], est donc la méthode de choix. QCM 8C: Notre oligodesoxynucléotide n'est pas synthétisé chimiquement, il nécessite donc l'utilisation d'une phosphatase alcaline. Marine lfvr: Tu n'es pas oublié, mais ta question soulève un vive débat Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest Estellle Posted October 27, 2013 Share Posted October 27, 2013 Marinelfvr: QCM 3: Si tous les codes GT annoncer le départ d'un introns, la valine ne serait jamais présente dans aucune protéine (GTX). Donc tant que le terme intron n'est pas introduit dans l'énoncé c'est qu'il ne faut pas tenir compte des introns. Il n'y a donc aucun ERRATA dans cette colle. Link to comment Share on other sites More sharing options...
MarineLfvr Posted October 27, 2013 Share Posted October 27, 2013 D'accord, merci beaucoup ! Link to comment Share on other sites More sharing options...
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