un peu de protéines

[saraahh]

Bonsoir ! Quelqu'un peut m'expliquer ce QCM (BDE vrai) items ABC et éventuellement proposer des structures de peptide valables ? Merci d'avance !

 

QCM 6. Des chercheurs ont étudié un peptide inconnu et fait les observations suivantes : Lors d’une électrophorèse de type PAGE-SDS, le peptide migre sous forme de 1 bande à environ 1760 Da en absence de β-mercaptoéthanol, et de 1 bande à environ 880 Da en présence de β-mercaptoéthanol. Le séquençage d’Edman fait apparaître un dérivé PTH-Lys. Après action de la trypsine, 2 fragments différents sont identifiés. Après hydrolyse acide totale à 96h, les acides aminés suivants sont identifiés : Pro, Val, Lys, Arg, Gly, Phe, Tyr. En prenant en compte ces observations, indiquez le caractère vrai ou faux des propositions suivantes :

A) Le peptide dénaturé (en présence de β-mercaptoéthanol) peut posséder la structure suivante : Lys-Val- GlyPhe-Tyr-Pro-Arg

B) L’hydrolyse acide totale du peptide à 24h libèrerait les mêmes fragments

C) Le peptide non dénaturé (en absence de β-mercaptoéthanol) peut posséder la structure suivante : Lys-Val-GlyCys-Phe-Tyr-Pro-Arg.

D) Le bromure de cyanogène (CNBr) n’agit pas sur ce peptide

E) Le peptide absorbe les rayons ultraviolets à 280 nm.

[Nymma]

Bonsoir !!! @saraahh

 

Pour l'item A, la séquence proposée ne compte que 7 aas alors que le peptide en présence de β-mercaptoéthanol fait 880 Da donc doit posséder 8 aas (car 1 aa fait 110 Da) => faux

 

Pour l'item B, on connait déjà 7 aas sur 8 mais on sait aussi qu'il y a une Cys parce que les deux chaines formant le monomère sont liées par un pont disulfure (car on a 2 chaines en présence de β-mercaptoéthanol qui rompt les ponts disulfures). On sait que la Cys est détruite dès le début de l'hydrolyse acide totale donc à 24h, on obtiendrait les mêmes fragments. (On n'obtiendrait pas les mêmes fragments s'il y avait de la Ser ou de la Thr car ils ne sont totalement détruit qu'à 96h) => vrai 

 

Pour l'item C, on est bon car on a 8 aas, la Cys (pour le pont disulfure), les aas identifiés après hydrolyse acide totale, la tyrosine donnerait 2 fragments (car on a une Lys), et le premier aa est une Lys (pour le PTH-Lys). Donc tout est bon sauf 1 point : dans l'item, on nous précise en absence de β-mercaptoéthanol, donc on veut la séquence du peptide entier donc il faudrait non pas 8 aas mais 16. Par contre, cette séquence correspondrait bien avec le peptide en présence de β-mercaptoéthanol.

 

Du coup, en structure de peptide valable, il suffit de remplir les conditions que l'énoncé te donne soit :

- une Cys (pour le pont disulfure)

- une Lys au début (pour le PTH-Lys)

- 1 seul site de coupure à la trypsine donc comme on a obligatoirement la Lys au début, il faut mettre l'Arg à la fin (comme ça la tyrosine ne pourra pas cliver après vu qu'il n'y a rien après)

- 8 acides aminés (je le précise parce que l'hydrolyse acide ne donne aucune indication en nombre, on pourrait très bien imaginer qu'il y ait 2 Lys bah l'hydrolyse acide ne nous en donnerait qu'une (je sais pas trop si c'est clair ce que je raconte))

Mais sinon les autres aas tu peux les mettre dans n'importe quel ordre (du moins avec les infos qu'on nous donne). 

 

Imaginons qu'il n'y avait pas de pont disulfure dans ce peptide, à ce moment-là, à la place de la Cys, on aurait pu avoir une Ser, une Thr ou un Trp. Mais généralement si on veut t'orienter vers un des 4 on utilisera leurs propriétés (par exemple, on te dira que le peptide est capable de faire de l'O-glycosylation (Ser/Thr) ou qu'il absorbe les UV à 280nm (Trp)). Mais si aucune indication n'est donnée, on peut imaginer n'importe lequel !

 

J'espère que c'est plus clair pour toi sinon n'hésites pas à me le dire

 

Et bon courage pour cette dernière ligne droite

 

[saraahh]

@Nymma merci beaucoup !! c'est parfait

Est-ce qu'il arrive qu'on nous demande de réfléchir sur la séquence (même si ça ne serait plus un peptide) après l'hydrolyse fin sans les acides aminés qui disparaissent au bout de 96h ?

[Nymma]

Il y a 12 heures, saraahh a dit :

Est-ce qu'il arrive qu'on nous demande de réfléchir sur la séquence (même si ça ne serait plus un peptide) après l'hydrolyse fin sans les acides aminés qui disparaissent au bout de 96h ?

Je ne pense pas, les items perdraient un peu leur intérêt (déjà qu'elle ne fait qu'un exercice, si en plus elle en profite pas un max ce serait bizarre )