P2016 qcm 5

[Herlock]

Bonsoir, 

 

C'est encore moi !!

 

Est ce que ce serait possible de faire une correction du qcm 5 (il n'y a pas de correction) et je galère un peu pour comprendre pourquoi c'est vrai ou faux.

 

Comment pouvait on savoir que NotI pouvait libérer l'ADNc ?

Pour l'item A, je n'ai pas réussi, malgré le fait d'avoir écrit en 5'-3' et 3'-5' pourquoi c'était V ?

 

Merci beaucoup !!

 

https://image.noelshack.com/fichiers/2020/49/3/1606944496-qcm5p2016.jpg

 

 

 

Edited December 2, 2020 by Herlock

[Lauls]

Salut @Herlock! 

Alooooors, commençons :

 

ITEM A FAUX : ici, pour qu'il y ait des extrémités compatibles, il faut que tes deux ADN coupés par chacune des enzymes puissent se coller entre eux par complémentarité après (genre hop petite ligase qui vient les recoller et tout va bien, leurs bases sont complémentaires) . Je vais te faire un schéma et te donner par la même occasion une petite astuce pour éviter de dessiner tout ça (je le fais pour que tu comprennes le truc ahah) : 

 

 

Normalement avec ce petit schéma tu devrais mieux comprendre l'item A. Et cette astuce dont je te parlais, c'est qu'en fait : deux enzymes ont leurs extrémités compatibles si les bases entre leur sites de coupe sont les mêmes! Cela va beaucoup plus vite en concours

 

ITEM B FAUX : Normalement, l'étape de déphosphorylaiton après coupure de ton plasmide elle sert à faire en sorte que les extrémités de ton plasmide ne viennent pas se recoller (ex : c'est comme si que tu coupais un aiment en deux et que tu laissais les bords proches ; ils vont venir se réapparier instant!) 

Du coup pour palier à ça, soit on déphosphoryle quand on coupe avec une seule enzyme (surtout si elle a donne des extrémités à bout francs qui n'auraientt qu'à se recoller) , soit tu coupes avec deux enzymes qui ne donnent pas d'extrémités compatibles comme ça aucun chance que les deux bords viennent se recoller → bingo, en faisant la même technique que dans l'item A ou la petite astuce, on voit que Hind3 et Xba1 ne sont pas compatibles donc même pas besoin de déphosphoryler eheh c'est pas beau ça!

 

ITEM C FAUX : Ici on te parle du plasmide recombinant, donc autrement dit celui qui contient ton ADNc! 

On sait que ce dernier ne contient aucun site de restriction, mais que par contre, les amorces qui ont servis à l'isoler contiennent, elles, Hind3 et Xba1! 

Du couuuup → quand tu vas venir découper ton petit plasmide avec les enzymes Hind 3 et Xba1 au niveau de son MCS, le fragment entre ces deux sites de restrictions va sauter pour laisser place à ton ADNc! Donc au final ton plasmide ne contiendra plus ce fameux site de restriction Kpn1 (remplacé par l'ADNc)!!!

Look : 

 

 

ITEM D FAUX : Comme je viens de te l'expliquer, le site de restriction Not1 se trouve dans la partie du MCS qui a été remplacé par l'ADNc donc il n'est plus présent pour être utilisé!!! 

 

ITEM E VRAI (enfin un de vrai) : Ces sites de restrictions sont les seuls encore présents aux bornes de l'ADNc (c'est à dire sur ton plasmide), donc ils sont utilisables pour libérer l'ADNc!!

 

Voilàààà, j'espère que ça va mieux, dis moi si c'est oki pour toi!! 

Couraaaaage  

[Herlock]

Ohhh merci beaucoup @Lauls pour les explications si claires et ces merveilleux schémas !!!

Il y a 2 heures, Lauls a dit :

Je vais te faire un schéma et te donner par la même occasion une petite astuce pour éviter de dessiner tout ça (je le fais pour que tu comprennes le truc ahah) : 

 Merci !!

 

Il y a 2 heures, Lauls a dit :

deux enzymes ont leurs extrémités compatibles si les bases entre leur sites de coupe sont les mêmes!

C'est noté !!

 

Il y a 2 heures, Lauls a dit :

Normalement, l'étape de déphosphorylaiton après coupure de ton plasmide elle sert à faire en sorte que les extrémités de ton plasmide ne viennent pas se recoller (ex : c'est comme si que tu coupais un aiment en deux et que tu laissais les bords proches ; ils vont venir se réapparier instant!) 

Du coup pour palier à ça, soit on déphosphoryle quand on coupe avec une seule enzyme (surtout si elle a donne des extrémités à bout francs qui n'auraientt qu'à se recoller) , soit tu coupes avec deux enzymes qui ne donnent pas d'extrémités compatibles comme ça aucun chance que les deux bords viennent se recoller

Merci pour l'explication, cela veut dire (dans le cas d'une seule enzyme) que pour la coupure en 3'-OH et en 5'-P, on va déphosphoryler en 5' mais il n'y aura plus de phosphate sur la partie 5'- d'une des 2 parties, non ?

 

Il y a 2 heures, Lauls a dit :

On sait que ce dernier ne contient aucun site de restriction, mais que par contre, les amorces qui ont servis à l'isoler contiennent, elles, Hind3 et Xba1! 

Du couuuup → quand tu vas venir découper ton petit plasmide avec les enzymes Hind 3 et Xba1 au niveau de son MCS, le fragment entre ces deux sites de restrictions va sauter pour laisser place à ton ADNc! Donc au final ton plasmide ne contiendra plus ce fameux site de restriction Kpn1 (remplacé par l'ADNc)!!!

Merci, j'ai encore une petite question : l'ADNc va encore contenir ces amorces une fois qu'il va être inséré au niveau du plasmide ou pas ?

 

Merci encore pour la correction complète de ce qcm !!!

[Lauls]

@Herlock je suis raviiiie que ça t'ait aidé hihi!

 

- Alors d'après mes souvenirs on déphosphoryle les 5'P sur les deux extrémités antiparallèles du double brin circulaire du plasmide. Et du coup, quand tu ramènes ton ADNc (qui lui contient ses extrémités 5'P), ça suffit pour recréer ses deux liaisons phosphodiester, et les deux autres sont liées par une ligase et de l'ATP!!! 

Pour suivre un peu mieux ce que je te raconte essaie de retrouver dans ton cours si il y a les fameux schémas de clonage d'un fragment d'ADN dans un plasmide!!

 

- En fait (faut vraiment visualiser c'est pas facile à expliquer ahah), quand tes enzymes Hind3 et Xba1 vont venir couper les bouts d'amorces de ton ADNc qui contient leurs sites de restrictions et qui ne sont pas répliqués avec ton ADN (pas présent dessus à proprement parlé), tu vas avoir une partie de ton amorce qui va rester accrochée à l'ADNc et une autre qui va dégager. 

C'est bien pour ça qu'en coupant ton plasmide avec ces mêmes enzymes, tu vas pouvoir par la même façon éliminer une moitié de ses sites de restrictions qui va partir avec le reste des MCS et venir combler cette moitié avec celle restante sur ton ADNc!!! Tu as réussi à suivre? (si oui champion ahahah) 

 

 

Edited December 3, 2020 by Lauls

[Herlock]

il y a 40 minutes, Lauls a dit :

essaie de retrouver dans ton cours si il y a les fameux schémas de clonage d'un fragment d'ADN dans un plasmide!!

 

On ne l'a pas fait cette année, mais j'ai compris avec ton explication, merci @Lauls

 

il y a 42 minutes, Lauls a dit :

- En fait (faut vraiment visualiser c'est pas facile à expliquer ahah), quand tes enzymes Hind3 et Xba1 vont venir couper les bouts d'amorces de ton ADNc qui contient leurs sites de restrictions et qui ne sont pas répliqués avec ton ADN (pas présent dessus à proprement parlé), tu vas avoir une partie de ton amorces qui va rester accrocher à l'ADNc et une autre qui va dégager. 

C'est bien pour ça qu'en coupant ton plasmide avec ces mêmes enzymes, tu vas pouvoir par la même façon éliminer une moitié de ses sites de restrictions qui va partir avec le reste des MCS et venir combler cette moitié avec celle restante sur ton ADNc!!! Tu as réussi à suivre? (si oui champion ahahah) 

Okkkk, j'ai du relire plusieurs fois mais c'est bon !! Merci !!