Jump to content

HELPPP


PseudoNonConforme
Go to solution Solved by SApaces,

Recommended Posts

Bonjour, j'ai de grosses difficultés sur ce genre de QCM, j'aurais besoin d'aide svp

 

20112507000299942.png

 et le deuxième 

 

201125070002255135.png

 

Voilà, j'aurais besoin d'explication, comment est-ce qu'on analyse ce genre de résultat ? Je pensais avoir bien compris le principe de PCR mais j'en suis plus si sûr et l'exploitation des résultats me pose gros soucis

 

Merci d'avance !

Link to comment
Share on other sites

  • Solution

Salut !

 

Pour le premier QCM :

 

L'idée générale est que s'il y a une mutation sur le site de restriction BsrGI, le fragment d'ADN ne sera pas coupé et donc on obtient un fragment de 120 pb. Au contraire, si la séquence n'est pas mutée, le fragment va être digéré par l'enzyme au niveau du site de restriction, on obtient alors 2 fragment : ici un de 95 pb et un de 25 pb. 

 

A partir de ce moment là, on peut rencontrer 3 cas sur l'électrophorèse :

- S'il y a 2 bandes, le fragment a été digéré par l'enzyme de restriction donc il n'y a pas de mutation sur le site de restriction (attention, cela ne signifie pas qu'il n'y a pas de mutations ailleurs)

- S'il n'y qu'une seule bande, alors la il y a une mutation au niveau du site de restriction

- S'il y a 3 bandes, le sujet est hétérozygote au niveau du site de restriction. Ainsi, pour un chromosome on aura le fragment non muté pour le site de restriction qui va être digéré et pour l'autre chromosome un a le fragment muté au niveau du site de restriction donc on obtient un seul fragment non digéré. Finalement, on obtient bien 3 fragments de taille différente.

 

Dans ce style de QCM, il faut faire attention si la mutation fait apparaitre ou disparaitre le site de restriction ! En effet, si la mutation fait apparaitre un site de restriction, il faudra avoir le raisonnement inverse.  

 

Pour le deuxième QCM

 

Ici, le concept est d'hybridé l'amorce au niveau du site où on cherche la mutation.

- S'il y a une mutation, l'amorce ne va pas s'hybrider et donc la réaction de PCR (dénaturation, hybridation, élongation) ne pourra se faire. Lors de l'électrophorèse, on ne retrouve donc pas le fragment de taille recherchée. En effet, l'amorce est antiparallèle et complémentaire donc s'il y a une mutation, elle n'est plus complémentaire de la séquence d'ADN et ne s'hybride plus. 

- S'il n'y a pas de mutation, l'amorce peut bien s'hybrider et la réaction de PCR peut se faire. On obtient bien les fragments de taille recherchée sur  le gel électrophorèse. 

 

Ne t'inquiètes pas, ce genre de QCM demande un peu plus de réflexion et de comprendre le principe ! La première fois, ça peut paraître difficile mais ça va venir avec de l'entrainement !

 

Voilà, j'espère t'avoir aidée et été claire ! Si tu as des questions, n'hésite pas !🙃

Link to comment
Share on other sites

Salut !! @SApaces tu as illuminé ma soirée !! Néanmoins j'ai une question concernant le dernier QCM, je comprends la démarche mais comment savoir s'il y a eu amplification ? Comment lire le tableau ? Je comprends pour le QCM 20 mais pas pour le 17 Les pdb et les différents triangles me perturbent, ils représentent des allèles ?

Link to comment
Share on other sites

En gros, le tableau correspond au gel électrophorèse. S'il y a eu une amplification, c'est que la réaction de PCR a pu se faire et donc on va retrouver tous nos fragments amplifiés qui ont la même taille au même niveau sur le gel électrophorèse. 

J'avais mal lu l'énoncé (attention à bien lire les énoncés 😅), du coup le raisonnement est toujours bon pour le QCM 17 mais en gros si c'est l'amorce mutée qui s'hybride, c'est qu'il y a une mutation (bien vu l'expert) et si c'est une amorce non mutée qui s'hybride c'est que la séquence n'est donc pas mutée au niveau de cette amorce.

Je vais essayer de t'expliquer en prenant un exemple, ça sera peut être plus clair et plus simple !

 

image.thumb.png.1ebd6a52e57c47167bef496a03bbea17.png

 

Du coup dans l'énoncé, on te dit qu'une autre région a été amplifié avec des amorces A et B. Sur le gel, pour un patient normal (on sait qu'il ne porte pas la mutation) on voit qu'il y a des fragments amplifiés de 250 pb que ce soit le couple d'amorce C et D ou E et D. Comme le patient est normal, au niveau de la piste avec les amorces E et D, il ne doit pas y avoir d'amplification puisque qu'il n'y a pas la mutation recherchée donc pas d'hybridation avec la sonde mutée. De même, comme il est normal on s'attend à trouver une amplification avec les sondes C et D non mutées. Avec toutes ces informations, on peut en déduire que le fragment de 250 pdb correspond à l'amplification par les amorces A et B. De plus, à partir du schéma cela parait logique puisque les amorces A et B sont plus espacées entre elles que les amorces C/E avec la D (attention les schémas ne sont pas forcément à l'échelle ! ici, cela semble confirmer ce qu'on a déduit). 

A partir de là, tu peux faire abstraction de la rangée de fragments de 250 pdb, cela correspond juste à l'autre région amplifiée et nous montre que la réaction de PCR fonctionne bien à chaque fois. 

 

Maintenant on sait que le fragment de 150 pdb correspond à l'amplification par les amorces C et D ou E et D. En fonction de si tu retrouves ton fragment dans la piste CD ou ED tu peux dire si le patient porte ou non la mutation recherchée. Si tu retrouve le fragment dans les deux pistes, c'est que le patient est hétérozygote pour cette mutation.

 

Si on prend le patient 1, on voit qu'il y a des fragments à 150 pdb au niveau de la piste CD et ED donc on peut en déduire qu'il est hétérozygote pour cette mutation. 

Pour le patient 2, on voit qu'il y a des fragments à 150 pdb seulement au niveau de la piste ED, on peut en déduire qu'il a au moins 1 allèle qui porte la mutation recherchée et que le deuxième allèle n'est pas normal (sinon on se serait retrouvé dans le cas du patient 1).

Pour le patient 3, on voit qu'il y a des fragments d'ADN de 150 pdb au niveau de la piste CD, on peut en déduire qu'il possède au moins un allèle normal sans la mutation recherchée. 

 

Voilà, j'espère que maintenant c'est plus clair pour toi ! 😊

 

Par contre j'ai pas compris de quels triangles tu me parlais, j'espère avoir quand même répondu à ta question... Sinon n'hésite pas à la reposer autrement ou voir si quelqu'un d'autre comprend mieux ta question...

Link to comment
Share on other sites

Le 25/11/2020 à 21:58, SApaces a dit :

De même, comme il est normal on s'attend à trouver une amplification avec les sondes C et D non mutées.

Salut je suis de retour sur le génome désolé de la réponse tardive mais je comptais pas laisser ta réponse sous silence 😉

je t'avoue que la ligne de 250pdb je n'y comprends absolument rien 😅 j'ai beau relire et relire ça veut pas, on fait une PCR avec A et B et on trouve un résultat avec CD et ED déjà là j'ai du mal (pour le normal) ensuite comment savoir que la colonne des 250pdb ne nous intéresse pas ça reste un mystère là aussi elle sert à quoi alors il aurait pu ne pas la mettre c'était mieux

Le 25/11/2020 à 21:58, SApaces a dit :

Si on prend le patient 1, on voit qu'il y a des fragments à 150 pdb au niveau de la piste CD et ED donc on peut en déduire qu'il est hétérozygote pour cette mutation. 

Pour le patient 2, on voit qu'il y a des fragments à 150 pdb seulement au niveau de la piste ED, on peut en déduire qu'il a au moins 1 allèle qui porte la mutation recherchée et que le deuxième allèle n'est pas normal (sinon on se serait retrouvé dans le cas du patient 1).

Pour le patient 3, on voit qu'il y a des fragments d'ADN de 150 pdb au niveau de la piste CD, on peut en déduire qu'il possède au moins un allèle normal sans la mutation recherchée. 

ça c'est tout capiche j'ai pigé

 

la première erreur que j'ai fait tu l'as dit c'est celle-là :

"mais en gros si c'est l'amorce mutée qui s'hybride, c'est qu'il y a une mutation (bien vu l'expert) et si c'est une amorce non mutée qui s'hybride c'est que la séquence n'est donc pas mutée au niveau de cette amorce." c'est bête mais j'avais pas vu ça comme ça ahah et je n'avais pas compris que CD et DE était possible pour les 2 allèles j'ai du mal avec ça ...

 

Merci encore 

Link to comment
Share on other sites

Le 01/12/2020 à 12:28, La_Ferrace_du_Réveillon a dit :

Salut je suis de retour sur le génome désolé de la réponse tardive mais je comptais pas laisser ta réponse sous silence 😉

je t'avoue que la ligne de 250pdb je n'y comprends absolument rien 😅 j'ai beau relire et relire ça veut pas, on fait une PCR avec A et B et on trouve un résultat avec CD et ED déjà là j'ai du mal (pour le normal) ensuite comment savoir que la colonne des 250pdb ne nous intéresse pas ça reste un mystère là aussi elle sert à quoi alors il aurait pu ne pas la mettre c'était mieux

 

Alors du coup, je t'avoue que moi aussi je trouve ça un peu étrange mais c'est la seule solution que j'ai trouvé. Je ne vois pas pourquoi en mettant un couple d'amorce, il y ai, à chaque fois, 2 bandes par piste sur le gel électrophorèse. Du coup, la seule explication rationnelle c'est qu'elle vient du couple A et B.

Dans l'énoncé, il y a bien écrit "Avec des amorces différentes A et B, on amplifie une autre région du gène non impliquée dans la pathologie considérée", j'ai donc supposé que ce couple était présent dans chaque réaction. Cela peut permettre de vérifier que la réaction de PCR se fait correctement (s'il n'y a pas la bande à 250 kpb, on peut supposer qu'il y ai eu un problème technique/de manipulation lors de la réaction de PCR).

 

Je t'avoue qu'en effet, ça serait mieux et plus simple si elle était pas là cette bande à 250 kpb (mais ça serait beaucoup plus facile d'un coup et moins drôle)

 

Courage, ça va aller le génome ! 

Link to comment
Share on other sites

Il y a 2 heures, SApaces a dit :

 

Alors du coup, je t'avoue que moi aussi je trouve ça un peu étrange mais c'est la seule solution que j'ai trouvé. Je ne vois pas pourquoi en mettant un couple d'amorce, il y ai, à chaque fois, 2 bandes par piste sur le gel électrophorèse. Du coup, la seule explication rationnelle c'est qu'elle vient du couple A et B.

Dans l'énoncé, il y a bien écrit "Avec des amorces différentes A et B, on amplifie une autre région du gène non impliquée dans la pathologie considérée", j'ai donc supposé que ce couple était présent dans chaque réaction. Cela peut permettre de vérifier que la réaction de PCR se fait correctement (s'il n'y a pas la bande à 250 kpb, on peut supposer qu'il y ai eu un problème technique/de manipulation lors de la réaction de PCR).

 

Je t'avoue qu'en effet, ça serait mieux et plus simple si elle était pas là cette bande à 250 kpb (mais ça serait beaucoup plus facile d'un coup et moins drôle)

 

Courage, ça va aller le génome ! 

Merci !

Ouais génome ça me rassure pas trop ahah

Link to comment
Share on other sites

Join the conversation

You can post now and register later. If you have an account, sign in now to post with your account.
Note: Your post will require moderator approval before it will be visible.

Guest
Reply to this topic...

×   Pasted as rich text.   Paste as plain text instead

  Only 75 emoji are allowed.

×   Your link has been automatically embedded.   Display as a link instead

×   Your previous content has been restored.   Clear editor

×   You cannot paste images directly. Upload or insert images from URL.

  • Recently Browsing   0 members

    • No registered users viewing this page.
×
×
  • Create New...