TD1

[BLC3927A]

Bonjour !

J'ai repris le TD1 de génome sur la réplication et malgré la correction je n'arrive pas à comprendre ce QCM ! Quel est le rôle des dTTP et des dCTP, où sont-ils ajoutés, comment savoir si la pol 1 à une action exonuclésique 3'-> 5' ou 5'-> 3' ... C'est très flou !

Les items ACDE sont vrais. 

Merci !

 

[lisaspirine]

Salut !

 

Alors déjà pour ce qui est de l’action exonucléasique de la polymérase I normalement vous devez l’avoir vu en cours son action de proof-reading (qui va être mise en jeu ici) est 3’-5’ (c’est pour la dégradation du primer qu’elle va dans l’autre sens). C’est ce qui est dit dans la première ligne de l’énoncé.

Ensuite, dans ce genre d’exercice c’est un peu toujours la même chose. En fait, tu vas avoir un endroit avec des erreurs dans la chaine (ici des C à la place des T sur le demi-brin du haut) que la polymérase va vouloir corriger.

 

L’ajout de dTTP et de dCTP, il faut que tu vois ça comme si on menait une expérience pour comprendre comment la correction va se faire. C’est donc des désoxyribonucléotides que tu vas simplement ajouter dans le milieu où ton ADN à réparer se trouve comme pour donner du substrat à la correction : ce sont des dNTP que ta polymérase va utiliser pour corriger la chaine.

En bref ce qu’il va donc se passer durant cette correction c’est qu’il va d’abord y avoir une excision des nucléotides fautifs (ici les C) puis un remplacement par les bons nucléotides.

 

/!\ On te précise bien dans l’énoncé que ces T et ces C qu’on ajoute dans le milieu sont NON radioactifs. C’est important à retenir pour la suite puisque tu sauras que quand ils sont intégrés dans ta chaine, ils n’influent pas sur la quantité de radioactivité. C’est seulement la présence des C et des T en gras, radioactifs, qui va la faire varier.

 

 

Pour ce qui est de questions on va les reprendre une par une :

 

A) La diminution du taux de 14C est due à la dégradation de la séquence oligo-C --> VRAI

Ici, c’est bien ce qu’il va se passer car les C en gras vont être dégradés comme je l’ai dit plus haut, tu as donc une diminution de la radioactivité associée.

 

B) La diminution de la radioactivité du 3H est le fait d'une activité exonucléasique 5'-->3' de la DNA polymérase I -->FAUX

Ici, tu vois que le sens n’est pas le bon, cela devrait être 3’-5’ car c’est le sens de l’activité exonucléasique proof reading de la polymérase I.

 

C) En présence de dTTP, la radioactivité du 3H ne diminue pas car l'activité exonucléasique de la DNA polymérase I "s'arrête" au niveau des paires AT et l'activité polymérasique peut fonctionner pour synthétiser le brin complémentaire --> VRAI

Ici donc c’est ce qu’on a explicité tout à l’heure, il y a dégradation des C donc sa radioactivité diminue puis comme la polymérase ne détecte pas d’erreur en continuant vers le 5’ ET qu’elle a à disposition des dTTP, elle va se contenter de combler le trou et de reformer correctement la chaine.

 

D) Dans le cas où l'on observe une diminution des 2 radioactivités, celle du 3H diminue après celle du 14C parce que l'activité exonucléasique (3'-->5') excise d'abord les C (3'-terminaux) et ensuite les T --> VRAI

Point à bien comprendre ici !!!

On te dit que les 2 radioactivités diminuent. En te référant à l’énoncé, tu vois que cela correspond au cas où il y a seulement la présence de dCTP. Ce qui va se passer ici est un peu particulier.

On aurait tendance à penser que la radioactivité 3H portée par les T ne va pas bouger car seul les C sont fautifs (comme à la question précédente). Mais dans la réalité ce qu’il se passe c’est que la polymérase va dégrader les nucléotides C fautifs en débordant un peu, en agrandissant le trou. Elle va donc dégrader quelques T et c’est pour ça que la radio 3H va diminuer aussi.

C’est dû au fait qu’il n’y a pas présence de dTTP donc ta polymérase dégrade tranquillement les C mais au moment ou elle arrive sur les paires AT où elle devrait s’arrêter, elle n’a pas de substrats dTTP pour combler la chaine donc elle continue à dégrader un peu, ce qui agrandi le trou jusqu’aux T et la radioactivité 3H va donc diminuer un peu dans un second temps, c’est ce qui est dit dans la question !

 

E) Les résultats ne sont pas affectés par la présence de dCTP car le brin matrice de la zone à réparer ne comporte que des A, donc n'utilisera pour le brin néosynthétisé que des dTTP (donc dans ce cas dCTP ne sert à rien) -->VRAI

Ici en fait on te montre que la présence de dCTP n’influe pas : qu’il y en ait ou non, tant qu’il y a des dTTP présents, les résultats seront les mêmes ! Cela se vérifie puisque tu vois que dans les cas 1 (que des dTTP) et 3 (dTTP + dCTP), les radioactivités varient pareil.

C’est simplement du au fait que tant qu’il y a des dTTP, ta polymérase peut travailler correctement et que même si tu ajoutes des dCTP, cela ne changera rien car elle ne les utilisera pas.

 

 

Voilà j’espère avoir éclairé un peu tout ça, si tu as encore des questions, n’hésite pas ! Bonne après-midi 

Edited November 21, 2020 by lisaspirine