ED 1 génome

[LeMathou]

Heyyyyyy, la famille 

Je comprends bien que l'item suivant est faux  ("le même résultat aurait été obtenu en inversant l'ordre des étapes, c'est-à-dire d'abord extraction du DNA (par la méthode phénol), puis action de la nucléase de micrococcus.") (cf énoncé plus bas)
mais je voulais être sûre de bien comprendre et que mon raisonnement soit juste. Du coup quelles seront les principales différences entre les 2 méthodes ?

 

"QCM 14 : On prépare de la chromatine à partir de noyaux cellulaires. On traite cette chromatine par de la nucléase de micrococcus (endonucléase qui coupe au hasard le DNA double brin accessible, c'est-à-dire non protégé par des protéines). Puis l'ADN est extrait et purifié (techniquephénol/eau). Après séparation des fragments d'ADN par électrophorèse, on visualise

(par coloration au bromure d'éthidium) des bandes correspondant à une taille de 180, 360, 540, 720 paires de bases (pb) et des fragments de taille supérieure (multiples de 180) correspondant à des mononucléosomes et des oligonucléosomes de taille croissante."

 

Merci d'avance + bonne journée 

 

Edited September 8, 2020 by LeMathou

[Yoshi]

Il me semble que lors d'une purification de l'ADN tu enlèves toutes les protéines qui sont liées à celui-ci. Du coup si tu enlèves les protéines avant de le traiter par la nucléase, ton ADN sera totalement dégradé puisque ce sont les protéines qui le protègent de l'action de celle-ci.

 

Alors que dans le premier cas, tu faisais agir la nucléase avant d'enlever les protéines. Du coup là où l'ADN est protégé par les protéines (nucléosomes), ce n'est pas coupé.

[LeMathou]

@Yoshi je suis d'accord avec toi pour la première partie c'est bien ce que j'avais compris. 

 

Mais dans l'énoncé ils précisent bien que la chromatine étudiée est accessible  et non protégée (soit ce qui correspond à ton "le premier cas") par les protéines d'où la possibilité qu'on est des bandes de plusieurs tailles, ce sont ces bandes qui seront purifiées. C'est pour c'est pas très clair dans ma tête, et que je vois pas trop la  différence entre les 2 études.... J'ai peut-être loupé un truc...? 

Edited September 8, 2020 by LeMathou

[Yoshi]

Ce qui est dit c'est que la nucléase coupe sur de la chromatine accessible et non protégée. Par contre c'est pas marqué que la chromatine est entièrement accessible et non protégée : ce qui poserai problème puisque on ne verrait rien.

 

Cas 1 : Nucléase agit avant que ADN soit purifié

Du coup, on a un ADN avec toutes ses protéines. Ici il faut comprendre que ton ADN à toujours ses nucléosomes (180 pb). La nucléase ne pouvant couper que des zones accessibles et non protégées elle coupera entre les nucléosomes : ce qui permet la formation des bandes (comme les nucléosomes ne sont pas coupé, tu observes des bandes de 180, 360, etc qui sont des multiples de 180 soit la preuve qu'ils ne te reste presque que des nucléosomes)

Je tente un schéma, ne rigole pas trop fort en le voyant s'il te plaît  :

 

N-------N------N-------N-------N--------N        =>     N-------N------N-------N-------N--------N  

 

N : nucléosome (180 pb)

--- : ADN internucléosomique (ADN sans protéines)

=> : on fait agir la nucléase

--- : partie dégradé en plein de tout petit bout par la nucléase (invisible donc lors de l'électrophorèse) 

 

C'est dans l'ADN internucléosomique que la nucléase peut couper car dépourvu de protéines. 

 

Cas 2 : Nucléase agit après que l'ADN soit purifié

Du coup, il n'y a plus de nucléosomes comme l'ADN à été "débarrassé" de ses protéines. Donc, tu vois bien que la nucléase va pouvoir couper partout.

Schéma (pareil rigole pas trop fort ) :

 

------------------------------------------------   =>  ------------------------------------------------ 

 

--- : ADN internucléosomique (ADN sans protéines)

=> : on fait agir la nucléase

--- : partie dégradé en plein de tout petit bout par la nucléase (invisible donc lors de l'électrophorèse) 

 

Tout étant dégradé tu ne verras plus rien à l'électrophorèse.

 

Est-ce que ça répond à ta question et est-ce que c'est assez clair ? (N'hésite pas à le dire si t'as rien compris, c'est le matin donc je galère un peu dans mes explications )

[LeMathou]

@Yoshi mais c'est juste génial, tout est HYPER clair. Si tes explications du matin sont un peu confuses alors j'attends de voir celles de l'aprem parce que là c'est top (même les schémas sont très bien hein) hahah  ! 

Du coup merci beaucoup ! 

 

Edited September 8, 2020 by LeMathou