[ERRATAS COLLE N°11 RECHERCHE]

[AB-EL]

Bonjour à tous, 

Voici le post sous lequel vous pourrez partager vos remarques concernant le module Recherche de la colle n°11 !

 

Tutobise

[Hyperpaularisation]

Salut, merci encore pour cette colle !

 

Je ne comprends pas comment on peut affirmer pour la 7E qu'il y a 16% de lymphocytes NK ?

On a vu dans le cours qu'il existait NK, les NKT et les Tɣδ, les deux derniers seraient dans les résultats du cytomètre considérés comme des LT ? 

 

[foramen]

salut, merci pour la colle 

QCM 5 item A je ne comprends pas pourquoi vous la comptez vrai parce que avec un énoncé pareil on envisage plutôt de rétablir le gène plutôt que de le KO étant donné que c'est un gène qui intervient dans la formation des membres ; je sais que l'item dit "peut on" mais dans le but de rétablir le gène ce n'est pas envisageable 

 

[AdamDeSagesse]

Il y a 19 heures, Hyperpaularisation a dit :

Salut, merci encore pour cette colle !

 

Je ne comprends pas comment on peut affirmer pour la 7E qu'il y a 16% de lymphocytes NK ?

On a vu dans le cours qu'il existait NK, les NKT et les Tɣδ, les deux derniers seraient dans les résultats du cytomètre considérés comme des LT ? 

 

 

Hey !

C'est une notion qui n'est pas précisé sur les diapos mais en effet, la proportion de LT + celle de LB + celle de NK correspondent approximativement à 100% des lymphocytes totaux, mais il existe en effet d'autres types minoritaires ou d'autres sous-types englobés par les 3 types déjà cités. Pour te donner des chiffres concrets qui ne sont pas à savoir cette année : il y a 70-85% de LT, 5-15% de LB et 5-15% de NK.

En revanche, ce qui m'embête à la lecture de cet item, c'est l'utilisation du mot "sérum" qui correspond à la phase liquide du sang, soit du sang dépourvu de cellules, donc dépourvu de lymphocyte. Ainsi, et pour cette raison, je dirais que l'item est faux.

 

[J'édite car j'ai oublié de répondre à ta deuxième question] : Oui en effet, les NKT forment bien un groupe de LT, de même que les Tɣδ.

 

Voilà, j'espère que c'est plus clair pour toi ! Bonne journée et bon courage !

Edited April 26, 2020 by AdamDeSagesse

[AdamDeSagesse]

il y a 29 minutes, foramen a dit :

salut, merci pour la colle 

QCM 5 item A je ne comprends pas pourquoi vous la comptez vrai parce que avec un énoncé pareil on envisage plutôt de rétablir le gène plutôt que de le KO étant donné que c'est un gène qui intervient dans la formation des membres ; je sais que l'item dit "peut on" mais dans le but de rétablir le gène ce n'est pas envisageable 

 

 

Hey !

Je comprends tout à fait ton point de vue et ta logique, mais la nature fait parfois des choses bien étranges ! Dans ce QCM, on ne dit pas que le gène muté intervenait initialement dans la formation des membres, du moins, pas directement. On ne dit pas non plus que l'on cherche à rétablir le gène. Je n'ai honnêtement pas d'exemple précis à te donner malheureusement, mais admettons que la mutation en question provoque un gain de fonction et que cela entraîne, du fait d'un mécanisme quelconque, ces malformations des membres : alors oui, c'est envisageable. J'ai conscience que ma réponse est théorique et hypothétique, mais l'item reste vrai à mon sens. 

 

Après, il est vrai que l'énoncé est quelque peu maigre en informations… En tout cas, je salue la réflexion que tu as eu face à cet item et qu'en général, il est en effet plus fréquent de chercher à rétablir un gène défaillant que de chercher à éliminer un gène qui "en ferait trop".

 

J'espère que l'explication est claire ! Bonne journée et bon courage !

Edited April 25, 2020 by AdamDeSagesse

[Hypnos]

19 hours ago, AdamDeSagesse said:

 

Hey !

C'est une notion qui n'est pas précisé sur les diapos mais en effet, la proportion de LT + celle de LB + celle de NK correspondent approximativement à 100% des lymphocytes totaux, mais il existe en effet d'autres types minoritaires ou d'autres sous-types englobés par les 3 types déjà cités. Pour te donner des chiffres concrets qui ne sont pas à savoir cette année : il y a 70-85% de LT, 5-15% de LB et 5-15% de NK.

En revanche, ce qui m'embête à la lecture de cet item, c'est l'utilisation du mot "sérum" qui correspond à la phase liquide du sang, soit du sang dépourvu de cellules, donc dépourvu de lymphocyte. Ainsi, et pour cette raison, je dirais que l'item est faux.

 

[J'édite car j'ai oublié de répondre à ta deuxième question] : Oui en effet, les NKT forment bien un groupe de LT, de même que les Tɣδ.

 

Voilà, j'espère que c'est plus clair pour toi ! Bonne journée et bon courage !

salut !

merci pour cette colle 
 

Donc l’item passe bien faux ?

car en plus, dans cet item on parle de serum

or le serum est loin de contenir que des lymphocytes 

et que en effet, comme mentionné, même s’ils constituent la population majoritaire parmi les non-T et non-B, ils ne sont pas les seuls

Edited April 26, 2020 by Paracelse

[Hypnos]

Ensuite j’aurais une remarque pour l’item 6E

 

En effet, vous le comptez juste car c’est indiqué comme ça dans le cours

malheureusement, dans cet item on parle de transgenese sur zygote par RH

Or la seule technique qui est exploitable sur ces cellules est Crisper-cas9

Or, dans cette methode, nous n’utilisons pas les nucléases comme indiqué dans la partie du cours à laquelle vous faites référence 

Avec Cas9, les pourcentages de RH sont supérieurs, donc pour moi on devrait le compter faux

 

Au sujet de la 4C, pour moi, ils ne formeront pas une bande unique car le SDS-PAGE est suffisamment sensible (cf cours de Pr.Bettina du S1) pour detecter ces variations, donc pour moi on ne peut pas le compter juste, surtout qu’il n’y a aucune notion de nuance dans cet item (ex: sequençage de Sanger qui se joue à la base près)

 

 

Au sujet de l’item 5E, c’est faux !

en effet, suite à l’intervention de la Cas 9 (coupure double-brin constituant la première étape) nous allons avoir la NHEJ qui est la seconde, donc je ne suis pas d’accord avec vous sur la correction de cet item 

 

 

Au sujet de la 8D, pour moi on ne peut pas parler de GR qui ont sedimenté, car la grande majorité ont été lysé, ainsi, ça ne sera que des debris, alors que l’item ne fait aucune mention de la non intégrité de ces sediments

 

 

Edited April 26, 2020 by Paracelse

[AdamDeSagesse]

Le 26/04/2020 à 11:25, Paracelse a dit :

Donc l’item passe bien faux ?

car en plus, dans cet item on parle de serum

or le serum est loin de contenir que des lymphocytes 

et que en effet, comme mentionné, même s’ils constituent la population majoritaire parmi les non-T et non-B, ils ne sont pas les seuls

 

L'item est faux, en effet.

Dans un sérum, il n'y a justement aucun élément figuré du sang. Pour revenir à vos cours sur le tissu sanguin, lorsqu'on récupère du sang dans un tube sans anticoagulant, le fibrinogène se change en fibrine et cela provoque la formation d'un caillot. Ce caillot est alors formé de la fibrine et des cellules sanguines, ce qui reste alors du sang correspond au sérum (= plasma sans éléments coagulants). Ainsi, le sérum ne contient pas de lymphocyte.

Ensuite, je pense avoir saisi ce que tu voulais dire toutefois malgré la confusion, lorsqu'on réalise un phénotypage lymphocytaire par cytométrie en flux, on l'effectue généralement sur uniquement des lymphocytes, mais il est vrai qu'il aurait peut-être été plus judicieux de le préciser dans l'énoncé...

 

Révélation

 

Dans cette diapo, le professeur avait précisé (du moins, mon année…) que ce qui n'était ni CD3+ ni CD19+ correspondait au NK. De plus, pour en revenir à cette idée qu'on sépare d'abord les lymphocytes du reste des éléments figurés, on voit qu'il y a 70% de LT : proportion qui n'est vraisemblable que si l'on s'intéresse uniquement aux lymphocytes.

 

Dans cet item, on emploie le mot "approximativement" donc malgré l'existence de population minoritaire, la proportion des NK est telle qu'ils correspondent approximativement à l'ensemble des lymphocytes non-T non-B. 

Edited May 7, 2020 by AdamDeSagesse

[Hypnos]

@AdamDeSagesse d’accord, merci pour ces précisions, donc si on recroise cet item sans le terme serum on pourra le compter juste

[AdamDeSagesse]

il y a 58 minutes, Paracelse a dit :

Ensuite j’aurais une remarque pour l’item 6E

 

En effet, vous le comptez juste car c’est indiqué comme ça dans le cours

malheureusement, dans cet item on parle de transgenese sur zygote par RH

Or la seule technique qui est exploitable sur ces cellules est Crisper-cas9

Or, dans cette methode, nous n’utilisons pas les nucléases comme indiqué dans la partie du cours à laquelle vous faites référence 

Avec Cas9, les pourcentages de RH sont supérieurs, donc pour moi on devrait le compter faux

 

Je suis assez d'accord avec toi mais je ne pense pas que l'item devient faux pour autant. Je cite : couper préalablement l’ADN du gène cible par des nucléases permettrai aux chercheurs d’augmenter la fréquence d’insertion par recombinaison homologue d’environ 1%.

Si c'est au préalable, alors il n'est même pas encore question de transgenèse ou de CRISPR-Cas9 : il faut plutôt voir cet item comme un cas général. Du moins, c'est de cette manière que je l'interprète… donc ça resterait vrai. 

 

il y a 58 minutes, Paracelse a dit :

Au sujet de la 4C, pour moi, ils ne formeront pas une bande unique car le SDS-PAGE est suffisamment sensible (cf cours de Pr.Bettina du S1) pour detecter ces variations, donc pour moi on ne peut pas le compter juste, surtout qu’il n’y a aucune notion de nuance dans cet item (ex: sequençage de Sanger qui se joue à la base près)

 

Il est vrai que le SDS-Page est très sensible, mais de là à distinguer un fragment de 2.24kb et un autre de 2.34kb ? Honnêtement, je ne sais pas. (Peut-être que les RM auront une réponse : je me permets donc de vous identifier, @TontonChène et @nour8). Après, ça m'étonnerait qu'un item similaire tombe le jour du concours puisque cette notion de discrimination de la technique SDS-Page n'est pas une notion importante du cours… désolé !

 

il y a 58 minutes, Paracelse a dit :

Au sujet de l’item 5E, c’est faux !

en effet, suite à l’intervention de la Cas 9 (coupure double-brin constituant la première étape) nous allons avoir la NHEJ qui est la seconde, donc je ne suis pas d’accord avec vous sur la correction de cet item

 

Je pense que ce que voulait dire le rédacteur de l'item était qu'on pouvait inactiver les 2 allèles du gène cible en une seule étape, ce qui est vrai. Mais je t'avoue, même si c'est dit de cette manière dans les diapos, avoir dû mal avec l'utilisation du mot "étape" ici : ce que tu dis est vrai, de la même manière qu'on pourrait aussi dire que la constitution du plasmide présentant l'ADN codant la CAS9 est une 1^ère étape...

Toutefois, je dirais que ça reste vrai, même si j'ai trouvé ça quelque peu ambigu...

 

il y a 58 minutes, Paracelse a dit :

Au sujet de la 8D, pour moi on ne peut pas parler de GR qui ont sedimenté, car la grande majorité ont été lysé, ainsi, ça ne sera que des debris, alors que l’item ne fait aucune mention de la non intégrité de ces sédiments

 

Une grande partie des GR est en effet détruite mais ça n'empêche pas qu'une partie d'entre elles sédimentent toutefois au niveau du culot, bien que cette proportion est moindre par rapport au tube du patient sain. Donc l'item reste vrai, la condensation au fond du tube correspond bien à des GR qui ont sédimentés.

 

J'espère que ces réponses te conviendront ! Bonne journée et bon courage !

[Hypnos]

@AdamDeSagesse merci quand même

[nour8]

Salut !

 

ITEM 7E : L'item passe faux pour les raisons données par Adam (merci ++)

 

ITEM 6 E: L'item reste vrai, comme l'a dit Adam ici il faut plus le voir comme une généralité mais dans le cours il est noté : "couper l'ADN du gène cible par des nucléases augmente la fréquence d'insertion par RH" sans préciser si l'on est dans le cadre de CRISPR Cas9 ainsi rien ne nous empêche de réaliser cette étape au préalable. (par ailleurs dans le système CRISPR Cas9 on utilise des endonucléases). Désolée de l'ambiguïté de l'item.

 

ITEM 4C: L'item est annulé. On obtient trois fragments respectivement de 2.34kb, 2.33kb et 2.24kb. Dans des conditions réelles sur un gel d'électrophorèse SDS PAGE on ne distinguerait qu'une grosse bande (il est difficile de discriminer le fragments de 2.24kb de celui de 2.33 et 2.34kb). Il est vrai que la sensibilité de cette technique n'est pas abordée, ni importante en UE8 cela porte à confusion c'est pour cela que l'item est annulé.

 

En espérant que ça soit plus clair 

Bon courage

 

 

 

[SaraB]

Bonjour, merci pour la colle  

 

J'avais juste une question concernant l'item 5B, "La recombinaison homologue, nécessaire à la réalisation du CRISPR-Cas9, fait intervenir MRE11 qui permet la résection de l’ADN double brin et une recombinase, Rad51, qui scanne l’ADN à la recherche de séquences homologues." compté vrai, la prof a précisé, notamment dans la correction du TD cette année, que la recombinaison homologue par le système CRISPR-Cas9 n'intervenait que dans le cas d'un KI, dans le cas d'un KO, la réparation se fait majoritairement par recombinaison non homologue, du coup je ne comprend pas pourquoi on dit que la recombinaison homologue est nécessaire à la réalisation du CRISPR-Cas9 (surtout dans ce cas où on fait un KO)

 

Merci d'avance.

Edited April 26, 2020 by SaraB

[Juliethmoïde]

Salut @SaraB

 

Ici pour obtenir des souris dépourvus de la mutation causant des malformations des membres il y a a priori deux possibilités :

- On peut réaliser un KO du gène de façon à l'inactiver entièrement c'est ce qui est évoqué dans les items A et E.

- On peut aussi réaliser un KI en remplaçant le gène muté par le gène sauvage. 

L'item B concernant la recombinaison homologue ne parle pas de KO aussi il semble plutôt faire référence au remplacement du gène mutée par le gène sauvage. Il s'agit donc d'un KI. Il est donc tout à fait légitime de dire que la recombinaison homologue sera nécessaire pour réaliser cette manipulation. 

Dans ce QCM il faut bien voir les items comme étant indépendant les uns des autres.

 

J'espère que j'ai répondu correctement à ta question!

Bon courage pour la suite de tes révisions!!!

Edited April 26, 2020 by Juliethmoïde

[SaraB]

C'est très clair, merci !  

[foramen]

je suis assez d'accord avec @Paracelse pour l'item 8D il devrait etre compté faux car les informations pour répondre à ce qcm sont très très maigres surtout que l'item n'est pas rédigé au conditionnel donc dans le culot on peut imaginer qu'il y ait des débris membranaires ou cellulaires etc...

Edited April 26, 2020 by foramen

[AdamDeSagesse]

il y a une heure, foramen a dit :

je suis assez d'accord avec @Paracelse pour l'item 8D il devrait etre compté faux car les informations pour répondre à ce qcm sont très très maigres surtout que l'item n'est pas rédigé au conditionnel donc dans le culot on peut imaginer qu'il y ait des débris membranaires ou cellulaires etc...

 

Pour le coup, je ne trouve vraiment pas qu'il manque des informations… Cette condensation au fond du tube correspond bien à de la sédimentation de globules rouges, mais rien n'empêche qu'il y ait aussi des débris par dessus…

[Phényl]

Bonjour ! Merci pour la colle ! :)))

J'ai juste une question par rapport au QCM 8.. je ne comprends pas pourquoi la A est comptée vraie, dans la proposition "Cette expérience correspond à une immunolyse soit la cytolyse dépendante du complément par les anticorps.", les mots "complément" et "anticorps" sont inversés non ? Ou bien j'ai mal compris et ce sont les anticorps qui engendrent la mort de la cellule et non pas le complément.. ? 

Merci !