ERRATA Poly de Pâques Rangueil 2019-2020 Recherche

[Le_Nain]

Coucou ! 

 

Vous pouvez poster ici les divers erratas/questions/remarques concernant les sujets type et QCM en vrac du Poly de Pâques de Rangueil en Recherche.  

 

Ce sujet sera édité à chaque errata pour que vous gagniez du temps ! 

 

Errata : 

Aucun pour le moment

 

Réponses aux questions posées : 

Sujet type 1 : 

QCM 14 : https://forum.tutoweb.org/topic/41749-errata-poly-de-pâques-rangueil-2019-2020-recherche/?do=findComment&comment=216396 

QCM 15, item E : https://forum.tutoweb.org/topic/41749-errata-poly-de-pâques-rangueil-2019-2020-recherche/?do=findComment&comment=217725

 

Sujet type 2 : 

QCM 12, item A : https://forum.tutoweb.org/topic/41749-errata-poly-de-pâques-rangueil-2019-2020-recherche/?do=findComment&comment=217812 

 

QCM en vrac : 

QCM 4, item E : https://forum.tutoweb.org/topic/41749-errata-poly-de-pâques-rangueil-2019-2020-recherche/?do=findComment&comment=217327

QCM 5, item A : https://forum.tutoweb.org/topic/41749-errata-poly-de-pâques-rangueil-2019-2020-recherche/?do=findComment&comment=224317

QCM 6, item B : https://forum.tutoweb.org/topic/41749-errata-poly-de-pâques-rangueil-2019-2020-recherche/?do=findComment&comment=224385

QCM 7, item C : https://forum.tutoweb.org/topic/41749-errata-poly-de-pâques-rangueil-2019-2020-recherche/?do=findComment&comment=224317

QCM 16, item C : https://forum.tutoweb.org/topic/41749-errata-poly-de-pâques-rangueil-2019-2020-recherche/?do=findComment&comment=224317

 

 

Edited May 6, 2020 by Théophylline
mise à jour

[Aspirateur_Tyron]

Bonjour, j'envoie ce message car l'item D du qcm n°14 du sujet type 1 me pose problème: Comptée comme vrai, elle indique qu'en accouplant la première génération de souris transgénique, c'est à dire la génération de souris chimères, on obtiendrai une génération de souris homozygotes pour une désactivation du gène Gr. Mais il me semble, qu'à partir de la première génération, on obtiendrai des souris Hétérozygotes, et qu'à partir de cette génération on obtiendrai des souris homozygotes, donc qu'à partir de la 3e génération. Aurais-je mal compris cet item, et je m'en excuse, ou est-ce que ce serait un errata ? 

[Metallica]

salut @Nicolas32

 

  On 4/21/2020 at 2:28 PM, Nicolas32 said:

elle indique qu'en accouplant la première génération de souris transgénique, c'est à dire la génération de souris chimères,

Expand  

 

C'est justement de là que vient  la confusion: on ne peut pas considérer le chimère comme un animal transgénique si on se réfère à la définition d'animal transgénique donnée par le prof dans la première diapo. En effet, les ES contenant le transgène ne contiennent pas l'ADN du souriceau, elles proviennent d'une autre souris.

[Aspirateur_Tyron]

En effet, autant pour moi, merci de m'avoir donner de votre temps !

[choLOLApine]

Salut!

Item 4E des QCM en vrac : "Grâce aux anticorps I et III, vous pouvez évaluer la capacité des cellules de la lignée CR à libérer l’Ag T dans le surnageant de culture par ELISpot." compté vrai, mais j'avais compris que la technique d'ELISpot permettaient de détecter les cellules sécretrices d'un Ac et non pas d'un Ag, est-ce qu'on l'utilise dans les deux cas? 

[Metallica]

  On 4/23/2020 at 5:12 PM, lola_svry said:

Item 4E des QCM en vrac : "Grâce aux anticorps I et III, vous pouvez évaluer la capacité des cellules de la lignée CR à libérer l’Ag T dans le surnageant de culture par ELISpot." compté vrai, mais j'avais compris que la technique d'ELISpot permettaient de détecter les cellules sécretrices d'un Ac et non pas d'un Ag, est-ce qu'on l'utilise dans les deux cas? 

Expand  

 

Yup l’essentiel pour l'ELISpot c'est que l'on ait un signal associé qui prend la forme des cellules sécrétrices. Quand on veut faire ça pour des cellules sécrétrices d'Ac , on utilise un ELISA indirect pour produire le signal mais si au lieu d'utiliser un ELISA indirect , on utilise un ELISA sandwich, il n'y a pas de raison qui puisse empêcher l'emploi de l'ELISpot pour les cellules sécrétrices d'Ag.

Edited April 23, 2020 by Metallica

[choLOLApine]

@Metallica d'accord, mercii !

[special_agent]

Coucou dans le sujet 1, qcm 15 item E il me semble qu'il y a un malentendu : il est dit en effet que les colonies ayant intégré le plasmide seront bleues sachant que le polylinker se trouve dans le gène lac Z. Pour moi c'est l'inverse, les colonies n'ayant pas incorporées le plasmide seront bleues car le gène lac Z ne sera pas inactivé alors que les colonies l'ayant incorporé seront blanche car lac Z serait alors inactivé.. 

Dites moi si c'est une incompréhension de ma part ^^

Merci pour ce bô polyy

[Imaudium]

  On 4/24/2020 at 7:40 AM, lenypocamp said:

Coucou dans le sujet 1, qcm 15 item E il me semble qu'il y a un malentendu : il est dit en effet que les colonies ayant intégré le plasmide seront bleues sachant que le polylinker se trouve dans le gène lac Z. Pour moi c'est l'inverse, les colonies n'ayant pas incorporées le plasmide seront bleues car le gène lac Z ne sera pas inactivé alors que les colonies l'ayant incorporé seront blanche car lac Z serait alors inactivé.. 

Dites moi si c'est une incompréhension de ma part ^^

Merci pour ce bô polyy

Expand  

 

Non justement ! Les bactéries n'ont pas le gène lac Z ! Donc sans plasmide -> blanche

 

Et après, tout dépend si le plasmide intégré, possède le gène Lac Z intacte (pas d'insert) ou détruit (car l'insert s'est mis "dedans")

Si le plasmide non recombinant (pas d'insert) est intégré dans les bactéries, des colonies bleues apparaîtront. Les colonies auraient été blanches si le plasmide avec l'insert cDNA avait été incorporé dans la bactérie, et de ce fait que le gène lac Z aurait été inactivé.

Si tu ne comprends pas, la leçon du TAT (poly de ce semestre) est très claire  (je te l'ai mis dessous)

Sinon j'avais une question au sujet du Sujet type 2 QCM 12 A 

 

QCM 12 : Vous décidez faire dans une cellule ES murine (issue d’une souris blanche) une recombinaison au niveau du gène S contenant 3 exons. A l’issue de la recombinaison, l’exon 2 du gène S est remplacé par le gène de la résistance au gancyclovir. Ensuite on réinjecte dans la masse cellulaire interne de blastocystes de souris noires les cellules ES recombinantes. Les blastocystes sont réimplantés dans des cellules noires de même souche. Concernant les souriceaux obtenus (génération F0) :

A. Les cellules somatiques des souriceaux obtenus seront hétérozygotes pour le gène S. Compté faux

 

J'avais cru comprendre que les recombinaisons étaient rares et donc que les cellules ayant subi la recombinaison, étaient forcément hétérozygotes pour le gène. C'est pour ça que j'aurai eu tendance à donner l'item vrai..

Si quelqu'un a l'explication merci par avance

[Metallica]

  On 4/24/2020 at 2:24 PM, Sushi said:

A. Les cellules somatiques des souriceaux obtenus seront hétérozygotes pour le gène S. Compté faux

 

J'avais cru comprendre que les recombinaisons étaient rares et donc que les cellules ayant subi la recombinaison, étaient forcément hétérozygotes pour le gène. C'est pour ça que j'aurai eu tendance à donner l'item vrai..

Si quelqu'un a l'explication merci par avance

Expand  

 

Je suis d'accord avec toi c'est pour ça que j'ai également un problème avec la correction qui affirme que les ES ayant intégré le transgène sont des cellules homozygotes pour le transgène.

Après l'item reste faux car les cellules somatiques du chimère ne résument pas qu'aux cellules transgéniques, il y a une coexistence entre les cellules originelles homozygote pour le gène et cellules heterozygotes pour le transgène indroduites c'est pourquoi on ne peut pas généraliser en disant que les cellules somatiques des souriceaux obtenus seront heterozygotes pour le gène S.

Edited April 24, 2020 by Metallica

[Imaudium]

  On 4/24/2020 at 6:26 PM, Metallica said:

 

Je suis d'accord avec toi c'est pour ça que j'ai également un problème avec la correction qui affirme que les ES ayant intégré le transgène sont des cellules homozygotes pour le transgène.

Après l'item reste faux car les cellules somatiques du chimère ne résument pas qu'aux cellules transgéniques, il y a une coexistence entre les cellules originelles homozygote pour le gène et cellules heterozygotes pour le transgène indroduites c'est pourquoi on ne peut pas généraliser en disant que les cellules somatiques des souriceaux obtenus seront heterozygotes pour le gène S.

Expand  

oui effectivement tu as raison l'item reste faux de toute façon! Mais j'espère que quelqu'un pourra nous expliquer si les cellules issues de la souris blanches sont bine homozygotes ou hétérozygotes!

[Metallica]

  On 4/24/2020 at 9:46 PM, Sushi said:

oui effectivement tu as raison l'item reste faux de toute façon! Mais j'espère que quelqu'un pourra nous expliquer si les cellules issues de la souris blanches sont bine homozygotes ou hétérozygotes!

Expand  

 

C'est sur que c'est  hétérozygote

 

Edited April 24, 2020 by Metallica

[Imaudium]

@Metallica oh bien joué! Merci d'avoir trouvé la confirmation

[Noel_Flantier]

Bonjour,

J'ai un souci avec l'item B qcm 6 des qcm en vrac qui est faux car il est noté que l'ADNc ne va pas s'insérer dans le bon sens,

pourtant si on suit l'ordre des enzymes présentées à la fois dans le polylinker et sur l'ADNc, on fait bien correspondre Sall avec Xhol et EcoR1 avec EcoR1 ce qui permettrait une insertion dans le bon sens ?

 

Un grand merci d'avance !

[justineb]

Salut @JPCORRA!
Pour moi ici le problème n’est pas dans le sens de l’insertion c’est vrai que je suis d’accord avec toi sur ce point là. Cependant cet item est tout de même faux car on peut voir sur l’ADNc qu’il y a deux sites de coupure pour EcoR1: un qui se situe avant le codon initiateur ATG et un qui se trouve après le codon STOP. Or une enzyme de restriction coupe tous les sites correspondant qu’elle rencontre. Ainsi, lorsque tu vas utiliser les enzymes SaII et EcoR1 pour couper ton ADNc, tu vas obtenir le petit fragment situé en avant du codon ATG et pas de fragment comprenant la séquence codante. 
L’item est donc bien faux mais la correction n’est pas correspondante. 
 

Est ce que j’ai répondu à ta question ? 

[Noel_Flantier]

@justineb c'est parfait merci beaucoup !!

[LaRateATouille]

Salut,

 

QCM 5 item A: pourquoi la reconnaissance du peptide de 60 kDa par les 2 AcMc ne peut pas être une réaction croisée ? (ok ce sont des AcMc qui reconnaissent des épitopes différents mais 2 protéines peuvent bien posséder un même épitope et donc être reconnu par 2 AcMc différents non ?)

 

QCM 7 item C :  je ne comprends pas l'item (C. Bien que la technique adéquate n’ait pas pour finalité le dosage de l’Ac, elle utilise néanmoins les mêmes étapes qu’un ELISA indirect mais le produit généré par l’enzyme précipite) 

 

QCM 16 item C : "C. La chromatographie par gel-filtration permet de séparer la protéine Gr par rapport aux autres grâce à son poids." → FAUX (correction: selon la taille) → j'ai répondu FAUX aussi mais une question me vient en tête lors de la correction.

Voici le raisonnement que j'ai eu: 

Une protéine est un enchainement d'AA. Or un AA possède un masse de 110 Da en moyenne (vu au S1). Donc quand on parle de séparer une protéine selon la taille, cela ne reviendrait pas à dire: "séparer la protéine selon son PM" donc selon sa masse ? (étant donné que la taille et le PM sont proportionnels) et donc l'item serait VRAI 

Mais les protéines possèdent des conformations 3D qui définissent leur nature, d'où ma deuxième question: Si deux protéines de PM très proche (de l'ordre de quelques dixième de Da ou Da) font l'objet d'une étude qui viendrait à les comparer, est-ce que leur conformation 3D respective peuvent influencer la migration par chromatographie gel-filtration ?

 

Merci d'avance 

Edited May 5, 2020 by LaRateATouille

[Reïner]

Salut

 

  On 5/5/2020 at 9:25 AM, LaRateATouille said:

QCM 5 item A: pourquoi la reconnaissance du peptide de 60 kDa par les 2 AcMc ne peut pas être une réaction croisée ? (ok ce sont des AcMc qui reconnaissent des épitopes différents mais 2 protéines peuvent bien posséder un même épitope et donc être reconnu par 2 AcMc différents non ?)

Expand  

 

Effectivement oui, l'utilisation d'un antisérum aurait été préférable pour balayer les doutes quant à cette question. Ceci dit, l'item n'excluait pas la possibilité d'une réaction croisée mais disait qu'elle était peu probable. En effet, deux épitopes différents (un conformationnel et un séquentiel) présents sur  deux prots différentes de 60kDa pile poil, c'est pas le truc le plus probable. Dans tous les cas, ne t'inquiète pas, au cc les énoncés seront faits de telle manière à ce que tu n'aies quasi aucun doute concernant les questions se référant aux réaction croisée/forme clivée ;)) 

 

  On 5/5/2020 at 9:25 AM, LaRateATouille said:

QCM 7 item C :  je ne comprends pas l'item (C. Bien que la technique adéquate n’ait pas pour finalité le dosage de l’Ac, elle utilise néanmoins les mêmes étapes qu’un ELISA indirect mais le produit généré par l’enzyme précipite) 

 

Expand  

 

Du coup ici c'était histoire de dire qu'on utilise des étapes d'un ELISA indirect (ag +Ac+ Ac secondaire marqué) quand on procède à un ELISpot sur des cellules sécrétrices d'Ac à ceci près que le produit généré par l'enzyme précipite pour l'ELISpot (comme pour le WB, dot-blot...) alors qu'il reste soluble pour un dosage.

 

  On 5/5/2020 at 9:25 AM, LaRateATouille said:

QCM 16 item C : "C. La chromatographie par gel-filtration permet de séparer la protéine Gr par rapport aux autres grâce à son poids." → FAUX (correction: selon la taille) → j'ai répondu FAUX aussi mais une question me vient en tête lors de la correction.

Voici le raisonnement que j'ai eu: 

Une protéine est un enchainement d'AA. Or un AA possède un masse de 110 Da en moyenne (vu au S1). Donc quand on parle de séparer une protéine selon la taille, cela ne reviendrait pas à dire: "séparer la protéine selon son PM" donc selon sa masse ? (étant donné que la taille et le PM sont proportionnels) et donc l'item serait VRAI 

Mais les protéines possèdent des conformations 3D qui définissent leur nature, d'où ma deuxième question: Si deux protéines de PM très proche (de l'ordre de quelques dixième de Da ou Da) font l'objet d'une étude qui viendrait à les comparer, est-ce que leur conformation 3D respective peuvent influencer la migration par chromatographie gel-filtration ?

Expand  

 

Je ne sais pas vraiment quelle définition exacte donnent les profs au mot "taille". De mémoire, que ça soit en biomol au S1 ou en recherche, lors d'un gel-filtration, taille équivaut à poids. Mais si comme tu l'as dit, on considère que taille=densité , l'équivalence que j'ai citée avant ne marche plus car effectivement il se peut que deux prots de meme PM aient une densité différente selon leur structure 3D mais bon ceci n'interviendra pas dans un gel filtration triant les molécules avec un écart de taille assez conséquent (donc on se réfère la relation linéaire entre taille et poids)

 

Edited May 5, 2020 by Reïner

[LaRateATouille]

  On 5/5/2020 at 4:49 PM, Reïner said:

 

Effectivement oui, l'utilisation d'un antisérum aurait été préférable pour balayer les doutes quant à cette question. Ceci dit, l'item n'excluait pas la possibilité d'une réaction croisée mais disait qu'elle était peu probable. En effet, deux épitopes différents (un conformationnel et un séquentiel) présents sur une même prot de 60kDa pile poil, c'est pas le truc le plus probable. Dans tous les cas, ne t'inquiète pas, au cc les énoncés seront faits de telle manière à ce que tu n'aies quasi aucun doute concernant les questions se référant aux réaction croisée/forme clivée ;)) 

Expand  

Ok parfait, je pense chercher trop compliqué 

  On 5/5/2020 at 4:49 PM, Reïner said:

Du coup ici c'était histoire de dire qu'on utilise des étapes d'un ELISA indirect (ag +Ac+ Ac secondaire marqué) quand on procède à un ELISpot sur des cellules sécrétrices d'Ac à ceci près que le produit généré par l'enzyme précipite pour l'ELISpot (comme pour le WB, dot-blot...) alors qu'il reste soluble pour un dosage.

Expand  

Ok c'est plus clair merci  

  On 5/5/2020 at 4:49 PM, Reïner said:

Je ne sais pas vraiment quelle définition exacte donnent les profs au mot "taille". De mémoire, que ça soit en biomol au S1 ou en recherche, lors d'un gel-filtration, taille équivaut à poids. Mais si comme tu l'as dit, on considère que taille=densité , l'équivalence que j'ai cité avant ne marche plus car effectivement il se peut que deux prots de meme PM aient une densité différente selon leur structure 3D mais bon ceci n'interviendra pas dans un gel filtration triant les molécules avec un écart de taille assez conséquent (donc on se réfère la relation linéaire entre taille et poids)

Expand  

Ok ok merci chef bonne soirée !

[Reïner]

Coucou vous 2

 

  On 5/5/2020 at 7:41 AM, JPCORRA said:

J'ai un souci avec l'item B qcm 6 des qcm en vrac qui est faux car il est noté que l'ADNc ne va pas s'insérer dans le bon sens,

pourtant si on suit l'ordre des enzymes présentées à la fois dans le polylinker et sur l'ADNc, on fait bien correspondre Sall avec Xhol et EcoR1 avec EcoR1 ce qui permettrait une insertion dans le bon sens ?

Expand  

 

  On 5/5/2020 at 8:51 AM, justineb said:

Pour moi ici le problème n’est pas dans le sens de l’insertion c’est vrai que je suis d’accord avec toi sur ce point là. Cependant cet item est tout de même faux car on peut voir sur l’ADNc qu’il y a deux sites de coupure pour EcoR1: un qui se situe avant le codon initiateur ATG et un qui se trouve après le codon STOP. Or une enzyme de restriction coupe tous les sites correspondant qu’elle rencontre. Ainsi, lorsque tu vas utiliser les enzymes SaII et EcoR1 pour couper ton ADNc, tu vas obtenir le petit fragment situé en avant du codon ATG et pas de fragment comprenant la séquence codante. 
L’item est donc bien faux mais la correction n’est pas correspondante. 

Expand  

 

Je me permets d’intervenir car je connais assez bien le glandu qui a conçu ce qcm

 

Effectivement ce n'est pas un problème de sens (c'était censé être le piège initial hehe d’où la correction à coté de la plaque ). L'Adnc sera bien libéré par l'enzyme EcoRI mais le site produit par EcoRI sur l'adnc n'étant pas associable à celui crée par XhoI sur le plasmide, l'insertion du cdna ne sera alors pas possible

Edited May 5, 2020 by Reïner

[justineb]

Ah mais oui c’est vrai que j’avais pas vu les choses de ce point de vue là ! 

[maestro]

  On 5/5/2020 at 4:49 PM, Reïner said:

Je ne sais pas vraiment quelle définition exacte donnent les profs au mot "taille". De mémoire, que ça soit en biomol au S1 ou en recherche, lors d'un gel-filtration, taille équivaut à poids. Mais si comme tu l'as dit, on considère que taille=densité , l'équivalence que j'ai citée avant ne marche plus car effectivement il se peut que deux prots de meme PM aient une densité différente selon leur structure 3D mais bon ceci n'interviendra pas dans un gel filtration triant les molécules avec un écart de taille assez conséquent (donc on se réfère la relation linéaire entre taille et poids)

 

Expand  

yooo, mon cerveau bug peut-être pcq je comprends pas,

ta justification ne rend pas l'item vrai?

La chromatographie par gel-filtration permet de séparer la protéine Gr par rapport aux autres grâce à son poids.-> vrai selon moi, vu qu'on se refere à la relation linéaire entre taille/poids comme tu dis, du coup on pourra bien les séparer non?  

[Reïner]

  On 5/7/2020 at 1:25 PM, maestro said:

ta justification ne rend pas l'item vrai?

La chromatographie par gel-filtration permet de séparer la protéine Gr par rapport aux autres grâce à son poids.-> vrai selon moi, vu qu'on se refere à la relation linéaire entre taille/poids comme tu dis, du coup on pourra bien les séparer non?  

Expand  

 

Si je suis bien d’accord avec vous

[Noel_Flantier]

Bonjour,

Pour le qcm 6 item E du sujet 2 qui est vrai, d'après l'immunotransfert, P2 n'est retrouvée que la souche Cv3 et on nous dit dans l'énoncé que toutes les souris infectées par la souche Cv3 n'ont pas développé la maladie

Du coup j'ai du mal à comprendre pourquoi à partir de ces données, dire qu'on peut utiliser la protéine P2 pour faire un vaccin dirigé contre le coronavirus est juste

 

Un grand merci d'avance !

[Metallica]

  On 5/10/2020 at 7:48 AM, JPCORRA said:

Pour le qcm 6 item E du sujet 2 qui est vrai, d'après l'immunotransfert, P2 n'est retrouvée que la souche Cv3 et on nous dit dans l'énoncé que toutes les souris infectées par la souche Cv3 n'ont pas développé la maladie

Du coup j'ai du mal à comprendre pourquoi à partir de ces données, dire qu'on peut utiliser la protéine P2 pour faire un vaccin dirigé contre le coronavirus est juste

Expand  

 

Justement vu qu'il n'y a que P2 qui est présente dans CV3 et qu'aucune souris n'a développé la maladie avec cette souche, c'est celle-ci qu'il faudra utiliser comme vaccin ...le but du vaccin c'est de préparer ton système immunitaire à l'attaque du pathogène en injectant une souche atténuée ..mais il ne faut pas que cette souche atténuée rendre la personne malade sinon ça n'a aucun sens d’où l'utilisation de cette souche-ci