insert Enzymes de restrictions

[DrR]

salut, j'ai quelques petites lacunes en recherche,

 

ici pour le B je sais pas cmt répondre (vrai) et le E est faux prc y a pas de site Bsgl dans le MCS c'est bien ça ?

 

Ensuite en général pour savoir si un insert peux être inséré dans un vecteur donné on regarde si les 2 ER de l'insert sont compatibles 1 à 1 avec celles du plasmide (la partie centrale coupée est la même) c'est ça ? et si le vecteur est coupé par une seule ER on fait comment ?

Pour savoir si c'est dans les 2 sens il faut voir si les extrémités après la coupure (hors partie centrale) sont les mêmes ?

Mercii

 

 

[Metallica]

Coucou @DrR

 

Pour la B les sites générés par ces enzymes de restrictions ne seront pas compatibles ce qui empêchera bien le vecteur de se refermer :

 

PStl --->5' CTGCA    C

              3' G              GACGT 5' <---Sfcl

 

Il y a 2 heures, DrR a dit :

le E est faux prc y a pas de site Bsgl dans le MCS c'est bien ça ?

 

C'est vrai qu'il n' y a pas de sites de restriction sur le MCS mais ce n'est pas ça qui rend l'item faux. Si les enzymes de restrictions ApaLI et Nsil avaient généré au niveau de l'insert des sites reconnaissables par Bsg1 alors Bsg1 aurait pu libérer l'insert intégré dans le plasmide même si ce site ne figurait pas de base sur le MCS. En l'occurence ça n'est pas le cas (Bgs1 ne reconnaitra pas les sites crées par ApaLI et Nsil) du coup l'ADNc entier ne sera pas libéré.

 

Il y a 2 heures, DrR a dit :

Ensuite en général pour savoir si un insert peux être inséré dans un vecteur donné on regarde si les 2 ER de l'insert sont compatibles 1 à 1 avec celles du plasmide (la partie centrale coupée est la même) c'est ça ?

 

C'est ce que j'avais conseillé de faire dans des post précédents mais cette technique consistant à regarder le motif central à des limites , la preuve en est avec l'item B du CCR2015 que tu as cité. Pour que ça soit possible il faut que les 2 ER coupe au même "endroit" ( soit toutes les 2 avant les motifs centraux soit toutes les 2 après)...  il vaut mieux dans tous les cas dessiner les séquences obtenues et voir si elles sont compatibles.

 

Il y a 2 heures, DrR a dit :

et si le vecteur est coupé par une seule ER on fait comment ?

 

C'est la même méthode on compare respectivement les sites générés par les ER générant des sites sur l'insert avec celle qui agit sur le vecteur. Si les deux sites crées sur l'insert sont compatibles avec celui crée sur l'insert alors l'insert pourra s'insérer (dans les 2 sens) si par contre un des sites n'est pas compatible avec celui du vecteur alors l'insert ne s'inserera pas.

 

Il y a 2 heures, DrR a dit :

Pour savoir si c'est dans les 2 sens il faut voir si les extrémités après la coupure (hors partie centrale) sont les mêmes ?

 

Encore une fois le mieux c'est de dessiner les sites crées par les ER pour voir s'ils sont compatibles*

 

 

( Juste pour vous dire que pour la technique des motifs centraux il y a une condition supplémentaire ,ça marchera si les 2 ER coupe au même "endroit" ( soit toutes les 2 avant les motifs centraux soit toutes les 2 après) sinon ça ne collera pas .

@liil @Clooo @JPCORRA @loubtps @LaRateATouille

Edited February 26, 2020 by Metallica

[DrR]

Il y a 4 heures, Metallica a dit :

Coucou @DrR

 

Pour la B les sites générés par ces enzymes de restrictions ne seront pas compatibles ce qui empêchera bien le vecteur de se refermer :

 

PStl --->5' CTGCA    C

              3' G              GACGT 5' <---Sfcl

 

 

C'est vrai qu'il n' y a pas de sites de restriction sur le MCS mais ce n'est pas ça qui rend l'item faux. Si les enzymes de restrictions ApaLI et Nsil avaient généré au niveau de l'insert des sites reconnaissables par Bsg1 alors Bsg1 aurait pu libérer l'insert intégré dans le plasmide même si ce site ne figurait pas de base sur le MCS. En l'occurence ça n'est pas le cas (Bgs1 ne reconnaitra pas les sites crées par ApaLI et Nsil) du coup l'ADNc entier ne sera pas libéré.

 

 

C'est ce que j'avais conseillé de faire dans des post précédents mais cette technique consistant à regarder le motif central à des limites , la preuve en est avec l'item B du CCR2015 que tu as cité. Pour que ça soit possible il faut que les 2 ER coupe au même "endroit" ( soit toutes les 2 avant les motifs centraux soit toutes les 2 après)...  il vaut mieux dans tous les cas dessiner les séquences obtenues et voir si elles sont compatibles.

 

 

C'est la même méthode on compare respectivement les sites générés par les ER générant des sites sur l'insert avec celle qui agit sur le vecteur. Si les deux sites crées sur l'insert sont compatibles avec celui crée sur l'insert alors l'insert pourra s'insérer (dans les 2 sens) si par contre un des sites n'est pas compatible avec celui du vecteur alors l'insert ne s'inserera pas.

 

 

Encore une fois le mieux c'est de dessiner les sites crées par les ER pour voir s'ils sont compatibles*

 

 

( Juste pour vous dire que pour la technique des motifs centraux il y a une condition supplémentaire ,ça marchera si les 2 ER coupe au même "endroit" ( soit toutes les 2 avant les motifs centraux soit toutes les 2 après) sinon ça ne collera pas .

@liil @Clooo @JPCORRA @loubtps @LaRateATouille

parfait merciii bcp, @Metallica dans quel cas on regarde ce qu'il y a après et avant le site de coupure ? (x/zzz/x , les x ici)

[OxyGenS]

Le 26/02/2020 à 13:49, Metallica a dit :

Pour la B les sites générés par ces enzymes de restrictions ne seront pas compatibles ce qui empêchera bien le vecteur de se refermer :

 

PStl --->5' CTGCA    C

              3' G              GACGT 5' <---Sfcl

Salut @Metallica

Edit : j'ai eu la réponse pas ailleurs

Edited May 27, 2020 by OxyGenS