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A la recherche d'AUG


Rebelle
Go to solution Solved by Puromycine,

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  • Ancien Responsable Matière

Hello,

Alors voilà, cela fait plusieurs fois que j'essaie les QCMs concoctés par le professeur Langin et les longues séquences (qui font mal aux yeux avouons-le) et une fois sur 2, je me plante dans l'AUG initiateur. Je me demandais donc comment fallait-il s'y prendre parce qu'en général les corrections disent lequel est le bon mais pas comment aboutir à celui-ci.

Merci d'avance !

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Salut !

 

Alors, quand le codon initiateur est souligné, et qu'il n'y a pas d'intron (ce point est très important), tu peux prendre une "règle" (une carte étudiant) et tracer des lignes qui séparent les triplets à partir du codon stop. En effet, le professeur Langin met 6 colonne de 10 nucléotide, le début et la fin de chaque triplet se fera toujours aux même endroit (par exemple, si le codon stop est entre 660 et 663, les triplets des lignes au dessus seront entre 560 et 563). C'est pour ça qu'à R18, l'étudiant.e qui a scanné sa copie a fait des lignes droites depuis le codon stop.

 

Ensuite, il te faut repérer tous les AUG valide (donc pas coupé par la ligne qui te permet de séparer tous les triplets valides).

 

Enfin, si t'en trouve plusieurs, il faut regarder la séquence en AA qui suit le AUG (donné dans l'énoncé). Alors, les énoncé, jusque là, donnait les AA en nomenclature internationale (cad une lettre), mais comme le prof de biomol vous a donné la nomenclature à trois lettre, le prof devrait donner la séquence avec la nomenclature à trois lettres. Quand t'as la séquence en AA, il faut regarder le code et regarder si après l'AUG, il y a bien un codon de l'AA qui suit. Si c'est toujours pas discriminant, tu regardes si le troisième codon correspond aux codons du troisième AA, ...

Un exemple, si ta séquence peptidique commence par Met-Phe-Gly-...., la séquence peut être AUG/UUU/GGG (si t'avais une deuxième AUG qui proposait AUG/UUC/AAA, ça aurait été faux)....

 

Remarque : Si il y a les introns, commence par surligner toute les séquence intronique d'une couleur spéciale (il faut les isoler au nucléotide près), et ensuite, tu part du codon stop en contant de 3 en 3 et tu fais tes séparation (tu peux tracer les lignes droite, mais attention à ne pas dépasser les introns)...

 

Bon, mon explication est surement confuse, donc si t'as le moindre soucis avec ça, n'hésite pas à me relancer ! ^^

 

Bon courage et bonne chance !

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  • Solution

En gros, en 2018, le prof a juste donné les endroit de jonctions entre les exons.

 

Mais si, au lieu de donner les jonctions entre les exons, il donne : les introns sont situé entre 421 et 486, et entre 666 et 749, alors, tu dois surligner ses séquences intronique. En effet, les introns peuvent couper un codon en deux (A/intron/UG).

C'est pour ça que s'il y a les introns dans la séquence (il donne le preARNm), il ne faut pas tracer en ligne droite et faire attention, car les introns eux peuvent faire décaler les codons !

 

Une fois que tu as surligné, tu peux tracer les lignes, mais attention a ne pas prendre une séquence intronique et a bien faire attention aux codon

Si t'as par exemple XXXXXXA/intron/UGXXXXXXXXX, à faire la bonne séparation -je considère que le cadre de lecture donne un AUG coupé par l'intron- XXX/XXX/A/intron/UG/XXX/XXX/XXX

Ce serait dommage de se faire avoir en décalant le cadre de 1 en faisant X/XXX/XXA/intron/UG/XXX/XXX/XXX, car l'exercice et ceux lié repose en grande partie sur le fait de retrouver l'AUG 🤷‍♂️

 

Alors, en vrai, si Langin vous met une séquence, il y 99,99 % de chance que ce soit l'ADNc (et donc qu'il n'y ait pas d'intron). Tu n'as pas à t'en faire là dessus ! ^^

 

Si t'as encore des questions, hésite-pas ! ^^

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En 2018, il me semble qu'il y avait une question qui demandais le poids de la protéine. Donc, il fallait compter les codon à partir de l'AUG initiateur et multiplier le nombre de codon par 110 (mais aussi de dire le nombre d'AA de la protéine).

Aussi, il y a le E du 20, où on doit avoir trouvé le codon initiateur pour la faire -partie codante et non codante.

 

De plus, il peut y avoir des questions sur le placement des box (TATA box par exemple), donc là aussi, il faut trouver l'AUG initiateur.

 

Ça fait pas beaucoup d'item certes. En cas de manque de temps, il ne faut pas essayer de trouver l'AUG initiateur, c'est trop long. Mais si t'as le temps, en vrai, ça peut valloir le coup... (quand je voyait une séquence, je répondais à tous les items qui ne nécessite pas de regarder la séquence, et je revenais à la séquence trouver le AUG initiateur que lorsque j'avais fini les autres questions ! ^^)

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@Puromycine

Je me trompe peut-être mais je pense que tu n'as pas bien compris ma question.

Je ne demandais pas si ça servait à qque chose de trouver l'AUG initiateur mais justement lorsqu'on doit le trouver (et qu'il n'y a pas d'introns) le fait de savoir où sont les jct entre exons ne nous amène pas d'infos pour trouver la position de l'AUG initiateur ?

J'espère que ma question est plus claire 🙂

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Désolé, je suis idiot !😅

 

Alors, pour le coup, comme je l'ai dis, un exon peut couper un codon en deux, du coup, j'ai pas l'impression qu'il existe une règle précise qui pourrait nous permettre de trouver aisément l'AUG. A ma connaissance, savoir où sont les jonctions ne nous amène pas à savoir où se trouve l'AUG initiateur.

A la limite, ça peut nous aider à voir si on a oublié un AUG lorsque on trouve notre premier AUG dans le troisième exon (généralement il est dans le premier exon, mais je sais pas s'il y a des exceptions...)

 

Du coup, la meilleure technique, c'est vraiment tracer les traits et comparer les AUG corrects à la séquence peptidique donné 😕

Oui, c'est lourd (et ça m'a fait pété plus d'un câble....)

 

Je ne sais vraiment pas s'il y a des techniques plus simples pour le faire...

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