Ancien Responsable Matière Rebelle Posted January 8, 2020 Ancien Responsable Matière Share Posted January 8, 2020 Hello, Alors voilà, cela fait plusieurs fois que j'essaie les QCMs concoctés par le professeur Langin et les longues séquences (qui font mal aux yeux avouons-le) et une fois sur 2, je me plante dans l'AUG initiateur. Je me demandais donc comment fallait-il s'y prendre parce qu'en général les corrections disent lequel est le bon mais pas comment aboutir à celui-ci. Merci d'avance ! Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Puromycine Posted January 8, 2020 Share Posted January 8, 2020 Salut ! Alors, quand le codon initiateur est souligné, et qu'il n'y a pas d'intron (ce point est très important), tu peux prendre une "règle" (une carte étudiant) et tracer des lignes qui séparent les triplets à partir du codon stop. En effet, le professeur Langin met 6 colonne de 10 nucléotide, le début et la fin de chaque triplet se fera toujours aux même endroit (par exemple, si le codon stop est entre 660 et 663, les triplets des lignes au dessus seront entre 560 et 563). C'est pour ça qu'à R18, l'étudiant.e qui a scanné sa copie a fait des lignes droites depuis le codon stop. Ensuite, il te faut repérer tous les AUG valide (donc pas coupé par la ligne qui te permet de séparer tous les triplets valides). Enfin, si t'en trouve plusieurs, il faut regarder la séquence en AA qui suit le AUG (donné dans l'énoncé). Alors, les énoncé, jusque là, donnait les AA en nomenclature internationale (cad une lettre), mais comme le prof de biomol vous a donné la nomenclature à trois lettre, le prof devrait donner la séquence avec la nomenclature à trois lettres. Quand t'as la séquence en AA, il faut regarder le code et regarder si après l'AUG, il y a bien un codon de l'AA qui suit. Si c'est toujours pas discriminant, tu regardes si le troisième codon correspond aux codons du troisième AA, ... Un exemple, si ta séquence peptidique commence par Met-Phe-Gly-...., la séquence peut être AUG/UUU/GGG (si t'avais une deuxième AUG qui proposait AUG/UUC/AAA, ça aurait été faux).... Remarque : Si il y a les introns, commence par surligner toute les séquence intronique d'une couleur spéciale (il faut les isoler au nucléotide près), et ensuite, tu part du codon stop en contant de 3 en 3 et tu fais tes séparation (tu peux tracer les lignes droite, mais attention à ne pas dépasser les introns)... Bon, mon explication est surement confuse, donc si t'as le moindre soucis avec ça, n'hésite pas à me relancer ! ^^ Bon courage et bonne chance ! Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Ancien Responsable Matière Rebelle Posted January 8, 2020 Author Ancien Responsable Matière Share Posted January 8, 2020 (edited) Alors j'ai tout compris sauf pour la partie avec les introns Edited January 8, 2020 by Rebelle Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Solution Puromycine Posted January 8, 2020 Solution Share Posted January 8, 2020 En gros, en 2018, le prof a juste donné les endroit de jonctions entre les exons. Mais si, au lieu de donner les jonctions entre les exons, il donne : les introns sont situé entre 421 et 486, et entre 666 et 749, alors, tu dois surligner ses séquences intronique. En effet, les introns peuvent couper un codon en deux (A/intron/UG). C'est pour ça que s'il y a les introns dans la séquence (il donne le preARNm), il ne faut pas tracer en ligne droite et faire attention, car les introns eux peuvent faire décaler les codons ! Une fois que tu as surligné, tu peux tracer les lignes, mais attention a ne pas prendre une séquence intronique et a bien faire attention aux codon Si t'as par exemple XXXXXXA/intron/UGXXXXXXXXX, à faire la bonne séparation -je considère que le cadre de lecture donne un AUG coupé par l'intron- XXX/XXX/A/intron/UG/XXX/XXX/XXX Ce serait dommage de se faire avoir en décalant le cadre de 1 en faisant X/XXX/XXA/intron/UG/XXX/XXX/XXX, car l'exercice et ceux lié repose en grande partie sur le fait de retrouver l'AUG Alors, en vrai, si Langin vous met une séquence, il y 99,99 % de chance que ce soit l'ADNc (et donc qu'il n'y ait pas d'intron). Tu n'as pas à t'en faire là dessus ! ^^ Si t'as encore des questions, hésite-pas ! ^^ Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
OxyGenS Posted January 8, 2020 Share Posted January 8, 2020 @Puromycine Je me permets de poser une question juste pour en avoir le coeur net : si comme dans le cas de 2018 il donne les jct entre exons, on s'en fiche pour trouver l'AUG initiateur, cela nous sert à rien ? (ça servira peut-être pour d'autres qcm) Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Puromycine Posted January 8, 2020 Share Posted January 8, 2020 En 2018, il me semble qu'il y avait une question qui demandais le poids de la protéine. Donc, il fallait compter les codon à partir de l'AUG initiateur et multiplier le nombre de codon par 110 (mais aussi de dire le nombre d'AA de la protéine). Aussi, il y a le E du 20, où on doit avoir trouvé le codon initiateur pour la faire -partie codante et non codante. De plus, il peut y avoir des questions sur le placement des box (TATA box par exemple), donc là aussi, il faut trouver l'AUG initiateur. Ça fait pas beaucoup d'item certes. En cas de manque de temps, il ne faut pas essayer de trouver l'AUG initiateur, c'est trop long. Mais si t'as le temps, en vrai, ça peut valloir le coup... (quand je voyait une séquence, je répondais à tous les items qui ne nécessite pas de regarder la séquence, et je revenais à la séquence trouver le AUG initiateur que lorsque j'avais fini les autres questions ! ^^) Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
OxyGenS Posted January 8, 2020 Share Posted January 8, 2020 @Puromycine Je me trompe peut-être mais je pense que tu n'as pas bien compris ma question. Je ne demandais pas si ça servait à qque chose de trouver l'AUG initiateur mais justement lorsqu'on doit le trouver (et qu'il n'y a pas d'introns) le fait de savoir où sont les jct entre exons ne nous amène pas d'infos pour trouver la position de l'AUG initiateur ? J'espère que ma question est plus claire Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Puromycine Posted January 8, 2020 Share Posted January 8, 2020 Désolé, je suis idiot ! Alors, pour le coup, comme je l'ai dis, un exon peut couper un codon en deux, du coup, j'ai pas l'impression qu'il existe une règle précise qui pourrait nous permettre de trouver aisément l'AUG. A ma connaissance, savoir où sont les jonctions ne nous amène pas à savoir où se trouve l'AUG initiateur. A la limite, ça peut nous aider à voir si on a oublié un AUG lorsque on trouve notre premier AUG dans le troisième exon (généralement il est dans le premier exon, mais je sais pas s'il y a des exceptions...) Du coup, la meilleure technique, c'est vraiment tracer les traits et comparer les AUG corrects à la séquence peptidique donné Oui, c'est lourd (et ça m'a fait pété plus d'un câble....) Je ne sais vraiment pas s'il y a des techniques plus simples pour le faire... Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
OxyGenS Posted January 8, 2020 Share Posted January 8, 2020 Ok merci ! Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Ancien Responsable Matière Rebelle Posted January 8, 2020 Author Ancien Responsable Matière Share Posted January 8, 2020 Merci pour toutes ces réponses @Puromycine ! Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
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