R2015-2016

[carolineb]

Bonjour!

 

Révélation

 

ici je vois pas pourquoi l'item2B est faux

 

Révélation

 

pour le 6A l'item est vrai mais je vois pas pourquoi on fait pas 3 milliards x 2 pour un génome diploïde 

 

 

Révélation

 

pour le 13B (faux) la correction dit que "Les rétrovirus exogènes ne sont pas intégrés dans le génome" mais pourtant après la RT le cDNA lui s'intègre dans le génome, mais c'est faux parce que le virus n'est pas intégré mais le cDNA oui?

 

 

 

Révélation

 

Révélation

 

pour le 27E je ne vois pas pourquoi il est vrai

 

pour le 28C d'après la correction "La mutation est présente sur l'intron 11, donc elle n'est pas conservée dans les produits d'amplification" mais je vois pas comment on peut savoir que la mutation est dans l'intron 11

 

Révélation

 

ici je vois pas pourquoi l'item 29C est vrai

 

Révélation

 

et le 30D est vrai mais si HpaII est présente je vois pas comment on peut avoir la même chose que quand elle est absente? pcq dans ce cas une des 2 bandes aurait été prise en charge par l'enzyme et donc on aurait eu par exemple une bande à 1300 et 2 autres bandes non? 

 

et pour finir "l'alpha amandine est un inhibiteur spécifique de la transcription bactérienne" est compté faux pourtant dans le cours on voit bien qu'elle inhibe les RNA polymérases II et III

 

voilà merci beaucoup d'avance! 

Edited January 3, 2020 by carolinebnrd

[SJr]

très bonnes questions j'ai fait l'annale ce matin moi aussi et j'ai eu les même reflexions 

 

pour les virus exo c'est TOUS le génome humain, bien sur c'est faux car le HIV est un rétrovirus et on l'a pas tous développé, même la grippe je crois est un rétrovirus, on l'a pas tous en même temps des fois il s"en va etc... y'a des cycles...

 

 

 

 

la cytosine c'est pas une maturation post transcriptionnel c'est via la PRPP synthase qu'elle est crée, dans le tRNA y'a de la cytosine normale et de la cytosine méthylée, la méthylée est post trans: PRPP -> tRNA -> post trans, la non méthylé PRPP direct en tRNA via RNA POLSE III

[Moumou]

Salut @carolinebnrd,

 

Pour la 2B et la 13B, je suis totalement d'accord avec @SJr (sachant que pour la 13B le problème c'est le "TOUS")

 

La 6A c'est un piège un peu plus fin. En gros dans cet item, quand on te parle du génome nucléaire haploïde, on te parle en pb (soit 2 nucléotides) : il y a 3 milliards de pb soit 6 milliards de nucléotides que tu multiplie ensuite par deux pour avoir le nombre de nucléotides dans le génome nucléaire diploïde. Donc ça fait bien 12 milliards.

 

Plusieurs éléments te permettent de répondre à la 27E :

- tu vois que la mutation transforme un G en A ce qui fait qu'on a plus AGT (qui donnait sur le préARNm AGU) mais AAT (qui donnera sur le préARNm AAU). Au début des introns il y a une "séquence" GU qui est essentielle à leur épissage. Là on te dit que cette mutation survient dans l'intron 11 immédiatement après la fin de l'exon 11. Vu qu'il insistent bien dessus c'est un premier élément qui te permet de répondre.

- Ensuite tu remarques sur ta RT-PCR que l'amplicon obtenu chez l'individu malade est plus petit de 150pb par rapport à celui obtenu chez l'individu témoin. L'exon 11 fait 150pb et en cas d'une anomalie d'épissage ayant entrainé son excision on obtiendrait exactement le même résultat que celui de la RT-PCR du dessus.

Donc la 27E est bien vraie.

 

il y a 50 minutes, carolinebnrd a dit :

pour le 28C d'après la correction "La mutation est présente sur l'intron 11, donc elle n'est pas conservée dans les produits d'amplification" mais je vois pas comment on peut savoir que la mutation est dans l'intron 11

Parce qu'on te le dit dans l'énoncé commun aux qcms 27 et 28 héhé

 

Pour la 29C, tu sais que ScaI coupe la séquence 5' AGT/ACT 3' et tu connais les séquences du patient et du témoin : 

témoin :

5’ CATGTATATGAGTAAGTACT 3’

PATIENT

5’ CATGTATATGAGTAAATACT 3’

J'ai souligné la séquence coupée par l'enzyme dans la séquence témoin. Vu que l'enzyme ne coupe qu'une fois on aura bien 2 fragments chez l'individu témoin.

 

La 30D est un peu bizarre par contre, bon ce qui est sur c'est que en cas de méthylation équilibrée, on aura bien deux brandes à 1800 et à 1300 pb chez M. Par contre on devrait aussi avoir deux autres fragments correspondant à la partie 3' clivée de l'allèle de 1800pb non méthylée et la partie 3' clivée de l'allèle de 1300pb non méthylée. Par contre la partie 5' clivée ne sera pas visible car la sonde ne s'hybride pas avec. Du coup je pense que la question est tournée de manière particulière et qu'en gros elle voudrait dire que si parmi les bandes on observe toujours une bande de 1800pb et une bande de 1300pb c'est que la méthylation est équilibrée (mais ça n'exclue pas la possibilité de présence d'autres bandes).

Fin là je t'avoue que je suis pas sûre mais je vois pas d'autre solution...

Il y a 2 heures, carolinebnrd a dit :

et pour finir "l'alpha amandine est un inhibiteur spécifique de la transcription bactérienne" est compté faux pourtant dans le cours on voit bien qu'elle inhibe les RNA polymérases II et III

Ça reste une toxine donc elle a des conséquences sur l'homme.

 

J'espère que ça va mieux avec ces explications ! 

[carolineb]

Il y a 2 heures, SJr a dit :

pour les virus exo c'est TOUS le génome humain, bien sur c'est faux car le HIV est un rétrovirus et on l'a pas tous développé, même la grippe je crois est un rétrovirus, on l'a pas tous en même temps des fois il s"en va etc... y'a des cycles...

 

 

mais le truc c'est que dans la correction il est dit que les virus exogènes n'étaient pas du tout intégré au génome

du coup je me suis dis que c'était seulement le cDNA produit à partir du virus qui était intégré dans le génome et pas le virus en lui même mais je sais pas si ma justification est bonne

 

 

à l’instant, Moumou a dit :

Pour la 2B et la 13B, je suis totalement d'accord avec @SJr (sachant que pour la 13B le problème c'est le "TOUS")

 

j'ai pas vraiment compris pour la 2B, en fait la cytosine n'est pas présente dans le tRNA par maturation post transcriptionnelle mais parce qu'elle est déjà présente de base contrairement à la cytosine méthylée? il peut y en avoir dans le tRNA

 

il y a 2 minutes, Moumou a dit :

La 6A c'est un piège un peu plus fin. En gros dans cet item, quand on te parle du génome nucléaire haploïde, on te parle en pb (soit 2 nucléotides) : il y a 3 milliards de pb soit 6 milliards de nucléotides que tu multiplie ensuite par deux pour avoir le nombre de nucléotides dans le génome nucléaire diploïde. Donc ça fait bien 12 milliards.

ah oui d'accord donc 1pb = 2 nt donc 3 milliards de pb = 6 milliards de nt pour le génome haploïde et donc 6x2=12 milliards de nt pour le diploïde 

 

 

j'ai fait l'annale hier soir du coup je reprends les qcm 27 à 30 et je reviens pour voir si même avec tes explications je ne comprends pas, merci en tout cas!

 

[carolineb]

27E:

il y a 37 minutes, Moumou a dit :

tu vois que la mutation transforme un G en A ce qui fait qu'on a plus AGT (qui donnait sur le préARNm AGU) mais AAT (qui donnera sur le préARNm AAU). Au début des introns il y a une "séquence" GU qui est essentielle à leur épissage. Là on te dit que cette mutation survient dans l'intron 11 immédiatement après la fin de l'exon 11. Vu qu'il insistent bien dessus c'est un premier élément qui te permet de répondre.

 

ici je comprends pas trop la justification, où est la séquence GU? 

 

il y a 39 minutes, Moumou a dit :

Parce qu'on te le dit dans l'énoncé commun aux qcms 27 et 28 héhé

effectivement mdr merci

 

ah oui aussi, petite question en + pour le 28A, à partir du moment où le site de restriction d'une enzyme est présent et que du coup elle clive l'ADN génomique, la PCR ne peux pas du tout avoir lieu? même si on ne sait pas si c'est dans la zone des amorces?

 

29C:

il y a 50 minutes, Moumou a dit :

Pour la 29C, tu sais que ScaI coupe la séquence 5' AGT/ACT 3' et tu connais les séquences du patient et du témoin : 

témoin :

5’ CATGTATATGAGTAAGTACT 3’

PATIENT

5’ CATGTATATGAGTAAATACT 3’

J'ai souligné la séquence coupée par l'enzyme dans la séquence témoin. Vu que l'enzyme ne coupe qu'une fois on aura bien 2 fragments chez l'individu témoin.

 

ah oui merci bcp! du coup pour être sûre, l'ADN génomique aura la même séquence le produit de RT PCR car il est obtenu à partir d'un ARNm qui est le complémentaire de l'ADN génomique c'est bien ça? ce qui fait que séquence ADN génomique = complémentaire séquence ARNm = cDNA (donc produit de la RT PCR ici)?

 

30D:

il y a 56 minutes, Moumou a dit :

bon ce qui est sur c'est que en cas de méthylation équilibrée, on aura bien deux brandes à 1800 et à 1300 pb chez M.

 

mais pourquoi? parce que si on avait un phénomène d'inactivation équilibré on aurait eu par exemple 

- une bande à 1300 qui correspondrait au chromosome X méthylé donc non clivable par l'enzyme HpaII

- 2 autres fragments qui feraient suite au clivage du chromosome X de 1800 pb non méthylé donc qui a pu être clivé par HpaII

 

[Moumou]

Il y a 2 heures, carolinebnrd a dit :

 

mais le truc c'est que dans la correction il est dit que les virus exogènes n'étaient pas du tout intégré au génome

du coup je me suis dis que c'était seulement le cDNA produit à partir du virus qui était intégré dans le génome et pas le virus en lui même mais je sais pas si ma justification est bonne

 

Ah mais oui je suis bête intégré au génome ça veut pas dire "introduit" dans le génome ça veut dire qu'il fait partie intégrante du génome de la cellule. En gros par intégré on entend que le génome du virus appartient au génome de toutes les cellules de l'organisme comme un gène qui serait là depuis le tout début. Du coup c'est bien le cas du génome du rétrovirus endogène mais pas celui du rétrovirus exogène.

 

Il y a 2 heures, carolinebnrd a dit :

j'ai pas vraiment compris pour la 2B, en fait la cytosine n'est pas présente dans le tRNA par maturation post transcriptionnelle mais parce qu'elle est déjà présente de base contrairement à la cytosine méthylée? il peut y en avoir dans le tRNA

Oui voilà.

 

il y a une heure, carolinebnrd a dit :

27E:

ici je comprends pas trop la justification, où est la séquence GU?

La séquence GU est au tout début de l'intron. C'est dans la diapo 36 du cours de monsieur Langin (je suis désolée, j'arrive pas à mettre d'image). 

Ce sont les deux premières bases de l'intron qui vont être indispensable à son épissage au moment de la maturation de l'ARN.

 

Il y a 1 heure, carolinebnrd a dit :

ah oui aussi, petite question en + pour le 28A, à partir du moment où le site de restriction d'une enzyme est présent et que du coup elle clive l'ADN génomique, la PCR ne peux pas du tout avoir lieu? même si on ne sait pas si c'est dans la zone des amorces?

Non c'est pas lié à ça. En principe on te dit quand même dans quelle zone se situe la séquence clivée par l'enzyme.

En gros il y a deux cas de figure : 

- PCR après digestion par l'enzyme de restriction (à condition que le site de restriction se trouve entre les deux amorces) :

• Si l'enzyme coupe l'acide nucléique : on se retrouve avec un Acide nucléique clivé entre les zones d'hybridation des amorces ce qui fait que la PCR ne sera pas possible donc pas d'amplification et pas de bande.
• Si l'enzyme ne coupe pas : on aura amplification et apparition d'une seule bande.

- PCR avant digestion par l'enzyme de restriction (à condition que le site de restriction se trouve entre les deux amorces) :

• Si l'enzyme coupe : on aura deux fragments soit deux bandes.
• Si l'enzyme ne coupe pas : on aura une seule bande.

 

Il y a 2 heures, carolinebnrd a dit :

29C:

 

ah oui merci bcp! du coup pour être sûre, l'ADN génomique aura la même séquence le produit de RT PCR car il est obtenu à partir d'un ARNm qui est le complémentaire de l'ADN génomique c'est bien ça? ce qui fait que séquence ADN génomique = complémentaire séquence ARNm = cDNA (donc produit de la RT PCR ici)?

Je comprends pas bien ta question mais l'ADN génomique n'est pas le complémentaire de la séquence de l'ARNm.

Dans ton ADN génomique déjà tu as les introns et les exons puis le brin sens et le brin non sens. Le brin sens est le brin qui contient la séquence du préARNm (au U près) et du coup la séquence des exons qu'on retrouve dans le brin sens est la même que celle qu'on retrouve dans l'ARNm, c'est pour ça quoi l'appelle le brin codant. Ensuite il y a son complémentaire (brin non sens ou brin non codant) qui servira de matrice à la synthèse du transcrit. Ensuite le cDNA est généralement double brin donc un des deux sera le complémentaire de l'ARNm et l'autre aura la même séquence que l'ARNm à l'uracile près. 

Les résultats obtenus avec une RT-PCR (ARNm) sont très différents de ceux obtenus avec une PCR (ADN génomique).

 

Il y a 2 heures, carolinebnrd a dit :

30D:

 

mais pourquoi? parce que si on avait un phénomène d'inactivation équilibré on aurait eu par exemple 

- une bande à 1300 qui correspondrait au chromosome X méthylé donc non clivable par l'enzyme HpaII

- 2 autres fragments qui feraient suite au clivage du chromosome X de 1800 pb non méthylé donc qui a pu être clivé par HpaII

Parce qu'on réfléchi non pas à l'échelle d'une cellule mais à l'échelle de plusieurs centaines de milliers (voire plus) de cellules. Donc on aura (si c'est équilibré) environ la moitié des cellules avec l'allèle de 1300pb clivé et l'autre moitié avec l'allèle de 1800pb et pareil pour les allèles méthylés (c'est 50/50). Par contre l'allèle qui sera clivé va bien donner deux fragments seulement vu que dans ton Southern la sonde ne s'hybride qu'avec la partie 3' on ne verra qu'un des deux fragments que le gel. 

 

C'est plus clair ?

 

[carolineb]

il y a 24 minutes, Moumou a dit :

Ah mais oui je suis bête intégré au génome ça veut pas dire "introduit" dans le génome ça veut dire qu'il fait partie intégrante du génome de la cellule. En gros par intégré on entend que le génome du virus appartient au génome de toutes les cellules de l'organisme comme un gène qui serait là depuis le tout début. Du coup c'est bien le cas du génome du rétrovirus endogène mais pas celui du rétrovirus exogène.

 

ah oui d'accord merci! et le rétrovirus endogène lui provient du rétrovirus exogène qui n'est plus infectieux c'est ça?

 

il y a 26 minutes, Moumou a dit :

La séquence GU est au tout début de l'intron. C'est dans la diapo 36 du cours de monsieur Langin (je suis désolée, j'arrive pas à mettre d'image). 

Ce sont les deux premières bases de l'intron qui vont être indispensable à son épissage au moment de la maturation de l'ARN.

 

ok merci! et pas de soucis tqt 

 

il y a 27 minutes, Moumou a dit :

Non c'est pas lié à ça. En principe on te dit quand même dans quelle zone se situe la séquence clivée par l'enzyme.

En gros il y a deux cas de figure : 

- PCR après digestion par l'enzyme de restriction (à condition que le site de restriction se trouve entre les deux amorces) :

• Si l'enzyme coupe l'acide nucléique : on se retrouve avec un Acide nucléique clivé entre les zones d'hybridation des amorces ce qui fait que la PCR ne sera pas possible donc pas d'amplification et pas de bande.
• Si l'enzyme ne coupe pas : on aura amplification et apparition d'une seule bande.

- PCR avant digestion par l'enzyme de restriction (à condition que le site de restriction se trouve entre les deux amorces) :

• Si l'enzyme coupe : on aura deux fragments soit deux bandes.
• Si l'enzyme ne coupe pas : on aura une seule bande.

 

ok donc si je résume si la PCR à lieu avant de mettre l'enzyme, si un site de restriction est présent il clive sans pb et ça donne 2 fragments 

alors que si on met l'enzyme avant de faire la PCR et qu'on a un site de restriction, elle va cliver à cet endroit et la PCR ne pourra pas avoir lieu donc pas de bande c'est ça? 

 

il y a 29 minutes, Moumou a dit :

Je comprends pas bien ta question mais l'ADN génomique n'est pas le complémentaire de la séquence de l'ARNm.

Dans ton ADN génomique déjà tu as les introns et les exons puis le brin sens et le brin non sens. Le brin sens est le brin qui contient la séquence du préARNm (au U près) et du coup la séquence des exons qu'on retrouve dans le brin sens est la même que celle qu'on retrouve dans l'ARNm, c'est pour ça quoi l'appelle le brin codant. Ensuite il y a son complémentaire (brin non sens ou brin non codant) qui servira de matrice à la synthèse du transcrit. Ensuite le cDNA est généralement double brin donc un des deux sera le complémentaire de l'ARNm et l'autre aura la même séquence que l'ARNm à l'uracile près. 

Les résultats obtenus avec une RT-PCR (ARNm) sont très différents de ceux obtenus avec une PCR (ADN génomique).

 

mais je crois que j'ai mélangé avec le 28 qui nous parlait de RT PCR, en fait pour répondre au qcm 29 il faut juste lire les séquences qu'on a eu au tout début de l'exercice et voir si on a une des 2 brins qui possède un site de restriction ?

 

il y a 35 minutes, Moumou a dit :

Parce qu'on réfléchi non pas à l'échelle d'une cellule mais à l'échelle de plusieurs centaines de milliers (voire plus) de cellules. Donc on aura (si c'est équilibré) environ la moitié des cellules avec l'allèle de 1300pb clivé et l'autre moitié avec l'allèle de 1800pb et pareil pour les allèles méthylés (c'est 50/50). Par contre l'allèle qui sera clivé va bien donner deux fragments seulement vu que dans ton Southern la sonde ne s'hybride qu'avec la partie 3' on ne verra qu'un des deux fragments que le gel. 

 

je suis désolée mais je ne comprends toujours pas pourquoi.. si l'allèle clivé donne bien 2 fragments et qu'on ne voit qu'un seul des 2, pourquoi on a toujours celui a 1800 et à 1300? 

[homerdalors]

il y a 17 minutes, carolinebnrd a dit :

ok donc si je résume si la PCR à lieu avant de mettre l'enzyme, si un site de restriction est présent il clive sans pb et ça donne 2 fragments 

alors que si on met l'enzyme avant de faire la PCR et qu'on a un site de restriction, elle va cliver à cet endroit et la PCR ne pourra pas avoir lieu donc pas de bande c'est ça? 

C’est exactement ça. 

 

il y a 18 minutes, carolinebnrd a dit :

 

mais je crois que j'ai mélangé avec le 28 qui nous parlait de RT PCR, en fait pour répondre au qcm 29 il faut juste lire les séquences qu'on a eu au tout début de l'exercice et voir si on a une des 2 brins qui possède un site de restriction ?

C’est ça et aussi s’assurer que les amorces s’hybrident bien en fonction de la technique. 

 

il y a 19 minutes, carolinebnrd a dit :

 

je suis désolée mais je ne comprends toujours pas pourquoi.. si l'allèle clivé donne bien 2 fragments et qu'on ne voit qu'un seul des 2, pourquoi on a toujours celui a 1800 et à 1300? 

Parceque tout les fragments à 1800 et à 1300 ne sont pas coupés, seulement une partie parceque l’autre est méthylée. Et c’est ces fragments sont coupées que tu continue à voir. 

[carolineb]

il y a 35 minutes, homerdalors a dit :

’est ça et aussi s’assurer que les amorces s’hybrident bien en fonction de la technique. 

 

 

c'est à dire??

 

il y a 35 minutes, homerdalors a dit :

Parceque tout les fragments à 1800 et à 1300 ne sont pas coupés, seulement une partie parceque l’autre est méthylée. Et c’est ces fragments sont coupées que tu continue à voir

 

mais la on est bien dans le cas de 2 chromosomes X

en fait les 2 bandes qu'on voit c'est les fragments d'un seul chromosome X?

[homerdalors]

Je voulais dire que dans les exercices comme le 29 il faut pas que t’oublie de vérifier si t’es en PCR ou RT PCR en fonction de si les amorces sont dans les introns ou les exons. 
 

pour le 30 ce qu’on vois sur la chromato c’est 2 chromosomes X différents. Quand tu vas mettre ton enzyme tu verra 4 bandes si l’inactivation se fait au hasard dont les bandes à 1800 et 1300 ( mais tu aura deux autre bandes qui seront les chromosomes coupés sauf que c’est pas la question. )