SJr Posted January 1, 2020 Share Posted January 1, 2020 (edited) coucou tlm merci pour vos réponses et bonne année alors petit doute sur ce QCM de langin ... parce que j'ai du mal, encore, malgré le super post de Lélé et vos réponses à toustes à placer les amorces sens antisens MAIS SURTOUT à savoir si ça va amplifier tout l'exon ou pas et si y'a une soustraction à faire ou pas, j'ai pourtant cherché sur le forum, j'arrive pas à voir je vous mets l'énoncé, cet exo ressemble à celui de la LHS Révélation Révélation Réponses: Révélation BCDE c'est surtout l'item E qui me pose problème, en effet, moi j'ai noté mes amorces comme ci joint par une vidéo parce que bon c'est toujours mieux .. ! https://photos.app.goo.gl/YUgr6d898c8xPTTA9 _______ une autre question aussi: pourquoi quand on extrait le transcriptome de cellule, qu'on révèle les RNA on a une bande plus grosse de Gsu plutôt que de Psu ? j'ai pas compris pourquoi on produisait plus de Gsu que de Psu ?? merci bcp Edited January 1, 2020 by SJr Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Solution MarleneHirtzig Posted January 1, 2020 Solution Share Posted January 1, 2020 (edited) Bonjour , concernant tes amorces, elles englobent les 2 exons, donc les 2 exons 3 et 4 sont entiers car elles sont placés en 5' des exons. Donc en regardant la RT- PCR, on voit que l'exon 3 et 4 représente 140 pb et en comparant avec l'ADN génomique comprenant l'exon 3, intron 3 et exon 4 et ayant un poids de 4750 pb, par une soustraction on a 4750-140 = 4610 pb Edited January 1, 2020 by MarleneHirtzig Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Ancien Responsable Matière Moumou Posted January 1, 2020 Ancien Responsable Matière Share Posted January 1, 2020 Coucou @SJr ! C'est normal ! Déjà si ça peut te rassurer je trouve le QCM assez compliqué ! Alors moi j'ai placé les amorces comme ça : Couple 1 en vert. Couple 2 en rouge. Couple 3 en bleu. Couple 4 en noir. Je sais pas trop comment expliquer comment j'ai fait donc je vais essayer de faire quelque chose de clair. En gros pour faire simple tu prends ton brin d'ADN (ou d'ARN) dans le sens 5'-3' (sans son complémentaire), tu places l'amorce sens en direction du 3' (elle s'hybridera avec le brin complémentaire car elle est dans le sens 5'-3') et tu places l'amorce antisens en direction du 5' (elle s'hybridera avec ce brin car elle est dans le sens 3'-5'). Après tu places ton amorce à l'endroit qu'on t'as donné dans l'énoncé. Pour l'item E : On te dit que l'exon 3 fait 120pb; tu remarques que l'amplicon contenant la totalité de l'exon 3, de l'intron 3 et le début de l'exon 4 fait 4750pb. Dans le foie, l'ARNm fait 140pb (partie qui correspond forcément à l'exon 3 et au début de l'exon 4). Pour trouver la taille de l'intron 3 tu fais 4750pb - 140 = 4610pb. Donc l'item E est vrai. Il y a 14 heures, SJr a dit : une autre question aussi: pourquoi quand on extrait le transcriptome de cellule, qu'on révèle les RNA on a une bande plus grosse de Gsu plutôt que de Psu ? j'ai pas compris pourquoi on produisait plus de Gsu que de Psu ?? Il me semble que dans le cours on ne dit pas qu'il y a deux fois plus de 28S que de 18S on dit juste que la bande 28S est environ 2 fois plus grosse que la 18S. Je pense pas que ce soit lié à un excès de synthèse d'ARNr 28S (Gsu) par rapport à la synthèse d'ARNr 18S (Peu) mais plus à la taille des ARNr. Comme l'ARNr 28S est (très) approximativement deux fois plus gros que l'ARNr 18S tu as cette différence de taille entre leurs deux bandes. J'en suis pas certaine à 100% du coup je vais voir si @Lilette est d'accord avec moi ou pas. Après si le professeur l'a pas expliqué c'est qu'il y accorde pas vraiment d'importance à cette information à ce stade du cours. Ça va mieux ? Parce que je suis pas sûre d'avoir bien expliqué ... Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
SJr Posted January 1, 2020 Author Share Posted January 1, 2020 (edited) oh lala merci pour toutes ces réponses srx c extra, merci à toutes les deux bon alors pour les amorces du coup maintenant je penserai à les mettre bien au début des exons mais je trouve que c'est pas très claire "en 5' de l''exon 3" qu'il fallait les mettre à la base 3' de l'antisens au plus tard possible pour choper tout l'exon mais effectivement ça fait sens (lol..) du coup merci pour la RT PCR, concernant le rRNA très chère Laura, je pense que tu as raison j'ai confondu la RT PCR avec le northern........... en effet quand on fait un northern -corrigez moi si je me trompe- on prend du RNA via du guanidate thiocyanate et on les coupe comme on ferait dans une southern via enzyme de restriction dsDNA et on fait migrer avec formaldhéyde pour séparer les tiges boucle puis révélation au BET. Donc effectivement on peut voir les ARN ou même les DNA sur un South migrer selon leur TAILLE, on a donc une approche semi qualitative et semi quantitative aussi ? car on peut savoir combien y'a en quantité de synthèse cad en nombre de molécule génétique? du coup on est d'accord: récapitulons, pour les techniques: - QUANTITATIF ça veut dire nombre de molécule d'information - QUALITATIF ça veut dire quelle taille ils ont ? (le quali ultime étant le Sanger?) du coup je joins mon cours ci dessous car j'ai marqué que ça donnait les deux info: quant et quali donc plot twist ultime du génome night show: Révélation NOUS AVONS PLUS DE Gsu QUE DE Psu !!!!! bonus biocell: et ils empruntent une importine molécule de transport qui n'est pas l'importine, séparément Révélation Il y a 3 heures, Moumou a dit : Après si le professeur l'a pas expliqué c'est qu'il y accorde pas vraiment d'importance à cette information à ce stade du cours. bah c'était un item de son TD ou il parle des Gsu et en regardant dans le cours je me suis fait la réflexion c'est bizarre ce truc, après tu as raison j'ai encore confondu toutes ces techniques ! mais j'en sais trop rienà vrai dire .. Révélation Réponse AC bonne nouiiit merciencore à t outes les deux et au TAT bises edit: aussi comme tu l'avais dit dans ton ancien post on peut mettre du Bromure D'eth sur du RNA parce qu'il a de la tige boucle du coup je sais pas pk il met du formaldéhyde pour dénaturer leur structure secondaire m'enfin j'ai jamais vu d'item comme ça, tant mieux mdr Edited January 1, 2020 by SJr Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Ancien Responsable Matière Moumou Posted January 2, 2020 Ancien Responsable Matière Share Posted January 2, 2020 Avec plaisir, on est là pour ça Il y a 2 heures, SJr a dit : du coup merci pour la RT PCR, concernant le rRNA très chère Laura, je pense que tu as raison j'ai confondu la RT PCR avec le northern........... en effet quand on fait un northern -corrigez moi si je me trompe- on prend du RNA via du guanidate thiocyanate et on les coupe comme on ferait dans une southern via enzyme de restriction dsDNA et on fait migrer avec formaldhéyde pour séparer les tiges boucle puis révélation au BET. Donc effectivement on peut voir les ARN ou même les DNA sur un South migrer selon leur TAILLE, on a donc une approche semi qualitative et semi quantitative aussi ? car on peut savoir combien y'a en quantité de synthèse cad en nombre de molécule génétique? Dans le cours de Mr Levade, j'ai marqué que les enzymes de restriction coupaient seulement l'ADN double brin et pas l'ARN donc je pense pas que tu puisses faire digérer l'ARN par une enzyme de restriction même si tu l'hybrides avec des oligonucléotides juste avant. Par contre avec de l'ADNc double brin ça peur marcher (mais là du coup ce serait un Southern car utilisation d'ADN) mais il faut pas oublier de bien redénaturer les brins ensuite pour pouvoir hybrider la sonde. Le Northern c'est vraiment que de l'ARN donc pour moi tu ne peux pas utiliser d'enzyme de restriction. Après j'avais vu un QCM pas mal avec les enzymes de restriction et l'hybridation d'une sonde donc je vais essayer de le retrouver mais je te promet rien ... Après tout le reste est bon donc on a une approche semi quantitative (en fonction de l'intensité du signal mais ça reste un ordre de grandeur pas une valeur précise) et qualitative (en fonction de la présence ou non d'une bande de taille précise) en Northern blot. En ce qui concerne l'utilisation du BET, elle est réalisée au moment d'une électophorèse d'ARN totaux (pas de sonde) mais pour moi ce n'est pas un Northern blot en tout cas pas comme on le voit avec Mr Levade même si j'ai mis dans mon cours sur la partie de Mr Langin des informations relatives au Northern. C'est un peu contradictoire mais pour moi, le Northern nécessite une sonde et pas du BET. Révélation @Lilette ? Il y a 2 heures, SJr a dit : du coup on est d'accord: récapitulons, pour les techniques: - QUANTITATIF ça veut dire nombre de molécule d'information - QUALITATIF ça veut dire quelle taille ils ont ? (le quali ultime étant le Sanger?) Les techniques qualitatives vont t'apporter une information autre que la quantité (taille, mutation ponctuelle en fonction du profil après digestion par une enzyme, séquençage, ...). Il y a 2 heures, SJr a dit : du coup je joins mon cours ci dessous car j'ai marqué que ça donnait les deux info: quant et quali donc plot twist ultime du génome night show: Masquer le contenu bah c'était un item de son TD ou il parle des Gsu et en regardant dans le cours je me suis fait la réflexion c'est bizarre ce truc, après tu as raison j'ai encore confondu toutes ces techniques ! mais j'en sais trop rienà vrai dire .. Oui moi dans mon cours j'ai juste écrit que la densité de la bande de 28S était plus importante que celle de 18S sans jamais écrire pourquoi donc j'ai pas de réponse précise à te donner. Peut être que @Lilette en aura une (c'est pas du harcèlement promis)... Il y a 2 heures, SJr a dit : edit: aussi comme tu l'avais dit dans ton ancien post on peut mettre du Bromure D'eth sur du RNA parce qu'il a de la tige boucle du coup je sais pas pk il met du formaldéhyde pour dénaturer leur structure secondaire m'enfin j'ai jamais vu d'item comme ça, tant mieux mdr Aïe ... C'est un peu contradictoire oui ! Je vais essayer de voir si je vois ça dans d'anciens QCMs mais de mémoire ça me parle pas. J'ai pas le souvenir d'une question comme celle là mais on sait jamais. C'est un peu ça qui est pénible avec certains cours en PACES, c'est qu'on te donne les informations sans vraiment te dire pourquoi ... Désolée de ne pas pouvoir t'aider plus que ça Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
SJr Posted January 2, 2020 Author Share Posted January 2, 2020 merci Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Lilette Posted January 2, 2020 Share Posted January 2, 2020 Il y a 14 heures, Moumou a dit : Peut être que @Lilette en aura une (c'est pas du harcèlement promis)... Non j'avais pris ça pour acquis aussi sorry... Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
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