CC génome 2014

[Guest gly]

Bonjour , j'ai un problème avec la 27 A du CC 2014, je ne comprends pas pourquoi elle est juste car si l'exon 5 est retiré il n'y aura plus de bandes ... ? et que veut dire clairement que la sonde S est hydridée avec l'exon 3 svp ? merci bcp

[Moumou]

Salut, 

On a répondu plusieurs fois à cette question donc je te met le lien d'une des réponses ici 

La sonde S est hybridée avec l'exon 3 ça veut dire que l'acide nucléique est simple brin et que la sonde va s'associer à la séquence qui correspond à l'exon 3. 

Ça va mieux ?

[Guest gly]

mais du coup si il n'y a pas d'amorces d'ou viennent les 1200 pb ? pourquoi on ne voit pas que 300 pb ? 

[Moumou]

Quand fais une Northern Blot, tu travailles sur un ARNm donc on considère qu'il n'y a que les exons (même si concrètement il y a aussi les séquences en 3' et 5' non codant mais c'est pour simplifier l'exercice). Là la somme des exons fait 1200pb d'où la bande à 1200pb. 

Ensuite la sonde s'hybride avec l'exon 3 mais dans ton ARNm l'exon 3 est rattaché à tous les autres exons voilà pourquoi tu as une bande à 1200pb et pas à 300pb.

 

En gros, quand tu utilises une sonde qui s'hybride avec une zone particulière de ton acide nucléique, tu vas révéler tout le fragment qui contient entre autre la zone d'hybridation et pas uniquement la zone d'hybridation.

 

Je sais pas si c'est très clair ...

[Guest gly]

oui merci ! et autre question mdr desole, du coup si l'exon 3 est supprimé , on aura plus de bande vu que les exons sont tous liés ou on aura une bande de 1200-300 pb ? 

[SJr]

Il y a 18 heures, Moumou a dit :

Quand fais une Northern Blot, tu travailles sur un ARNm donc on considère qu'il n'y a que les exons (même si concrètement il y a aussi les séquences en 3' et 5' non codant mais c'est pour simplifier l'exercice). Là la somme des exons fait 1200pb d'où la bande à 1200pb. 

Ensuite la sonde s'hybride avec l'exon 3 mais dans ton ARNm l'exon 3 est rattaché à tous les autres exons voilà pourquoi tu as une bande à 1200pb et pas à 300pb.

 

En gros, quand tu utilises une sonde qui s'hybride avec une zone particulière de ton acide nucléique, tu vas révéler tout le fragment qui contient entre autre la zone d'hybridation et pas uniquement la zone d'hybridation.

 

Je sais pas si c'est très clair ...

Ce que je comprends pas c'est qu'en fait on puisse faire une PCR en enlevant le 5 

On on peut donc faire un Northern bloc avec seulement une seule amorce ??

[Moumou]

il y a 57 minutes, Invité gly a dit :

oui merci ! et autre question mdr desole, du coup si l'exon 3 est supprimé , on aura plus de bande vu que les exons sont tous liés ou on aura une bande de 1200-300 pb ? 

Sur ce northern blot, si tu supprimes l’exon 3 alors oui tu n’auras plus aucun signal car la sonde ne pourra plus s’hybrider et donc rien ne sera mis en évidence.

 

 

il y a 48 minutes, SJr a dit :

Ce que je comprends pas c'est qu'en fait on puisse faire une PCR en enlevant le 5 

On on peut donc faire un Northern bloc avec seulement une seule amorce ??

Dans ce Qcm on te parle d’un northern blot et seulement d’un northern blot. Dans cette technique tu hybrides directement la sonde avec un ARNm et tu ne passes pas par une étape d’amplification donc pas besoin d’amorce. 
Si on t’avait parlé d’une RT-PCR alors là, en cas de délétion de l’exon  5 On aurait pas eu de signal mais là c’est pas le cas vu qu’on fait un Northern.

 

Il faut bien faire la différence entre PRC/RT-PCR et Southern blot/Northern blot et aussi faire attention à l’énoncé.

[SJr]

merci laura

 

 

[carolineb]

@Moumou salut! j'ai un peu de mal à voir la différence entre un PCR et une RT-PCR, je vois bien qu'en RT-PCR c'est à partir d'un ARNm qu'on obtient une ADNc mais j'ai du mal à voir pourquoi les conséquences sont différentes entre PCR et RT-PCR (par exemple dans le cas d'une excision d'intron il me semble que ça ne sera pas pareil si c'est une PCR ou une RT-PCR car la PCR ne sera pas touchée c'est ça? 

[Moumou]

il y a une heure, carolinebnrd a dit :

@Moumou salut! j'ai un peu de mal à voir la différence entre un PCR et une RT-PCR, je vois bien qu'en RT-PCR c'est à partir d'un ARNm qu'on obtient une ADNc mais j'ai du mal à voir pourquoi les conséquences sont différentes entre PCR et RT-PCR (par exemple dans le cas d'une excision d'intron il me semble que ça ne sera pas pareil si c'est une PCR ou une RT-PCR car la PCR ne sera pas touchée c'est ça? 

Dans une PCR tu démarre avec l'ADN génomique comprenant les exons ET les introns. Il n'y a donc pas de maturation, pas d'épissage...

Dans une RT-PCR tu démarre avec l'ARNm ce qui signifie que tu aura la séquence à l'issue de la maturation de l'ARN comprenant seulement les exons (+ les séquences 3' et 5' non codant) donc après l'épissage notamment. Maintenant, supposons qu'il y ait une mutation dans un intron qui entraine l'excision d'un exon. Les résultats de PCR ne seront pas modifiés vu qu'elle utilise l'ADN génomique. Par contre les résultats de RT-PCR sont modifiés car on va avoir un exon qui sera supprimé (donc une bande plus petite).

 

Par exemple : supposons que les exons font 300pb et les introns 200pb.

Tu as ce gène qui fait environ 1800pb et tu utilises les amorces modélisées par les flèches.

 

Dans le cas normal : 

Le produit de PCR donne ça, soit un produit de 1800pb :

 

 

 Et le produit de RT-PCR va donner ça, soit un produit de 1200pb :

 

Maintenant imagines qu'il y a une mutation dans l'intron 2 qui entraine l'excision de l'exon 3 lors de l'épissage : 

 

Le produit de PCR ne va pas être modifié car l'anomalie survient lors de l'épissage (après l'ADN génomique) : 

Tu obtiens un produit de 1800pb en PCR :

 

Mais tu obtiens un résultat différent de l'individu normal en RT-PCR (soit une bande de 900pb au lieu de 1200pb)

 

Ça va mieux avec ces explications ?

 

 

[carolineb]

@Moumou oui merci beaucoup c'est super clair

 

du coup si par exemple on dit qu'une mutation de l'intron 3 entraîne l'excision de l'exon 4, la PCR sera normale mais la RT-PCR ne pourra pas avoir lieu c'est bien ça?

 

et une mutation dans la zone des amorces touchera autant la PCR que la RT-PCR non?

[Moumou]

Il y a 4 heures, carolinebnrd a dit :

 

du coup si par exemple on dit qu'une mutation de l'intron 3 entraîne l'excision de l'exon 4, la PCR sera normale mais la RT-PCR ne pourra pas avoir lieu c'est bien ça?

Exactement !

 

Il y a 4 heures, carolinebnrd a dit :

et une mutation dans la zone des amorces touchera autant la PCR que la RT-PCR non?

Oui vu que les amorces ne pourront pas d’hybrides dans tous les cas

[carolineb]

@Moumou merci beaucoup!