multiples questions partie RNA

[SJr]

MErci bcp SAAAKKKAAAMIIINNNN pour les réponses sur l'autre topic et merci le TAT de manière générale joyeuses fêtes à toustes merci merci le TAT 

 

désolé d'avance pour la longueur ... mais j'ai des questions sur la partie commune  les derniers détails...  ; mercis infinis 

 

1) est ce que le but d'un récepteur nucléaire est d'activer ---- toujours ?---- le recrutement de boites TATA et/ou ses facteurs pour initier la transcription ? si oui, est-ce grâce au "repliement" (???) de l'ADN comme dans la diapo ci-dessous ? 

Révélation

 

2) a)peut-on dire que GREB est un recepteur nucléaire qui possède un Zn finger ? ou d'ailleurs Hélice alpha ou Leucine Zipper car puisque c'est un récepteur nucléaire, il possède l'une des trois structures ?

2)b)Peut on en déduire qu'on peut mettre en évidence un récepteur Zn avec une absence ou au contraire une présence de Zn dans le noyau d'une cellule ? cf TD si joint, si c'est un mécanisme Zn finger mais qu'on peut pas si c'est une hélice doucle hélice ? QCM10D; on ne peut pas affirmer que le récepteur est nucléaire de type Zn mais si ça se trouve c'est une hélice boucle hélice  et on sait pas ? => item faux quoi qu'il arrive ?

Révélation

 

 

 3) dans la diapo ci dessous faut-il bien voir que CRE (et non pas CREB !), HNF1 ou même d'autres comme XRE sont en fait égal à  [A ou B ou C ou D ou E ou F] où C est leur zone respective de dna binding ???

4) E est il --toujours-- un domaine de réception du Ligand ?

Révélation

 

 5) à propos de la méthylation CpG, où se trouvent-ils ces petits îlots ??: tjs en amont des promoteurs, okay.

On sait qu'un récepteur CREB il reconnait une séquence CRE c'est à dire c'est une séquence inversé AGAACA qu'on appelle C au sein d'une plus large structure A,B,C,D,E,F (à confirmer ci dessus) on sait d'après le cours que les méthylation => inactivation mais le CpG justement ... il est dans quoi ??

dans A ? dans B ? dans C ??? dans D, E ou F ? ou entre ?????

pour CREB vu que CRE a son C = AGAACA différent de CG on peut dire que non ? mais après pour les autres, je sais pas ? je mets ci joints la diapo du Pr Salvayre lui il dit que y'en a aussi dans des "élément de réponse" par contre on voit pas si c'est dedans ou dans le "blanc" le CpG

Révélation

 

6) En quoi cette méthylation empêche la transcription? est ce que donc ça empêche le DNA de se replier ? (cf. question 1)

Révélation

 

7) La méthylation de ces fameux CpG est régulée par les histones, peut-on dire que: HAT augmente l'expression du gène c'est à dire favorise sa transcription, alors que HDAC la diminue ? 

 

8 ) la boite TATA est elle OBLIGATOIRE pour la transcription d'un RNA par RNApol II chez eucaryote ? 

 

9) est ce que RNA polse I et III ont besoin d'une TATA ? il en a pas parlé je crois donc osef ? je crois que c'est pas important 

 

10) a) à propos de l'opéron lactose: lors de la levée de l'inhibition par Lactose, juste après est-ce bien la petite holoenzyme sigma qui vient sur le Promoteur juste avant Opérateur et qui synthétise RNA lac Z en plein polysome ? 

10) b) quand peut on vraiment parler de mRNA chez pro ? après le facteur rho ? 

 

11) a) les mRNA procaryotes possèdent-il chacun une terminaison "tige boucle" +++ G/C et +++polyU post G/C term, toujours ?

11)b) est ce que mRNA procaryote rime avec tige boucle comme CAP + polyA chez Eucaryote on le voit pas sur la deuxième diapo ci dessous ..

11)c) on est d'accord que tige boucle = région non codante ?

11)d) est ce qu'on peut en déduire, que LacZ, quand il exprimé, il donne un "mRNA LacZ sans épissage car procaryote après passage du rho" mais qui possède une tige boucle et une région non codante en 5' ? chelou... je vais le retenir par coeur je crois ... mais bon je comprends pas pourquoi c'est non codant en 5' alors que y'a pas d'épissage et que même si polycistronique il n'ont pas d'introns (!!), les procaryotes...  .... je vois pas d'où ça vient ce truc

Révélation

 

12) la RNApolse eucaryote possède t-elle une "activé hélicase"  ? bien sur, elle ne fait pas intervenir l'hélicase mais alors, comment sépare t-elle les deux brins?

13) a) je pensais avoir compris les diapos ci dessous mais en fait ...non...  on est d'accord donc, que si y'a transcription chez Euc, y'a forcément eu TATA dans la zone promotrice et les bons facteurs: ce gène comment donc par NTP car on peut avoir un intron ou un exon ? au choix ? Et si c'est un exon il ne contient d'ailleurs pas forcément l'ATG initiateur ????     

(cf apob ci joint)

13) b) est ce qu'on trouve une séquence consensus de Kozak (CC(A ou G)CCATGG obligatoirement dans un exon qui se voudrait "AUG initiateur vrai ou potentiel/épissage"  ? ou est ce que des fois y'a que "ATG tout seul sans kozack" qui ne soit pas une simple méthionine mais bien un début ? quel est l’équivalent de cette séquence chez procaryote ? en a t-il parlé ?

Révélation

 

 

 

 

 

 

 

 

 

merci infinis +1 , désolé encore de la longueur .... j'ai essayé de bien présenter et bien clarifier les questions pour que ce soit facile à lire et à répondre 

les détails dernières minutes...

joyeuses fêtes de fin d'années à toustes

 

Edited December 24, 2019 by SJr

[SJr]

@Liliputienne rna...

Edited December 24, 2019 by SJr

[Liliputienne]

Oh malheur mais kesketumedemandes  Bon je vais essayer de t'aider, tu prends ce que je dis avec des pincettes quand même *se remonte les manches* 

 

1 - Le repliement du DNA permet le rapprochement des séquences régulatrices avec le promoteur. Si tu prends les séquences régulatrices et le promoteur ça te donne le complexe basal de transcription qui peut soit activer les gènes ou les réprimer. L'activation se fait via les enhancers. 

 

2a - On peut rien dire du tout 

 

2b - Ca dépend du contexte, dans le TD ce qu'on veut mettre en évidence c'est que la liaison au récepteur ne dépend pas du Zn. Si cela n'en dépend pas, alors tu ne peux pas dire que c'est un récepteur nucléaire. Les Leu-Zipper et Helix-Loop sont des domaines de liaison au DNA parmi d'autre facteurs de transcription. 

 

3 - Non rien à voir ici entre ABCDE est le ER (Element de réponse à l'hormone). Il faut simplement savoir que les ER correspondent au site de fixation des FT (facteurs de transcription) qui peuvent se trouver à distance du promoteur. 

 

4 - Yep (pour nous) 

 

5 - T'es parti trop loin pour moi là. J'ai aucune idée de ce dont tu me demandes, mais ça m'a l'air trop poussé si tu veux mon avis. 

 

6 - Je vois pas de quelle méthylation tu parles là. 

 

7 - Yep 

 

8 - Non mais elle aide fortement, il existe cependant des promoteurs TATAless 

 

9 - HS 

 

10a - Regarde ici pour l'opéron lactose ça suffira 

 

10b- No idea

 

11a - Queue poly A et tige boucle 3' terminale= spécifique des eucaryotes 

11b - cf 11A

11c-  Tige boucle en 5'UTR  = déstabilise en 3' UTR = stabilise 

11d -  Je n'ai pas compris ta question ici, mais encore une fois réfère toi à l'opérons lactose que je t'ai mis plus haut. C'est vraiment pas la partie où il faut se prendre la tête. Comprends le mécanisme, mais n'essaye pas d'apprendre ce qu'il se passe. Déjà parce que si tu comprends tu retiendras bien mieux, et ensuite parce que Langin mise sur la réflexion, si il te pose des questions sur les opérons (même si connaitre ton cours est nécessaire pour t'en sortir) 

 

12 - Pour la transcription du DNA eucaryote la RNApolymérase possède elle même la fonction hélicase, il n'y a pas besoin d'une hélicase "externe"

 

13a - Il n'y a pas toujours TATA

13b - La séquence Kozak se trouve juste en amont de la traduction (vu qu'elle contient le "AT(U)G" initiateur). Donc je suis pas certaine qu'on puisse parler d'exon ici.  Mais sache que pour commencer le traduction cette séquence est nécessaire, c'est en parti ce qui permet à l'organisme de différencier un "simple ATG" au milieu d'une séquence d'un "ATG initiateur". 

 

J'espère que c'est pas trop indigeste, et que tu y vois un peu plus clair. Je te souhaite une bonne soirée 

 

Révélation

Et si tu as d'autres questions en génome, j'avoue que je t'y répondrai avec plaisir... mais pas ce soir 

 

[SJr]

tu es géniale merci 

je relis ça demain 

[SJr]

bon bah j'ai compris d'où venait ma confusion, j'avais pas compris la définition de "élément de réponse" = séquence nucléotidique en amont 

 

 

et aussi ça .... c'est UNE PROTEINE !!!!!!!!!! qui a des séquence d'homologie (tmtc comme la globine myoglobine ou d'autre ) 

Révélation

 

 

Révélation

 

 

 

 

les enhancers peuvent ils être cconsidéré comme des "éléments de réponse" ? 

[Liliputienne]

@SJr Yess ! Les enhancers sont des séquence régulatrices qui lient des facteurs de transcriptions, donc ils sont bien considérés comme des éléments de réponses 

[SJr]

merci Emma