pleasehelp

[Guest pleasehelp]

Bonjour, je n'arrive pas a comprendre pourquoi les 2 oligodésoxynucleotides utilisés pour l'amplification de l'exonèrent II doivent avoir les séquence TGGCCGCCGC et TTGTCCAGTT

 

voici la sequence : https://zupimages.net/viewer.php?id=19/49/y1ee.png

si quelqu'un pouvait m'aider je suis complètement bloqué, merci par avance !! 

[anthonytro]

Salut ! 

 

Alors pour commencer, tu vas choisir des amorces qui vont correspondre aux extrémités de ton brin. Le truc c'est qu'elles doivent encadrer ton exon. Je te rappelle aussi que l'élongation de l'ADN va toujours du 5' vers le 3'.

La plus simple à trouver est l'amorce qui s'hybride en 3' de ton exon. Elle va pouvoir directement s'hybride au brin sens. 

Ici en 3' tes 10 derniers nucléotides sont 5' AACTGGACAA 3'. Donc ton amorce va va être de 3' vers 5' TTGACCTGTT, ce qui fait de 5' vers 3' : TTGTCCAGTT. 

 

Maintenant pour l'amorce qui va s'hybrider en 5', le problème c'est que si elle s'insère directement sur le brin sens, la synthèse d'ADN va se faire dans le mauvais sens, c'est-à-dire en fuyant l'exon. Tu vas donc prendre une amorce qui va s'hybrider au brin complémentaire.

Le brin complémentaire de 10 premiers nucléotides nous donne 5' GCGGCGGCCA 3'. Donc l'amorce qui va venir s'hybrider à ce brin complémentaire ne sera autre que 5' TGGCCGCCGC 3'. 

 

Si tu ne comprend pas tout de suite c'est normal. D'abord parce qu'il faut y passer du temps, et ensuite parce que ma réponse n'est qu'un résumé d'une réponse beaucoup plus complète que je t'invite à allez regarder. 

 

 

 

N'hésites pas si tu as des questions ! 

 

 

 

[Guest please help]

Il y a 23 heures, anthonytro a dit :

Salut ! 

 

Alors pour commencer, tu vas choisir des amorces qui vont correspondre aux extrémités de ton brin. Le truc c'est qu'elles doivent encadrer ton exon. Je te rappelle aussi que l'élongation de l'ADN va toujours du 5' vers le 3'.

La plus simple à trouver est l'amorce qui s'hybride en 3' de ton exon. Elle va pouvoir directement s'hybride au brin sens. 

Ici en 3' tes 10 derniers nucléotides sont 5' AACTGGACAA 3'. Donc ton amorce va va être de 3' vers 5' TTGACCTGTT, ce qui fait de 5' vers 3' : TTGTCCAGTT. 

 

Maintenant pour l'amorce qui va s'hybrider en 5', le problème c'est que si elle s'insère directement sur le brin sens, la synthèse d'ADN va se faire dans le mauvais sens, c'est-à-dire en fuyant l'exon. Tu vas donc prendre une amorce qui va s'hybrider au brin complémentaire.

Le brin complémentaire de 10 premiers nucléotides nous donne 5' GCGGCGGCCA 3'. Donc l'amorce qui va venir s'hybrider à ce brin complémentaire ne sera autre que 5' TGGCCGCCGC 3'. 

 

Si tu ne comprend pas tout de suite c'est normal. D'abord parce qu'il faut y passer du temps, et ensuite parce que ma réponse n'est qu'un résumé d'une réponse beaucoup plus complète que je t'invite à allez regarder. 

 

 

 

N'hésites pas si tu as des questions ! 

 

 

 

au final, je trouve ta réponse peut être plus clair, merci à toi

pour être sur de bien avoir compris en gros on cherche les brins complémentaires et on les réoriente dans le bon sens ?

 

[Guest pleasehelp]

il y a 2 minutes, Invité please help a dit :

au final, je trouve ta réponse peut être plus clair, merci à toi

pour être sur de bien avoir compris en gros on cherche les brins complémentaires et on les réoriente dans le bon sens ?

 

 Du coup l'extrémité 5' l'amorce correspond directement à la séquence codante au final, peut on le déduire directement en admettant donc que l'amorce correspond au 10 premiers nucleotides codants ? 

[anthonytro]

Oui biensur tu fais comme ça ! Je te l'ai simplement détaillé pour que tu comprennes pourquoi tu fais ça ! 

[Guest pleasehelp]

Il y a 20 heures, anthonytro a dit :

Oui biensur tu fais comme ça ! Je te l'ai simplement détaillé pour que tu comprennes pourquoi tu fais ça ! 

merci x 1000