technique

[happybee]

Salooouuut !!

 

Juste 2 petits items que je n'arrive pas à justifier …

 

item en question :  " comparativement aux conditions du 1er essai, il est possible que le 2eme essai ait utilisé un tampon de lavage dont la force ionique était plus faible " VRAI (eeeeeeuuuuuh comment je peux déduire ça avec l'énoncé?)

 

 

rep vraies : ACE 

alors là je comprends pas du tout pourquoi la D est fausse  

 

merci d'avance !!

[Biere_Lambert]

Salut à toi !

 

Pour la première question, j'invoque nos chers RM : @Paracétamal et @Cristal-STAL. 

Pour la deuxième : je dirais que si l'on part du principe que les virus ont une fréquence de mutation élevée, il faut utiliser une amorce à basse stringence (car tu es susceptible de retrouver une mutation dans la zone d'hybridation de l'amorce, et ça gâcherais toute ton expérience si tu pouvais pas t'hybrider !)

 

 

Edited November 10, 2019 by Biere_Lambert

[Cristal-STAL]

heyy salut à toi @happybee 

 

Je viens confirmer la réponse apportée par le majestueux @Biere_Lambert (encore toi.. tu vas finir par nous piquer nos places de RM), en effet les virus ont souvent une fréquence de mutations élevée, dans ces cas là, on va réaliser une hybridation des amorces à BASSE stringence car il se pourrait qu'une mutation se retrouve dans la zone d'hybridation de ton amorce.. (oui j'ai répété la même chose que @Biere_Lambert mais c'était tellement bien dit). 

 

Bref, c'est un piège assez fréquent de la part de notre professeur préférée..

 

Ensuite pour ta première question, j'invoque Madame Bettina (mdr j'rigole), mais je vais pas te cacher qu'elle nous fait grincer des dents (surtout les miennes), si on trouve quelque chose de pas trop bizarre on partagera notre réponse  

 

Voila j'espère qu'on va revenir compléter ce sujet très rapidement, bon courage a vous 2 

[Cristal-STAL]

PS : si tu pouvais nous dire où tu trouves ce genre de QCM ça serait super  @happybee 

[Biere_Lambert]

il y a 4 minutes, Cristal-STAL a dit :

majestueux @Biere_Lambert (encore toi.. tu vas finir par nous piquer nos places de RM

Je vais rougir.....  (mais c'est évidemment vous les meilleurs)

[Paracétamal]

Bonjour à tous dont @Biere_Lambert (si tu peux attendre avant de prendre nos postes stp) et @happybee

je tiens d'abord à préciser que le Pr couderc ni aucun des chargés de Td ne poseront ce genre d'items le jour J car ce point ne sera pas vu, la force ionique sera légèrement abordé lors du S2 en recherche.

c'est donc à moi que reviens de répondre à la première question :

après qqes recherches, je peux en déduire plrs choses : déja d'après l'énoncé, on parle de différence de stringence dans les conditions d'hybridation entre les essais 1 et 2, on peut donc supposer que la variation de la force ionique peut jouer la dessus et c'est le cas d'après moi.

d'après la présentation de l'expérience et des résultats, j'en conclus que la "bonne" hybridation s'est produite dans l'essai 2 (du moins je le perçois comme ça) -> donc des conditions de haute stringence car on a une mutation ponctuelle.

Pour une haute stringence : il faut une force ionique faible qui augmente la spécificité de l'hybridation

Lors d'une basse stringence : la force ionique plus élevée rend l'hybridation moins spécifique, or l'énoncé parle de mutation ponctuelle donc la sonde saine avec des conditions de stringence faible peut tout à fait s'hybrider avec la séquence mutée dans l'essai 1.

 

Ainsi l'item qui stipule que pour l'essai 2 on a diminué la force ionique (ce qui permet une hybridation de la sonde spécifiquement) me parait juste.

Je le rappelle la probabilité de voir ce genre d'item dans le CC de maraichers est de l'ordre du néant.

J'espère avoir répondu du mieux à la question.

[Biere_Lambert]

Salut @Paracétamal !! (noté pour la prochaine fois je vous laisse poster avant )

 

Je suis d'accord avec ton explication, c'est ce à quoi j'ai pensé aussi quand j'ai abordé le QCM, mais il reste un point que je ne comprends toujours pas : si l'on considère que l'on a effectué le premier essai à forte stringence : comment se fait-il que l'oligosonde spécifique de l'allèle normal ne s'hybride pas avec le sujet sain mais s'hybride avec le sujet malade (alors qu'il est supposé homozygote pour la mutation ponctuelle) ? 

[Thiasmine]

il y a une heure, Biere_Lambert a dit :

Salut @Paracétamal !! (noté pour la prochaine fois je vous laisse poster avant )

 

Je suis d'accord avec ton explication, c'est ce à quoi j'ai pensé aussi quand j'ai abordé le QCM, mais il reste un point que je ne comprends toujours pas : si l'on considère que l'on a effectué le premier essai à forte stringence : comment se fait-il que l'oligosonde spécifique de l'allèle normal ne s'hybride pas avec le sujet sain mais s'hybride avec le sujet malade (alors qu'il est supposé homozygote pour la mutation ponctuelle) ? 

Salut je me permet de répondre , je ne sais pas si j'ai bien compris ta question, mais je pense que c'est le contraire, on réalise la première expérience à basse stringence justement ce qui explique pourquoi elle s'hybride avec le sujet malade (le premier essai a une forte force ionique, donc basse stringence) 

[Biere_Lambert]

à l’instant, VESPA a dit :

mais je pense que c'est le contraire, on réalise la première expérience à basse stringence justement ce qui explique pourquoi elle s'hybride avec le sujet malade

Oui autant pour moi j'ai inversé ! 

Mais comment on explique que l'oligosonde ne s'hydride pas chez le sujet sain pour l'allèle normal dans ce cas ?

[Thiasmine]

Oui justement c'est parce qu'on fait à basse stringence du coup l'oligosonde va s'hybrider un peu n'importe où et dans ce cas elle s'est hybridée du coup au niveau du gène muté du malade homozygote. C'est pour cela que l'on précise dans l'énoncé que le sujet est malade homozygote pour pouvoir en déduire que le premier essai est réalisé à basse stringence (forte force ionique) car normalement ça devrait s'hybrider comme pour la 2. Je ne sais pas si j'ai répondu à ta question... 

[Biere_Lambert]

Je crois que je commence à comprendre... Du coup on utilise une seule oligosonde spécifique de l'allèle normale, et celle-ci s'est hybridée avec le sujet malade (pas de bol) car le test n'a pas été réalisé avec une stringence adaptée ? 

[Thiasmine]

il y a 17 minutes, Biere_Lambert a dit :

Je crois que je commence à comprendre... Du coup on utilise une seule oligosonde spécifique de l'allèle normale, et celle-ci s'est hybridée avec le sujet malade (pas de bol) car le test n'a pas été réalisé avec une stringence adaptée ? 

 

Oui j'ai compris le sujet ainsi ! Une oligosonde spécifique de l'allèle normal et une de l'allèle muté, qui, pour le premier essai se sont toutes les deux hybridées avec le sujet malade à cause de cette basse stringence. 

[Paracétamal]

je pense que @VESPA a pu répondre à ta question mais je me suis posé la même question en essayant de vous donner une réponse claire car à mon sens, on aurait très bien pu avoir 4 hybridation, comme aucune...

 

il y a 1 minute, VESPA a dit :

 

Oui j'ai compris le sujet ainsi ! Une oligosonde spécifique de l'allèle normal et une de l'allèle muté, qui, pour le premier essai se sont toutes les deux hybridées avec le sujet malade à cause de cette basse stringence. 

mais je pense que l'explication la plus probable est celle que viens de donner notre cher vespa.

 

[Biere_Lambert]

Merci pour tes explications @VESPA je pense avoir bien compris !!! J'étais parti du principe qu'on utilsait plusieurs oligosondes, et je comprenais pas pourquoi ça s'hybridait pas chez le patient sain, mais du coup si on en utilise une seule c'est tout bon !!! (ça reste quand même pas évident )

[Thiasmine]

il y a 4 minutes, Biere_Lambert a dit :

Merci pour tes explications @VESPA je pense avoir bien compris !!! J'étais parti du principe qu'on utilsait plusieurs oligosondes, et je comprenais pas pourquoi ça s'hybridait pas chez le patient sain, mais du coup si on en utilise une seule c'est tout bon !!! (ça reste quand même pas évident )

 

Pas de soucis, oui c'est vrai, mais j'en ai déduit qu'il n'y en avait qu'une de chaque car c'est précisé "utilisant les 2 mêmes oligonsondes..." Bonne soirée

[happybee]

WOOOOW 

 

merci beaucoup à tous!!

 

Il y a 21 heures, Biere_Lambert a dit :

il faut utiliser une amorce à basse stringence (car tu es susceptible de retrouver une mutation dans la zone d'hybridation de l'amorce, et ça gâcherais toute ton expérience si tu pouvais pas t'hybrider !)

ooh d'accord merci !!

 

Il y a 13 heures, VESPA a dit :

Une oligosonde spécifique de l'allèle normal et une de l'allèle muté, qui, pour le premier essai se sont toutes les deux hybridées avec le sujet malade à cause de cette basse stringence.

c'est super parce que du coup je me rends compte que je n'avais pas du bien interprété la qcm 

 

Il y a 20 heures, Cristal-STAL a dit :

si tu pouvais nous dire où tu trouves ce genre de QCM ça serait super 

ils viennent d'une prépa mais théoriquement ils donnaient que des annales, du coup je pense qu'il a de forte chance que ce soit une trèèèèèès vieille annale 

 

Il y a 17 heures, Paracétamal a dit :

Pour une haute stringence : il faut une force ionique faible qui augmente la spécificité de l'hybridation

Lors d'une basse stringence : la force ionique plus élevée rend l'hybridation moins spécifique, or l'énoncé parle de mutation ponctuelle donc la sonde saine avec des conditions de stringence faible peut tout à fait s'hybrider avec la séquence mutée dans l'essai 1.

énorme merci pour ton explication plus que claire 

 

Passez tous une très belle journée 

[happybee]

Salut tout le monde !!

Je reviens sur ce sujet par rapport a la E du qcm 4, pourquoi est-ce que la sonde est marquée ? Il me semble que c'était que le ddXTP.. 

Merci d'avance !

 

[enerys4]

Il y a 3 heures, happybee a dit :

Salut tout le monde !!

Je reviens sur ce sujet par rapport a la E du qcm 4, pourquoi est-ce que la sonde est marquée ? Il me semble que c'était que le ddXTP.. 

Merci d'avance !

 

Coucou!

 

Je suis allée voir sur la correction de l'annale (elle est de l'année 2017-2018, QCM 20). Ils ont juste mis "vrai, c'est le principe du séquençage Sanger". Mais je t'avoue que moi aussi je trouve ça bizarre que l'amorce soit marquée. Que ce soit en cours de génome en PACES ou en pharmacie, Mme Couderc ne nous a jamais parlé d'amorce marquée pour ce séquençage.

Je pense que le mieux, c'est que tu ailles la voir et lui demander directement des explications sur la correction. Si tu le fais, viens nous dire sa réponse!

 

Bonne semaine à toi!

Edited November 18, 2019 by enerys4

[happybee]

Il y a 9 heures, enerys4 a dit :

Coucou!

 

Je suis allée voir sur la correction de l'annale (elle est de l'année 2017-2018, QCM 20). Ils ont juste mis "vrai, c'est le principe du séquençage Sanger". Mais je t'avoue que moi aussi je trouve ça bizarre que l'amorce soit marquée. Que ce soit en cours de génome en PACES ou en pharmacie, Mme Couderc ne nous a jamais parlé d'amorce marquée pour ce séquençage.

Je pense que le mieux, c'est que tu ailles la voir et lui demander directement des explications sur la correction. Si tu le fais, viens nous dire sa réponse!

 

Bonne semaine à toi!

D'accord merci beaucoup pour ta réponse

Ça va être un peu tendu étant donné la programme de génome fini mais je verrai avec la prof de TD 

 

Merci beaucoup toi aussi!! 

Edited November 18, 2019 by happybee