qcm 9 biomol

[Kenzou]

Est ce que quelqu'un pourrait m'expliquer ce qcm s'il vous plaît 

Merci beaucoup! 

[Liliputienne]

La série d’AA est la suivante (pour l’équivalent lettre-AA) : 

 

Met - Ser - Trp - Lys - Gln - Cys - His - Ala - The

 

A) Avec le PTH on sort le plus de PTH-M(et) ; sachant que le PTH dégrade à partir de l’extrémité N-terminale cela veut dire que l’on retrouve la Met en position Nter. On sait qu’à l’issue de la traduction avant tout phénomène de remaniement une protéine possède une Met comme premier AA

 

B) Ici grosso modo tu as 2 AA basiques pour 1 acide ; ton peptide est donc probablement plus basique ; il est donc chargé + (c’est juste à la vue mais il faut savoir calculer le pHi pour ça je te conseille ce post du coup qui l’explique super bien 

 

 

C) La trypsine coupe le peptide en 2 seulement il y a donc 1 site de clivage ; de plus il n’y a qu’un lysine dans la série donnée et elle se trouve vers le milieu du peptide

 

D) Il y a présence d’un AA aromatique (W) en 3ème position donc il est sensible à la chymotrypsine

 

E) Pas de présence de Asn donc pas de site de N glycosylation

 

Est-ce que c’est plus clair ?  

Edited October 19, 2019 by Liliputienne

[Kenzou]

D"accord, j'ai enfin compris . Merci beaucoup!! 

Par contre je ne comprends pas l'item C. Je pense la même chose que toi sauf que l'item est compté faux donc je ne comprends pas vraiment pourquoi il y a plusieurs site de clivage à la trypsine 

 Et je comprends pas non plus comment on peut avoir des produits moléculaires de 550 et 330 alors que la masse totale du peptide est 1210

[camille510]

ce n'est pas un errata !! attention tu as 9 acides aminés qui te sont donnés en revanche ton peptide fait 1210 dalton. tu as obligatoirement des acides aminés qui sont en double. comme la trypsine donne 3 fragments (2 de 330 et un de 550 ça fait 1210), tu as forcément 2 sites de clivages. pense bien à compter le nombre d'acides aminés qu'on te donne et le nombre d'acides aminés que tu devrais avoir d'après le PM !

bonne journée 

Edited October 20, 2019 by camille510

[Kenzou]

Merci beaucoup @camille510! 

Par contre je comprends pas comment on peut savoir qu'on a 3 fragments

[camille510]

en fait, tu sais que ton peptide fait 1210 Dalton. tu sais qu'un acide aminé fait environ 110 Da. donc la déjà, tu calcules et tu remarques que tu as 11 acides aminés. on t'en donne 9 donc 2 peuvent être en double. 

ensuite, on te dit que quand tu fais agir la trypsine  on obtient des fragments de PM de 330 et 550 Da. on a mis aucun autre réactifs donc la seule chose qui explique la coupure du peptide, c'est la trypsine. après du coup tu regardes combien ça te fait si tu considères 2 fragments tu vois que ça te donne que 880 Da. donc là tu soustrais ce poids au peptide initial et tu vois que il te reste 330 Da. à aucun moment on te dit combien de fragments tu obtiens mais comme tu connais le PM initial, tu es sure qu'il y en a forcément plus de 2 sinon, ça ne peut pas correspondre au peptide de base. et après,  par logique (calcul précédent) tu peux en déduire le PM qui correspond bien à ton énonce

 "on libère des produits de masse moléculaires voisine de 330 et 550 Da".

En plus, s'il y avait un seul site de trypsine, ça aurait pas été possible d'obtenir seulement 2 fragments vu les PM de ces dernier , c'est pas compatible avec ton énoncé qui te dit bien le PM du peptide. 

quand tu as un exo comme ça, il faut vraiment voir l'énoncé dans sa globalité et mettre en relations toutes les informations que tu obtiens avant de répondre aux items, ça permet d'aller plus vite car après, tu ne perds pas de temps à relire ton énoncé, puis relire ton item etc tu es donc plus efficace.

[Kenzou]

J’AI COMPRIS !!

Merci beaucoup @camille510