Partie N-terminale d'une protéine

[cutieheartx]

Saluuut, 

 

J'aimerais connaitre le raisonnement pour savoir si un peptide peut-être la partie N-terminale (et pourquoi pas la partie C-terminale) ou non d'une protéine ? 

 

Par ex., le peptide : M-K-F-I-S-V-Y-L-E-G -> comment je sais si il peut être la partie N-terminale d'une protéine ? 

 

Merci d'avance 

[ValentineMartel]

Salut, 

 

Normalement tu peux utiliser des composés qui vont agir sur une partie de la protéine de façon préférentielle. Pour déterminer les extrémités N-terminale, tu peux utiliser deux composés : 

- Le Phénylisothiocyanate (PITC ou méthode d’Edman) va se complexer avec l’acide aminé N-terminal. En présence d’un acide faible, la réactivité du PITC va s’adresser à l’extrémité N-terminale et à la fonction carboxyle de cet acide aminé. On obtient un dérivé phényl-thiohydantoïne (c'est pas à savoir le nom exact tqt) de l’acide aminé N-terminal (PTH) et le reste du peptide intact. Le PTH est facile à repérer en chromatographie. Cette méthode permet une détermination séquentielle complète au cours du temps (analyse de l’importance quantitative des dérivés PTH au cours du temps). En gros dans l'énoncé on va te dire "En présence de PITC, on obtient des concentrations décroissantes d'alanine, de glycine et d'acide aspartique par exemple, ça veut dire que le début de ton peptide c'est A-G-D. 

 

- Le Di-Nitro-Fluoro-Benzène (DNFB) réagit avec les extrémités aminoterminales pour donner un dérivé, le dinitrophényl, de cet acide aminé N-terminal. On fait ensuite une hydrolyse acide qui va rompre toutes les liaisons peptidiques et respecter la liaison entre le DNP et l’acide aminé.  Le dérivé DNP-AA est coloré (jaune orangé) et repérable sur une électrophorèse. Ca te permet uniquement de savoir le premier AA ça par contre, donc c'est "moins bien" que le PITC. 

 

Voilà, j'espère que ca a bien répondu à ta question  

[cutieheartx]

Salut @ValentineMartel, merci pour ta réponse détaillée ! 

 

Mais si je suis dans le cas où j'ai aucune info sur les composés utilisés sur ma protéine ? Je te donne l'exemple du QCM (item B) qui me pose problème : 

 

 

[ValentineMartel]

Aaah c’est pas le même problème ! 

 

En fait l’item est vrai parce que le premier AA c’est une methionine, et comme tu le sais (ou tu le sauras en genome), le codon initiateur c’est AUG ce qui te donne une methionine. Par conséquent, toutes les protéines directement à l’issue de la traduction commencent par une méthionine ! (après tu peux avoir des phénomènes de proteolyse qui vont couper cette methionine par exemple) 

[cutieheartx]

Ahh d'accord t'as répondu à ma question, merciii beaucoup @ValentineMartel j'ai compris