Centrifugation isopycnique

[HeavyDirtySoul]

Bonjour !

 

J'ai une légère incompréhension par rapport au cours d'hier. Je ne comprends pas trop la différence entre la centrifugation zonale et la centrifugation isopycnique.

Mme Couderc nous a projeté cette image. Mais je ne comprends pas ce que signifie un gradient de densité préformé ou non.  Quelle est la différence entre coefficient de densité et densité de flottaison? Et enfin, que signifie "centrifugation à l'équilibre"?

Et du coup, la centrifugation isopycnique est utilisée pour séparer les composants de l'ADN en fonction de leur densité et en déduire la propriété semi-conservative de l'ADN, mais n'aurait-on pas pu utiliser la centrifugation zonale également?

 

Merci

[Paracétamal]

bonsoir @HeavyDirtySoul

Pour reprendre brièvement les centrifugations zonales et isopycniques sont assez semblables, en effet on retrouve une gradient de densité qui permet ensuite de séparer les différentes parties du mélange initial

Pour la zonale, il s'avère que le gradient de densité est en général de sucrose (on insère dans le tube plrs solutions concentrées en saccharose avec concentrations décroissantes: 60% au fond puis 40%... on a ainsi un gradient par palier donc discontinu) il est donc pré-établi (préformé avant la centrifugation au sens mécanique du mot), ensuite on pose l'échantillon et la centrifugation fait le reste

Pour l'isopycnique (pour moi c'est une zonale upgradée) le gradient de Clorure de Césium se met en place pendant la centrifugation et on obtient un gradient dit continu (on n'aura pas des paliers de densité) donc la centrifugation instaure le gradient mais aussi assure la séparation dans le même temps ; il est donc bien plus résolutif (précis), d'où son utilisation dans l'expérience de Meselson et Stahl (semi-conservativité de l'ADN en réplication) car on veut séparer des brins d'ADN de densité différente (demande bcp de précision).

Je te rassure ce mode de centrifugation ne sera jamais détaillé et ne fait pas l'objet de QCM, c'est d'ailleurs la seule fois il me semble que tu verras ce style de centrifugation (isopycnique)

Pour la partie expérience qui décrivent les propriétés de la réplication :

       Complémentaire et Antiparallèle : Watson et Crick

       Semi conservative : Meselson et Stahl -> retiens uniquement le principe de l'expérience (le PR Couderc et ses collègues de Td insistent dessus mais pas sur la technique de centrifugation, il faudra retenir qu'elle est de type zonale) il me semble d’ailleurs que c'est la seule expérience du chapitre qui peut être demandée en QCM (schéma repris d'un Td de génome)

       Bi directionnelle : Cairns

Concernant la différence entre coefficient de densité et densité de flottaison, pour être honnête je ne sais pas. 

Pour la centrifugation à l'équilibre d'après mes recherches, lors d'une centrifugation isopycnique à partir d'un moment il y a équilibre entre poussée d'Archimède et force de gravitation mais bon clairement c'est pas à apprendre (et c'est peut-être pour ça qu'on parle de densité de flottaison ?)

 

=>  Chose sure il te faut maitriser le principe GÉNÉRAL de la centrifugation zonale : gradient de sucrose et séparation selon la densité des produits

 

je reste disponible si besoin et mon co'RM et moi-même ainsi que les tuteurs génome seront présent à la perm de lundi midi et j'irai me renseigner auprès du Pr Couderc

En espérant t'avoir aidé

Bonne soirée et bon WE

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Edited September 27, 2019 by Paracétamal

[HeavyDirtySoul]

Merci beaucoup @Paracétamal pour ta réponse déjà bien complète ! 

C'est beaucoup plus clair pour moi. Et il est vrai que j'ai du mal à repérer les détails qui sont "utiles" ou non pour le concours, dans le doute je préfère demander quand il y a un détail que je n'ai pas bien compris 

Merci encore ! Bon week-end à toi aussi