Passion génome <3 (annale 2013)

[Lénouillette]

Bonjour ! j'ai deux items qui me posent problème par rapport à cette annale de 2013 :

Item 17A (faux) :

J'ai bien retrouvé le sujet en faisant mes recherches, mais @ISB ta réponse ne convient malheureusement pas parce que la D est comptée vraie.

 

Perso, le QCM je l'interprète comme ça : on a la séquence du brin codant, et on utilise des dXTP et une ADN polymérase. Donc la séquence de l'ADN amplifiée sera la même que celle du brin codant... Donc je ne vois pas pourquoi on ne peut pas utiliser une thymine marquée sur le phosphate gamma ? C'est parce qu'on n'amplifie que la partie à gauche de l'endonucléase et pas celle de droite ? Ça me semble pas très logique

 

Après j'ai aussi un problème avec l'item 19A (corrigé vrai) : je n'arrive pas à interpréter l'expérience, si quelqu'un peut m'aider

Voilà merci d'avance !!

[pastèque]

Pour la 17A, perso je le comprends comme l'endonucléase coupe puis on amplifie le brin côté droite donc du coup on peut pas utiliser du T marqué au phosphate en gamma parce que le premier nucléotide est un T et le dernier un C

Et pour la D, ben du coup il y a des T dans la séquence donc en mettant du A marqué ils peuvent la marquer..

[Lénouillette]

il y a 11 minutes, pastèque a dit :

Pour la 17A, perso je le comprends comme l'endonucléase coupe puis on amplifie le brin côté droite donc du coup on peut pas utiliser du T marqué au phosphate en gamma parce que le premier nucléotide est un T et le dernier un C

Et pour la D, ben du coup il y a des T dans la séquence donc en mettant du A marqué ils peuvent la marquer..

Justement, si on amplifie le brin du côté droit, on va le faire à partir du brin matrice, donc du brin complémentaire au brin codant, donc on va obtenir la même séquence que celle du brin codant. Donc on aura bien une thymine à l'extrémité 5', qui sera bien tri-phosphate donc je ne vois pas pourquoi elle ne pourrait pas être marquée sur son phosphate gamma ? Tu vois mon raisonnement ou bien je ne suis pas claire du tout ?

[pastèque]

il y a 2 minutes, lenouillette a dit :

Justement, si on amplifie le brin du côté droit, on va le faire à partir du brin matrice, donc du brin complémentaire au brin codant, donc on va obtenir la même séquence que celle du brin codant. Donc on aura bien une thymine à l'extrémité 5', qui sera bien tri-phosphate donc je ne vois pas pourquoi elle ne pourrait pas être marquée sur son phosphate gamma ? Tu vois mon raisonnement ou bien je ne suis pas claire du tout ?

 

Ahhh oui j'avais pas fait attention ! Ben peut être que l'endonucléase coupe après mais ça va pas du tout dans le sens de l'énoncé 

[Zarathoustra]

Bonjour ! Les nucléotides marqués en gamma ne sont visible que si le nucléotide en question est présent à l'extrémité 5' sinon ils sont éliminés lors de l'élongation. Ici dans le brin complémentaire il n'y a pas de dTTP en 5' donc le marquage ne fonctionne pas.

Pour la 19 en fait on amplifie le gène X, s'il y a deux bandes cela signifie qu'il y a deux copies de l'ARNm du gène X (puisqu'on fait une RT-PCR). Donc s'il y a deux copies c'est que les allèles qui le codent sont différent => hétérozygote.

 

[ISB]

@lenouillettepourquoi ma réponse n'est pas bonne ?

Pour l'item D c'est différent, vu qu'on marque sur toute la longueur de la sonde via la thymidine tritié alors que la A on peut marquer seulement l'extrémité 5' et de souvenir c'était pas le bon nucléotide complémentaire non ?

[Lénouillette]

il y a 17 minutes, Zarathoustra a dit :

Bonjour ! Les nucléotides marqués en gamma ne sont visible que si le nucléotide en question est présent à l'extrémité 5' sinon ils sont éliminés lors de l'élongation. Ici dans le brin complémentaire il n'y a pas de dTTP en 5' donc le marquage ne fonctionne pas.

Justement, on nous dit qu'on a le brin codant, et non pas le brin matrice ; donc si on fait le brin complémentaire du brin matrice, on aura bien une thymine en 5' non ?

 

il y a 17 minutes, Zarathoustra a dit :

Pour la 19 en fait on amplifie le gène X, s'il y a deux bandes cela signifie qu'il y a deux copies de l'ARNm du gène X (puisqu'on fait une RT-PCR). Donc s'il y a deux copies c'est que les allèles qui le codent sont différent => hétérozygote.

Super merci j'ai compris !

 

il y a 12 minutes, ISB a dit :

pourquoi ma réponse n'est pas bonne ?

Pour l'item D c'est différent, vu qu'on marque sur toute la longueur de la sonde via la thymidine tritié alors que la A on peut marquer seulement l'extrémité 5' et de souvenir c'était pas le bon nucléotide complémentaire non ?

Ton explication c'était pas que la "sonde" obtenue ne faisait pas 18 nucléotides ?

Edited December 30, 2018 by lenouillette

[ISB]

il y a 2 minutes, lenouillette a dit :

Ton explication c'était pas que la "sonde" obtenue ne faisait pas 18 nucléotides ?

Entre autre, je parlais que des 4 nucléotides de gauche libéré suite a l'action de l'endonuclease, mais du coup pourquoi tu trouve pas ça cohérent avec la D ?

[Lénouillette]

il y a 11 minutes, ISB a dit :

Entre autre, je parlais que des 4 nucléotides de gauche libéré suite a l'action de l'endonuclease, mais du coup pourquoi tu trouve pas ça cohérent avec la D ?

Parce que dans l'item D, la "sonde" ne fait toujours pas 18 nucléotides, et pourtant c'est compté vrai

[TinkyWinky]

@lenouillette Une sonde est complémentaire et antiparallèle au brin que l'on veut hybrider du coup c'est pas la même séquence que le codant (c'est pas complémentaire au matrice) , à moins que je fasse erreur. 

[Lénouillette]

@TinkyWinky C'est pour ça !!!! Merci beaucoup !

[TinkyWinky]

il y a 3 minutes, lenouillette a dit :

Parce que dans l'item D, la "sonde" ne fait toujours pas 18 nucléotides, et pourtant c'est compté vrai

 Du coup là c'est bon le A est complémentaire au T

Edited December 30, 2018 by TinkyWinky

[ISB]

il y a 9 minutes, lenouillette a dit :

Parce que dans l'item D, la "sonde" ne fait toujours pas 18 nucléotides, et pourtant c'est compté vrai

Dans le cours y'avait noté 18nt minimum j'avais screen la diapo, après je vois tjr pas le lien avec la D mais tant pis jpp du génome xD

[Lénouillette]

il y a 12 minutes, ISB a dit :

mais tant pis jpp du génome xD

Je cherche plus à comprendre ; ni à me faire comprendre (du coup on s'en fiche de mon problème avec la D tkt), j'ai abandonné c'est trop pour moi

[ISB]

il y a 6 minutes, lenouillette a dit :

Je cherche plus à comprendre ; ni à me faire comprendre (du coup on s'en fiche de mon problème avec la D tkt), j'ai abandonné c'est trop pour moi

Mdrrr Big up aux gens qui ont décidé de faire tuteur génome perso après le 17 janvier je veux plus jamais en entendre parler de ce casse tête là xD

[Blop]

Coucou les gars, allez courage effectivement le 17 janvier le génome c'est fini donc on va essayer de régler tout ce qui coince encore ^^

Je rejoins @TinkyWinky, faites attention quand on vous dit qu'il faut une sonde pour identifier une séquence on va fabriquer ce qui va s'hybrider avec la dite séquence, donc son brin complémentaire. Si on avait voulu qu'il y ait un Tgamma incorporé il aurait donc fallu que la coupure (la petite flèche) soit faite au niveau d'un A pour qu'un T soit incorporé sur la sonde à une extrémité. Ce n'est pas le cas ici. Pour cette histoire de l'item D, je ne pense pas que la prof ait essayé de piéger sur la longueur @ISB, (à mon avis elle n'a même pas vu que cette ambiguïté pouvait choquer) elle veut juste vous montrer le point de coupure, on peut très bien imaginer que la séquence se poursuive longtemps en 3' et ou en 5' donc la sonde pourrait se faire des deux côtés. Donc on peut très bien faire une sonde avec tout ça, la D est bien vraie.

 

Ensuite @lenouillette est ce que tu as encore besoin d'explications pour le QCM 19 étant donné que le 17 a monopolisé les débats ?

[Lénouillette]

il y a 9 minutes, Blop a dit :

Pour cette histoire de l'item D, je ne pense pas que la prof ait essayé de piéger sur la longueur @ISB, (à mon avis elle n'a même pas vu que cette ambiguïté pouvait choquer) elle veut juste vous montrer le point de coupure, on peut très bien imaginer que la séquence se poursuive longtemps en 3' et ou en 5' donc la sonde pourrait se faire des deux côtés. Donc on peut très bien faire une sonde avec tout ça, la D est bien vraie.

A mon avis, c'est plus moi que ça perturbait que lui

 

il y a 10 minutes, Blop a dit :

Ensuite @lenouillette est ce que tu as encore besoin d'explications pour le QCM 19 étant donné que le 17 a monopolisé les débats ?

Non c'est bon merci, celui-là j'ai compris direct

[Blop]

Super bon courage alors

[maia-m3]

@Blop J'ai encore un soucis avec le 19

Je ne comprends pas pour la 19 A, pourquoi le patient 1 peut être homozygote ? pour moi il pourrait être hétérozygote ..

Mercii

[Blop]

@maia-m3 cet item me pose aussi problème, pour moi il ne peut aussi être qu'hétérozygote... Je me demande si ce n'est pas un errata du coup

@Eva03 un avis peut être ?

 

[Lénouillette]

@Blop tu veux que je pose la question sur Moodle ?

Perso, je ne pense pas que la deuxième soit un autre allèle, c'est peut-être une erreur de manip ; parce qu'on ne nous dit pas à combien l'autre bande devrait être s'il est hétérozygote. On nous dit juste que s'ils expriment le gène, il y a une bande à 500. Donc c'est bien le cas chez le patient 1, donc techniquement, comme on ne sait pas à quoi correspond la deuxième bande, il peut être homozygote non ?

Edited December 30, 2018 by lenouillette

[maia-m3]

Ça serait judicieux de poser la question je pense, parce que je suis d'accord avec la justification mais  ça reste quand même ambiguë .. 

[Blop]

Oui @lenouillette tu as raison je n'avais pas pensé à l'erreur de manip ! Mais ça serait bien de demander confirmation pour lever le doute oui

[Lénouillette]

@maia-m3 tu veux le faire ? Parce que j'avoue que poser une question à laquelle je pense avoir la réponse, je trouve ça un peu chelou

[Eva03]

@lenouillette @maia-m3

 

Hey ! 

 

Je viens de regarder le 19, A et en effet cet item est ambigu...

Après il ne faut pas oublier que nous sommes sur de la RT-PCR donc que nous étudions l'expression de gène et non pas la séquence en ADN d'un gène. Il est donc bien plus difficile (voire impossible) d'affirmer le caractère homozygote ou hétérozygote d'un gène car c'est indirect. Donc attention aux énoncés, les résultats d'une PCR et d'une RT-PCR ne sont pas interprétables de la même manière.

 

Dans l'énoncé il est écrit que lorsque le gène est exprimé on a une bande à 500 pdb. Sans plus d'informations il nous est impossible de savoir si le gène X est homozygote ou hétérozygote. On peut uniquement savoir si le gène X est exprimé.

 À propos de l'item A, cette bande supplémentaire peut correspondre à une erreur de manip, à un épissage alternatif, à un autre ADNc...  Donc sans explications dans l'énoncé on ne pourra pas interpréter cette bande. En revanche on peut donc supposer ( ! pas affirmer) que le patient est homozygote (idem pour hétérozygote)

 

Voilà j'espère avoir été claire ! 

 

N'hésitez pas si vous avez d'autres questions et bon courage pour les révisions !