Glouglou Posted October 24, 2018 Share Posted October 24, 2018 Bonsoir! J'ai un petit pb avec les protéines. Pour déterminer la séquence d'un peptide, il y a une méthode précise: 1) on hydrolyse (acide, alcaline), 2) on utilise des exopeptidases qui vont enlever C et N Terminal , puis 3) des endopeptidases, puis 4) on fait la méthode Sahger (DNFB) et enfin: 5) PITC. Hoooors, la méthode Sanger et PITC permettent (si j'ai bien compris) d'identifier l'acide aminé N-terminal: je ne comprends pas ni pourquoi ni comment car le N-terminal a été supprimé avec les exopeptidases Merci pour votre aide Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
NicoLqe Posted October 25, 2018 Share Posted October 25, 2018 Salut ! Tout d'abord mes yeux il n'y a pas de méthode précise pour séquencer un peptide. Il y a plutôt plusieurs méthodes. Tu peux effectivement faire une hydrolyse acide (tu perds W, C et tu ne peux pas différencier Asn/Asp et Gln/Glu), ou une hydrolyse alcaline (mais tu perds S, T et R). Ou alors tu peux utiliser des exopeptidases qui vont agir de façon séquentielle : elles vont détacher les acides aminés un par un. Effectivement si tu utilises (par exemple) une aminopeptidase ne serait-ce que pour détacher le 1er acide aminé du peptide, tu vas avoir du mal à le retrouver si tu utilises en suivant le DNFB ou le PITC. Si tu vires le 1er acide aminé par une aminopeptidase puis que tu fais une réaction au DNFB ou PITC, bah tu auras le 2eme acide aminé du peptide en fait, tu retrouveras pas le 1er car il a été détaché par l'aminopeptidase. Généralement dans un qcm, si on te parles de séquençage par le DNFB ou PITC on utilise pas une aminopeptidase, ou alors on te précise que l'aminopeptidase a éliminée les 2 ou 3 premiers acides aminés, et donc tu sais que si tu utlises le DNFB/PITC en suivant, tu auras le 4eme acide aminé, puis le 5eme etc... Je ne sais pas si ça répond à ta question, auquel cas n'hésite pas Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Glouglou Posted October 25, 2018 Author Share Posted October 25, 2018 D accord je n avais pas compris qu il y avait en fait plusieurs méthodes (6 si je comprends bien?) Mais du coup comment ca se passe pour les endopeptidases? Elles coupent les aa un par un? Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Solution NicoLqe Posted October 25, 2018 Solution Share Posted October 25, 2018 Oui ^^ Je comprends que les tirets se succédant dans la diapo t'ont fait croire que c'était une seule méthode en plusieurs étapes. Au final : trypsine, chymotrypsine, hydrolyse acide et alcaline, aminopeptidase et carboxypeptidase, DNFB et PITC, on va dire que tu as 8 outils disponibles pour séquencer un peptide. Pour les endopeptidases : Non elles ne coupent pas un par, elles coupent "après" leur substrat : Trypsine coupe après Lysine et Arginine Chymotrypsine coupe après les acides aminés aromatiques : Phénylalanine, Tyrosine et Tryptophane. Exemple : je te donne le peptide suivant : MEDPTKLN et je le soumet à la trypsine, il va me donner les 2 fragments suivants : MEDPTK et LN (j'ai coupé après la lysine). Autre exemple : peptide MEDICALK, je le soumet aussi à la trypsine, mais là je retrouve mon peptide intact, parce que ma lysine est en bout de chaîne. Du coup je coupe après ma lysine mais y'a plus rien après ma lysine, donc je coupe pas. ^^ Dernier exemple : WTFISTHAT, je le soumet à la chymotrypsine. C'est le même principe que la trypsine, sauf que cette fois je coupe après F, W et Y. Donc j'aurai les fragments suivants : W, TF, ISTHAT. 2 sites de coupure, donc 3 fragments. Voilà voilà, n'hésite pas si il y autre chose. Bonne journée Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Mathew Posted November 4, 2018 Share Posted November 4, 2018 Bonjour, je rebondi sur votre discussion Dans des QCM on nous demande dans ces cas "Quels PTH-aminoacides peut on mettre en évidence après un cycle de dégradation..?". Dans ce genre de QCM, doit-on regarder les extrémités de chaque fragments ou est-ce autre chose qui est demandé? Je sais pas si je suis clair mais dans le premier exemple ( MEDPTKLN qui devient MEDPTK et LN ) je retiens personnellement PTH-M, K, L et N. J'ai un doute car sur certains QCM ça a marché mais je viens de tomber sur un ou ça n'a pas marché.. Merci d'avance Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Luciférine Posted November 4, 2018 Share Posted November 4, 2018 Salut @Mathew, le PITC ne permet d'isoler que les extrémités N-terminales des fragments isolés, donc ici le PITC agissant du MEDPTK isolera un PTH-M et en agissant sur LN isolera un PTH-L. Bonne journée ! Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
NicoLqe Posted November 4, 2018 Share Posted November 4, 2018 Salut ! Tout a fait d'accord avec Luciférine. PTH et DNFB te permettent d'isoler l'acide aminé N-term. Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Mathew Posted November 4, 2018 Share Posted November 4, 2018 Effectivement maintenant que j'ai vérifié les QCM qu'avec les N-term ça fonctionne sans aucun soucis, merci beaucoup @Luciférine et @NicoLqe Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
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