ju06 Posted October 24, 2018 Share Posted October 24, 2018 Bonsoir, est ce que quelqu'un peut m'expliquer comment on fait pour calculer le pHi d'un peptide en entier ? notamment pour l'item D dans le qcm mit en pièce jointe, je ne comprends pas trop comment savoir quel groupement utiliser pour le calcul.. merci a celui ou celle qui prendra le temps de me répondre Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Ancien Responsable Matière Cactus Posted October 24, 2018 Ancien Responsable Matière Share Posted October 24, 2018 Salut @ju06 J'ai répondu à un sujet similaire il n'y a pas longtemps en proposant ma méthode (avec une petite photo) Essaie de voir si tu comprends les étapes que je suis, et tiens moi au courant ! Si tu ne comprends toujours pas et que tu veux que je détails bien le pHi de ce peptide, je te le fais Courage Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Dine Posted October 24, 2018 Share Posted October 24, 2018 Le roi du PHI @Cactus Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Elee Posted October 24, 2018 Share Posted October 24, 2018 Du coup ici tu vas calculer ton pHi en prenant en compte le pK d'ionisation du γ-carboxylique de E, du noyau imidazole de H et de l'ε-aminé de K en plus des groupements α-carboxylique et α-aminé. C'est pour trouver la forme zwitterion du peptide. Après la résolution de @Cactus est super donc j'espère que tu as compris ! Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Solution HadjDh Posted October 24, 2018 Solution Share Posted October 24, 2018 salut Je viens donner ma méthode pour résoudre les pHi Ca prend 3sec ^^ Il faut savoir que le prof Perret ne piège pas du tout sur les pHi, c'est à dire que c'est soit acide soit basique ! Il ne fera jamais des QCMs avec des pHi faux à 7,8 mais vraies à 8. Du coup il faut savoir qu'il y'a des AA acide : D et E et des AA basique : K et R Dans un peptide on va essayer de chercher les AA acides/basiques car c'est eux qui vont influencer le pHi. Donc admettons qu'on ai un peptide MHSTRGCC. Ici nous avons R comme AA basique qui va donc tendre le pHi de notre peptide vers les valeurs basique. Le prof ne piège pas ! Si c'est basique on coche toutes les valeurs basiques ! Autre exemple : ERFHTSGCGC. Ici nous avons E et R. Un AA acide et un autre basique. Le pHi va donc se neutraliser ! On coche dons les valeurs avec un pHi neutre Pour ce QCM on a K et E qui vont influencer le pHi. Ils se neutralisent et donne donc un pHi neutre. Donc en annale cette item serait compté vraie Je sais pas si c'est clair mais j'ai voulu donner la contribution ^^ Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Dine Posted October 24, 2018 Share Posted October 24, 2018 @HadjDh H intervient aussi non? Ce qui rendrait l'item vrai? Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Reïner Posted October 24, 2018 Share Posted October 24, 2018 @Dine je suis d'accord Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
ju06 Posted October 24, 2018 Author Share Posted October 24, 2018 Merci a tous pour vos réponses, mais concernant l'exemple que j'ai mit, on a E et Q qui ont un pHi de 3 et K un pHi de 9 donc je ne comprends pas trop comment ça peut se neutraliser... non ? (Je précise que l'item D est vrai) Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Dine Posted October 24, 2018 Share Posted October 24, 2018 Q ne vaut pas 3.. tu confonds, Q est proche de la neutralité Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
ju06 Posted October 24, 2018 Author Share Posted October 24, 2018 Et avec ta technique @HadjDh il faut faire la "moyenne" des pHi? ah oui @Dine j'ai confondu avec D... Merci de ta remarque Du coup oui j'ai compris c'est bon merci à tous !! Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Elee Posted October 24, 2018 Share Posted October 24, 2018 Voici un schéma pour trouver un pHi. Au départ, quand le pH est acide tous les acides aminés sont protonnés : on a les COOH (neutre) et les NH3+. Puis à chaque fois qu'on passe le pK d'ionisation d'un groupement, il perd un proton. On obtient des COO- ou des NH2 (neutre). Ici la forme zwitterion du peptide comporte 2 charges négatives (COO-), 2 charges positives (NH3+) et un NH2 neutre d'où la neutralité. On calcule le pHi en faisant la moyenne des 2 pK entourant la forme zwitterion : pHi = (6+9,5)/2 = 7,75 ce qui valide l'item. Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Ancien Responsable Matière Cactus Posted October 24, 2018 Ancien Responsable Matière Share Posted October 24, 2018 il y a 3 minutes, Elee a dit : Voici un schéma pour trouver un pHi. Au départ, quand le pH est acide tous les acides aminés sont protonnés : on a les COOH (neutre) et les NH3+. Puis à chaque fois qu'on passe le pK d'ionisation d'un groupement, il perd un proton. On obtient des COO- ou des NH2 (neutre). Ici la forme zwitterion du peptide comporte 2 charges négatives (COO-), 2 charges positives (NH3+) et un NH2 neutre d'où la neutralité. On calcule le pHi en faisant la moyenne des 2 pK entourant la forme zwitterion : pHi = (6+9,5)/2 = 7,75 ce qui valide l'item. J'adore, chacun à sa petite technique de traçage c'est trop cute Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
HadjDh Posted October 24, 2018 Share Posted October 24, 2018 il y a une heure, Dine a dit : H intervient aussi non? Non H n'intervient pas Avec ma technique on déduit le pHi ! On ne le calcule pas ! C'est un prof de TD qui a donné cette méthode Et comme Perret ne chipote pas ça passe à tous les coups ! Je t'invite à essayer avec des QCMs de Perret Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
NicoLqe Posted October 25, 2018 Share Posted October 25, 2018 Salut ! Alors ! Je valide les 2 méthodes : celle de Elee pour le calcul exact du pHi est la plus sûre des deux mais prend à peine un peu plus de temps que celle de Hadj. Par contre à mes yeux H intervient dans la déduction du pHi quand même, certes son pHi est de 7.6 donc assez neutre mais à ne pas négliger pour rester précis. Même si effectivement Mr.Perret ne devrait pas vous piéger avec une question à 7.2 alors que le pHi est à 8 par exemple, mais bref, l'imidazole est ionisable et donc à ne pas négliger à mes yeux. Personnellement j'ai toujours préféré le calcul exact du pHi avec la moyenne des 2 pKas entourant le zwitterion, que l'item paraisse évident ou non, c'est à chacun sa préférence, ça me rassurait de trouver la bonne réponse par le calcul exact plutôt que par mes conjectures. ^^ In fine, je valide les deux réponses. N'hésite pas si tu as d'autres questions Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Dine Posted October 25, 2018 Share Posted October 25, 2018 @HadjDh Je pense qu'on a la même technique, car je déduis le phi aussi mais ce qui me perturbe c'est que moi je prends en compte tout ceux qui ont " une particularité " et donc H en fait partie, et sachant que l'item en question est juste ça semble aller dans mon sens non? Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
HadjDh Posted October 25, 2018 Share Posted October 25, 2018 Oui surement, tu as essayé de l'appliquer en annale? Moi je ne l'ai jamais utilisé en tout cas ^^ Et ça a toujours fonctionné. Après je n'étais peut être pas aussi précis ! Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
JJM Posted December 30, 2018 Share Posted December 30, 2018 Bonjour ! J'utilise ta technique @HadjDh pour faire une "approximation" des Phi des peptides qui fonctionne pour tous les qcm où l'on ne nous demande pas de valeur exacte, mais je bloque sur un QCM (PHI.pdf) où le peptide ne comporte ni D,E ni K,R en AA acides et basiques... Peux tu (toi ou une autre personne utilisant cette technique ), stp m'expliquer comment faire une estimation du Phi pour celui là? Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Reïner Posted December 30, 2018 Share Posted December 30, 2018 (edited) Salut @JJM Il faut juste prendre les Pk des extrémités N-terminale et C-terminale du peptide et calculer leur moyenne ( aminé 9.5 et carboxy 2.1 ce qui donne (9.5+2.1)/25.7 ) Edited December 30, 2018 by Reiner Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
Chat_du_Cheshire Posted December 30, 2018 Share Posted December 30, 2018 Oui car tous les AA ont un pHi légèrement inférieur à 6 (sauf les acides et basiques) donc ici ça sera pareil, autour de 6 donc cet item est logiquement vrai^^ Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
NicoLqe Posted December 30, 2018 Share Posted December 30, 2018 Salut ! @JJM D'accord avec Reiner ! Tu regardes tout les AA et tu vois que leurs chaînes latérales ne comportent pas de fonctions ionisables (sauf Y mais on s'en fiche, son pK d'ionisation est trop élevé pour rentrer en compte ici), donc il te reste les fonctions alpha COOH et NH2, ça te donne bien 5.7. ^^ Comme un AA "normal" (pas basique ni acide) Voilà ! Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
JJM Posted December 30, 2018 Share Posted December 30, 2018 C'est bon j'ai compris Merci beaucoup à vous trois @Reiner @Chat_du_Cheshire @NicoLqe pour vos réponses!! Quote Link to comment Share on other sites More sharing options...
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