Qcm 6 CC 2017

[VM-Varga]

Je te rejoins Zoee, en fait l'insertion de 5'A et 3'A sert à orienter le plasmide, du coup, peu importe la manière dont-il sera tourné, il donnera toujours du 5'A qui s'hybridera avec du 3'T, et du 3'A qui s'hybridera avec du 5'T (même si ça va à l'encontre de la correction )

 

 

"Messager royal"... j'aime beaucoup

Scrutons la réponse aux question !

 

C'est quand d'ailleurs ?

[Ouistiti]

J'en ai reparlé avec d'autres tuteurs et on n'avance pas vraiment sur le problème ... Je pense que vous avez td cette semaine ou la semaine prochaine donc demandez aussi à ce moment-là

 

Bon courage et désolée pour ce QCM qui traine ... ! Corrigez bien le CCB C'est important tout de même !

 

Force et courage que vous !!

[VM-Varga]

Merci !

 

Pour demander en TD, je passe mon tour. Ma responsable me fait flipper

[MarionL]

Salut ! Alors pour la C j'ai la solution : 

Quand tu regardes ton plasmide C, tu vois que les 2 brins ont une extrémité 5' qui dépasse à cause du T (ou extrémité 5' sortante si tu préfères). Tout va bien jusque là ? 

Le but est d'insérer un fragment d'ADN (double brin) qui possède des extrémités compatibles avec celles du plasmide. Donc il faut un ADN ayant des extrémités A3': c'est la clé de la réflexion.

Ainsi les 2 extrémités sortantes : la T5' du plasmide et la A3' de l'ADN se mettent ensemble (s'emboitent si tu préfères #chaleur). (ce qui n'est pas possible si tu essayes avec le plasmide B où les T dépassent en 3')

Si tu veux le visualiser je te conseille de dessiner ton ADN double brin de manière verticale, puis de le retourner (ou prendre l'image miroir c'est pareil) car je te rappelles qu'on est dans l'espace (3D) donc c'est tout à fait possible, puis tu le positionnes en face du plasmide et là c'est magique !! Si tu as bien compris tu te rends compte que c'est impossible avec le plasmide de l'item B car tu as beau tourner l'ADN dans tous les sens, l'extrémité sortante A reste en 3' et l'extrémité T sortante du plamside reste en 5'. 

[MarionL]

Le petit schéma qui est pas passé dans le premier message

[VM-Varga]

Salut Marion ! Merci pour ton aide

 

Je ne comprends toujours pas

 

D'après ton schéma, en hybridant la partie 3' de l'ADNc avec la partie 5' sortante du plasmide, tu hybrides l'ADN et le plasmide dans ce sens :

5'---PLASMIDE----3'/3'---ADNc---5'

3'---ADNc----5'/5'---PLASMIDE---3'

 

Autrement dit, en prenant le sens de lecture 5' 3' de ton plasmide, on tomberait sur une lecture 3' 5' de l'ADNc inséré qui n'est pas correcte.

 

En revanche avec l'item B on a bien une insertion dans le bon sens de lecture c'est à dire 5' PLASMIDE/ADN 3'.

Vois-tu ce que je veux dire ?

 

N'hésite pas à me corriger

[MarionL]

Ce QCM prend la tête à toute la team génome donc on va attendre d'avoir les corrections du QCM 4 du concours blanc de cette année, pour voir si c'est une errata ou non. Désolé mais on est incapables de te répondre pour le moment !  

[Zoee]

Petit up au cas où:

 

je cite

Pour le QCM avec les plasmides du CB de génome (et du concours de l'an dernier), le prof de TD nous a dis que Langin c'était trompé (la réponse B est vraie et non la C) et qu'il lui avait signalé. Langin devrait en parler à la séance de réponse aux questions, si jamais il esquive le sujet et reconnaît pas qu'il avait tort... Au moins on sait ce qui est vrai et ce qui ne l'est pas !

[VM-Varga]

Wouaw, le voile tombe

 

Merci pour l'info !

[VM-Varga]

Quelqu'un a compris la réponse de Langin aujourd'hui à ce propos ?

 

Parce qu'à priori, d'après ce qu'il à dit, il ne se serait pas trompé, et se serait même appuyé sur des usines de production de plasmides, mais je n'ai pas compris son explication...

[sarah1331]

Salut ! 

 

Je n'ai moi non plus toujours pas compris sa réponse comme tout l'amphi je pense ... 

 

Selon moi le schéma des compagnies de production de ce vecteur est faux... Ou du moins je ne comprend par leur point de vue.

 

J'ai donc reposé la question au Pr Langin sur moodle mais j'ai peur qu'il ne me réponde jamais 

[VM-Varga]

En TD la question aurait été posée, le chargé aurait clairement dit que c'était faux et que le Pr Langin s'expliquerait à la réponse aux questions... Et puis la manière dont il a répondu... Je ne sais pas si tu es du matin, mais cette après midi il a dit "zen" comme si la question l'énervait, mais en quoi elle diffèrerait des autres s'il n'y avait pas de problème ? En quoi serait elle plus énervante ? Et puis pourquoi pas une explication claire avec un schéma et une animation à la Gantet plutôt qu'utiliser un argument d'autorité citant une compagnie sortie de nulle part ? Ce n'est pas la compagnie qui fait foi, mais son cours, pourquoi ne l'a-t-il pas cité ? Il a utiliser les diapo de cours pour rappeler qu'il y avait une ADN pol mitochondriale, pourquoi donc ne pas l'utiliser pour nous montrer l'insertion du vecteur dans un plasmide ?

 

Quand on coupe avec Eco-R1, jamais, mais alors jamais la partie 3' sortante s'hybride avec la 5' sortante, jamais. Puisqu'elle n'existe pas. 3' sortant s'hybride avec 3' sortant.

 

Comme l'a dit Rongières, il n'y a aucune question stupide, et quand la moitié d'un amphi se questionne, c'est qu'il y a nécessité de réexpliquer. Enfin. Je pense que je vais arrêter de me prendre la tête... Il doit surement avoir raison, c'est tout.

 

Juste une dernière chose. J'ai aperçu notre webmaster @Dr-Emixam et notre chargée de communication du tutorat à la réponse aux question. Si ces derniers ont compris la réponse du Pr. Langin à ce propos, même si je sais que ce n'était pas le but de leur présence, ça nous aiderait beaucoup qu'ils nous apportent leur lumière

[sarah1331]

Je suis tout à fait d’accord avec toi et je pense que ce raisonnement est tout à fait logique.

Nous ce matin il a d'abord dit que lui même avait l'impression parfois de s'etre trompé en refaisant le schéma mais qu'en prenant un avis extérieur (= le schéma qu'il à mis dans la réponse aux questions) il voyait qu'il n’était pas le seul à le voir comme ca. Puis il nous a juste dit qu'il fallait observer le schéma ...

[VM-Varga]

Voici le site Biocyclopedia
 
Voici une illustration du site biocyclopedia. Même cas :
 

 
On lit bien add dA to 3' ends et add dT to 3' ends...
 
Si ça ne suffit pas, en voici d'autres :
 
Extrait d'une thèse du Dr Shah Rukh :
 

 
Ici, du site Genetics, même principe :
 

 
 
Et enfin celle-ci du site Biologic Discussion :
 

 

[VM-Varga]

Mon message n'a pas pour but de prouver que le Pr Langin a tort, loin de là.

 

Mon message témoigne juste d'une nécessité d'explications plus étayées qu'un argument d'autorité, tout simplement.

[Clemsoin]

Comme je l'ai déjà dit, vous prenez pas la tête avec cet item.

ça m'a fait la même chose l'année dernière, avec une réponse incompréhensible le matin et pas de réponses l'après-midi sur un sujet d'annale. ça m'a fait plus fait perdre de temps qu'autre chose donc je vous conseille vraiment de passer à autre chose, je parle en connaissance de cause

[Sahra]

Salut! 

 

On a pas forcément plus de réponses à vous apporter, on est aussi dans l'incompréhension. 

 

On nous a dit qu'il vous avait mis ce schéma: 

 

Si c'est bien le cas, il semblerait que le 5' dT sur le plasmide soit une erreur au vu du texte associé : "The resulting PCR products with 3′ dA overhangs are readily cloned into a linearized TA cloning vector containing complementary 3′ deoxythymine (3′ dT) overhangs (Figure 1)."

 

Maintenant, comme l'a dit Clemsoin essayez de ne pas rester frustré sur ça, et avec un peu de chance peut être qu'il répondra sur Moodle.

 

[VM-Varga]

Merci à vous deux, vous êtes des anges.

 

Je vais serrer les dents.

 

Passez une bonne fin de soirée, et encore merci.