help plasmides analyse

[C'estPASSimple]

bonjour, je ne comprends pas du tout la démarche à suivre pour repondre à ce genre d'item, si qlq pourrait m'expliquer comment procéder svp :) https://zupimages.net/viewer.php?id=24/02/jehm.png

je rajoute l'énoncé https://zupimages.net/viewer.php?id=24/02/w3dz.png

Edited January 13, 2024 by C'estPASSimple

[Mitose64]

Coucou,

Est ce que tu pourrais me dire d'où provient le QCM s'il te plaît ?

Edited January 13, 2024 by Mitose64

[C'estPASSimple]

il y a 8 minutes, Mitose64 a dit :

Coucou,

Est ce que tu pourrais me dire d'où provient le QCM s'il te plaît ?

coucou de la compil PACES dans la derniere annale je crois que c'est PACES doublant 20/21 

[Mitose64]

Alors du coup pour répondre à ce genre d'item il faut que tu calcules la taille de chaque fragment de ton plasmide (avec et sans l'insert) après digestion par les enzymes d'intéret. Pour faire ça je te conseille fortement de dessiner ton plasmide pAAV8-fIX avec les nouvelles localisations des sites de restrictions (après ajout de l'insert).

Donc ici:

• Quand le plasmide pAAV8 est digéré par Pst1 tu te retrouve avec un seul fragment à 4200pb.
• Lorsque c'est le plasmide pAAV8-fIX qui est digéré par Pst1 là on a deux cas de figure:
  • soit l'insert est dans le sens 1 (avec le promoteur du côté du BamHI en position 130) et dans ce cas là tu te retrouve avec 2 fragments différents: un à 1510pb et l'autre à 4940pb
  • soit l'insert se positionne dans le sens 2 (dans l'autre sens avec le terminateur du côté du BamHI en position 130) et dans ce cas là tu te retrouve avec 2 fragment là encore mais pas de même taille que précédemment: l'un fait 760pb et l'autre fait 5690pb

Après avoir calculé ça tu peux donc répondre aux différents items ;)

 

Voilà, j'espère avoir pu t'aider, dis moi si tu veux qque je détaille mes calculs ou la correction des items !

 

Bonne fin de journée !

Edited January 13, 2024 by Mitose64

[YOUSSPHENOÏDAL]

55 minutes ago, Mitose64 said:

Alors du coup pour répondre à ce genre d'item il faut que tu calcules la taille de chaque fragment de ton plasmide (avec et sans l'insert) après digestion par les enzymes d'intéret. Pour faire ça je te conseille fortement de dessiner ton plasmide pAAV8-fIX avec les nouvelles localisations des sites de restrictions (après ajout de l'insert).

Donc ici:

• Quand le plasmide pAAV8 est digéré par Pst1 tu te retrouve avec un seul fragment à 4200pb.
• Lorsque c'est le plasmide pAAV8-fIX qui est digéré par Pst1 là on a deux cas de figure:
  • soit l'insert est dans le sens 1 (avec le promoteur du côté du BamHI en position 130) et dans ce cas là tu te retrouve avec 2 fragments différents: un à 1510pb et l'autre à 4940pb
  • soit l'insert se positionne dans le sens 2 (dans l'autre sens avec le terminateur du côté du BamHI en position 130) et dans ce cas là tu te retrouve avec 2 fragment là encore mais pas de même taille que précédemment: l'un fait 750pb et l'autre fait 5700pb

Après avoir calculé ça tu peux donc répondre aux différents items ;)

 

Voilà, j'espère avoir pu t'aider, dis moi si tu veux qque je détaille mes calculs ou la correction des items !

 

Bonne fin de journée !

Bonjour! Désolé si je m’incruste un peu ahahh et merci pour ton explication! Je comprends pas trop ce que signifie ce qcm par plasmide pAAV8-fIX et j’ai pas très bien compris comment t’as pu faire les calculs Pourrais-tu m’expliquer comment t’as pu savoir qu’en coupant avec Pst1 on aura x nombres de fragments et de telle taille stp? Merci d’avance 

[Mitose64]

Coucou!

il y a 32 minutes, DAHERIVASTIGMINE a dit :

Bonjour! Désolé si je m’incruste un peu ahahh et merci pour ton explication! Je comprends pas trop ce que signifie ce qcm par plasmide pAAV8-fIX

Je pense que quand il est écrit pAAV8-fIX c'est pour signifier que l'insert contenant fIX est contenu dans le plasmide et que ce dernier n'est donc pas "vide".

il y a 32 minutes, DAHERIVASTIGMINE a dit :

 j’ai pas très bien compris comment t’as pu faire les calculs

Pour expliquer les calculs je te mets les schémas que j'ai fait (je les ai fait sur papier parce que un peu pénible à faire sur l'ordi mais du coup dit moi si c'est pas lisible surtout que j'écris pas très bien):

Voici pour le sens 1: https://zupimages.net/viewer.php?id=24/02/suv8.jpg

Et pour le sens 2: https://zupimages.net/viewer.php?id=24/02/hhmx.jpg

 

il y a 36 minutes, DAHERIVASTIGMINE a dit :

Pourrais-tu m’expliquer comment t’as pu savoir qu’en coupant avec Pst1 on aura x nombres de fragments et de telle taille stp? Merci d’avance 

Alors pour la taille je l'explique sur les schéma en principe et pour savoir le nombre de fragment en fait c'es assez simple, ça dépend du nombre de site de restriction que tu possèdes pour une enzyme donnée. Si il y a qu'un seul site de restriction--> 1 seul fragment, 2 sites --> 2 fragments et ainsi de suite. Pour t'aider à visualiser imagine un donut, que tu coupes à un seul et unique endroit (pas en deux donc), t'auras toujours après un seul gros donut. Maintenant si tu le coupes à deux endroits (en deux par exemple) et bien tu vas te retrouver avec 2 bouts de donut (et donc deux fragments) !

 

C'est plus clair?

[YOUSSPHENOÏDAL]

AHHHHHHHHH en fait je viens de comprendre que c’est BamH1 qu’on a utilisé comme enzyme de restriction je croyais qu’on utilisait Pst1 c’est pour ca que je comprenais pas trop comment on a pu faire passer l’insert dans le plasmide pAAV8. Maintenant je comprends mieux merci beaucoup c’est vrmt gentil!!!!!

 

[Mitose64]

Ouip c'est Bam qu'on utilise car c'est la seule enzyme à pouvoir extraire l'ADNc du premier plasmide (cela ne peux pas être les deux autres enzymes car elles ont qu'un seul site chacune et si on les combine entre elles il nous manquera un terminateur après)

 

Pas de soucis avec plaisir ! :))

Bonne soirée !

Edited January 13, 2024 by Mitose64

[sarahferiel]

hélicon @Mitose64 je n’ai pas compris d’où est venu le 1500 pdb « entre bamhI et pst1 «  peux tu m’expliquer s’il te plaît ?

[Mitose64]

il y a une heure, sarahferiel a dit :

hélicon @Mitose64 je n’ai pas compris d’où est venu le 1500 pdb « entre bamhI et pst1 «  peux tu m’expliquer s’il te plaît ?

Coucou,

Il me semble que j'ai fait 1630 (la position de pst1) - 130 (la position de bamhI) = 1500pb

 

Est ce que c'est bon pour toi où tu veux plus d'explication ?

[saraahykb]

non c'est bon merci beaucoup ;)

[Mitose64]

Il y a 3 heures, saraahykb a dit :

non c'est bon merci beaucoup ;)

Pas de soucis avec plaisir ! :)

 

Bonne fin de journée !