Plasmide

[C'estPASSimple]

Bonjour, je n'arrive pas à comprendre la correction du QCM 3 de l'UE11 de la session 1 2022/2023 (dsl je n'arrive pas a mettre la photo), comment on détermine les plasmide recombinant "orienté" ou "non orienté" avec HindIII ? 

[ElCassoulet]

@Aaronigashima @C'estPASSimple

Je ne sais pas jusqu'ou vous êtes allés en cours sur les notions d'enzymes de restrictions, mais cette affirmation est incorrecte ou du moins, imprécise.

L'utilisation d'enzymes de restriction est plus complexe que le constat d'enzymes différentes, je m'explique : 

 

Ce qui est toujours vrai en effet, c'est que le clivage médié par une enzyme unique va nécessairement générer des fragments qui vont pouvoir se réassembler.

Ce qui l'est beaucoup moins, c'est de dire que 2 enzymes différentes utilisées de part et d'autre d'un fragment que l'on veut libérer va générer un fragment qui sera nécessairement non-orienté. Il y a un certain nombre de contre-exemple et ça m'étonnerait beaucoup qu'on ne vous en parle pas (ou peut-être que vous ne l'avez simplement pas vu pour l'instant).

Ainsi il existe différentes situations au cours desquelles il sera possible d'obtenir des fragments non-orientés à partir de plusieurs enzymes utilisées.

 

Dans un premier temps, sachez qu'il existe plusieurs types d'activités enzymatiques au niveau de ces sites de restrictions.

On définit alors différentes activités, c'est à dire différentes manières de couper un fragment d'ADN, on retrouve alors : 

- des enzymes qui vont générer des bouts francs

- des enzymes qui vont générer des extrémité libre 5' ou 3'

 

Ces activités sont représentés sur le schéma suivant :

 

Pour bien comprendre pourquoi l'action de 2 enzymes différentes ne va pas nécessairement générer un fragment orienté, il faut comprendre ce qui fait qu'un fragment peut-être non-orienté.

Un fragment non-orienté est un fragment dont une extrémité coupée va pouvoir se réunir avec l'extrémité préalablement coupée, ou de structure similaire.

 

1er cas :

L'utilisation de 2 enzymes qui génèrent des extrémités à bout francs, à ce moment, on considère qu'il y a une possibilité de réassemblage de ces extrémités de manière non-orientée.

 

2ème cas : 

L'utilisation de 2 enzymes différentes, générant des extrémités compatibles est possible, il faut donc y faire attention (je ne sais pas si c'est un piège récurrent dans les QCM, je ne suis pas un tuteur du coin). 

À titre d'exemple, voici illustré le cas de 2 enzymes différentes qui génèrent des extrémités complémentaires : 

Les portions générées sont en effet complémentaires : CTAG libéré par BamH1 est complémentaire au GATC libéré par BglII.

C'est donc un cas d'utilisation d'enzymes différentes générant à la fin, un fragment non-orienté.

 

De manière contraire, on peut définir un fragment non-orienté comme possédant des extrémités dont les séquences simples brins ne sont pas complémentaires.

 

En bref, il ne faut pas se contenter de constater l'utilisation d'enzymes différentes lors d'une manipulation car ce sont bien les séquences d'adn qui nous intéressent et la possibilité (ou non) que ces extrémités soient complémentaires !

 

Bonne fin de soirée !

Edited January 10, 2024 by ElCassoulet

[Aaronigashima]

6 minutes ago, ElCassoulet said:

@Aaronigashima @C'estPASSimple

Je ne sais pas jusqu'ou vous êtes allés en cours sur les notions d'enzymes de restrictions, mais cette affirmation est incorrecte ou du moins, imprécise.

 

Ce qui est toujours vrai en effet, c'est que le clivage médié par une enzyme unique va nécessairement générer des fragments qui vont pouvoir se réassembler.

Ce qui l'est beaucoup moins, c'est de dire que 2 enzymes différentes utilisées de part et d'autre d'un fragment que l'on veut libérer va générer un fragment qui sera nécessairement non-orienté. Il y a un certain nombre de contre-exemple et ça m'étonnerait beaucoup qu'on ne vous en parle pas (ou peut-être que vous ne l'avez simplement pas vu pour l'instant).

Ainsi il existe différentes situations au cours desquelles il sera possible d'obtenir des fragments non-orientés à partir de plusieurs enzymes utilisées.

 

Dans un premier temps, sachez qu'il existe plusieurs types d'activités enzymatiques au niveau de ces sites de restrictions.

On définit alors différentes activités, c'est à dire différentes manières de couper un fragment d'ADN, on retrouve alors : 

- des enzymes qui vont générer des bouts francs

- des enzymes qui vont générer des extrémité libre 5' ou 3'

 

Ces activités sont représentés sur le schéma suivant :

 

Pour bien comprendre pourquoi l'action de 2 enzymes différentes ne va pas nécessairement générer un fragment orienté, il faut comprendre ce qui fait qu'un fragment peut-être non-orienté.

Un fragment non-orienté est un fragment dont une extrémité coupée va pouvoir se réunir avec l'extrémité préalablement coupée, ou de structure similaire.

 

1er cas :

L'utilisation de 2 enzymes qui génèrent des extrémités à bout francs, à ce moment, on considère qu'il y a une possibilité de réassemblage de ces extrémités de manière non-orientée.

 

2ème cas : 

L'utilisation de 2 enzymes différentes, générant des extrémités compatibles est possible, il faut donc y faire attention (je ne sais pas si c'est un piège récurrent dans les QCM, je ne suis pas un tuteur du coin). 

À titre d'exemple, voici illustré le cas de 2 enzymes différentes qui génèrent des extrémités complémentaires : 

Les portions générées sont en effet complémentaires : CTAG libéré par BamH1 est complémentaire au GATC libéré par BglII.

C'est donc un cas d'utilisation d'enzymes différentes générant à la fin, un fragment non-orienté.

 

De manière contraire, on peut définir un fragment non-orienté comme possédant des extrémités dont les séquences simples brins ne sont pas complémentaires.

 

En bref, il ne faut pas se contenter de constater l'utilisation d'enzymes différentes lors d'une manipulation car ce sont bien les séquences d'adn qui nous intéressent et la possibilité (ou non) que ces extrémités soient complémentaires !

Si je dis une connerie j'aimerai que des gens actuellement en PASS me le disent clairement mais je crois que Mme Couderc a très vite passé cette diapo en disant qu'elle ne nous interrogerait pas sur bout franc, etc... En tout cas la reponse que j'ai donnee etait celle qu'elle avait dit en cours puis nous a dit qu'on verrait le reste en TD. Il est effectivement possible que je me sois trompé (et meme sur si tu me le dis) mais j'ai fait avec le peu d'infos que la prof nous a donné en CM

(d'ailleurs je te remercie de nous avoir si bien explique la notion)

Edited January 10, 2024 by Aaronigashima

[ElCassoulet]

@Aaronigashima

Je l'entends, le programme de pass est lointain pour moi (sans même considérer les éventuels changements de programmes...); tant mieux pour vous si ça n'est pas à apprendre, je dois quand même avouer que je serais très dubitatif quand au fait qu'elle même vous autoriserait à dire de telles choses (ça m'a bien gratté le cerveau quand j'ai vu le message), surtout venant de cette chercheuse qui, je me rappelle bien, disait adorer faire joujou avec l'ADN.

 

Je refuse de croire qu'en cours, on vous ait explicitement dit que 2 enzymes différentes génèrent nécessairement un fragment orienté, ça serait aberrant...

M'enfin, le cours fait foi, pas moi.

[Gaétang]

il y a 2 minutes, ElCassoulet a dit :

@Aaronigashima

Je l'entends, le programme de pass est lointain pour moi (sans même considérer les éventuels changements de programmes...); tant mieux pour vous si ça n'est pas à apprendre, je dois quand même avouer que je serais très dubitatif quand au fait qu'elle même vous autoriserait à dire de telles choses (ça m'a bien gratté le cerveau quand j'ai vu le message), surtout venant de cette chercheuse qui, je me rappelle bien, disait adorer faire joujou avec l'ADN.

 

Je refuse de croire qu'en cours, on vous ait explicitement dit que 2 enzymes différentes génèrent nécessairement un fragment orienté, ça serait aberrant...

M'enfin, le cours fait foi, pas moi.

Perso je ne me rappelle pas qu'elle ait dit ça ( je peux me tromper ) 

[yrr]

20 minutes ago, Aaronigashima said:

Si je dis une connerie j'aimerai que des gens actuellement en PASS me le disent clairement mais je crois que Mme Couderc a très vite passé cette diapo en disant qu'elle ne nous interrogerait pas sur bout franc, etc... En tout cas la reponse que j'ai donnee etait celle qu'elle avait dit en cours puis nous a dit qu'on verrait le reste en TD. Il est effectivement possible que je me sois trompé (et meme sur si tu me le dis) mais j'ai fait avec le peu d'infos que la prof nous a donné en CM

(d'ailleurs je te remercie de nous avoir si bien explique la notion)

effectivement, elle est passé très vite sur cette diapositive mais elle avait dit je pense qu'on allait revoir cette notion en TD avec des exemples concrets

[Aaronigashima]

17 minutes ago, ElCassoulet said:

@Aaronigashima

Je l'entends, le programme de pass est lointain pour moi (sans même considérer les éventuels changements de programmes...); tant mieux pour vous si ça n'est pas à apprendre, je dois quand même avouer que je serais très dubitatif quand au fait qu'elle même vous autoriserait à dire de telles choses (ça m'a bien gratté le cerveau quand j'ai vu le message), surtout venant de cette chercheuse qui, je me rappelle bien, disait adorer faire joujou avec l'ADN.

 

Je refuse de croire qu'en cours, on vous ait explicitement dit que 2 enzymes différentes génèrent nécessairement un fragment orienté, ça serait aberrant...

M'enfin, le cours fait foi, pas moi.

elle n'a peut etre pas dit "necessairement" ou explicitement mais en tout cas c'est ce que j'ai comprit de son cours (et je pense pas etre le seul). Toutes facons on appronfondira en TD a mon avis. elle n'a pas vrm parle des fragments orientes elle nous a plutot parle des non orientes en realite

[ElCassoulet]

Je comprends mieux déjà, dans ce cas ces notions seront revues en td apparemment donc pour le coup je ne t'invite vraiment pas à retenir ça @Aaronigashima car ça te jouera des tours (des mauvais) sur les qcms, si vous ne vous êtes pas penchez sur le sujet de manière détaillée pour l'instant, je te conseille fortement de retenir qu'il y a des cas particuliers à ne surtout pas négliger dans ta réflexion. 

Edited January 10, 2024 by ElCassoulet

[Aaronigashima]

49 minutes ago, ElCassoulet said:

Je comprends mieux déjà, dans ce cas ces notions seront revues en td apparemment donc pour le coup je ne t'invite vraiment pas à retenir ça @Aaronigashima car ça te jouera des tours (des mauvais) sur les qcms, si vous ne vous êtes pas penchez sur le sujet de manière détaillée pour l'instant, je te conseille fortement de retenir qu'il y a des cas particuliers à ne surtout pas négliger dans ta réflexion. 

Okok merci bcp, je compte bien retenir les cas particuliers et apprendre (seulement) ce qu'il faut et ce qu'on nous expliquera en TD

[Lulu_le_Fou]

saluutttt  @Aaronigashima @C'estPASSimpleet tout le monde enfaite

 

ouais ouais je suis vraiment d'accord avec @ElCassoulet (merci bg et je vais prendre ta réponse dans le référencement d'ailleurs elle est nickel) 

 

après ça reste rare comme cas, mais on vous précisera bien en QCM

 

Mais oui pour savoir si c'est orienté ou pas, il faut vraiment étudier le type de coupure (à bout franc ou sortant) 

 

Bon courage 

 

 

[em.]

Il y a 14 heures, ElCassoulet a dit :

@Aaronigashima

Je l'entends, le programme de pass est lointain pour moi (sans même considérer les éventuels changements de programmes...); tant mieux pour vous si ça n'est pas à apprendre, je dois quand même avouer que je serais très dubitatif quand au fait qu'elle même vous autoriserait à dire de telles choses (ça m'a bien gratté le cerveau quand j'ai vu le message), surtout venant de cette chercheuse qui, je me rappelle bien, disait adorer faire joujou avec l'ADN.

 

Je refuse de croire qu'en cours, on vous ait explicitement dit que 2 enzymes différentes génèrent nécessairement un fragment orienté, ça serait aberrant...

M'enfin, le cours fait foi, pas moi.

salut ! alors je l’avais pas entendu au premier cours mais là elle vient de le dire en visio…

[Gaétang]

Il y a 14 heures, ElCassoulet a dit :

@Aaronigashima

Je l'entends, le programme de pass est lointain pour moi (sans même considérer les éventuels changements de programmes...); tant mieux pour vous si ça n'est pas à apprendre, je dois quand même avouer que je serais très dubitatif quand au fait qu'elle même vous autoriserait à dire de telles choses (ça m'a bien gratté le cerveau quand j'ai vu le message), surtout venant de cette chercheuse qui, je me rappelle bien, disait adorer faire joujou avec l'ADN.

 

Je refuse de croire qu'en cours, on vous ait explicitement dit que 2 enzymes différentes génèrent nécessairement un fragment orienté, ça serait aberrant...

M'enfin, le cours fait foi, pas moi.

Méa culpa, elle vient de dire ça en répondant à une question

[Aaronigashima]

13 hours ago, ElCassoulet said:

Je comprends mieux déjà, dans ce cas ces notions seront revues en td apparemment donc pour le coup je ne t'invite vraiment pas à retenir ça @Aaronigashima car ça te jouera des tours (des mauvais) sur les qcms, si vous ne vous êtes pas penchez sur le sujet de manière détaillée pour l'instant, je te conseille fortement de retenir qu'il y a des cas particuliers à ne surtout pas négliger dans ta réflexion. 

On a eu la prof ce matin elle vient de redire "si vous avez 2 enzymes differentes les brins sont orientes, si ce sont les memes c'est non oriente" les gens du matin svp dites moi que je suis pas fou

[ElCassoulet]

@Aaronigashima @Gaétang @em.

Ok ok, ils ont du retoucher le programme dans ce cas.

Tant mieux pour vous, ça fera toujours des pièges en moins (ça n'en reste pas moins surprenant pour moi).

 

Bonne chance pour la suite dans ce cas !

 

Révélation

Damn, 3 notifications d'un coup, je vais faire une attaque !

 

Edited January 11, 2024 by ElCassoulet

[Lulu_le_Fou]

super super tout ça merci de nous tenir au courant, comme ça on évitera le hors programme

 

La tutobise