activité exonucléasique et de proof reading de l'ADN polymérase Beta

[rosembcéphale]

hey

petite question concernant l'ADN polymérase Beta : d'après le cours elle une activité exonucléasique 5'- 3' , a la capacité d'éliminer les amorces, de synthétiser le brin d'ADN complémentaire et a une activité proof reading.

 

Du coup, je me demandais si sa capacité de proof reading se faisait bien en 3' - 5' ou non ? La lecture de l'ADN se faisant toujours de 3' en 5' je pense que c'est bien ça, mais le fait qu'elle ait une activité exonucléasique 5'-3' me "perturbe".

C'est une grosse zone d'ombre pour moi donc si quelqu'un peut me confirmer (ou non) ça et m'expliquer davantage je suis preneuse :) 

Edited November 24, 2023 by rosembcéphale

[Denzel]

Salut !

 

L'activité exonucléasique 5'-3' permet comme tu l'as dit d'éliminer les amorces d'ARN tandis que l'activité exonucléasique 3'-5' permet de corriger les erreurs (en revenant en arrière sur l'ADN). 

 

À confirmer par un tuteur/RM.

 

Bonne journée !

[Thomas.chem]

Salut, je te répond au plus vite !!!

[Thomas.chem]

Du coup: 

On reprend la réplication.

Après que les fragments d'ARN ont été prolongé par de l'ADN (ADN pol III chez les procaryotes et ADN pol ε (brin continu) δ (brin discontinu) chez les eucaryotes), ces fragments vont être éliminés.

ATTENTION, c'est la RNase H (eucaryote) et l'ADN pol I (procaryote) qui vont faire cela. Ils ont une activité 5'->3' exonucléasique.

donc pour schématiser tes enzymes vont se mettre derrière les flèches vertes (amorces d'ARN) et vont les grignoter de 5' vers 3'  (avec le bout de pa flèche représentant le 3')

 

Ensuite les brèches laissées  sont comblées par de l’ADN grace à des ADN polymérases. ADN pol I (chez les Procaryote) et ADN pol β (chez les Eucaryotes). Ces polymérases ont donc une activité polymérase 5’->3’ pour synthétiser cette ADN et en plus elles ont une activité 3’ ->5’ exonucléase de proof reading. Le proof reading, c'est le fait que l'enzyme va relire le brin d'ADN qu'elle vient de synthétiser mais dans le "sens inverse" soit de 3' vers 5'. Cela lui permet de voir si elle a fait des erreurs dans sa synthèse d'ADN et de pouvoir les corriger avec l'activité exonucléasique. 

donc pour schématiser ton enzyme va se mettre sur le bout de la flèche violette (ADN synthétisé précédemment) et va synthétiser de l'ADN de 5' vers 3' (rejoignant le bout de la flèche violette qui suit) tout en ayant son activité de proof reading (3'->5').

 

Relis ça au calme pour voir tes incompréhensions / où tu faisais des erreurs et reviens poser des questions si tu n'as toujours pas capté le truc. Mais perso je trouve la réplication comme quelque chose de super visuelle. Il faut essayer de faire cette effort pour comprendre au mieux ! Bon courage et j'espère avoir été clair !!!

Ps:

pour reprendre la polymérase β et la polymérase I (procaryote) ont trois activités:

5’->3’ exonucléase (élimination des fragments d'ARN) ; polymérase 5’->3’ (synthèse de l'ADN) et 3’ ->5’ exonucléase (proof reading)

[rosembcéphale]

il y a 9 minutes, Thomas.chem a dit :

Du coup: 

On reprend la réplication.

Après que les fragments d'ARN ont été prolongé par de l'ADN (ADN pol III chez les procaryotes et ADN pol ε (brin continu) δ (brin discontinu) chez les eucaryotes), ces fragments vont être éliminés.

ATTENTION, c'est la RNase H (eucaryote) et l'ADN pol I (procaryote) qui vont faire cela. Ils ont une activité 5'->3' exonucléasique.

donc pour schématiser tes enzymes vont se mettre derrière les flèches vertes (amorces d'ARN) et vont les grignoter de 5' vers 3'  (avec le bout de pa flèche représentant le 3')

 

Ensuite les brèches laissées  sont comblées par de l’ADN grace à des ADN polymérases. ADN pol I (chez les Procaryote) et ADN pol β (chez les Eucaryotes). Ces polymérases ont donc une activité polymérase 5’->3’ pour synthétiser cette ADN et en plus elles ont une activité 3’ ->5’ exonucléase de proof reading. Le proof reading, c'est le fait que l'enzyme va relire le brin d'ADN qu'elle vient de synthétiser mais dans le "sens inverse" soit de 3' vers 5'. Cela lui permet de voir si elle a fait des erreurs dans sa synthèse d'ADN et de pouvoir les corriger avec l'activité exonucléasique. 

donc pour schématiser ton enzyme va se mettre sur le bout de la flèche violette (ADN synthétisé précédemment) et va synthétiser de l'ADN de 5' vers 3' (rejoignant le bout de la flèche violette qui suit) tout en ayant son activité de proof reading (3'->5').

 

Relis ça au calme pour voir tes incompréhensions / où tu faisais des erreurs et reviens poser des questions si tu n'as toujours pas capté le truc. Mais perso je trouve la réplication comme quelque chose de super visuelle. Il faut essayer de faire cette effort pour comprendre au mieux ! Bon courage et j'espère avoir été clair !!!

Ps:

pour reprendre la polymérase β (eucaryote) a deux activités:

polymérase 5’->3’ (synthèse de l'ADN) et 3’ ->5’ exonucléase (proof reading)

Quant à la polymérase I (procaryote), elle a trois activités:

5’->3’ exonucléase (élimination des fragments d'ARN) ; polymérase 5’->3’ (synthèse de l'ADN) et 3’ ->5’ exonucléase (proof reading)

 

Merci beaucoup pour l'explication détaillée, c'est bien plus clair comme ça ! En plus je me suis rendue compte que je ne faisais pas la distinction entre activité exonucléasique et polymérasique... 

 

dernière question pour être bien sûre : polymérasique = ribonucléasique ? 

peut-être que la question est bête mais bon je préfère m'assurer que c'est le cas :) 

[Thomas.chem]

Alors, non attention.

la pour comprendre le terme de ribonucléasique, faut décomposer le mot. 

En gros Ribo pour ribose donc, si on a un ribose, on parle d'ARN.

Ensuite nucléasique pour nucléase. Une nucléase est un enzyme qui va couper soit ton ADN soit ton ARN.

Hop, on fait le lien entre les deux: Ribonucléase, enzyme qui va couper l'ARN. 

On utilise ce terme dans le cours pour qualifier l'acitivité exonucléase 5’->3’ de la Rnase H (eucaryote) et de l'ADN pol I (procaryote). Activité qui consiste bien à couper nos fragments d'ARN. 

J'espère avoir été clair et toujours là si tu as encore besoin de précisions !

Révélation

ça t'inquiète pas si tu avais confondu, j'ai regardé dans le cours de Mme Couderc, le terme n'est cité que une fois. Mais maintenant au moins tu sais !

 

Edited November 24, 2023 by Thomas.chem

[rosembcéphale]

D'accord merci !

[Pikatchoum]

Le 24/11/2023 à 18:50, Thomas.chem a dit :

Du coup: 

On reprend la réplication.

Après que les fragments d'ARN ont été prolongé par de l'ADN (ADN pol III chez les procaryotes et ADN pol ε (brin continu) δ (brin discontinu) chez les eucaryotes), ces fragments vont être éliminés.

ATTENTION, c'est la RNase H (eucaryote) et l'ADN pol I (procaryote) qui vont faire cela. Ils ont une activité 5'->3' exonucléasique.

donc pour schématiser tes enzymes vont se mettre derrière les flèches vertes (amorces d'ARN) et vont les grignoter de 5' vers 3'  (avec le bout de pa flèche représentant le 3')

 

Ensuite les brèches laissées  sont comblées par de l’ADN grace à des ADN polymérases. ADN pol I (chez les Procaryote) et ADN pol β (chez les Eucaryotes). Ces polymérases ont donc une activité polymérase 5’->3’ pour synthétiser cette ADN et en plus elles ont une activité 3’ ->5’ exonucléase de proof reading. Le proof reading, c'est le fait que l'enzyme va relire le brin d'ADN qu'elle vient de synthétiser mais dans le "sens inverse" soit de 3' vers 5'. Cela lui permet de voir si elle a fait des erreurs dans sa synthèse d'ADN et de pouvoir les corriger avec l'activité exonucléasique. 

donc pour schématiser ton enzyme va se mettre sur le bout de la flèche violette (ADN synthétisé précédemment) et va synthétiser de l'ADN de 5' vers 3' (rejoignant le bout de la flèche violette qui suit) tout en ayant son activité de proof reading (3'->5').

 

Relis ça au calme pour voir tes incompréhensions / où tu faisais des erreurs et reviens poser des questions si tu n'as toujours pas capté le truc. Mais perso je trouve la réplication comme quelque chose de super visuelle. Il faut essayer de faire cette effort pour comprendre au mieux ! Bon courage et j'espère avoir été clair !!!

Ps:

pour reprendre la polymérase β (eucaryote) a deux activités:

polymérase 5’->3’ (synthèse de l'ADN) et 3’ ->5’ exonucléase (proof reading)

Quant à la polymérase I (procaryote), elle a trois activités:

5’->3’ exonucléase (élimination des fragments d'ARN) ; polymérase 5’->3’ (synthèse de l'ADN) et 3’ ->5’ exonucléase (proof reading)

Bien le bonjour !

1 ans plus tard je reviens car je suis un peu confus entre le diaporama qui encore cette année semble annoncer encore plus explicitement que l'ADN polymerase beta a une activité 5' -> 3' exonuclease pour l'élimination des amorces, et ta réponse qui affirme le contraire. Je préfère donc demander une nouvelle confirmation histoire de ne pas me retrouver bien bête le jour du concours. 

Merci d'avance !

[POMME]

il y a 29 minutes, simonbtmy a dit :

Bien le bonjour !

1 ans plus tard je reviens car je suis un peu confus entre le diaporama qui encore cette année semble annoncer encore plus explicitement que l'ADN polymerase beta a une activité 5' -> 3' exonuclease pour l'élimination des amorces, et ta réponse qui affirme le contraire. Je préfère donc demander une nouvelle confirmation histoire de ne pas me retrouver bien bête le jour du concours. 

Merci d'avance !

Coucou, effectivement il y a une petite erreur dans la réponse du dessus. La polymérase bêta a trois type d’activité :

 

- activité 5’->3’ polymérase : permet de synthétiser le brin d’ADN

- activité 3’->5’ exonucléase : permet de revenir en arrière pour corriger les erreurs (proof-reading)

- activité 5’->3’ exonucléase : permet d’éliminer les petits morceaux d’amorces restant

 

J’espère que c’est un peu plus clair, n’hésite pas si tu as d’autres questions.

[Pikatchoum]

Il y a 8 heures, POMME a dit :

Coucou, effectivement il y a une petite erreur dans la réponse du dessus. La polymérase bêta a trois type d’activité :

 

- activité 5’->3’ polymérase : permet de synthétiser le brin d’ADN

- activité 3’->5’ exonucléase : permet de revenir en arrière pour corriger les erreurs (proof-reading)

- activité 5’->3’ exonucléase : permet d’éliminer les petits morceaux d’amorces restant

 

J’espère que c’est un peu plus clair, n’hésite pas si tu as d’autres questions.

Ca marche merci beaucoup !