QCM 2 item E biochimie colle 6 2021-22

[Naëlatence]

Salut, j’ai fait la colle de biochimie de 2021 et je ne comprends pas comme on calcule le pHi du dipeptide et pourquoi il y a marqué on classe par nombre de charge possible en fonction du pKa,

aussi je ne comprends pas bien pourquoi on écrit le peptide N-Asp—Lys-C, je sais que le Nterm correspond toujours au debut du eptide et le Cterm à la fin du peptide mais pourquoi pour lysine on prend le alpha caboxylique, pour moi il n’est pas alpha, enfin j’arrive pas a visualiser

 

QCM 2 – Vous étudiez le peptide suivant : Asp - Lys. Passionnés de biochimie, vous trouvez les valeurs suivantes des pK pour les différents groupes : α-aminé : 9,3 ; α-carboxylique : 2,1 ; ε-aminé : 10,5 ; γ- carboxylique : 4 :
E. Le pHi du dipeptide est entre 4,5 et 6,5.

 

E. N-Asp - Lys -C ; on regarde les pKa qui nous intéressent (ceux qui ne sont pas pris dans la liaison peptidique) soit : N-Asp → α-aminé : 9,3 et γ-carboxylique : 4, et pour Lys : α-carboxylique : 2,1 et ε-aminé : 10,5.
On classe par nombre de charge possible en fonction du pKa : -2 ; -1 ; 0 ; 1 ; 2. On regarde le pKa bordant la charge neutre (0) soit : 4 et 9,3. (4 + 9,3) / 2 = 6,65.

 

 

[Sérotonine]

Salut, déjà premièrement désolée du temps de réponse 

 

Pour répondre à tes questions, l'énoncé nous parle du dipeptide Asp-Lys, comme on note tjrs un peptide / protéine de N-term à C-term, tu sais qu'il ta été donné dans cet ordre. Pour rappel, la liaison peptique se fait entre la fonction acide du premier acide aminé et la fonction amine du deuxième, qui ne sont donc plus ionisables. Mais à chaque extrémité, tu garde le NH2 du premier AA et le COOH à la fin du deuxième. Voici maintenant quelques rappels sur les acides aminés avec la signification des groupes chimiques  : 

 

- on définit un acide aminé par la présence d'un groupe amine et d'un groupe carboxyle en α. Donc, Asp et Lys ont tous les deux une fonction  α-carboxylique et α-aminé. Mais, comme dit plus haut, la fonction α-aminé n'a maintenant un rôle que pour l'Asp, et la fonction α-carboxylique que pour la Lys.

 

- par contre, ce qui les différencie, c'est leur chaîne latérale. Tu sais que l'acide aspartique a une deuxième fonction acide situé sur le carbone γ, mais pas la lysine, donc le groupe  γ- carboxylique n'a une importance que pour l'Asp.

De la même façon, il n'y a que la lysine qui possède une deuxième fonction amine situé sur le Cε, le groupe ε -aminé ne doit être prit en compte que pour la Lys.

 

Le dipeptide possède donc 2 fonctions NH2 ionisables (celle en α-aminé du Asp et celle en ε-aminé de Lys), et 2 fonctions COOH ionisables (celle en α-carboxylique de Lys et celle en γ-carboxylique de Asp). Tu peux donc avoir 2 charges négatives, 1 seul négative, 0 si la molécule est neutre, 1 charge positive ou bien 2. 

 

Voici un tableau pour visualiser : 

 

Maintenant, on peut procéder aux calculs : 

Pour calculer le pHi, il te reste plus qu'à faire la moyenne des 2 pK qui encadre la forme zwitterion du dipeptide (= là où sa charge est nulle).

On a donc :  4 et 9,3 : (4 + 9,3) / 2 = 6,65.

 

C'est bon pour toi ?