structure des molécules non protéiques

[ifelski]

Bonjour, est-ce que les acides aminés qui interviennent dans la structure des molécules non protéiques sont de type "non protéinogène". J'avais compris ça lors du cours mais là je doute car pour moi les non protéinogène sont justement libre donc n'interviennent pas dans la structure. 

Merci d'avance

[Neruda]

Bonjour, les acides aminés non protéinogènes ne peuvent pas être incorporés dans la protéine lors de la traduction de l’ARNm par les ribosomes autrement dit ces acides aminés ne participent pas à la formation des protéines.

Ils vont alors remplir d’autres fonctions physiologiques au sein de la cellule comme intervenir dans le métabolisme, la synthèse des hormones,…

[mouchou]

Salut 

En effet pour moi un AA non protéinogène n’est pas traduit donc il ne peut pas être incorporé dans la composition d’une protéines. 

[ElCassoulet]

@ifelski

Un acide aminé protéinogène est défini comme un acide aminé ajouté aux protéines via la simple lecture de la séquence codante d'ARNm correspondante.

 

Cette définition laisse sous-entendre plusieurs rôles pour les acides aminés non-protéinogènes, d'une part on pourra les retrouver dans certaines voies métaboliques; cependant cette définition n'exclut aucunement que tu puisses retrouver des acides aminés non-protéinogènes dans une protéine mature, en effet on retrouve chez l'humain, des cas de modification post-traductionnelles sur la protéine. 

 

On pourrait citer par exemple l'acide carboxyglutamique, dérivé de l'acide glutamique auquel on a un rajout d'une fonction acide carboxylique. Ce n'est pas sans conséquence, cette modification permet à une protéine de la coagulation de rendre compte de son effet, sans quoi ça marche po.

On pourrait aussi parler de l'hydroxyproline, retrouvée de manière importante dans le collagène ou encore dans l'élastine.

Bref, ces exemples ne sont pas à connaître il me semble.

 

Pour revenir à ta question de base :

Il y a 1 heure, ifelski a dit :

est-ce que les acides aminés qui interviennent dans la structure des molécules non protéiques sont de type "non protéinogène"

de manière absolument pas vague et floue, je répondrais : ça dépend !

 

Je développe un peu, je pense que c'est un sujet qui mérite votre intérêt :

on retrouve des acides aminés non-protéinogènes dans des voies métaboliques comme dit plus haut (à titre illustratif : la citruline, l'acide argininosuccinique, l'ornithine, la taurine...) mais ça ne veut pas dire pour autant que les acides aminés que l'on qualifie de protéinogènes ne sont limitent qu'à ce rôle !

En effet, quand bien ils forment les protéines par lecture de l'ARNm, on retrouve aussi ces acides aminés comme précurseurs de bon nombre de médiateurs : 

La phénylalanine, exemple majeur, forme la DOPA (DihydrOxyPhénylAlanine), de laquelle dériveront la dopamine, noradrénaline et adrénaline.

Le tryptophane aussi, qui sera utilisé pour former la 5-Hydroxy-Tryptophane puis la 5-Hydroxytryptamine, qui n'est autre que la sérotonine !

 

D'une autre manière, certains acides aminés comme la lysine, la méthionine ou encore l'arginine sont des substrats pour la formation d'autre molécules qui ne seront pas des protéines chez l'humain et qui ont des fonctions majeures !!

 

La question est donc très vaste, extrêmement vaste; cette réponse que j'apporte est à mettre en perspective avec votre cours.

J'espère avoir été clair, en tout cas j'ai essayé mais je suis toujours dispo en cas de questions !

Edited October 18, 2023 by ElCassoulet

[ifelski]

3 hours ago, ElCassoulet said:

@ifelski

Un acide aminé protéinogène est défini comme un acide aminé ajouté aux protéines via la simple lecture de la séquence codante d'ARNm correspondante.

 

Cette définition laisse sous-entendre plusieurs rôles pour les acides aminés non-protéinogènes, d'une part on pourra les retrouver dans certaines voies métaboliques; cependant cette définition n'exclut aucunement que tu puisses retrouver des acides aminés non-protéinogènes dans une protéine mature, en effet on retrouve chez l'humain, des cas de modification post-traductionnelles sur la protéine. 

 

On pourrait citer par exemple l'acide carboxyglutamique, dérivé de l'acide glutamique auquel on a un rajout d'une fonction acide carboxylique. Ce n'est pas sans conséquence, cette modification permet à une protéine de la coagulation de rendre compte de son effet, sans quoi ça marche po.

On pourrait aussi parler de l'hydroxyproline, retrouvée de manière importante dans le collagène ou encore dans l'élastine.

Bref, ces exemples ne sont pas à connaître il me semble.

 

Pour revenir à ta question de base :

de manière absolument pas vague et floue, je répondrais : ça dépend !

 

Je développe un peu, je pense que c'est un sujet qui mérite votre intérêt :

on retrouve des acides aminés non-protéinogènes dans des voies métaboliques comme dit plus haut (à titre illustratif : la citruline, l'acide argininosuccinique, l'ornithine, la taurine...) mais ça ne veut pas dire pour autant que les acides aminés que l'on qualifie de protéinogènes ne sont limitent qu'à ce rôle !

En effet, quand bien ils forment les protéines par lecture de l'ARNm, on retrouve aussi ces acides aminés comme précurseurs de bon nombre de médiateurs : 

La phénylalanine, exemple majeur, forme la DOPA (DihydrOxyPhénylAlanine), de laquelle dériveront la dopamine, noradrénaline et adrénaline.

Le tryptophane aussi, qui sera utilisé pour former la 5-Hydroxy-Tryptophane puis la 5-Hydroxytryptamine, qui n'est autre que la sérotonine !

 

D'une autre manière, certains acides aminés comme la lysine, la méthionine ou encore l'arginine sont des substrats pour la formation d'autre molécules qui ne seront pas des protéines chez l'humain et qui ont des fonctions majeures !!

 

La question est donc très vaste, extrêmement vaste; cette réponse que j'apporte est à mettre en perspective avec votre cours.

J'espère avoir été clair, en tout cas j'ai essayé mais je suis toujours dispo en cas de questions !

Salut je pense avoir mieux compris donc cela revient à dire que certains acides aminés peuvent donner des protéines non protéinogènes lorsqu'ils sont sous forme de substrat ? Donc un acide aminé qui n'est "pas libre" et qui est impliquée dans une structure ne forme pas forcément une structure protéique ?

J'espère avoir bien compris merci en tout cas !

[ElCassoulet]

@ifelski

J'imagine tu fais référence à ça : 

Il y a 5 heures, ElCassoulet a dit :

D'une autre manière, certains acides aminés comme la lysine, la méthionine ou encore l'arginine sont des substrats pour la formation d'autre molécules qui ne seront pas des protéines chez l'humain et qui ont des fonctions majeures !!

Je ne précise pas les molécules en question parce que ça serait très superflu mais tu peux retenir que ces molécules n'ont plus rien à voir avec des protéines, on ne retrouve plus vraiment la structure des acides aminés, les acides aminés sont remodelées de fond en comble dans les cas auxquels je pense.

 

Pour ça : 

Il y a 2 heures, ifelski a dit :

Donc un acide aminé qui n'est "pas libre" et qui est impliquée dans une structure ne forme pas forcément une structure protéique ?

Un acide aminé protéinogène disponible ne formera pas nécessairement une protéine, il peut être utilisé en tant que substrat pour d'autres réactions.

[ifelski]

2 hours ago, ElCassoulet said:

@ifelski

J'imagine tu fais référence à ça : 

Je ne précise pas les molécules en question parce que ça serait très superflu mais tu peux retenir que ces molécules n'ont plus rien à voir avec des protéines, on ne retrouve plus vraiment la structure des acides aminés, les acides aminés sont remodelées de fond en comble dans les cas auxquels je pense.

 

Pour ça : 

Un acide aminé protéinogène disponible ne formera pas nécessairement une protéine, il peut être utilisé en tant que substrat pour d'autres réactions.

Ok je comprends mieux vraiment merci beaucoup ! 
Bonne soirée :)