Organisation du génome - types d'ADN eucaryotes

[emma-tie]

Bonjour, dans le cours sur l'organisation du génome - partie sur les différents ADN eucaryoyes :

 

Pour le premier type (photo 1), il y a distinctions deux 2 types de gènes codant des protéines : 

- gènes solitaires 

- gènes dupliqués et divergents (familles + pseudogènes)

 

Mais à la fin, dans le cours, les familles et pseudogènes sont mis dans "éléments solitaires" (photo 2) : ces éléments "solitaires" regroupent les deux types de gènes codants les protéines ? 

 

Mais AUSSI (désolé), plus tôt dans le cours (avec la sorte d'arbre sur le génome humain) , les pseudogènes sont dans la branche : séquences transcrites -> ADN non codant les protéines

 

Je suis en train de me perdre…

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

[PASStonchemin]

Salut !

Je vais commencer par reprendre les diapos pour tout mettre au clair !

Il y a des gènes ou nous n'avons qu'une seule copie sur chaque chromosomes ceux là sont les gènes solitaires elle t'a donné une liste en dessous.

 

Tu as ensuite les gènes dupliqué cette duplication s'est faite à partir d'un gène ancestral qui était solitaire puis il y a eu par exemple un Crossing over inégal qui a dupliqué ce gène ancestral. tu t'es donc retrouvé avec deux mêmes gènes sur un chromosome. Ces deux gènes ont évolué chacun de leur côté et ont chacun développé des mutations différentes au fil du temps. En dehors de ces mutations ils sont identiques, ils formeront donc des protéines qui se ressembleront beaucoup on appelle donc cela des familles de gènes.

Je te montre ici un schéma pour t'illustrer et bien comprendre comment ça se forme (le retient absolument pas c'est pour que ça soit plus clair pour toi.)

 

 

 

 

Maintenant les pseudogènes, ce sont des gènes qui sont silencieux, ils ont fonctionné un jour et ils ont été un gène solitaire mais maintenant il ne code plus pour une protéine il ne font plus rien (certains pourront refonctionner). Ils sont donc divergents 

 

Maintenant la prof a mis solitaire entre guillemet et elle précise en dessous que ce n'est pas vraiment solitaire et qu'il y a les familles donc j'imagine qu'elle a juste voulu simplifié son cours, et pour les pseudogènes ils sont comptés dans les éléments solitaire car ils ont été un gène solitaire codant un jour, mais ils ne le sont plus.

 

Voilà hésite pas à me dire si quelque chose n'est pas clair !

 

Edited October 10, 2023 by PASStonchemin

[emma-tie]

Si j'ai bien compris, à la base on a un gène solitaire (unique) :

- soit il le reste (cas de 25-50% des gènes)

- soit il dévient inactif (silencieux) -> ne codent plus de protéines = pseudogène

- soit il est dupliqué, voir muté ensuite -> création de familles

 

Et "divergent" c'est pour qualifier les gènes qui "divergent" du gène unique/solitaire du départ ? Et donc ce serait pour ça qu'elle les a mis dans le type d'ADN codant des protéines comme ils l'ont au moins été au début ?

Le terme "divergent" est utilisé que pour les pseudogènes ou on l'utilise aussi pour les familles ? @PASStonchemin 

 

Est-ce que cette phrase est juste du coup ? : "Éléments « solitaires » : Ne sont pas totalement solitaires puisqu’ils peuvent devenir (mutation/duplication) des « familles » de gènes majoritairement codant mais aussi des gènes non codant (ex : pseudogènes ou long ARNnc)" 

 

Un dernier truc (le dernier promis) : sur plusieurs des types d'ADN, on a la vitesse de réassociation lente/rapide… Je ne comprends pas à quoi cela fait référence :/

 

SI j'ai bien compris merci de m'avoir éclairé ^^

Edited October 10, 2023 by Ørchidée

[C_trist]

Alors en gros oui tu as compris sauf qu'enfait ici on parle de notre génome humain au global et pas que d'un seul gène donc en gros sur tout nos gènes codants des protéines (pseudogènes+famille+solitaires) on a 25% à 50% qui sont des gènes solitaires et les autres sont soit compris dans une famille de gènes ou sont des pseudogènes

 

il y a une heure, Ørchidée a dit :

divergent" c'est pour qualifier les gènes qui "divergent" du gène unique/solitaire du départ

Exactement il diverge du mode classique d'un gène codant une protéine en n'en codant pas.

 

il y a une heure, Ørchidée a dit :

Le terme "divergent" est utilisé que pour les pseudogènes ou on l'utilise aussi pour les familles

Alors ça pour le coup je n'ai pas la réponse. Logiquement j'ai envie de te dire non car les familles sont un groupe de gènes se ressemblant énormément formant une famille ils ont donc un fonctionnement totalement normal.

Alors qu'un gène divergent pour moi c'est quelque chose qui diverge de sa fonction initiale qui est de transcrire un ARNm.

 

Après honnêtement si ça peu te rassurer je pense pas qu'elle n'ira pas t'embêter sur ce mini détail.

 

Dans ces diapos retient surtout que tu as trois types de gènes qui peuvent ou ont pu transcrire l'ADN en ARNm. 

Les gènes solitaires.

Les familles de gènes.

Et les pseudogènes.

 

Aussi je fini par ça parce que j'ai pas été hyper clair dessus tout à l'heure mais ce sont des éléments "solitaires" car ils ne sont présents qu'en un seul exemplaire sur nos chromosomes (un sur chaque chrs homologue si l'allèle est le même si tu veux pinailler mais c'est un détail oublie) ou plusieurs pour les familles.

Alors que les autres éléments sont répétés "moyennement" ou "très"

 

Voilà j'espère ne pas t'avoir perdu avec ces explications supplémentaires parce qu'en vrai je veux pas que tu retiennes des choses partiellement vrai.

Hésite pas si tu as d'autres question en génome ou si ya quelques chose qui te gène dans ce que je viens de dire.

(Je me suis trompé de compte mais c'est toujours passtonchemin qui te parle mdr)

Edited October 10, 2023 by C_trist

[C_trist]

Je continue du coup j'avais pas vu la suite, alors justement je viens de te répondre sans le vouloir mais du coup il faut séparer la notion d'élément solitaire et d'un gène solitaire.

Un "élément solitaire" correspond à un gène qui n’est présent qu’en un seul  exemplaire dans ton génome, cela comprends les familles de gène même si il y en a plusieurs exemplaires du même gènes (qui sont différents au niveau des mutations), les gènes solitaires qui correspond à ton gène au fonctionnement normal en un seul exemplaire (donc solitaire), et les pseudogènes qui sont d'anciens gènes solitaires mais qui se sont désactivé au cours de ta vie.

 

Enfait je me suis trompé sur mon explication tout à l’heure je suis désolé 

Il y a 5 heures, PASStonchemin a dit :

 

Maintenant la prof a mis solitaire entre guillemet et elle précise en dessous que ce n'est pas vraiment solitaire et qu'il y a les familles donc j'imagine qu'elle a juste voulu simplifié son cours, et pour les pseudogènes ils sont comptés dans les éléments solitaire car ils ont été un gène solitaire codant un jour, mais ils ne le sont plus

Cette partie est fausse oublie la je me suis emmeler les pinceaux avec les gènes solitaires. Retient qu’un élément solitaire est une séquence nucléotidique (gène) qui n’est pas répété (présent en un seul exemplaire dans ton génome).

 

Il y a 1 heure, Ørchidée a dit :

Éléments « solitaires » : Ne sont pas totalement solitaires puisqu’ils peuvent devenir (mutation/duplication) des « familles » de gènes majoritairement codant mais aussi des gènes non codant (ex : pseudogènes ou long ARNnc)" 

 

Alors oui les éléments solitaires ne sont pas totalement solitaire, mais on peut les considéré comme tel car 2 répétitions d’une même séquence sur un génome entier c’est hyper hyper peu.

Et franchement je te le redis mais vraiment considère les comme tel ça va t’embrouiller pour rien et la prof t’embêtera pas sur ça.

Il y a 1 heure, Ørchidée a dit :

Un dernier truc (le dernier promis) : sur plusieurs des types d'ADN, on a la vitesse de réassociation lente/rapide… Je ne comprends pas à quoi cela fait référence

Alors la comme ça j’en ai aucune idée tu as une image du cours que je puisse voir et essayer de t’expliquer ?

 

Ps : en me relisant j'ai peur que ça soit incompréhensible et qu'il y ait trop d'informations dit moi si tu veux que je te fasse une synthèse globale et claire de tout ce que je t'ai dit parce que ya beaucoup de mots là...

Edited October 10, 2023 by C_trist

[emma-tie]

@PASStonchemin @C_trist,

Il y a 12 heures, C_trist a dit :

Alors la comme ça j’en ai aucune idée tu as une image du cours que je puisse voir et essayer de t’expliquer ?

Sur la première diapo que j'ai mise au début c'est marqué juste en dessous du "titre" (je l'ai remise juste après ce message : c'est en rouge en haut)

 

Et je veux bien une synthèse pour bien savoir ce qui est juste au cas ou s’il te plait :) Mais je crois avoir compris sinon

Merci ^^

Edited October 11, 2023 by Ørchidée

[emma-tie]

Il y a 19 heures, Ørchidée a dit :

 

Dans la diapo les gènes solitaires sont séparés des familles/pseudogènes , mais ils sont tous dans le type 1 d'ADN. 

 

Mais les éléments "solitaires" (≠gènes solitaires) regroupent les trois  gènes du type 1 d'ADN -> guillemets car les familles ne sont pas en un unique exemplaire mais quelques uns, ce qui est très peu comparé aux autres éléments (moyennement, très répétés) d'où le fait qu'on garde le nom solitaire ? 

[C_trist]

il y a une heure, Ørchidée a dit :

Et je veux bien une synthèse pour bien savoir ce qui est juste au cas ou s’il te plait :) Mais je crois avoir compris sinon

Merci ^^

Ok alors c'est partie 

Dans ton génome humain tu n’as qu’une très faible partie des séquences nucléotidiques qui sont transcrite en ARNm (qui formera une protéine) c’est ton ADN de type 1.

Ces gènes codant des protéines sont considéré comme des éléments solitaires car ils ne sont répétés qu’une fois dans tout ton génome humain.

 

Maintenant tu peux classer ces gènes en trois sous partie. 

 

Les gènes solitaires qui sont les gènes avec un fonctionnement simple basique.

 

Les familles de gènes qui proviennent de la duplication d’un gène ancestral, en deux gènes similaire mais qui ont évolués différemment au fil des générations en développant des mutations chacun de leur côtés. Ils sont donc fortement similaire et les protéines créés à partir des ces gènes auront la même base

 

Et enfin les pseudogènes qui sont d’anciens gènes solitaires mais qui au cours de ta vie ils sont devenu silencieux (tu verras certains de ces mécanismes plus tard au second semestre).

 

Voila pour la synthèse.

 

il y a 48 minutes, Ørchidée a dit :

les éléments "solitaires" (≠gènes solitaires) regroupent les trois  gènes du type 1 d'ADN -> guillemets car les familles ne sont pas en un unique exemplaire mais quelques uns, ce qui est très peu comparé aux autres éléments (moyennement, très répétés) d'où le fait qu'on garde le nom solitaire ?

Oui mais les gènes d’une famille ne sont pas répété en totalité car oublie pas qu’il ont eu des mutations différentes au fil des générations donc ils sont donc répétés mais avec une légère différence ce qui fait qu’ils sont solitaires. 

La si tu veux on joue vraiment sur les mots donc je pense que c’est qu’un mini détail pas besoin de trop t’embêter ce que ta dit est très bien je pense que t’a super bien compris.

 

Et pour la réassociation j'ai trouvé ça sur le forum qui date de 2014 je pense que ça peut t'aider

 

voilà normalement c'est bon bonne chance pour les cours de génome !

Edited October 11, 2023 by C_trist

[emma-tie]

@C_trist tout est ok ! merci beaucoup d'avoir pris le temps de bien m'expliquer :)