PCR et hybridation

[PASS_muraille]

saluuut, je suis pas sure d’avoir bien compris l’hybridation donc j’ai utilisé ce QCM et sa correction pour essayer de voir comment ça marche (la B est vraie): 

 

QCM 17. Un médecin suspecte une pathologie génétique acquise. Le gène P O P du patient
aurait subi une mutation ponctuelle qui n'aurait pas été réparée. Afin de séquencer ce gène, le biologiste réalise une expérience de PCR pour amplifier le gène POP. La séquence à amplifier est la suivante (seul le brin codant est représenté) :

5'CTCTAAGTTGCATGCTGATAAGTCTAC_//-GTACTGTAGACGCAGGGITGCATAGCGCG3'

Les biologistes peuvent utiliser les couples d'amorces suivants : donnez le caractère vrai ou faux de chacune des propositions suivantes :
A. 5' TTGCATGCTGATAAGTCTA 3' et 5' GTACTGTAGACGCAGGGTT3 '
B. 5' GCATGCTGATAAGTCTAC 3' et 5' AACCCTGCGTCTACAGTA 3'
C. 5' CTCTAAGTTGCATGCTGA 3' et 5'CAGGGTTGCATAGCGCG 3'
 

En gros pour trouver la réponse il faut 

1) faire le brin complémentaire

2) voir si les séquences correspondent au brin complémentaire ou au brin qu’on avait au début

3) faire en sorte que ce soit dans le bon sens 5’-3’ (?? Pas sure de comprendre ça, surtout pour la 2ème amorce)

4) si les deux amorces appartiennent l’une comme l’autre au brin du haut, alors ça marche pas ?

 

toute explication m’aiderait énormément, j’arrive pas a savoir si je suis sur la bonne voie ou complètement a coté de la plaque, merciiii :DDD

[natacha]

Salut,

Pour les étapes 1 et 2 tu as raison. 

Pour le 3ème étape il faut que tu regarde le brin si c'est 5'-3' alors tu complète par 3'-5' et l'inverse est vrai aussi. De plus il faut faire attention que les le sens des brins soit différent(je ne sais pas comment bien formuler ). Pour le brin gauche il faut que l'amorce par laquelle tu complètes va en direction de gauche et pour le brin droite - en direction de droite ( j'espère que c'est claire un peu) et pas les 2 en même sens.

Puis il faut que tu prends en compte aussi qu'en PCR il y aura un décalage d'un nucléotide pour chaque brin.

Si tu as par exemple TGGAC tu peux compléter par ACCT car il y a un décalage.

J'espère que j'ai pas dit des bêtises (et si c'est le cas corrigez-moi ) et que c'est un peu claire pour toi.

Edited October 3, 2023 by natacha

[PASS_muraille]

@natacha et @Jurimi ok j’ai un peu mieux compris merci beaucoup a tous les deux !

mais il y a un truc qui reste flou : est-ce qu’on regarde si l’amorce correspond uniquement au brin complémentaire ou au brin de base aussi ? Vous m’avez donné deux réponses différentes et y’a un autre sujet où j’ai vu que les gens se contredisaient aussi donc j’ai l’impression que c’est très clair pour personne ! 

En tout cas ce QCM vient du concours de l’année dernière et la B est notée vraie dans la correction, donc en partant de ça, il faut considérer qu’on regarde sur nos 2 brins ?

 

Et @Jurimi (ou quelqu’un d’autre ) est-ce que tu pourrais me ré expliquer ton exemple avec l’orientation ? Je comprends pas pourquoi dans le cas de la 2ème amorce elle n’est pas anti-parallèle, justement elle va dans l’autre sens non ? Je saisis pas tout 

[Marouabaïne]

Il y a 2 heures, PASS_muraille a dit :

saluuut, je suis pas sure d’avoir bien compris l’hybridation donc j’ai utilisé ce QCM et sa correction pour essayer de voir comment ça marche (la B est vraie): 

 

QCM 17. Un médecin suspecte une pathologie génétique acquise. Le gène P O P du patient
aurait subi une mutation ponctuelle qui n'aurait pas été réparée. Afin de séquencer ce gène, le biologiste réalise une expérience de PCR pour amplifier le gène POP. La séquence à amplifier est la suivante (seul le brin codant est représenté) :

5'CTCTAAGTTGCATGCTGATAAGTCTAC_//-GTACTGTAGACGCAGGGITGCATAGCGCG3'

Les biologistes peuvent utiliser les couples d'amorces suivants : donnez le caractère vrai ou faux de chacune des propositions suivantes :
A. 5' TTGCATGCTGATAAGTCTA 3' et 5' GTACTGTAGACGCAGGGTT3 '
B. 5' GCATGCTGATAAGTCTAC 3' et 5' AACCCTGCGTCTACAGTA 3'
C. 5' CTCTAAGTTGCATGCTGA 3' et 5'CAGGGTTGCATAGCGCG 3'
 

En gros pour trouver la réponse il faut 

1) faire le brin complémentaire

2) voir si les séquences correspondent au brin complémentaire ou au brin qu’on avait au début

3) faire en sorte que ce soit dans le bon sens 5’-3’ (?? Pas sure de comprendre ça, surtout pour la 2ème amorce)

4) si les deux amorces appartiennent l’une comme l’autre au brin du haut, alors ça marche pas ?

 

toute explication m’aiderait énormément, j’arrive pas a savoir si je suis sur la bonne voie ou complètement a coté de la plaque, merciiii :DDD

 

Coucou , 

 

Je vais essayer de t’expliquer en étant clair et en utilisant ton exemple , donc ton raisonnement est bon , 

la pour ce qui est l’orientation des amorces , pour ta première partie d’amorce tu vois bien 

que ca correspond bien a la partie première partie de sequence de notre brin codant  ;  

 

5'CTCTAAGTTGCATGCTGATAAGTCTAC_//-GTACTGTAGACGCAGGGITGCATAGCGCG3'

 

 

Amorce 1 : donc tu vois c’est la même jusqu’à la c’est bon (GCATGCTGATAAGTCTAC)

 

Amorce 2 : on voit que la ton amorce qu’on a donné est dans la direction 5’3’ or nous il nous faut une qui va dans le sens 3’ 5’ ; 

afin de proceder dans un premier temps on va commencer par faire le complémentaire  de GTACTGTAGACGCAGGGITGCATAGCGCG , 

donc : 

                                        GTACTGTAGACGCAGGGTTGCATAGCGCG

ce qui va nous donner  CATGACATCTGCGTCCCAACGTATCGCGC

 

Amorce 2 donné dans l’item B : AACCCTGCGTCTACAGTA 

 

Donc la étape super importante tu lis de DROITE VERS LA GAUCHE et tu remarque que la partie que je t’ai mis en vert correspond parfaitement a l’amorce 2 donné dans l’item B . 

 

Donc l’item B est bien VRAI , 

 

Voilà tout j’espère avoir été clair , si c’est pas le cas hésite pas

 

 

 

il y a 41 minutes, PASS_muraille a dit :

@natacha et @Jurimi ok j’ai un peu mieux compris merci beaucoup a tous les deux !

mais il y a un truc qui reste flou : est-ce qu’on regarde si l’amorce correspond uniquement au brin complémentaire ou au brin de base aussi ? Vous m’avez donné deux réponses différentes et y’a un autre sujet où j’ai vu que les gens se contredisaient aussi donc j’ai l’impression que c’est très clair pour personne ! 

En tout cas ce QCM vient du concours de l’année dernière et la B est notée vraie dans la correction, donc en partant de ça, il faut considérer qu’on regarde sur nos 2 brins ?

 

Et @Jurimi (ou quelqu’un d’autre ) est-ce que tu pourrais me ré expliquer ton exemple avec l’orientation ? Je comprends pas pourquoi dans le cas de la 2ème amorce elle n’est pas anti-parallèle, justement elle va dans l’autre sens non ? Je saisis pas tout 

Regarde ce que je viens d’expliquer au dessus normalement ça devrait être un peu plus clair pour toi :) 

[PASS_muraille]

Ok merci beaucoup c’est hyper clair !!!

[Yeageriste]

Le 03/10/2023 à 14:24, Marouabaïne a dit :

 

 

                                        GTACTGTAGACGCAGGGTTGCATAGCGCG

ce qui va nous donner  CATGACATCTGCGTCCCAACGTATCGCGC

 

Amorce 2 donné dans l’item B : AACCCTGCGTCTACAGTA 

 

Donc la étape super importante tu lis de DROITE VERS LA GAUCHE et tu remarque que la partie que je t’ai mis en vert correspond parfaitement a l’amorce 2 donné dans l’item B . 

 

Donc l’item B est bien VRAI , 

 

 

Bonsoir, @Marouabaïne, du coup étant donnée que l'amorce 2 du B est vraie, cela veut alors dire que l'amorce 1 peut alors être considérée comme vraie aussi, ou on s'en fou un peu ? Et aussi, pour chacun des brins c'est toujours de la droite vers la gauche ? En faite j'ai compris à peu près c'est juste deux trois trucs qui restent encore flou notamment le sens de l'hybridation je m'embrouille beaucoup , tu peux m'aider s'il-te-plaît?

[Marouabaïne]

Coucou , oui ah désolé j’avais pas vu ton message , 

ah non attention , j’ai bien precisé que l’amorce 1 était juste et que l’amorce 2 l’est aussi c’est pour cela que litem est vrai . C’est  pas parce qu’une des deux amorces est juste que l’autre le sera forcément ! Il faut que les 2 soient vrais pour que l’amplification par PCR puisse se faire . Donc fais attention à vérifier que tes 2 amorces sont justes .
Ensuite concernant le sens , il faut que tu regardes dans quel sens on t’as donné l’amorce ( généralement ils donnent les 2 amorces dans le sens 5’3’ dans les items ) donc c’est pour ça qu’il faut toujours  (pour l’amorce 2) lorsqu’on te la donne dans le sens 5’3’ regarder dans le sens droite gauche du complémentaire’. 

Voilà tout jespere que c’est un peu clair sinon hésite pas a venir a la permanence du jeudi prochain et  on pourra faire un qcm du genre , car pour ce genre de notions généralement c’est bcp plus simple d’expliquer en vrai en appliquant et réfléchissant ensemble

Le 05/10/2023 à 23:28, Yeageriste a dit :

Bonsoir, @Marouabaïne, du coup étant donnée que l'amorce 2 du B est vraie, cela veut alors dire que l'amorce 1 peut alors être considérée comme vraie aussi, ou on s'en fou un peu ? Et aussi, pour chacun des brins c'est toujours de la droite vers la gauche ? En faite j'ai compris à peu près c'est juste deux trois trucs qui restent encore flou notamment le sens de l'hybridation je m'embrouille beaucoup , tu peux m'aider s'il-te-plaît?